View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_low_12 (Length: 579)

Name: NF0942_low_12
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_low_12
NF0942_low_12
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (30-570)||(2162420-2162960)
chr6 (30-570)||(2168583-2169123)
chr6 (30-570)||(2180216-2180756)
chr6 (30-569)||(2207453-2207981)
chr6 (373-416)||(2153494-2153537)
chr6 (233-318)||(2153601-2153686)
[»] scaffold0286 (2 HSPs)
scaffold0286 (30-570)||(14144-14685)
scaffold0286 (30-99)||(11-80)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (116-432)||(27784649-27784965)
chr3 (116-406)||(27780759-27781049)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (482-570)||(2026-2114)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2162960 - 2162420
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2162960 cataagagcataagaatgtgatcaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 2162861  T
Q  130 caaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2162860 caaaccataaagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaagtgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 2162761  T
Q  230 atatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcatcacct 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  2162760 atatagctactttgcctcaagaaaatctcaggggacacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcttcaaattcaaccaatttgttcaatacct 2162661  T
Q  330 cttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaaccacttccacatt 429  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  2162660 cttctttgtctttcacttctttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaatcacttccacttt 2162561  T
Q  430 cttcctacttgaactatttgattcattttcggcttttgatgactcttctaccaaccattcctccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgaca 529  Q
    |||| |||||| ||| ||| |||||||||  | |||||  || |||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2162560 cttcttacttgtactgtttaattcatttttagtttttgtcgagtcttcctctaaccattcctccaaagttttgaagtgtttggatctatgtttattgaca 2162461  T
Q  530 taatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagctag 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  2162460 taatctttaccaccatctctatagtactgagcaatagctag 2162420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2169123 - 2168583
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2169123 cataagagcataagaatgtgatcaaatcctgatttattacaacatataagactcagttttattatgcaacaaacatacttcaaggaaagtcataacctcc 2169024  T
Q  130 caaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 229  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||    
T  2169023 caaaccatacagcttaatgtttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaagtgtatgaagatcccttaacaactttataattattccaccaactc 2168924  T
Q  230 atatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcatcacct 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  2168923 atatagctactttgcctcaagaaaatctcaggagacacaacataatccttaagcaaaccataaacatagttttcaaattcaaccaatttattcaatacct 2168824  T
Q  330 cttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaaccacttccacatt 429  Q
    ||||||||| |||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2168823 cttctttgtatttcacaaccttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaatcacttccacatt 2168724  T
Q  430 cttcctacttgaactatttgattcattttcggcttttg-atgactcttctaccaaccattcctccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgac 528  Q
    ||||||| ||  || |||||||||| |||  |||||||  || | ||||  | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  2168723 cttcctatttatacgatttgattcaattttagcttttgtctggc-cttcctctaaccattcctccaaagctttgaagtgtttggatctttgtttattgat 2168625  T
Q  529 ataatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagctag 570  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2168624 ataatctttaccaccgtctctatagtattgagcaatagctag 2168583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2180756 - 2180216
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2180756 cataagagcataagaatgtgatcaaatcctgatttattacaacatataagactcagttttattatgcaacaaacatacttcaaggaaagtcataacctcc 2180657  T
Q  130 caaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 229  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||    
T  2180656 caaaccatacagcttaatgtttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaagtgtatgaagatcccttaacaactttataattattccaccaactc 2180557  T
Q  230 atatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcatcacct 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  2180556 atatagctactttgcctcaagaaaatctcaggagacacaacataatccttaagcaaaccataaacatagttttcaaattcaaccaatttattcaatacct 2180457  T
Q  330 cttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaaccacttccacatt 429  Q
    ||||||||| |||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2180456 cttctttgtatttcacaaccttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaatcacttccacatt 2180357  T
Q  430 cttcctacttgaactatttgattcattttcggcttttg-atgactcttctaccaaccattcctccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgac 528  Q
    ||||||| ||  || |||||||||| |||  |||||||  || | ||||  | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  2180356 cttcctatttatacgatttgattcaattttagcttttgtctggc-cttcctctaaccattcctccaaagctttgaagtgtttggatctttgtttattgat 2180258  T
Q  529 ataatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagctag 570  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2180257 ataatctttaccaccgtctctatagtattgagcaatagctag 2180216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 30 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 2207981 - 2207453
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagc-aaacatacttcaaggaaaatcataagctc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  2207981 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatgtattgcaacatataagactcacttttattatgcagctaaatatacttcaaggaaattcataagctc 2207882  T
Q  129 ccaaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaact 228  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2207881 ccaaaccatacagcttaaccttttcagcatcattcatgaagttatcaagttttgaagtgtatgaacgtcccttaatagctttataatctttccaccaact 2207782  T
Q  229 catatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcatcacc 328  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |  ||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  2207781 catatagctactttgactcaagaaaatttcagatgaaacttgataatccttaagcaaacaataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcaatacc 2207682  T
Q  329 tcttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaaccacttccacat 428  Q
    ||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || || ||    
T  2207681 tcttctttgtctttcacaaccttcaactcgttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctctagtcaaaatcattttcatat 2207582  T
Q  429 tcttcctacttgaactatttgattcattttcggcttttgatgactcttctaccaaccattcctccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgac 528  Q
    || || | |||| | ||||| ||||||||  ||| |||  |||||             |||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  2207581 tcgtcttccttgtaatatttaattcatttatggcatttcttgact------------gttcctccaattttttgaagtgtttggacctttttttattcac 2207494  T
Q  529 ataatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagcta 569  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||    
T  2207493 ataatctttaccaccttctttgtagtattgagcaatagcta 2207453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 373 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 2153537 - 2153494
Alignment:
Q  373 agcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaa 416  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2153537 agcctcttcaacatatgcccaaaagcaagaatctagagttaaaa 2153494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 2153686 - 2153601
Alignment:
Q  233 tagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaattt 318  Q
    ||||||||||  || | ||||||||| || | ||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  2153686 tagctactttcactaaggaaaatctctggtgacactgcatattccttgagcaatccatacacataattctcaaattcaaccaattt 2153601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 570
Target Start/End: Original strand, 14144 - 14685
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14144 cataagagcataagaatgtgatcaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagcaaacatacttcaaggaaaatcataagctcc 14243  T
Q  130 caaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14244 caaaccataaagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaagtgtatgaagatcccttaatagctttataatccttccaccaactc 14343  T
Q  230 atatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaatttcttcatcacct 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  14344 atatagctactttgcctcaagaaaatctcaggggacacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcttcaaattcaaccaatttgttcaatacct 14443  T
Q  330 cttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaaccacttccacatt 429  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  14444 cttctttgtctttcacttctttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaaaatcacttccacttt 14543  T
Q  430 cttcctacttgaactatttgattcattttcggcttttgatgactcttctaccaaccattcct-ccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgac 528  Q
    |||| |||||| ||| ||| |||||||||  | |||||  || |||||  | |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14544 cttcttacttgtactgtttaattcatttttagtttttgtcgagtcttcctctaaccattcctcccaaagttttgaagtgtttggatctatgtttattgac 14643  T
Q  529 ataatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagctag 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  14644 ataatctttaccaccatctctatagtactgagcaatagctag 14685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 80 - 11
Alignment:
Q  30 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatttattacaacatataagactcacttttattatgcagc 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  80 cataagagcataagaatgtgatgaaatcctgatgtattgcaacatataagactcacttttattatgcagc 11  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 116 - 432
Target Start/End: Original strand, 27784649 - 27784965
Alignment:
Q  116 aaatcataagctcccaaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataat 215  Q
    |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||  | |||| |||||||| || ||||||  |||| |||||||||||||||||||   |||||| |    
T  27784649 aaatcataagctcctatagcatactgcttaatctttgtatcatcgttcatgaagttcgcaagtgctgaagtgtatgaagatcccttaatttttttatact 27784748  T
Q  216 ccttccaccaactcatatagctactttgcctcaagaaa-atctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaacca 314  Q
    | ||||||||||  |||||||| ||| |   ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| || || ||    
T  27784749 cattccaccaacgaatatagctgcttcg-tgcaagaaatatctcaggagacactgcataatccttgagcaatccataaacatacacctcaattttaaaca 27784847  T
Q  315 atttcttcatcacctcttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatctatagtcaa 414  Q
    ||||||| |  || || ||||| ||||| |   | |||||||||  ||||  ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27784848 atttctttagtacatcgtctttctctttgacacccttcaactctccgcataaaagaagagcctcttcaacatgcgcccaaaagcaagaatctatagtcaa 27784947  T
Q  415 aaccacttccacattctt 432  Q
    ||   |||||||||||||    
T  27784948 aatagcttccacattctt 27784965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 116 - 406
Target Start/End: Original strand, 27780759 - 27781049
Alignment:
Q  116 aaatcataagctcccaaaccatacagcttaatctttccagcatcattcatgaaattagcaagttttgaattgtatgaagatcccttaatagctttataat 215  Q
    |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||  | ||||||||||||| || || |||  |||| |||||||| ||||||||||  ||||||| |    
T  27780759 aaatcataagctcctatagcatactgcttaatctttgtatcatcattcatgaagttcgctagtgctgaagtgtatgaaaatcccttaatttctttatact 27780858  T
Q  216 ccttccaccaactcatatagctactttgcctcaagaaaatctcagggggcacagcataatccttaagcaaaccataaacatagtcctcaaattcaaccaa 315  Q
    | ||||||||||  |||||||| ||||    ||  ||||| || |||| |||  | |||||||| |||||  ||||||||||  |||||||||||| |||    
T  27780859 cgttccaccaacgaatatagctgctttttgccagaaaaatatctggggacacttcgtaatccttgagcaactcataaacatacacctcaaattcaaacaa 27780958  T
Q  316 tttcttcatcacctcttctttgtctttcagttcgttcaactctttgcatgcaagtatagcctcttcaacatgtgcccaaaagcaagaatct 406  Q
    ||| || |    ||||||||| ||||  |     ||||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27780959 tttatttagtgtctcttctttctcttcgacaatcttcaactctctgcataaaaggagagcctcttcaacatgtgcccaaaagcacgaatct 27781049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 482 - 570
Target Start/End: Original strand, 2026 - 2114
Alignment:
Q  482 aaccattcctccaaggttttgaagtgtttggatctttgtttattgacataatctttaccaccatctctatagtattgagcaacagctag 570  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2026 aaccattcctccaaagctttgaagtgtttggatctttgtttattgatataatctttaccaccgtctctatagtattgagcaatagctag 2114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University