View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0943_low_11 (Length: 459)

Name: NF0943_low_11
Description: NF0943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0943_low_11
NF0943_low_11
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (29-452)||(1846505-1846928)
chr8 (252-452)||(4620026-4620226)
chr8 (283-437)||(4787274-4787428)
chr8 (219-433)||(4297773-4297990)
chr8 (91-132)||(4297560-4297601)
chr8 (79-132)||(4619755-4619808)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (29-452)||(7890793-7891216)
chr1 (42-452)||(7888528-7888938)
chr1 (131-452)||(43045209-43045530)
chr1 (131-452)||(43045662-43045983)
chr1 (131-452)||(43066424-43066745)
chr1 (131-452)||(43084090-43084411)
chr1 (131-433)||(38137628-38137930)
chr1 (131-450)||(45983463-45983776)
chr1 (131-452)||(45993241-45993562)
chr1 (219-452)||(3301033-3301266)
chr1 (185-452)||(51291885-51292151)
chr1 (131-452)||(40034449-40034762)
chr1 (240-437)||(43076553-43076749)
chr1 (40-132)||(38138021-38138113)
chr1 (42-132)||(45983863-45983953)
chr1 (37-132)||(3300758-3300853)
chr1 (37-132)||(43045024-43045119)
chr1 (37-132)||(43066872-43066967)
chr1 (37-132)||(43083868-43083963)
chr1 (81-132)||(50912450-50912501)
chr1 (79-132)||(40034854-40034907)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (131-452)||(4231682-4232003)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (131-452)||(34691042-34691361)
chr2 (131-452)||(34713454-34713773)
chr2 (131-452)||(16232385-16232710)
chr2 (140-438)||(33861060-33861361)
chr2 (79-132)||(34690912-34690965)
chr2 (79-132)||(34713324-34713377)
chr2 (79-132)||(16232253-16232306)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (131-433)||(16349354-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (194-452)||(7528839-7529097)
chr6 (194-452)||(7519468-7519726)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 452
Target Start/End: Original strand, 1846505 - 1846928
Alignment:
Q  29 aattttacctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatcc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846505 aattttacctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatcc 1846604  T
Q  129 atcttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaac 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846605 atcttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaac 1846704  T
Q  229 caccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846705 caccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgag 1846804  T
Q  329 agtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatac 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846805 agtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatac 1846904  T
Q  429 ttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  1846905 ttgaatgaacgcctgtttatctca 1846928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 252 - 452
Target Start/End: Original strand, 4620026 - 4620226
Alignment:
Q  252 agaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtct 351  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||    
T  4620026 agaacagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtct 4620125  T
Q  352 caaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttcatctc 451  Q
    |||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||    
T  4620126 caaacttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatgaacacatgtttatctc 4620225  T
Q  452 a 452  Q
    |    
T  4620226 a 4620226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 283 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 4787428 - 4787274
Alignment:
Q  283 tgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgat 382  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||||  | | ||| |||||||||||||  | | ||||||||||||||||      
T  4787428 tgatcatgttcctaatgtattccctgtgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggc 4787329  T
Q  383 acctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 437  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4787328 acctctttcacgctcacccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 4787274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 219 - 433
Target Start/End: Original strand, 4297773 - 4297990
Alignment:
Q  219 gcttcaaaaccaccaggtgtagag---tcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgg 315  Q
    ||||||||||||||||  |||| |   |||||||  |||||  |||||| ||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  4297773 gcttcaaaaccaccagtagtagtggaatcaatgacgagaacatcacagttagctagggacgctccagtggtcatgttcttaatgcattccctatgtccgg 4297872  T
Q  316 gggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaag 415  Q
    |||||||||||| | |||||  | | ||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||| ||||||||    
T  4297873 gggcatcaatgacaatgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacagagaaatgtcaattgtggcacctctttcatggtcagctttgagtttgtcaag 4297972  T
Q  416 cacccaagcatacttgaa 433  Q
     |||||||||||||||||    
T  4297973 tacccaagcatacttgaa 4297990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 132
Target Start/End: Original strand, 4297560 - 4297601
Alignment:
Q  91 catacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4297560 catacctatccatggagtatttgggtgtagtggcatccatct 4297601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Original strand, 4619755 - 4619808
Alignment:
Q  79 tcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4619755 tcacaaattcttcatacctatacttggagtatttgggtgcagtggcatccatct 4619808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 7891216 - 7890793
Alignment:
Q  29 aattttacctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatcc 128  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891216 aattttacctaggttatagccaacctcactcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatcc 7891117  T
Q  129 atcttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaac 228  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7891116 atcttgttacaacagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgaatgcaagttgaacatgttcagtggtctgaccattcttacaaaaaccagcgtcaaaac 7891017  T
Q  229 caccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgag 328  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7891016 caccaagtgtagaatcaatgataagaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgag 7890917  T
Q  329 agtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatac 428  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7890916 agtgcagcggaagttggttgtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatac 7890817  T
Q  429 ttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  7890816 ttgaatgaatgcctgttcatctca 7890793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 42 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 7888938 - 7888528
Alignment:
Q  42 ttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatcttgttacagc 141  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7888938 ttatagccaacctctctcaaaaagggtgaaacttgattcacaatttcttcatacctgtcctaggagtatatgggtgtagtggcatccatcttgttgcagc 7888839  T
Q  142 agcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtaga 241  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  7888838 agcagatcattttttaaacaccgagagcgaaggcaagttgaacatgttcagtggtctgaccatccttacaaaaaccggcttcaaaaccaccagttgtgga 7888739  T
Q  242 gtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaag 341  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  7888738 atcaatgatgagaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttcttgatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtag 7888639  T
Q  342 ttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcc 441  Q
     ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  7888638 ctggttgtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaataaacgtc 7888539  T
Q  442 tgttcatctca 452  Q
    |||| ||||||    
T  7888538 tgtttatctca 7888528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 43045209 - 43045530
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| || ||||||||||||||    |||||||||| | | |||||  || ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  43045209 cttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaacca 43045308  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43045309 ccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacag 43045408  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43045409 tgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatactt 43045508  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  43045509 gaatgaacgcttgttcatctca 43045530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 43045662 - 43045983
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| || ||||||||||||||    |||||||||| | | |||||  || ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  43045662 cttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaacca 43045761  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43045762 ccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacag 43045861  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43045862 tgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatactt 43045961  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  43045962 gaatgaacgcttgttcatctca 43045983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 43066745 - 43066424
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| || ||||||||||||||    |||||||||| | | |||||  || ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  43066745 cttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaacca 43066646  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43066645 ccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacag 43066546  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43066545 tgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaacccaggcatactt 43066446  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  43066445 gaatgaacgcttgttcatctca 43066424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 43084090 - 43084411
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| || ||||||||||||||    |||||||||| | | |||||  || ||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  43084090 cttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaacca 43084189  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43084190 ccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatgacag 43084289  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  43084290 tgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcatactt 43084389  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  43084390 gaatgaacgcttgttcatctca 43084411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 131 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 38137930 - 38137628
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    ||||||||| || | |||||  || ||||||||  ||||||||| | || | || ||||||||||||||| |    
T  38137930 cttgttgcagcagcagatcatttggcgcacaccaagaacgaatgcaagaagagcatgttcagaggtctgaccttcctgagaataaccagcttcaaaacta 38137831  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    |||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137830 ccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 38137731  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38137730 tgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcgagcacccaagcatactt 38137631  T
Q  431 gaa 433  Q
    |||    
T  38137630 gaa 38137628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 131 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 45983776 - 45983463
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| | |||||||  || ||||||||  ||||||||||||| |||      | ||||||||||||    
T  45983776 cttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgggtctgaccattcatac------cggcttcaaaacca 45983683  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45983682 ccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacag 45983583  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | ||| |||||||||||||| | || | |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983582 tgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 45983483  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatct 450  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  45983482 gaatgaacgcttgttcatct 45983463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 45993562 - 45993241
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| ||||| |||||||||||    |||||||||| | |||||||  || ||||||||   |||||||||| |||  ||| ||| ||||||||||||    
T  45993562 cttgttgcagcaacagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgagtctgaccatcctttgaaataccggcttcaaaacca 45993463  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    | ||  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  45993462 cgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggaggcatcaatgacag 45993363  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | ||| |||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45993362 tgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 45993263  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| || ||||||||    
T  45993262 gaatgaacgcttgatcatctca 45993241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 219 - 452
Target Start/End: Original strand, 3301033 - 3301266
Alignment:
Q  219 gcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 318  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301033 gcttcaaaaccaccggtagtggaatcaatgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggggg 3301132  T
Q  319 catcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcac 418  Q
    ||||||||| |||||||  | | || || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||    
T  3301133 catcaatgacagtgcagtagtacttagtagtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcac 3301232  T
Q  419 ccaagcatacttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3301233 ccaagcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 3301266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 185 - 452
Target Start/End: Original strand, 51291885 - 51292151
Alignment:
Q  185 atgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtg 284  Q
    |||||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||||| || |||| ||| || |||| ||| ||||   |||||||||||| | | |  |||| |    
T  51291885 atgttcaccggtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcg 51291984  T
Q  285 atcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatac 384  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||   | | ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  51291985 atcatgttcttaatgaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtgatac 51292083  T
Q  385 ctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51292084 ctctttcacgctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctca 51292151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 40034762 - 40034449
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    ||||||||||  ||||||||  || |||||||| |||||||||||||  |||      |||  ||||||| |    
T  40034762 cttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtataggcaagaagagcatgttcagtggtctgaccattgatac------cagtctcaaaacta 40034669  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    |||| | | || |||||||| ||||| ||||||||||||  ||| |  ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  40034668 ccagttctggaatcaatgatgagaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgatgaaatc--tgtgtccgggggcgtcaatgagag 40034571  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||  | |  ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40034570 tgcagtggtatttggttgtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagtacccaagcatactt 40034471  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||| ||| |||||||||||    
T  40034470 gaatgagcgcttgttcatctca 40034449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 240 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 43076749 - 43076553
Alignment:
Q  240 gagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagagga 339  Q
    ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| |  ||||  |     
T  43076749 gagtcaaggataagaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaatgaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcagt 43076650  T
Q  340 agttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaa 437  Q
      || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||    
T  43076649 tctttgttgtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttgactgaa 43076553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 40 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 38138113 - 38138021
Alignment:
Q  40 ggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38138113 ggttatagccaacatcaatcaaaaagggtgaaaattccttcacaatttcttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 38138021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 45983953 - 45983863
Alignment:
Q  42 ttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    |||||||||||||   ||||| ||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45983953 ttatagccaaccttattcaaacagggtaaaacttgcctcacaatttctacatacctatccctagagtatttaggtgtagtggcatccatct 45983863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 132
Target Start/End: Original strand, 3300758 - 3300853
Alignment:
Q  37 ctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  3300758 ctgggttatagccaaccttcttcaaataggatgaaacttccttcacaatttcttcatacctacccttcgagtacttaggtgtagtggcatccatct 3300853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 132
Target Start/End: Original strand, 43045024 - 43045119
Alignment:
Q  37 ctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||||| ||   |||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  43045024 ctgggttatagccaaccttcttcaaataggatgaaacttccttcacaatttcatcatatctacccttggagtacttgggtgtagtagcatccatct 43045119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 43066967 - 43066872
Alignment:
Q  37 ctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||||| ||   |||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  43066967 ctgggttatagccaaccttcttcaaataggatgaaacttccttcacaatttcatcatatctacccttggagtacttgggtgtagtagcatccatct 43066872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 132
Target Start/End: Original strand, 43083868 - 43083963
Alignment:
Q  37 ctgggttatagccaacctcgctcaaaaagggtgaaatttgactcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||||||||||||   ||||| ||| ||||| ||   |||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  43083868 ctgggttatagccaaccttcttcaaataggatgaaacttccttcacaatttcatcatatctacccttggagtacttgggtgtagtagcatccatct 43083963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 81 - 132
Target Start/End: Original strand, 50912450 - 50912501
Alignment:
Q  81 acaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  50912450 acaatttcttcatacctacccttggagtatttgggagtagtagcatccatct 50912501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 40034907 - 40034854
Alignment:
Q  79 tcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    |||||| || |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40034907 tcacaagttcttcaaacctacccttagagtatttgggtgtagttgcatccatct 40034854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 4231682 - 4232003
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| | | |||||  || ||||||||   |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||    
T  4231682 cttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgagtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaacca 4231781  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    ||||  || || |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  4231782 ccagtggtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatgacag 4231881  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    |||||  | | || || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4231882 tgcagtagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcatactt 4231981  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
     ||||||||| |||||||||||    
T  4231982 aaatgaacgcttgttcatctca 4232003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 34691042 - 34691361
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| | |||||||  || |||||||   |||||||||||||||| |  ||||||||   |||||     
T  34691042 cttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacct 34691141  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    | ||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34691142 ctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagag 34691241  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    || ||  | | ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34691242 tgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 34691339  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| | |||||||||    
T  34691340 gaatgaacgcttcttcatctca 34691361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 34713454 - 34713773
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| | |||||||  || |||||||   |||||||||||||||| |  ||||||||   |||||     
T  34713454 cttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaacct 34713553  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
    | ||  || || |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34713554 ctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatgagag 34713653  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    || ||  | | ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34713654 tgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcataga--aatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 34713751  T
Q  431 gaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||| | |||||||||    
T  34713752 gaatgaacgcttcttcatctca 34713773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 131 - 452
Target Start/End: Original strand, 16232385 - 16232710
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| ||| |||||| || |||||||   ||||||||||| |||| |  |||||||||  |||||     
T  16232385 cttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgtacgcaagtagagcatgttcccaggtctgaccatccttagaccaaccagcttgcaaaccg 16232484  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaat----gaaatccctgtgtccgggggcatcaatg 326  Q
      ||  || || |  ||||  ||||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232485 agagtagtggaattgatgactagaacagcacagtcagcttcggaggtcccgatgatcatgttcttaattaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatg 16232584  T
Q  327 agagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcat 426  Q
    || |||||   | | ||||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232585 agggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcat 16232684  T
Q  427 acttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||||||||||||| | |||||||||    
T  16232685 acttgaatgaacgcatcttcatctca 16232710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 140 - 438
Target Start/End: Original strand, 33861060 - 33861361
Alignment:
Q  140 gcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgta 239  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||| | |||| ||  |  ||||||||  ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |      
T  33861060 gcagcagatcatttgaggcacaccaagagtgcaggcgagaagggcatgttcacgggtctgaccatgcttagaaaaaccaacttcaaaaccaccaggagag 33861159  T
Q  240 gagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagagga 339  Q
    || |||| ||||||||  || || ||||| | |||||  ||  | ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  ||     
T  33861160 gaatcaacgataagaagagcgcaatcagcataggatgtcccattaatcatgttcttaatataatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggt 33861259  T
Q  340 agttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcaccca---agcatacttgaatga 436  Q
    | | | |||||||||| || |  | ||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||   |||||||||||||||    
T  33861260 actggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtcaatggagatacctctttcacgctcagcctcgagcttgtcaagaacccaattagcatacttgaatga 33861359  T
Q  437 ac 438  Q
    ||    
T  33861360 ac 33861361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Original strand, 34690912 - 34690965
Alignment:
Q  79 tcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34690912 tcacaattagttcatacctatccttggagtatttgggtgtaatggcatccatct 34690965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Original strand, 34713324 - 34713377
Alignment:
Q  79 tcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34713324 tcacaattagttcatacctatccttggagtatttgggtgtaatggcatccatct 34713377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 132
Target Start/End: Original strand, 16232253 - 16232306
Alignment:
Q  79 tcacaatttgttcatacctatccttggagtatttgggtgtagtggcatccatct 132  Q
    ||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  16232253 tcacaattacttcatatctgtccttggagtatttcggtgtagtggcattcatct 16232306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 131 - 433
Target Start/End: Original strand, 16349354 - 16349656
Alignment:
Q  131 cttgttacagcagcagatcatttgtgaaacaccaagagcgtaggcaagttgaacatgttcattggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaacca 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    |||||||||| ||| ||| |  || ||||||||  | |||||||||| ||  ||| ||| ||| ||||||||    
T  16349354 cttgttgcagcagcagatcatttgcttgacaccaagagagtaagcatggagagcatgttcacggatctgaccattattggaaataccggctccaaaacca 16349453  T
Q  231 ccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagag 330  Q
     |||| || || |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16349454 gcaggagtggaatcaacgataagaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgatag 16349553  T
Q  331 tgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatactt 430  Q
    ||||| || | |||||||||||||| ||| | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  16349554 tgcagcggtacttggttgtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcatactt 16349653  T
Q  431 gaa 433  Q
    |||    
T  16349654 gaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 194 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 7529097 - 7528839
Alignment:
Q  194 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 293  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| | ||| || |||||||||    
T  7529097 ggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataagcacggcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttc 7528998  T
Q  294 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 393  Q
    || |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |  | ||| || || || || ||||||||||    
T  7528997 ttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcac 7528898  T
Q  394 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7528897 gctcagccttaagtttgtcaagaacccatgcatacttgaatgaacgcttgttcatctca 7528839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 194 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 7519726 - 7519468
Alignment:
Q  194 ggtctgaccattcttacaaaaaccagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttc 293  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| ||||| | ||| | ||| || |||||||||    
T  7519726 ggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttc 7519627  T
Q  294 ttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcac 393  Q
    || |||||||| |  |||||||| ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| ||||| | || ||| ||||| || || ||||||||||    
T  7519626 ttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaatggtaattcctctttcac 7519527  T
Q  394 gctcggccttgagcttgtcaagcacccaagcatacttgaatgaacgcctgttcatctca 452  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || | | |||||||||||    
T  7519526 gctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaaagacctcttgttcatctca 7519468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University