View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_low_20 (Length: 517)

Name: NF0942_low_20
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_low_20
NF0942_low_20
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (35-497)||(7142831-7143293)
chr4 (35-501)||(5160687-5161151)
chr4 (91-497)||(5214548-5214951)
chr4 (35-497)||(4855963-4856422)
chr4 (35-497)||(5182929-5183389)
chr4 (148-497)||(4841466-4841815)
chr4 (35-497)||(5173597-5174053)
chr4 (148-497)||(5196445-5196794)
chr4 (421-462)||(5203556-5203597)
chr4 (35-112)||(5196335-5196412)
chr4 (297-338)||(5203489-5203530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 497
Target Start/End: Original strand, 7142831 - 7143293
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7142831 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggttgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 7142930  T
Q  135 tcttgaatatattgatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgat 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7142931 tcttgaatatattgatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgat 7143030  T
Q  235 ctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattg 334  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7143031 ctctctggatctataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttttagatttgagggagaacaaactttcaagtaaaattcccaactggatgg 7143130  T
Q  335 ataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatgga 434  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  || ||    
T  7143131 ataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacaaaataga 7143230  T
Q  435 cctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7143231 cctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttggaat 7143293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 35 - 501
Target Start/End: Original strand, 5160687 - 5161151
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 134  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||  || ||||   |||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |   ||||| |||||||  |     
T  5160687 ctagttcaattgggacgttttctaacatggaagtccttatcatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgag---ttttccaacatgttcag 5160783  T
Q  135 tcttgaatatattg-atctttct-caaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatg 232  Q
    ||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5160784 tcttgaa-atgttggatctttcttcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtagtttgacttctctaaagttcttgtatttgcaaaagaatg 5160882  T
Q  233 atctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggat 332  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160883 atctctctggatctataccaattgaactgtctgaaagctcaaaactacaacttctggatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggat 5160982  T
Q  333 tgataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatg 432  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160983 tgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatg 5161082  T
Q  433 gacctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaatagga 501  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  5161083 gacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgacatttggtatagga 5161151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 91 - 497
Target Start/End: Original strand, 5214548 - 5214951
Alignment:
Q  91 ttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctattcttgaatatattgatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaa 190  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||   ||| |||||||| | |||| ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  5214548 ttagaaggtgagatccctattgagat---ttccaacatgtcaagtcttaaaattctggatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccaaagttaa 5214644  T
Q  191 gtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttga 290  Q
    || |||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||    
T  5214645 gtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctctctggctcgataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctaga 5214744  T
Q  291 tttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagat 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5214745 tttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagat 5214844  T
Q  391 attccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcat 490  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  5214845 attccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcat 5214944  T
Q  491 ttggaat 497  Q
    |||||||    
T  5214945 ttggaat 5214951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 35 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 4856422 - 4855963
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 134  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| || |  |||||  ||||  ||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||   ||| |||||||| |     
T  4856422 ctagttcaattgggaagttttctaacatggtttcccttgttatgtctgaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagat---ttccaacatgtccag 4856326  T
Q  135 tcttgaatatattg-atctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatga 233  Q
    |||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||| |    
T  4856325 tcttta-tattttggatctttctcaaaacaagttagttggagcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataa 4856227  T
Q  234 tctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatt 333  Q
    |||| |||||||  |||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||     
T  4856226 tctccctggatcaataccatctgaactctctaaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatg 4856127  T
Q  334 gataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatgg 433  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  4856126 gataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatgg 4856027  T
Q  434 acctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  4856026 acctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaat 4855963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 35 - 497
Target Start/End: Original strand, 5182929 - 5183389
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 134  Q
    ||||||||||||||||||||||  |  ||| || ||||| ||||   | |||||| ||||||||||||||||| |||| |||   ||| |||||| | ||    
T  5182929 ctagttcaattgggatgttttctgatatgcaagtccttcttatgtccggaaatctattagaaggtgagatccctattgagat---ttccaacatggccat 5183025  T
Q  135 tcttgaatatattg-atctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatga 233  Q
    |||| || || ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | || |||||||||| |  ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5183026 tcttcaa-atgttggatctttctcaaaacaagttaaatggatcgatcccaaagttcagtagtttgacatctctaaggttcttgtatttgcaatagaatga 5183124  T
Q  234 tctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatt 333  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5183125 tctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttaagggacaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatg 5183224  T
Q  334 gataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgat-taaaaaagatcaacatgatg 432  Q
    ||||| |||||||||||  | || ||| || |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||    
T  5183225 gataagctctcagagttaagggtccttctattaggagggaacaattttgaaggagatattccaattcaattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatg 5183324  T
Q  433 gacctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5183325 gacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaat 5183389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 148 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 4841815 - 4841466
Alignment:
Q  148 gatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctt 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  4841815 gatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaa 4841716  T
Q  248 taccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcaga 347  Q
      |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4841715 agccatctgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcaga 4841616  T
Q  348 gttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaac 447  Q
    |||  | |||||| || |||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||| ||| |||||| |||||| ||||    
T  4841615 gttaagggttcttctattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaac 4841516  T
Q  448 atgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4841515 atgctcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatatgtcatttggaat 4841466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 35 - 497
Target Start/End: Original strand, 5173597 - 5174053
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctat 134  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||   | ||||| ||||  | ||||||  ||||||||| ||||||| |||| |||   ||| |||||||| |     
T  5173597 ctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagat---ttccaacatgtccag 5173693  T
Q  135 tcttgaatatattg-atctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatga 233  Q
    |||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |  || | ||    ||| ||  |||||||||| ||| |||||||    
T  5173694 tcttta-tattttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcac-agctggatc--tctgagattcttgtatttacaacagaatga 5173789  T
Q  234 tctctctggatctttaccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatt 333  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  5173790 tctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatg 5173889  T
Q  334 gataaactctcagagttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatgg 433  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||| |||| ||||    
T  5173890 gataagctctcagagttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatgg 5173989  T
Q  434 acctatcacagaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  5173990 atctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttggaat 5174053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 148 - 497
Target Start/End: Original strand, 5196445 - 5196794
Alignment:
Q  148 gatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtagtttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctt 247  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||    ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||      
T  5196445 gatctttctcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtggtttgactcttctaaggttcttgtatttgcaagagaatggtctctctggatcaa 5196544  T
Q  248 taccatatgaactctttgaagactcaaaactacaacttcttgatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataaactctcaga 347  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  5196545 tcccatatgaactctatgaaggcttccaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctcaga 5196644  T
Q  348 gttgcgtgttcttttactaggagggaataaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcacagaac 447  Q
     ||  | || |||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||    
T  5196645 attaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaac 5196744  T
Q  448 atgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatttgtcatttggaat 497  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  5196745 atgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttggaat 5196794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 421 - 462
Target Start/End: Original strand, 5203556 - 5203597
Alignment:
Q  421 atcaacatgatggacctatcacagaacatgctcaatgcttca 462  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5203556 atcaacatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 112
Target Start/End: Original strand, 5196335 - 5196412
Alignment:
Q  35 ctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggatgaaaatcttttagaaggtgagatcccaattg 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||   ||||||| ||||  | ||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  5196335 ctagttcaattgggatgttttctaacatgtgggcccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtgagatccctattg 5196412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 338
Target Start/End: Original strand, 5203489 - 5203530
Alignment:
Q  297 ggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataa 338  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  5203489 ggagaacaaattttcaggtaacattcccaactggatggataa 5203530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University