View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0947_low_81 (Length: 251)

Name: NF0947_low_81
Description: NF0947
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0947_low_81
NF0947_low_81
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-249)||(22530079-22530340)
chr7 (1-235)||(11509718-11509965)
chr7 (2-235)||(18148707-18148952)
chr7 (3-238)||(21860525-21860758)
chr7 (59-235)||(34705816-34706006)
chr7 (47-123)||(13694198-13694274)
chr7 (77-167)||(3377729-3377820)
chr7 (101-179)||(21501013-21501092)
chr7 (105-161)||(6019275-6019331)
chr7 (108-156)||(13386703-13386750)
chr7 (108-156)||(19193977-19194024)
chr7 (110-161)||(21498551-21498603)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (5-247)||(25127248-25127503)
chr4 (1-235)||(23972828-23973075)
chr4 (2-235)||(11150310-11150555)
chr4 (3-235)||(15703426-15703671)
chr4 (1-235)||(14644606-14644853)
chr4 (3-247)||(4529775-4530030)
chr4 (91-247)||(19612887-19613056)
chr4 (17-110)||(18875051-18875144)
chr4 (82-129)||(20770656-20770703)
chr4 (169-231)||(9565011-9565072)
chr4 (114-180)||(12385316-12385382)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (3-235)||(39437040-39437285)
chr5 (94-247)||(29496978-29497130)
chr5 (176-247)||(889833-889904)
chr5 (108-156)||(27273153-27273200)
chr5 (108-155)||(19049409-19049455)
chr5 (132-179)||(28711226-28711273)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (3-235)||(3472884-3473129)
chr3 (1-235)||(18539192-18539441)
chr3 (93-221)||(15778307-15778435)
chr3 (2-129)||(39728853-39728980)
chr3 (91-231)||(3586041-3586194)
chr3 (47-129)||(3289492-3289574)
chr3 (51-129)||(18694762-18694840)
chr3 (51-129)||(18710281-18710359)
chr3 (17-100)||(19595725-19595809)
chr3 (169-235)||(39728179-39728245)
chr3 (169-235)||(3475805-3475872)
chr3 (125-178)||(39728248-39728300)
chr3 (186-247)||(18694578-18694636)
chr3 (186-247)||(18710097-18710155)
[»] scaffold0281 (1 HSPs)
scaffold0281 (3-247)||(564-821)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-238)||(9547620-9547869)
chr6 (51-235)||(19770112-19770308)
chr6 (3-179)||(19891695-19891869)
chr6 (85-238)||(22468810-22468982)
chr6 (169-231)||(19565137-19565199)
chr6 (109-179)||(12876105-12876176)
chr6 (91-129)||(19565278-19565316)
chr6 (107-159)||(17729507-17729559)
chr6 (185-229)||(17729608-17729652)
chr6 (141-229)||(28851654-28851742)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-180)||(9882230-9882409)
chr8 (1-238)||(40387496-40387747)
chr8 (51-235)||(42145384-42145581)
chr8 (96-223)||(1216744-1216883)
chr8 (169-235)||(9882411-9882478)
chr8 (185-237)||(17289764-17289817)
chr8 (91-129)||(17289632-17289670)
chr8 (86-147)||(24699277-24699337)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (3-235)||(52272638-52272883)
chr1 (91-249)||(23633227-23633398)
chr1 (51-235)||(12785026-12785229)
chr1 (91-247)||(9132478-9132647)
chr1 (91-247)||(41137958-41138127)
chr1 (53-129)||(89911-89987)
chr1 (95-153)||(19474418-19474476)
chr1 (84-129)||(18249888-18249933)
chr1 (51-96)||(18514938-18514983)
chr1 (186-238)||(90144-90196)
chr1 (190-247)||(18514728-18514784)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (4-235)||(106674-106917)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (1-235)||(172439-172686)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (91-235)||(38991701-38991846)
chr2 (8-121)||(34892182-34892295)
chr2 (91-235)||(16092412-16092570)
chr2 (91-235)||(20264657-20264813)
chr2 (91-223)||(22385814-22385944)
chr2 (5-129)||(32625542-32625666)
chr2 (51-123)||(20178639-20178711)
chr2 (103-180)||(27401737-27401814)
chr2 (86-159)||(30613270-30613342)
chr2 (169-247)||(27401657-27401735)
chr2 (101-179)||(19402779-19402858)
chr2 (86-161)||(19467084-19467160)
chr2 (185-229)||(22576703-22576747)
[»] scaffold0323 (1 HSPs)
scaffold0323 (84-231)||(15300-15460)
[»] scaffold0498 (2 HSPs)
scaffold0498 (1-129)||(12010-12138)
scaffold0498 (126-236)||(9784-9907)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (67-129)||(221831-221893)
scaffold0009 (176-231)||(221979-222033)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (91-180)||(66663-66752)
[»] scaffold0449 (1 HSPs)
scaffold0449 (136-180)||(385-429)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (91-129)||(22860-22898)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22530340 - 22530079
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22530340 cgtcattgaatattacatctttaaatagttgcacatcttaaaatatcacgtcttttaactacacatcttcagatagacctacaattatgtatgcaatgtc 22530241  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------aatcggattga 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||             ||||||| |||    
T  22530240 tctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccacatctttaaatcacatatttaaatcggactga 22530141  T
Q  188 ccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgacatc 249  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  22530140 ccatgaatgcttgaacatcacataatgactcaacaatgaacatctttatatgactcgacatc 22530079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11509965 - 11509718
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  11509965 cgtcattgaatatcacatctttaaataggtacacatcttaatatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagtcatacagttatgtatgcaatgtc 11509866  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctt------------taaatcggattgac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||            ||||||||| ||||    
T  11509865 tctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttattgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgac 11509766  T
Q  189 catgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  11509765 catgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaaatgcacatattta 11509718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18148952 - 18148707
Alignment:
Q  2 gtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtct 101  Q
    |||||||||||| | |||||||||||  | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  18148952 gtcattgaatatcacatctttaaatatgtacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacaattatgtatgcaatgtct 18148853  T
Q  102 ctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctt------------taaatcggattgacc 189  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            |||||| || |||||    
T  18148852 ctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttgaatatctgagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcagactgacc 18148753  T
Q  190 atgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18148752 atgaatgcatgaacaccaagtaatgactcgacaatgcacatcttta 18148707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21860758 - 21860525
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| || |||||  |  ||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |    
T  21860758 tcattgaatatcacgtctttaaatagttacacatatttaaatagtatatctttaaattacacatcttcaaatagacttgcaattatgtatgcaatgtccc 21860659  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaa 202  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || ||| |||||||||    
T  21860658 taactcgactatatatgaatgtgttactaattttggatatcagatgtatgttactga-ttatcccccatctttaaatcggactaacaatg-atgcatgaa 21860561  T
Q  203 catcaaataatgactcaacaatgcacatctttatat 238  Q
     | ||||||||| || || ||| |||||||||||||    
T  21860560 taccaaataatgccttaataatacacatctttatat 21860525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 59 - 235
Target Start/End: Original strand, 34705816 - 34706006
Alignment:
Q  59 ttacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactg 158  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34705816 ttacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctctaactcaactctatctgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactg 34705915  T
Q  159 atttatcc-------------cccatctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    ||| ||||             | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  34705916 attaatcctccatctttaaatcacatctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacaccaggtaatgactcaacaaatgcacatcttta 34706006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 123
Target Start/End: Original strand, 13694198 - 13694274
Alignment:
Q  47 cacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatg 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13694198 cacgtcttttaatcacacatcttcaaatagacttgcaaatatgtatgcaatgtccctaactcgattctatatgcatg 13694274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 167
Target Start/End: Original strand, 3377729 - 3377820
Alignment:
Q  77 acttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactgg-ttttggatatcagagttatgttactgatttatccc 167  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | ||||| || |||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||    
T  3377729 acttgcagatatgtatgcaatgtacctaactcgactctatacgcacgcggtaccggtttttggatatcatagttatattattgattaatccc 3377820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 101 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 21501092 - 21501013
Alignment:
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggta-ctggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaat 179  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| || |||||||||||| |||| ||||  |||||||||||    
T  21501092 tctaattcgactctatatgcatgtggtaccaagttttagatgtcggagttatgttaccgattgatccttcatctttaaat 21501013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 6019331 - 6019275
Alignment:
Q  105 actcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatt 161  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||||| ||||    
T  6019331 actcgattctatatgcatgtggtaccatttttggatgtcggagttatgttaccgatt 6019275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 156
Target Start/End: Original strand, 13386703 - 13386750
Alignment:
Q  108 cgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttac 156  Q
    ||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13386703 cgactttatatgcttgtggtaccg-ttttggatatcagagttatgttac 13386750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19194024 - 19193977
Alignment:
Q  108 cgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttac 156  Q
    |||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  19194024 cgactctatacgcatgtggtacca-ttttggatatcagagttatgttac 19193977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 161
Target Start/End: Original strand, 21498551 - 21498603
Alignment:
Q  110 actctatatgcatgtggtact-ggttttggatatcagagttatgttactgatt 161  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  21498551 actctatatgcacgtggtaccaggttttagatgtcagagttatgttactgatt 21498603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25127503 - 25127248
Alignment:
Q  5 attgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctcta 104  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25127503 attgaatatcacatctttaaatagttacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctcta 25127404  T
Q  105 actcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------aatcggattgaccat 191  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||| |||||||    
T  25127403 actcgactcaatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcacatctttaaatcggactgaccat 25127304  T
Q  192 gaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  25127303 gaatgcatgaacatcatgtaatgactcgacaatgcacatctttatatgactcgaca 25127248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 23972828 - 23973075
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  23972828 cgtcattgaatatcacatctttaaataggtacacatcttaaaatatcacatcttttaatcacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtc 23972927  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc-------------catctttaaatcggattga 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||             ||||||||||||||| |||    
T  23972928 tctaactcgactctatatgcatgtggtaccagttttggatatcagagttatgttactgaattatcccccatctttaaatcacatctttaaatcggactga 23973027  T
Q  188 ccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23973028 ccatgaatgcatgaacaccaaataatgactcgacaatgcacatcttta 23973075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 235
Target Start/End: Original strand, 11150310 - 11150555
Alignment:
Q  2 gtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtct 101  Q
    |||||||||||| | || ||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11150310 gtcattgaatatcacatatttaaataggtacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtct 11150409  T
Q  102 ctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgacc 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| |||||    
T  11150410 ctaactcgactctatatgcatgttgtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgacc 11150509  T
Q  190 atgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11150510 atgaatgcatgaacaccaagtaatgactcgacaatgctcatcttta 11150555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 15703426 - 15703671
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15703426 tcattgaatatcacatctttaaataggtacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacaattatgtatgcaatgtctc 15703525  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgacca 190  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||    
T  15703526 taactcgactctatatacatgtggtaccgattttagatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgacca 15703625  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  15703626 tgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaaatgcacatcttta 15703671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 14644606 - 14644853
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||| || | ||||||||| ||||||    
T  14644606 cgtcattgagtatcacatctttaaatagttacatatcgtaaaatatcacatcttttaattacaccttttcaaatagacctataattatgtatgtaatgtc 14644705  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||    
T  14644706 tctaactcgactctatatgcatgtgatatcggttttggatatcatagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgac 14644805  T
Q  189 catgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14644806 catgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaaatgcacatcttta 14644853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 3 - 247
Target Start/End: Original strand, 4529775 - 4530030
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |  |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4529775 tcattgaatatcacatctttaaatagttacatatttttaaataacaaattatttaattacacatcttcaaatagacttgtagttatgtatgcaatgtctc 4529874  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc-----------catctttaaatcggattgaccat 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||           ||| |||||||| || |||||||    
T  4529875 taactcggctctatatgcatgtggtaacatttttggatatcagaggtatgttactgatttatccccatcttaaatcacatatttaaatcagactgaccat 4529974  T
Q  192 gaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||| ||| | | ||||||||||||||| || || ||||||| | ||||||    
T  4529975 gaatgcatggacaccgagtaatgactcaacaatacatatttttatatgactcgaca 4530030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 91 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 19613056 - 19612887
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------a 177  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||             |    
T  19613056 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtactggtttcggatatcagagttatgttactgattaatcctccatctttaaatcacatctttaa 19612957  T
Q  178 atcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  19612956 atcggactgaccatgaatgcatgaacatcaatgaatgactcaacaatgcacatctttctatgactcgaca 19612887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 110
Target Start/End: Original strand, 18875051 - 18875144
Alignment:
Q  17 atctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcga 110  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||| |  || |||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  18875051 atctttaaatagttacacatctttaaaaagaacatcttttaattacacatattcatatagacttgcaattatgtatgcaatgtccctaactcga 18875144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 129
Target Start/End: Original strand, 20770656 - 20770703
Alignment:
Q  82 cagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20770656 cagttatgtatgcgatgtacctaactcgactctatatgcatgtggtac 20770703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 9565072 - 9565011
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatc 231  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||    
T  9565072 catcgttaaataggactgaccatgaatgcatgaaca-cagttaaagactcaacaatgcacatc 9565011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 12385382 - 12385316
Alignment:
Q  114 tatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc 180  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||| || |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  12385382 tatatgcatgtggtattaattttggatgtctgagtaatgttaccgagttatcccccatcttcaaatc 12385316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 39437285 - 39437040
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39437285 tcattgaatatcgtatctttaaatagttacacattttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacatgcagttatgtatgcaatgtctc 39437186  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcc------------cccatctttaaatcggattgacca 190  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||            | ||||||||||||||| ||||||    
T  39437185 taactcgactttatatgcatgtggtaccggttttggatattagagttatattactgatttatcccacatctttaaacacatctttaaatcggactgacca 39437086  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39437085 tgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaaatgcacatcttta 39437040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 94 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 29497130 - 29496978
Alignment:
Q  94 caatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgaccatga 193  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  || |||||||||    
T  29497130 caatgtcgctaactcgactatatatgcatgtggtaccagttttgtatatcagaggtatgttactgatttatcccg-atctttaaattagactgaccatga 29497032  T
Q  194 atgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  29497031 atgcatgaacaccaagtaatgactcaacaatgcacatctttatatgactcgaca 29496978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 889904 - 889833
Alignment:
Q  176 aaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  889904 aaataggactgaccatgaatgcatgaacaccaagtaatgacttgacaatacacatctttatatgactcgaca 889833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 156
Target Start/End: Original strand, 27273153 - 27273200
Alignment:
Q  108 cgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttac 156  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  27273153 cgactctatatgcatgtggtac-cgttttggatatcggagttatgttac 27273200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 155
Target Start/End: Original strand, 19049409 - 19049455
Alignment:
Q  108 cgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgtta 155  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  19049409 cgactctatatgcatgtggtac-cgttttggatatcggagttatgtta 19049455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 28711273 - 28711226
Alignment:
Q  132 gttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaat 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  28711273 gttttggatatcagagatatgttactgatttatcctcaatcattaaat 28711226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3473129 - 3472884
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3473129 tcattgaatatcacatctttaaataggtacacatcttaaaatatcacatcttttaattacatatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctc 3473030  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctt------------taaatcggattgacca 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||| ||||||    
T  3473029 taactcgactctatatgcatgttgtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgacca 3472930  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3472929 tgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaaatgcacatcttta 3472884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18539441 - 18539192
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaa-tagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgt 99  Q
    |||||||||||||   ||||||||| ||||| || || ||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  18539441 cgtcattgaatatcgcatctttaaaatagttacagatcttaaagtattacatcttttaattacacatcttcaaatatacctacagttatgtatgcaatgt 18539342  T
Q  100 ctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------aatcggattg 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||             ||||||| ||    
T  18539341 ctctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggattttagagttatcttactgatttatctcccatctttaaatcacatatttaaatcggactg 18539242  T
Q  187 accatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  18539241 aacatgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaaatgcacatcttta 18539192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 93 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15778435 - 15778307
Alignment:
Q  93 gcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgaccatg 192  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  15778435 gcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtactgattttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggaccgaccatg 15778336  T
Q  193 aatgcatgaacatcaaataatgactcaac 221  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  15778335 aatgcatgaacaccaagtaatgactcaac 15778307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 39728980 - 39728853
Alignment:
Q  2 gtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtct 101  Q
    |||||||||||| | |||||||||||  | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  39728980 gtcattgaatatcacatctttaaatacgtacacatcttaaaatatcacttcttttaattacacatcttcaaatagacctacaattatgtatgcaatgtct 39728881  T
Q  102 ctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39728880 ctaactcgactctatatgcatgtggtac 39728853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 91 - 231
Target Start/End: Original strand, 3586041 - 3586194
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatc------------ccccatctttaaa 178  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||             | ||||||||||    
T  3586041 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtagtaccgattttggatatcagagttatgttactgattaatctcgcatctttaaacacatctttaaa 3586140  T
Q  179 tcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatc 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  3586141 tcggactgaccatgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaaatgcacatc 3586194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 129
Target Start/End: Original strand, 3289492 - 3289574
Alignment:
Q  47 cacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3289492 cacgtctttaaatcacacatcttcaaatagacttgtagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 3289574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 18694840 - 18694762
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18694840 tcttttaattacacatctttaagtagacttgcagttatgtatgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtac 18694762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 18710359 - 18710281
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18710359 tcttttaattacacatctttaagtagacttgcagttatgtatgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtac 18710281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 100
Target Start/End: Original strand, 19595725 - 19595809
Alignment:
Q  17 atctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttc-agatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19595725 atctttaaatagttatacatttttaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaaatagacttgcagttatgtatgcaatgtc 19595809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 39728245 - 39728179
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  39728245 catctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacaccaagtaatgtctcgacaatgcacatcttta 39728179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Original strand, 3475805 - 3475872
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3475805 catctttaaatcggactgaccaagaatgcatgaacaacaactaatgactcaacaaatgcacatcttta 3475872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 39728300 - 39728248
Alignment:
Q  125 ggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaa 178  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  39728300 ggtaccggttttggatatcagagttatg-aactggtttatcccccatctttaaa 39728248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18694636 - 18694578
Alignment:
Q  186 gaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    |||||||||||||||||||   || |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18694636 gaccatgaatgcatgaaca---aaaaatgactcgacaatgcacatctttatatgactcgaca 18694578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18710155 - 18710097
Alignment:
Q  186 gaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    |||||||||||||||||||   || |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18710155 gaccatgaatgcatgaaca---aaaaatgactcgacaatgcacatctttatatgactcgaca 18710097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0281 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0281
Description:

Target: scaffold0281; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 3 - 247
Target Start/End: Original strand, 564 - 821
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  564 tcattgaatatcacatctttaaatatttacacatcttaaaatatcacatcttttaattatgcatcttcaaatagacctgcagttatgtatgcaatgtctc 663  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc-------------catctttaaatcggattgacc 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||             ||||||||||||||| |||||    
T  664 taactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagatatgttactgatttatcccccatctttaaatcacatctttaaatcggactgacc 763  T
Q  190 atgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  764 atgaatgcatgaacaccaagtaatgactcgacaatgcacatctttatatgactcgaca 821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 9547620 - 9547869
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  9547620 cgtcattgaatatcacatctttaaatagtcacacatcttgaaacatcacatcttataattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtc 9547719  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgac 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||            ||||||||||||| | ||||    
T  9547720 tctaactcgactctacatgcatgtggtaccggttttggatatcaaagttatgttactgatttatccccatctttaaatcacatctttaaatcgaactgac 9547819  T
Q  189 catgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatat 238  Q
    |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9547820 catgcatgcatgtacatcaaatactgactcaacaatgcacatctttatat 9547869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 51 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 19770308 - 19770112
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagtta 150  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19770308 tcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagtta 19770209  T
Q  151 tgttactgatttatcccccatctt------------taaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||            ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19770208 tgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacaccaagtaatgactcgacaatgcacatcttta 19770112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 3 - 179
Target Start/End: Original strand, 19891695 - 19891869
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  19891695 tcattgaatatcacatctttaaataggtacacatcttaaaatatcacatctttaaattacacatcttcaaatagacctacacttatgtatgcaatgtctc 19891794  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaat 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19891795 taactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatat--gagttatgttactgatttataccccatctttaaat 19891869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 238
Target Start/End: Original strand, 22468810 - 22468982
Alignment:
Q  85 ttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc---------------- 168  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||                    
T  22468810 ttatgtatgcaatgttcctaactcgactctatatgcatgtagtacatattttggatatcagaggtgtgttactgatttatccccatctttaaatcttaaa 22468909  T
Q  169 ---catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatat 238  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  22468910 ttacatctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacaccaagtaataactgaacaatgcacatccttatat 22468982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19565199 - 19565137
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatc 231  Q
    |||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  19565199 catcgttaaataggactgagcatgaatgcatgaacaccaagtaatgactcaacaatgcacatc 19565137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 12876176 - 12876105
Alignment:
Q  109 gactctatatgcatgtggtactg-gttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaat 179  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  12876176 gactctatatgtatgtggtaccatgttttggatgtcagagttatgttaccgagtaatcccccatctttaaat 12876105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 91 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 19565316 - 19565278
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19565316 atgcaatgtctctaactcgaatctatatgcatgtggtac 19565278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 159
Target Start/End: Original strand, 17729507 - 17729559
Alignment:
Q  107 tcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactga 159  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||||    
T  17729507 tcgactatatatgcatgtggtaccgtttttggatatcataggtatgtttctga 17729559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 229
Target Start/End: Original strand, 17729608 - 17729652
Alignment:
Q  185 tgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcaca 229  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||    
T  17729608 tgaccatgaatgcatgaatatcatatcatgactcgacaatgcaca 17729652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 229
Target Start/End: Original strand, 28851654 - 28851742
Alignment:
Q  141 atcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcaca 229  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| || | | |||| ||| |||||||||||||||  ||| ||| ||  ||||| ||||||||||    
T  28851654 atcagaggtatgttactgattaatcccacaacgtcaaataggactgaccatgaatgcatcgacaccaagtatagactcgacaatgcaca 28851742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Original strand, 9882230 - 9882409
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| | ||  |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  9882230 cgtcattgaatatcacatctttaaacacttaaacatcttaaaatatcacatcatttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtc 9882329  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9882330 tctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactgattaatcccccatctttaaatc 9882409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 40387496 - 40387747
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  40387496 cgtcattgaatatcacatctttaaatagttacacatcttaaattatcagatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtt 40387595  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgac 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| | ||    
T  40387596 tctaactcgactctatatgcatgtggtaccagttttggatattagagttatgttactgatttatccccatctttaaatcacatctttaaatcggacttac 40387695  T
Q  189 catgaatgcatga--acatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatat 238  Q
    |||||||||||||  ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40387696 catgaatgcatgaacacaccaagtaatgactcgacaatgcacatctttatat 40387747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 51 - 235
Target Start/End: Original strand, 42145384 - 42145581
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagtta 150  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  42145384 tcttttaatcacacatattcaaatagatttgtagttatatatgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtactgattttggatatcaaaggta 42145483  T
Q  151 tgttactgatttatcccccatct-------------ttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||             |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  42145484 tgttactgatttatctcccatctttaaatcacatcattaaatcggactgaccaagaatgcatgaacaccaagtaatgactcaataatgcacatcttta 42145581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 96 - 223
Target Start/End: Original strand, 1216744 - 1216883
Alignment:
Q  96 atgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatc------------tttaaatcgga 183  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||            |||||||||||    
T  1216744 atgtccctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagaattatcttattgatttatcccccatctttaaacacatgtttaaatcgga 1216843  T
Q  184 ttgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaa 223  Q
     | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1216844 ctaaccatgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaa 1216883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Original strand, 9882411 - 9882478
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||    
T  9882411 catctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacaccaagtaatgacttaccaaatgcacatcttta 9882478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 237
Target Start/End: Original strand, 17289764 - 17289817
Alignment:
Q  185 tgaccatgaatgcatgaacatcaaa-taatgactcaacaatgcacatctttata 237  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17289764 tgaccatgaatgcatgaacaccaaactaatgactcgacaatgcacatctttata 17289817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 91 - 129
Target Start/End: Original strand, 17289632 - 17289670
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17289632 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtac 17289670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 86 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 24699337 - 24699277
Alignment:
Q  86 tatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagag 147  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||   |||||||||||||||    
T  24699337 tatgtatgcaatgt-tctaactcgactttatatacatgtgataccatttttggatatcagag 24699277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 52272638 - 52272883
Alignment:
Q  3 tcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctc 102  Q
    |||||||||||   ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||| |||||||||||||||    
T  52272638 tcattgaatatcgcatctttaaatatttacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagaactgcagttgtgtatgcaatgtctc 52272737  T
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcc------------cccatctttaaatcggattgacca 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||            | ||||||||||||||| ||||||    
T  52272738 taactcgactctatatgcatgtggtatcggttttggatatcatagttatgttactgatttatcccacatctttaaacacatctttaaatcggactgacca 52272837  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52272838 tgaatgcatgaacactaaataatgactcaacaaatgcacatcttta 52272883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 91 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23633398 - 23633227
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------a 177  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |    
T  23633398 atgcaatgtcactaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcacatctttaa 23633299  T
Q  178 atcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgacatc 249  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  23633298 atcggactgaccatgaattcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatatgactcgacatc 23633227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 235
Target Start/End: Original strand, 12785026 - 12785229
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttg-------gatatc 143  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||    
T  12785026 tcttttaattacacatcttcaaatagacctacaattatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagatatc 12785125  T
Q  144 agagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatc 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||    
T  12785126 agagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacactaagtaatgactcgacaatgcacatc 12785225  T
Q  232 ttta 235  Q
    ||||    
T  12785226 ttta 12785229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 91 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9132647 - 9132478
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatcttta-------------a 177  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||             |    
T  9132647 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagaggtatgttactgatttatcccccatctttaaatcacatctttaa 9132548  T
Q  178 atcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    |||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9132547 atcggactaactatgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaatgcacatctttatatgactcgaca 9132478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 91 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41138127 - 41137958
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctt------------taaa 178  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||    
T  41138127 atgcaatgtccttaacttgactctatatgcatgtggtaccagttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaa 41138028  T
Q  179 tcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  41138027 tcggactgaccatgaatgcatgaacacaaaataatgactcaacaaatgcacatctttatatgactcgaca 41137958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 129
Target Start/End: Original strand, 89911 - 89987
Alignment:
Q  53 ttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||||||||||||  || |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  89911 ttttaattacacatcttcaagtaaacttgcagtaatgtatgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtagtac 89987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 19474476 - 19474418
Alignment:
Q  95 aatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgt 153  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||    
T  19474476 aatgtccctaacttgactctatatgcatgtggtaccgtttttgaatatcagaggtatgt 19474418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 18249933 - 18249888
Alignment:
Q  84 gttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  18249933 gttatgtatgtaatgtccttaactcgactctatatgcatgtggtac 18249888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 18514983 - 18514938
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaa 96  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  18514983 tcttttaattacacatcttcaagtagacttgcagttatgtatgcaa 18514938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 238
Target Start/End: Original strand, 90144 - 90196
Alignment:
Q  186 gaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatat 238  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  90144 gaccatgaatgcatgaacacaaagtaatgactcgacaaagcacatctttatat 90196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 190 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18514784 - 18514728
Alignment:
Q  190 atgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18514784 atgaatgcatgaaca-caaagtatgactcgacaatgcacatctttatatgactcgaca 18514728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 106674 - 106917
Alignment:
Q  4 cattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctct 103  Q
    |||||||||| | ||||| ||||| || ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  106674 cattgaatatcacatcttaaaataattacacttcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctct 106773  T
Q  104 aactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaatcggattgaccat 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||            |||||||||||| |  |||| ||    
T  106774 aactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttattcccgtctttaaatcacatctttaaatcagtctgactat 106873  T
Q  192 gaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||    
T  106874 gaatgcatgaacctcaacaaatgactcgacaatgcatatcttta 106917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 172686 - 172439
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||| || | ||||||||| ||||||    
T  172686 cgtcattgagtatcacatctttaaatagttacatatcgtaaaatatcacatcttttaattacaccttttcaaatagacctataattatgtatgtaatgtc 172587  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctt------------taaatcggattgac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||| ||||    
T  172586 tctaactcgactctatatgcatgtgatatcggttttggatatcatagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacatctttaaatcggactgac 172487  T
Q  189 catgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  172486 catgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaaatgcacatcttta 172439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 91 - 235
Target Start/End: Original strand, 38991701 - 38991846
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgacca 190  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  38991701 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtaccggttttggatatcagaggtatgttactgatttatcctccatctttaaatcagaatgacca 38991800  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||    
T  38991801 tgaatgcatgaacatcaagtaatgactcgacaaatacacatcttta 38991846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 121
Target Start/End: Original strand, 34892182 - 34892295
Alignment:
Q  8 gaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaact 107  Q
    |||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34892182 gaatatcacatctttaaataggtacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtctctaact 34892281  T
Q  108 cgactctatatgca 121  Q
    ||||||||||||||    
T  34892282 cgactctatatgca 34892295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 91 - 235
Target Start/End: Original strand, 16092412 - 16092570
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc-------------catctttaa 177  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||    
T  16092412 atgcaatgtccctaactcgactatatatgtatgtggtaccggttttgaatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcacatctttaa 16092511  T
Q  178 atcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16092512 atcggactgatcatgaatgcatgaacaccaaataatgactcaacaaatgcacatcttta 16092570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 91 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 20264813 - 20264657
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------catctttaaa 178  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||    
T  20264813 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcatgtggtacttgttttgaacatcagagttatgttactgatttatcccccagctttaaacacatctttaaa 20264714  T
Q  179 tcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatcttta 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  20264713 tcggactgaccatgaatgcatgaaca-caagtaatgactcgacgaatgcacatcttta 20264657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 91 - 223
Target Start/End: Original strand, 22385814 - 22385944
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcggattgacca 190  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||    
T  22385814 atgcaatgtttcaaactcgactctata--catgtgataccggttatggatatcagaggtatgttactgatttatcctccatctttaaatcagactcacca 22385911  T
Q  191 tgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaa 223  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  22385912 tgaatgcatgaacaccaaataataactcgacaa 22385944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 32625666 - 32625542
Alignment:
Q  5 attgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctcta 104  Q
    ||||||||| | ||||||||||| || ||| | || ||||  ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  32625666 attgaatatcacatctttaaataattacacgtctttaaattacacatcttttaattacacatcttcaagtagacttgcagttatgtatgcaatgtcccta 32625567  T
Q  105 actcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32625566 actcgactctatatgcatgtggtac 32625542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 123
Target Start/End: Original strand, 20178639 - 20178711
Alignment:
Q  51 tcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatg 123  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20178639 tcttttaatcacacatcttcaaattgacatgcaattatgtatgcaatgtccctaactcgactctatatgcatg 20178711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 27401814 - 27401737
Alignment:
Q  103 taactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc 180  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||| |||| | ||||| ||| |||||||||||||||    
T  27401814 taactcgactctatatgcttgtgataccgattttggatatcagaggtatgctcctgatgtattccccatctttaaatc 27401737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 86 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 30613342 - 30613270
Alignment:
Q  86 tatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactga 159  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30613342 tatgtatgcaatgt-tctaactcgactttatatgcatgtggtaccttttttggatatcagaggtatgtttctga 30613270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27401735 - 27401657
Alignment:
Q  169 catctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatctttatattattcgaca 247  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||  || ||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  27401735 catctttaaatcggactgatcatgaatacatgaacactaagtaacgactcaacaatgtacatctttatatgactcgaca 27401657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 101 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 19402858 - 19402779
Alignment:
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtactg-gttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaat 179  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||| |  ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  19402858 tctaattcgactgtatatgcacgtggtattaagttttggatgtcggagttatgttactgattgatccttcatctttaaat 19402779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 19467160 - 19467084
Alignment:
Q  86 tatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggta-ctggttttggatatcagagttatgttactgatt 161  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||| || |||||||||||| |   ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  19467160 tatgtatgcaatgtacctaactcaactgtacatgcatgtggtaccaatttttggatatcagaggtatggtactgatt 19467084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 229
Target Start/End: Original strand, 22576703 - 22576747
Alignment:
Q  185 tgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcaca 229  Q
    |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  22576703 tgactatgaatgcatgaacttcaagtaaggactcaacaatgcaca 22576747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0323 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0323
Description:

Target: scaffold0323; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 15300 - 15460
Alignment:
Q  84 gttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccc------------cat 171  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||    
T  15300 gttatgtaagcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtagtaccggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaacacat 15399  T
Q  172 ctttaaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaac-aatgcacatc 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15400 ctttaaatcggactgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaaatgcacatc 15460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0498 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0498
Description:

Target: scaffold0498; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 12010 - 12138
Alignment:
Q  1 cgtcattgaatattatatctttaaatagttgcacattttaaaatatcacgtcttttaattacacatcttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtc 100  Q
    |||||||||||   | ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  12010 cgtcattgaatgacacatccttaaatagttacacatcttaaaatatcacatcttttaattacacatcttcaaatagacctacagttatgtatgcaatgtc 12109  T
Q  101 tctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12110 tctaactcgactctatatgcatgtggtac 12138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0498; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 126 - 236
Target Start/End: Original strand, 9784 - 9907
Alignment:
Q  126 gtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc-------------ggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataa 212  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  9784 gtaccggttttgaatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatcatatctttagatcggaccgaccatgaatgcatgaacatcaattaa 9883  T
Q  213 tgactcaacaatgcacatctttat 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9884 tgactcaacaatgcacatctttat 9907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 129
Target Start/End: Original strand, 221831 - 221893
Alignment:
Q  67 cttcagatagacttacagttatgtatgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  221831 cttcaaatatacttgcagttatgtatgcaatgtcactaactcgactctatatgcatgtggtac 221893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 176 - 231
Target Start/End: Original strand, 221979 - 222033
Alignment:
Q  176 aaatcggattgaccatgaatgcatgaacatcaaataatgactcaacaatgcacatc 231  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  221979 aaataggactgaccatgaatgcatgaaca-caagtaaagactcaacaatgcacatc 222033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 66752 - 66663
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatg--catgtggtactggttttggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc 180  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||   ||||||||||||||    
T  66752 atgcaatgtccctaactcgactctatatgcacatgtcgtaccggttttggatatcagaggtatgttgttgattta--acccatctttaaatc 66663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0449 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0449
Description:

Target: scaffold0449; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 136 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 429 - 385
Alignment:
Q  136 tggatatcagagttatgttactgatttatcccccatctttaaatc 180  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  429 tggatatcaaagttatgttactgatttatcctccatctttaaatc 385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 129
Target Start/End: Original strand, 22860 - 22898
Alignment:
Q  91 atgcaatgtctctaactcgactctatatgcatgtggtac 129  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22860 atgcgatgcctctaactcgactctatatgcatgtggtac 22898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University