View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0950_low_19 (Length: 387)

Name: NF0950_low_19
Description: NF0950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0950_low_19
NF0950_low_19
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-210)||(9668634-9668832)
chr2 (12-203)||(11234107-11234298)
chr2 (57-188)||(10598043-10598174)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (12-210)||(49264592-49264790)
chr1 (12-210)||(39430592-39430789)
chr1 (12-203)||(20795989-20796180)
chr1 (12-203)||(17827621-17827812)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (12-210)||(13553812-13554010)
chr7 (12-203)||(31025131-31025322)
chr7 (39-202)||(47105265-47105428)
chr7 (13-203)||(19728808-19728998)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (12-194)||(13085869-13086051)
chr6 (30-99)||(33805205-33805274)
chr6 (30-100)||(4478412-4478482)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (62-203)||(43253403-43253544)
chr8 (13-203)||(24794078-24794268)
chr8 (32-203)||(11393996-11394167)
chr8 (12-60)||(43249420-43249468)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-193)||(42953123-42953303)
chr4 (21-99)||(4524263-4524341)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (13-163)||(21740152-21740302)
chr3 (67-194)||(10868052-10868179)
chr3 (13-81)||(14864094-14864162)
chr3 (76-134)||(14866262-14866320)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (13-203)||(19513094-19513284)
chr5 (30-99)||(35122352-35122421)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 9668634 - 9668832
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9668634 agagatggtgatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatggttctgatacgttgttttggtttcactggtggt 9668733  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagggtgtcgc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9668734 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaggttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgaggttgtcgc 9668832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 11234107 - 11234298
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11234107 agagatggtgatgctagagtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgagtgctggtactgatacgttgttttggtttcactggtggt 11234206  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  11234207 gtggaggggcgcctcttagagagcagtttcccaggttgtttgatttagctgtagacaaatatattattgtggctaacatgttgtccttgagg 11234298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 57 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 10598174 - 10598043
Alignment:
Q  57 gtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatt 156  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10598174 gtgcgtaggaaggtgggtgatggttctgatacgttgttttggtttcactggtggtgtggaggggcgccccttagagagcagtttcccaggttgttcgatt 10598075  T
Q  157 tagctgtagacaaatatactactgtggctaac 188  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10598074 tagctgtagacaaatatattactgttgctaac 10598043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 49264592 - 49264790
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  49264592 agagatggtgatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggttctgatacgctgttttggtttcactggtggt 49264691  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagggtgtcgc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49264692 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaggttgttcgatttagctgtagacaaatatactcctgtagctaacatgttgcccttgaggttgtcgc 49264790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 39430789 - 39430592
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  39430789 agagatggtgatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggttctgatacgttgttt-ggttccactggtggt 39430691  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagggtgtcgc 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39430690 gtggaggggcgccccttagagagcagtttcccaggttgtttgatttagctgtagacaaatatactactgtagctaacatgttgcccttgaggttgtcgc 39430592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20796180 - 20795989
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20796180 agagatggtgatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggttctgatacgttgttttggtttcactggtggt 20796081  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  20796080 gtggaggggcgccccttagagagcaatttcccaggttgttcgatttagttgtagacaaatatactattgtagctaacatgttgtccttgagg 20795989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17827812 - 17827621
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  17827812 agagatgatggtggtggagtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatgggactgatacgttgttttggtatcactggtggt 17827713  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  17827712 gtggaggggcgcctcttagaaagcagtttccgaggttgtttgatttagctgtagacaaatatattactgtggctaacatgttatccttgagg 17827621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 13553812 - 13554010
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13553812 agagatggtgatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggttttcatacgttgttttggtttcactggtggt 13553911  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagggtgtcgc 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  13553912 gtggaggggcgccccttagagagcagtttcccaggttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtagctaacatgctacccttgaggttgtcgc 13554010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 31025131 - 31025322
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  31025131 agagatggtgatggtggagtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggtactgatacgttgttttggtttcactggtgat 31025230  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31025231 gtggaggggcgcctcttagagagcagtttcccaggttgtttgatttagttgtagacaaatatattactgtggctaacatgttgtccttgagg 31025322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 39 - 202
Target Start/End: Original strand, 47105265 - 47105428
Alignment:
Q  39 agttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttagagagcagt 138  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47105265 agttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggttctgatacgttgttttggttccactggtggtgtggaggggcgccccttagagagcagt 47105364  T
Q  139 ttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgag 202  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47105365 ttcccaggttgtttgatttagctgtagacaaatatactactgtagctaacatgttgcccttgag 47105428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19728998 - 19728808
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtg 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  19728998 gagatggggatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaagaaggtgggtgatgggactgatacgttgttttggcatcactggtggtg 19728899  T
Q  113 tggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||||| ||||| |||||||||  |||||| | |||||| | |||||||||  |||||  || | |||| |||||||||||  ||||||||    
T  19728898 tggcggagcgcctcttagagagttgtttccgaggttgtttggtttagctgtgaacaaagttatttctgtagctaacatgttttccttgagg 19728808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 13086051 - 13085869
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggt 111  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13086051 agagatggtgatggtggagcagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatggtactgatacgttgttttggtttcattggtggt 13085952  T
Q  112 gtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttg 194  Q
    |||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  13085951 gtggaggggcgcctcttagagagctgtttcccaggttgtttgatttagctgtagacaaatatatttctatggctaacatgttg 13085869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 33805274 - 33805205
Alignment:
Q  30 gtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggt 99  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||    
T  33805274 gtagggggtggttggtttgccgatagtgtgcttaggaaggtgggggatggtgctgatacgttgttttggt 33805205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 4478482 - 4478412
Alignment:
Q  30 gtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtt 100  Q
    |||| |||| ||||||| || | |||||||| ||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  4478482 gtagagggtggttggttcggcggtagtgtgcttagaaaggtgggggatggtgctgatacattgttttggtt 4478412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 62 - 203
Target Start/End: Original strand, 43253403 - 43253544
Alignment:
Q  62 taggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagct 161  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  43253403 taggaaggtgggtgatggtactgatacgttgttttggtttcactggtgatgtggagaggcgcctcttagagagcagtttcccaggttgtttgatttagct 43253502  T
Q  162 gtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43253503 gtagaaaaatatattactgtggctaacatgttgtccttgagg 43253544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 24794268 - 24794078
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtg 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||   |||||||||||    
T  24794268 gagatggggatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggcgatgggaccgatacgttgttttggcagcactggtggtg 24794169  T
Q  113 tggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||| | ||||| |||||||||  |||||| | |||||| ||||||||| |  ||||| ||| | |||| |||||||||||  ||||||||    
T  24794168 tggccgagcgcctcttagagagttgtttccgaggttgtttgatttagctatgaacaaagatatttctgtagctaacatgttttccttgagg 24794078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 203
Target Start/End: Original strand, 11393996 - 11394167
Alignment:
Q  32 agggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttaga 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||   |||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  11393996 agggggtagttggtttggtgatagagtgcgtaggaaggtgggtgatgggactgatacgtggttttggcagcactagtggtgtggcagagcgcctcttaga 11394095  T
Q  132 gagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||  |||||| | |||||| |||||||||||  ||||| ||| | |||| |||||||||||  ||||||||    
T  11394096 gagttgtttccgaggttgtttgatttagctgtgaacaaagatatttctgtagctaacatgttttccttgagg 11394167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 60
Target Start/End: Original strand, 43249420 - 43249468
Alignment:
Q  12 agagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgc 60  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43249420 agagatggtgatggtggagtagggggtagttggtttggtgatagtgtgc 43249468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 193
Target Start/End: Original strand, 42953123 - 42953303
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtg 112  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||    
T  42953123 gagatggggatggcggagtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatgggactgatacgttgttttggcagcactggtggtg 42953222  T
Q  113 tggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgtt 193  Q
    ||| || | ||| |||||||||  |||||| | |||||| |||||||||||  ||||| ||| | |||| |||||||||||    
T  42953223 tggaggagtgcctcttagagagttgtttccgaggttgtttgatttagctgtgaacaaagatatttctgtagctaacatgtt 42953303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 99
Target Start/End: Original strand, 4524263 - 4524341
Alignment:
Q  21 gatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggt 99  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||||||| |||  | ||||||| ||||||||||    
T  4524263 gatggcggtgtagggggtagatggttcggtgctagtgtgagtaggaaggtgggggatatgactgatacgttgttttggt 4524341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 163
Target Start/End: Original strand, 21740152 - 21740302
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtg 112  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||   || ||||||||    
T  21740152 gagatggggatggcgatgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggtgatgagactggtacgttgttttggcagcattggtggtg 21740251  T
Q  113 tggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgt 163  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  21740252 tggaggggcgcctcttagagagcagtttccgaggttgtttgatttagctgt 21740302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 10868179 - 10868052
Alignment:
Q  67 aggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtaga 166  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||| |||| |    
T  10868179 aggtgggtgatgggactgatacgttgttttggtatcactggtggtgtgaaggggagccccttagagagcagttttcgaggttgtttgatttagttgtaaa 10868080  T
Q  167 caaatatactactgtggctaacatgttg 194  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  10868079 caaatatattactgtggctaacatgttg 10868052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 81
Target Start/End: Original strand, 14864094 - 14864162
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggt 81  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  14864094 gagatggggatggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtcggaaggtgggtgatgggt 14864162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Original strand, 14866262 - 14866320
Alignment:
Q  76 atgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtgtggcggggcgccccttagagag 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  14866262 atgggactgatacattgttttgacatcactggtggtgtggcgaagcgcctcttagagag 14866320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 203
Target Start/End: Original strand, 19513094 - 19513284
Alignment:
Q  13 gagatggtgatggtggggtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggtttcactggtggtg 112  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||   ||||||| |||    
T  19513094 gagatggggagggtggtgtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcgtaggaaggtgggcgatgggaatgatacgttgttttggcagcactggtagtg 19513193  T
Q  113 tggcggggcgccccttagagagcagtttcccaagttgttcgatttagctgtagacaaatatactactgtggctaacatgttgcccttgagg 203  Q
    |||||| ||||| |||||||||  |||| | | |||||| ||||||| |||  ||||| ||| | |||| |||||||||||  ||||||||    
T  19513194 tggcggagcgcctcttagagagttgttttcgaggttgtttgatttagttgtgaacaaagatatttctgtagctaacatgttttccttgagg 19513284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 99
Target Start/End: Original strand, 35122352 - 35122421
Alignment:
Q  30 gtagggggtagttggtttggtgatagtgtgcataggaaggtgggtgatgggtctgatacattgttttggt 99  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||    
T  35122352 gtagggggtggttggtttggggatagtgtgcttaggaaggtgggggatggtgctgatacgttgttttggt 35122421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University