View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_low_22 (Length: 508)

Name: NF0942_low_22
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_low_22
NF0942_low_22
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (30-436)||(11196718-11197124)
chr6 (30-436)||(11156265-11156671)
chr6 (30-436)||(11199883-11200293)
chr6 (32-436)||(11161134-11161550)
chr6 (31-427)||(11170566-11170962)
chr6 (31-427)||(11209388-11209784)
chr6 (31-427)||(11275950-11276346)
chr6 (158-436)||(11241213-11241491)
chr6 (30-435)||(11132989-11133394)
chr6 (30-248)||(11314688-11314906)
chr6 (30-114)||(11241511-11241595)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (31-427)||(884-1277)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (89-153)||(12528558-12528622)
chr8 (278-351)||(12528747-12528820)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (33-149)||(7542224-7542340)
chr2 (270-396)||(7542461-7542587)
chr2 (270-336)||(16657384-16657450)
chr2 (270-351)||(14703643-14703724)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (278-341)||(29577531-29577594)
chr7 (265-396)||(39985876-39986007)
chr7 (278-352)||(3147515-3147589)
chr7 (278-352)||(8382727-8382801)
chr7 (278-352)||(8602217-8602291)
chr7 (270-352)||(13333307-13333389)
chr7 (98-156)||(13333503-13333561)
chr7 (270-351)||(10494226-10494307)
chr7 (33-153)||(7877783-7877903)
chr7 (305-352)||(8538306-8538353)
chr7 (97-168)||(27830910-27830981)
chr7 (106-168)||(3147335-3147397)
chr7 (272-402)||(6789749-6789879)
chr7 (270-339)||(8585570-8585639)
chr7 (270-339)||(8628767-8628836)
chr7 (270-339)||(27830739-27830808)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (272-339)||(30775489-30775556)
chr4 (270-396)||(35132683-35132809)
chr4 (272-340)||(9335754-9335822)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (270-340)||(34466656-34466726)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 436
Target Start/End: Original strand, 11196718 - 11197124
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196718 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11196817  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196818 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 11196917  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196918 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 11197017  T
Q  330 ggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggta 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11197018 ggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggta 11197117  T
Q  430 agcttca 436  Q
    |||||||    
T  11197118 agcttca 11197124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 436
Target Start/End: Original strand, 11156265 - 11156671
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156265 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactcattcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11156364  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  11156365 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcacctttctcaaatgtgagaatggacacgtccaaagtaccacctcctaaatca 11156464  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 329  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156465 aaaatgaaaacatgtttacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 11156564  T
Q  330 ggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggta 429  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156565 ggccagcaataacacccgcatcttgggtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggta 11156664  T
Q  430 agcttca 436  Q
    | |||||    
T  11156665 aacttca 11156671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 436
Target Start/End: Original strand, 11199883 - 11200293
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199883 acttctacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11199982  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  11199983 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacatccagagtaccaccacctaaataa 11200082  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 329  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11200083 aaaatgaaaacatttctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcaaaacattga 11200182  T
Q  330 ggccagcaataacacccgcatctcgagtggactgg----cgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaa 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||    |||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11200183 ggccagcaatagcacccgcatctcaagtagactggcgtacgttgtgaatcattaaagtatgtaggcacaattataacaacatccttcactgttgatccaa 11200282  T
Q  426 ggtaagcttca 436  Q
    |||||||||||    
T  11200283 ggtaagcttca 11200293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 32 - 436
Target Start/End: Original strand, 11161134 - 11161550
Alignment:
Q  32 ttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtctt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11161134 ttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtctt 11161233  T
Q  132 gtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaaa 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  11161234 gtcccctaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccaatctcaaatgtgagaatagacacgtccaaagtaccaccacctaaataaaa 11161333  T
Q  232 aatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggc--------tcattgattattcgcataa 323  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||        |||||||||| ||||||||    
T  11161334 aatgaaaacatgtatacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcatctgcagtaggctagtagagtcattgattactcgcataa 11161433  T
Q  324 cattgaggccagcaataacacccgcatctcgagtggactgg----cgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttg 419  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    ||||||||  |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11161434 cattaaggccaacaatagcacccgcatctcgagtagactggcgtacgttgtgaaacattaaagtatgtaggcacaattataacaacatccttcactgttg 11161533  T
Q  420 atccaaggtaagcttca 436  Q
    |||||||||||||||||    
T  11161534 atccaaggtaagcttca 11161550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 31 - 427
Target Start/End: Original strand, 11170566 - 11170962
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11170566 cttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcgagtttatgttttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11170665  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11170666 tgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11170765  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgag 330  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  11170766 aaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcaagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtaggctcattgagtattcgcaaaacattgag 11170865  T
Q  331 gccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaagg 427  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  11170866 gccagcaatagcacccgcatctcgagtagactggcgttgtgagtcattaaagtatgcaggcacagttataacaacatcctccactattgatccaagg 11170962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 31 - 427
Target Start/End: Original strand, 11209388 - 11209784
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11209388 cttcagcctcctaagggctcttggatttccactaatgtccattttttccttcctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11209487  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11209488 tgtcccccgaggtgagtgtctcctgcaatagccttaacattgatatcaccatcctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11209587  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgag 330  Q
    | |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  11209588 atatgaaaacatttctacgtccatgattaaatggtttcatgccaaagccatatgcaattgcagctgcagtaggctcattgagtattcgcaaaacattgag 11209687  T
Q  331 gccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaagg 427  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  11209688 gccagcaatagcacccgcatctcgagtagactggcgttgtgagtcattaaagtatgcaggcacagttataacaacatcatccactgttgatccaagg 11209784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 31 - 427
Target Start/End: Original strand, 11275950 - 11276346
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11275950 cttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcatttttatgcttcctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11276049  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11276050 tgtcccccgaggtgagtgtctcctccaatggccttaacattgatatcaccattctcaaaagtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11276149  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgag 330  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  11276150 atatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcgtgttaaagccatatgcaattgcagctgcagtaggctcatttattattcgcataacgtttag 11276249  T
Q  331 gccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaagg 427  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11276250 gccagcaatagcacccgcatctcgagtagactggcgctgtgagtcattaaagtatgcaggcacagttataacaacatcctccactgttaatccaagg 11276346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 158 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11241491 - 11241213
Alignment:
Q  158 atcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaaaaatgaaaacatgtctacatccatgat 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  11241491 atcgccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcgaaaattagaacatgtctacatccatgat 11241392  T
Q  258 taaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatctcgagt 357  Q
    ||| || |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  11241391 taagagttttcatgttaaggccatatgcaattgcaactgcagtaggctcagtgattattcacaaaactttgaggccagcaatagcacccgcatctcgaat 11241292  T
Q  358 ggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggtaagcttca 436  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241291 agactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggtaagcttca 11241213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 30 - 435
Target Start/End: Original strand, 11132989 - 11133394
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11132989 acttcaaccgtctaagggcttttcgatctccactaatgtcaattttatgcttcctcaagaactctttcacgaaatggttcaccattgtgttatcaaagtc 11133088  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| | || |||    ||||  ||   || || ||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||    
T  11133089 ttgtcccccgaggtgagtatctccagcagtggctttagtggtgattccattcttatcgaatgtgagaatagacacatccaatgtaccacctcctaaatca 11133188  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattga 329  Q
    ||||  ||||||||| ||    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  11133189 aaaacaaaaacatgtttatggtcatgattaaacggtttcttgtcaagaccatatgcaattgcagctgctgtaggctcgttgattattcgcataacgttga 11133288  T
Q  330 ggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaaggta 429  Q
    | || ||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11133289 gacctgcaataacacctgcatctctagtagcttggcgttgcgagtcattaaagtaagcaggaacagttataacgacatccttcactgttgatccaaggta 11133388  T
Q  430 agcttc 435  Q
    | ||||    
T  11133389 aacttc 11133394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11314906 - 11314688
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||  |||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  11314906 acttcaacctcctaagggatgttaaatctccactaatgtctattttatacctcttccggaacacttccacaaaatatttcaccattgtattattgaagtc 11314807  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||     
T  11314806 ttgtcccccaaggtgagtgtctccgccaacggccctaactttgatggcaccattctcaagtgtgagaatagacacatccaaagtaccgccacccaaatcg 11314707  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctac 248  Q
    || |||||||||| |||||    
T  11314706 aagatgaaaacatttctac 11314688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 11241595 - 11241511
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241595 acttcaacctcctaagggctcttggatctctactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccat 11241511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 31 - 427
Target Start/End: Original strand, 884 - 1277
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  884 cttcagcctcctaacggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttccttaagaacactttcacaaaatggttcaccattgcgttatcaaagtct 983  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    || ||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  984 tgccccctgaggtgagtgtctcctacaatagccttaacattgatatcaccattctcaaatttgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 1083  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgag 330  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||     | |||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  1084 aaatgaaaacatttctatgtccatg---tgatggttttgtgtcaaagccatatgcaattgcagctgcagtaggctcattgagtattcccaaaacattgag 1180  T
Q  331 gccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagttataacaacatccttcactgttgatccaagg 427  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1181 gccagcaatagcacctgcatctcgagtagattggcgttgtgagtcattaaagtatgcaggcacagttataacaacatcctccactgttgatccaagg 1277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 153
Target Start/End: Original strand, 12528558 - 12528622
Alignment:
Q  89 aactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcc 153  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  12528558 aactctttcacaaagtgattcaccattcgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtctcc 12528622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 351
Target Start/End: Original strand, 12528747 - 12528820
Alignment:
Q  278 ccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatc 351  Q
    ||||||||||  ||||||||||  || || |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  12528747 ccatatgcaagagcagctgcagttggttcgttgattatccgtattacattgaggccagcaatgacaccagcatc 12528820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 149
Target Start/End: Original strand, 7542224 - 7542340
Alignment:
Q  33 tcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttg 132  Q
    |||||||||| | |||| ||||||  ||||||||||| | ||| | ||| |||  ||||||||  ||||| | |||| ||||| |||||||||||||||     
T  7542224 tcaacctcctcaaggcttttggattcccactaatgtccactttgttctttctcttgaactcttgtacaaagtagttcgccattctattatcaaagtcttc 7542323  T
Q  133 tcccccaaggtgagtgt 149  Q
    ||| |||||||||||||    
T  7542324 tccaccaaggtgagtgt 7542340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Original strand, 7542461 - 7542587
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttg 369  Q
    ||||||| ||||||||||  || || |||| ||| ||||| |||   | |||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||  |  |||||    
T  7542461 tgtcaaggccatatgcaacagctgcggcagtaggttcattcattgccctcataacattgaggccagcaatggcacccgcatctatagtggcttttcgttg 7542560  T
Q  370 tgagtcattaaagtaagcaggcacagt 396  Q
     || |||||||| |||||||| |||||    
T  7542561 agaatcattaaaataagcaggtacagt 7542587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 270 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16657450 - 16657384
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagc 336  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||| ||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  16657450 tgtcaagaccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgataattcgaatgacattaaggccagc 16657384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 351
Target Start/End: Original strand, 14703643 - 14703724
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatc 351  Q
    ||||||| ||||||||||| || || || | ||| ||||| ||||  | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14703643 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagctgtaggttcattcattaccctcataacattgaggccggcaataacaccagcatc 14703724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 29577594 - 29577531
Alignment:
Q  278 ccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataa 341  Q
    |||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29577594 ccatatgcaagtgcagcagcagttggttcattgattatccgcattacattgaggccagcaataa 29577531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 265 - 396
Target Start/End: Original strand, 39985876 - 39986007
Alignment:
Q  265 tttcatgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatctcgagtggactgg 364  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || |||||    || |  ||     
T  39985876 tttcttgtcaagaccataagcaatggcagcagcagtgggctcattgataattcgcatgacattaagaccggcaataactccagcatccttggtagcttga 39985975  T
Q  365 cgttgtgagtcattaaagtaagcaggcacagt 396  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||    
T  39985976 cgctgggagtcattaaagtaagcagggacagt 39986007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 352
Target Start/End: Original strand, 3147515 - 3147589
Alignment:
Q  278 ccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatct 352  Q
    ||||| ||||| || || |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  3147515 ccatacgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgcataatattaaggccagcaataacaccagcatct 3147589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 8382801 - 8382727
Alignment:
Q  278 ccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatct 352  Q
    ||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  8382801 ccatatgcaagagcagcggcagttggctcattgattatccgcattacattgaggccagcaatcgcaccagcatct 8382727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 352
Target Start/End: Original strand, 8602217 - 8602291
Alignment:
Q  278 ccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatct 352  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  8602217 ccatatgcaagagcagctgcagttggctcattgattatccgcattacattgagaccagcaatggcaccagcatct 8602291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 13333389 - 13333307
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatct 352  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||||| || | ||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  13333389 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattattcgaatgatattaaggccagcaatagcaccagcatct 13333307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 13333561 - 13333503
Alignment:
Q  98 acaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgc 156  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  13333561 acaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcttctcccccaaggtgagtgtttcctgc 13333503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 270 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 10494307 - 10494226
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatc 351  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  10494307 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatagcaccagcatc 10494226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 7877903 - 7877783
Alignment:
Q  33 tcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttg 132  Q
    |||||||||||||||| || || | ||||| |||||| | ||||| |||||||   |||||  |||| |||||||||| |||| | ||||||||||| |     
T  7877903 tcaacctcctaagggccctcgggtttccaccaatgtccactttattcttcctcttaaactccatcactaaatggttcaacattctgttatcaaagtcctc 7877804  T
Q  133 tcccccaaggtgagtgtctcc 153  Q
    ||| || |||||||| |||||    
T  7877803 tccacctaggtgagtatctcc 7877783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 352
Target Start/End: Original strand, 8538306 - 8538353
Alignment:
Q  305 tcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatct 352  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  8538306 tcattgattatccgcattacattgaggccagcaatgacaccagcatct 8538353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 27830981 - 27830910
Alignment:
Q  97 cacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaac 168  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||    
T  27830981 cacaaaatagttcaccatcctattatcaaagtcctctccaccaaggtgagtgtttccagcagttgccttaac 27830910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 168
Target Start/End: Original strand, 3147335 - 3147397
Alignment:
Q  106 gttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaac 168  Q
    |||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  3147335 gttcaccatcctattatcaaagtcctctcccccaaggtgggtgtttcctgcgatggccttaac 3147397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 272 - 402
Target Start/End: Original strand, 6789749 - 6789879
Alignment:
Q  272 tcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttgtg 371  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| || |  || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||  |||| ||||||  |||||  |  ||||| |    
T  6789749 tcaaggccatatgcaagagcagcagctgttggttcattgattattcgtataacattaagaccagcaatggcaccagcatctaaagtggctttccgttgag 6789848  T
Q  372 agtcattaaagtaagcaggcacagttataac 402  Q
    | ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  6789849 aatcattgaaataagcaggcacagtaataac 6789879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 8585639 - 8585570
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaat 339  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||||  || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  8585639 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtgggttcattgattatcctcataacattaaggccagcaat 8585570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Original strand, 8628767 - 8628836
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaat 339  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||||  || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    
T  8628767 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtggggtcattgattatcctcataacattaaggccagcaat 8628836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 27830808 - 27830739
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaat 339  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  27830808 tgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggctcgcttattatccgcataacattaaggccagcaat 27830739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 339
Target Start/End: Original strand, 30775489 - 30775556
Alignment:
Q  272 tcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaat 339  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  30775489 tcaagtccatatgcaatagctgctgcagtgggctcattaattattctcataacattaagaccagcaat 30775556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 270 - 396
Target Start/End: Original strand, 35132683 - 35132809
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaataacacccgcatctcgagtggactggcgttg 369  Q
    ||||||| ||||||||||  || || |||| ||| ||||| |||| || |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||  |||||  |  |||||    
T  35132683 tgtcaaggccatatgcaaccgctgcggcagtaggttcattcattactctcataacattgggaccagcaatagcaccagcatctatagtggcttttcgttg 35132782  T
Q  370 tgagtcattaaagtaagcaggcacagt 396  Q
     || ||| |||| ||||||||||||||    
T  35132783 agaatcactaaaataagcaggcacagt 35132809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 272 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 9335822 - 9335754
Alignment:
Q  272 tcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaata 340  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  9335822 tcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaata 9335754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 270 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 34466726 - 34466656
Alignment:
Q  270 tgtcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaata 340  Q
    ||||||| ||||||||||| || || ||||  || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  34466726 tgtcaagtccatatgcaatagctgcagcagtgggttcattgattatttgcaaaacattaaggccagcaata 34466656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University