View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_low_96 (Length: 300)

Name: NF0942_low_96
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_low_96
NF0942_low_96
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (30-300)||(11196718-11196986)
chr6 (30-300)||(11156265-11156533)
chr6 (30-300)||(11199883-11200151)
chr6 (32-300)||(11161134-11161400)
chr6 (31-300)||(11170566-11170833)
chr6 (31-270)||(11209388-11209627)
chr6 (31-268)||(11275950-11276187)
chr6 (30-299)||(11132989-11133256)
chr6 (30-248)||(11314688-11314906)
chr6 (158-270)||(11241379-11241491)
chr6 (30-114)||(11241511-11241595)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (31-247)||(884-1100)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (89-153)||(12528558-12528622)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-149)||(7542224-7542340)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (98-156)||(13333503-13333561)
chr7 (33-153)||(7877783-7877903)
chr7 (97-168)||(27830910-27830981)
chr7 (106-168)||(3147335-3147397)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 30 - 300
Target Start/End: Original strand, 11196718 - 11196986
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196718 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11196817  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11196818 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 11196917  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||    
T  11196918 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatgtca--agaccatatgcaattgcagctgca 11196986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 30 - 300
Target Start/End: Original strand, 11156265 - 11156533
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11156265 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactcattcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11156364  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  11156365 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcacctttctcaaatgtgagaatggacacgtccaaagtaccacctcctaaatca 11156464  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgca 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||    
T  11156465 aaaatgaaaacatgtttacatccatgattaaaaggtttcatgtca--agaccatatgcaattgcagctgca 11156533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 30 - 300
Target Start/End: Original strand, 11199883 - 11200151
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11199883 acttctacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 11199982  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  11199983 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacatccagagtaccaccacctaaataa 11200082  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgca 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||    
T  11200083 aaaatgaaaacatttctacatccatgattaaaaggtttcatgtca--agaccatatgcaattgcagctgca 11200151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 32 - 300
Target Start/End: Original strand, 11161134 - 11161400
Alignment:
Q  32 ttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtctt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11161134 ttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtctt 11161233  T
Q  132 gtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaaa 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  11161234 gtcccctaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccaatctcaaatgtgagaatagacacgtccaaagtaccaccacctaaataaaa 11161333  T
Q  232 aatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgca 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| |||||    
T  11161334 aatgaaaacatgtatacatccatgattaaaaggtttcatgtca--agaccatatgcaattgcatctgca 11161400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 31 - 300
Target Start/End: Original strand, 11170566 - 11170833
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11170566 cttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcgagtttatgttttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11170665  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11170666 tgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaacattgatatcaccattctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11170765  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgca 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||   | |||||||||||||||||||||    
T  11170766 aaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcaagtca--aggccatatgcaattgcagctgca 11170833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 31 - 270
Target Start/End: Original strand, 11209388 - 11209627
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11209388 cttcagcctcctaagggctcttggatttccactaatgtccattttttccttcctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11209487  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11209488 tgtcccccgaggtgagtgtctcctgcaatagccttaacattgatatcaccatcctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11209587  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcat 270  Q
    | |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  11209588 atatgaaaacatttctacgtccatgattaaatggtttcat 11209627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 31 - 268
Target Start/End: Original strand, 11275950 - 11276187
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11275950 cttcagcctcctaatggctcttggatctccactaatgtcatttttatgcttcctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtct 11276049  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11276050 tgtcccccgaggtgagtgtctcctccaatggccttaacattgatatcaccattctcaaaagtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 11276149  T
Q  231 aaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttc 268  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11276150 atatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttc 11276187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 299
Target Start/End: Original strand, 11132989 - 11133256
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11132989 acttcaaccgtctaagggcttttcgatctccactaatgtcaattttatgcttcctcaagaactctttcacgaaatggttcaccattgtgttatcaaagtc 11133088  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| | || |||    ||||  ||   || || ||||||||||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||    
T  11133089 ttgtcccccgaggtgagtatctccagcagtggctttagtggtgattccattcttatcgaatgtgagaatagacacatccaatgtaccacctcctaaatca 11133188  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggtttcatctcactcgaccatatgcaattgcagctgc 299  Q
    ||||  ||||||||| ||    |||||||||| |||||| | |||   ||||||||||||||||||||||    
T  11133189 aaaacaaaaacatgtttatggtcatgattaaacggtttcttgtca--agaccatatgcaattgcagctgc 11133256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 11314906 - 11314688
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtc 129  Q
    |||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||| || ||  |||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  11314906 acttcaacctcctaagggatgttaaatctccactaatgtctattttatacctcttccggaacacttccacaaaatatttcaccattgtattattgaagtc 11314807  T
Q  130 ttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatca 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  ||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||     
T  11314806 ttgtcccccaaggtgagtgtctccgccaacggccctaactttgatggcaccattctcaagtgtgagaatagacacatccaaagtaccgccacccaaatcg 11314707  T
Q  230 aaaatgaaaacatgtctac 248  Q
    || |||||||||| |||||    
T  11314706 aagatgaaaacatttctac 11314688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 158 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11241491 - 11241379
Alignment:
Q  158 atcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaaaaatgaaaacatgtctacatccatgat 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  11241491 atcgccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcgaaaattagaacatgtctacatccatgat 11241392  T
Q  258 taaaaggtttcat 270  Q
    ||| || ||||||    
T  11241391 taagagttttcat 11241379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 11241595 - 11241511
Alignment:
Q  30 acttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241595 acttcaacctcctaagggctcttggatctctactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccat 11241511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 247
Target Start/End: Original strand, 884 - 1100
Alignment:
Q  31 cttcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtct 130  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  884 cttcagcctcctaacggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttccttaagaacactttcacaaaatggttcaccattgcgttatcaaagtct 983  T
Q  131 tgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaacattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaa 230  Q
    || ||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  984 tgccccctgaggtgagtgtctcctacaatagccttaacattgatatcaccattctcaaatttgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaa 1083  T
Q  231 aaatgaaaacatgtcta 247  Q
    |||||||||||| ||||    
T  1084 aaatgaaaacatttcta 1100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 89 - 153
Target Start/End: Original strand, 12528558 - 12528622
Alignment:
Q  89 aactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcc 153  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  12528558 aactctttcacaaagtgattcaccattcgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtctcc 12528622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 149
Target Start/End: Original strand, 7542224 - 7542340
Alignment:
Q  33 tcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttg 132  Q
    |||||||||| | |||| ||||||  ||||||||||| | ||| | ||| |||  ||||||||  ||||| | |||| ||||| |||||||||||||||     
T  7542224 tcaacctcctcaaggcttttggattcccactaatgtccactttgttctttctcttgaactcttgtacaaagtagttcgccattctattatcaaagtcttc 7542323  T
Q  133 tcccccaaggtgagtgt 149  Q
    ||| |||||||||||||    
T  7542324 tccaccaaggtgagtgt 7542340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 13333561 - 13333503
Alignment:
Q  98 acaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgc 156  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  13333561 acaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcttctcccccaaggtgagtgtttcctgc 13333503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 7877903 - 7877783
Alignment:
Q  33 tcaacctcctaagggctcttggatctccactaatgtcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttg 132  Q
    |||||||||||||||| || || | ||||| |||||| | ||||| |||||||   |||||  |||| |||||||||| |||| | ||||||||||| |     
T  7877903 tcaacctcctaagggccctcgggtttccaccaatgtccactttattcttcctcttaaactccatcactaaatggttcaacattctgttatcaaagtcctc 7877804  T
Q  133 tcccccaaggtgagtgtctcc 153  Q
    ||| || |||||||| |||||    
T  7877803 tccacctaggtgagtatctcc 7877783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 27830981 - 27830910
Alignment:
Q  97 cacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaac 168  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||    
T  27830981 cacaaaatagttcaccatcctattatcaaagtcctctccaccaaggtgagtgtttccagcagttgccttaac 27830910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 168
Target Start/End: Original strand, 3147335 - 3147397
Alignment:
Q  106 gttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaac 168  Q
    |||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  3147335 gttcaccatcctattatcaaagtcctctcccccaaggtgggtgtttcctgcgatggccttaac 3147397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University