View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_low_5 (Length: 753)

Name: NF0942_low_5
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_low_5
NF0942_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-725)||(30788668-30789382)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 30789382 - 30788668
Alignment:
Q  11 cacagaccgacccagtaaccgaaaatcccttactttgccattcttgtaaacacttattgagctctgattcagtccttgaacaagtgtgtacagcagcacc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30789382 cacagaccgacccagtaaccgaaaatcccttactttgccattcttgtaaacacttactgagctctgattcagtccttgaacaagtgtgtacagcagcacc 30789283  T
Q  111 aaatgtaacaagatcattcactatggcatgcctaaacaatgtgtcaaatgaatggatggattaaaatctattcttaataaaagtatcatctctttggtaa 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30789282 aaatgcaacaagatcattcactatggcatgcctaaacaatgtgtcaaatgaatggatggattaaaatcttttcttaataaaagtatcatctctttggtaa 30789183  T
Q  211 aatgttactaaagctctttagtaatacctaacaattgttcaaatgtaactagatctcaattatgttgcagtgttagtccgtgtgcaaaaacctttaaacg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30789182 aatgttactaaagctctttagtaatacctaacaattgtccaaatgtaactagatctcaattatgttgcagtgttagtccgtgtgcaaaaacctttaaacg 30789083  T
Q  311 acactaatcttaaaacggagagtgtaaaagataatgaagtatttttggctagatcaaaataaagactacatatgaataatgatgcagggtgttgaagata 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30789082 acactaatcttaaaacggagagtgtaaaagataatgaagtatttttggctagatcaaaataaagactacatatgaataatgatgcagggtgttgaagata 30788983  T
Q  411 agataaacaatgaaataacggaaaaggagaaagatgaaaacccgattccacgagtgccaccggtaacaagtgctgtcattccagttagagaccatctctg 510  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788982 agataaacaatgaaataagggaaaaggagaaagatgaaaacccgattccacgagtgccaccggtaacaagtgctgtcattccagttagagaccatctctg 30788883  T
Q  511 tcctcctctgctgctaggtgtttctactgcagctgctgccattttgttttcactctcttttcttcattcaatcaaaaataatgccttacttgatgggtat 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30788882 tcctcctctgctgctaggtgtttctactgcagctgctgccattttgttttcactctcttttcttcattcaatcaaaaataatgccttacttgatgggtat 30788783  T
Q  611 ctttgttggtcaacgatgggggatttacacattcaaacaaaagaaaacaactagtaattttttgcttttaaatacttaccactaacttttgtcccatgag 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30788782 ctttgttggtcaacgatgggggatttacacattcaaacaaaagaaaacaactagtaattttttgcttttaaatacttactactaacttttgtcccatgag 30788683  T
Q  711 atgcacatgcagaat 725  Q
    |||||||||||||||    
T  30788682 atgcacatgcagaat 30788668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University