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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0953_low_23 (Length: 470)
Name: NF0953_low_23
Description: NF0953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0953_low_23 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 24761012 - 24760594
Alignment:
| Q |
1 |
gctgaagtattaaaagaaggtattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgct |
100 |
Q |
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| T |
24761012 |
gctgaagtattaaaagaagctattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgct |
24760913 |
T |
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| Q |
101 |
accaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagataattattagtctaa |
200 |
Q |
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| T |
24760912 |
accaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaaattttagataattattagtctaa |
24760813 |
T |
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| Q |
201 |
tggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaaattt |
300 |
Q |
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| T |
24760812 |
tggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaaattt |
24760713 |
T |
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| Q |
301 |
agtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaacccaacaccaacattcaaaattatggtagtggttttgattttgtttctaaa |
400 |
Q |
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| T |
24760712 |
agtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaatccaacaccaacattcaaaattatggtagtggttttgattttgtttctaaa |
24760613 |
T |
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| Q |
401 |
acccctgcttcatcctatg |
419 |
Q |
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| T |
24760612 |
acccctgcttcatcctatg |
24760594 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 52128447 - 52128029
Alignment:
| Q |
1 |
gctgaagtattaaaagaaggtattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgct |
100 |
Q |
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| T |
52128447 |
gctgaagtattaaaagaagctattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgct |
52128348 |
T |
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| Q |
101 |
accaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagataattattagtctaa |
200 |
Q |
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| T |
52128347 |
accaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaaattttagataattattagtctaa |
52128248 |
T |
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| Q |
201 |
tggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaaattt |
300 |
Q |
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| T |
52128247 |
tggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaaattt |
52128148 |
T |
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| Q |
301 |
agtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaacccaacaccaacattcaaaattatggtagtggttttgattttgtttctaaa |
400 |
Q |
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| T |
52128147 |
agtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaatccaacaccaacattcaaaattatggtagtggttttgattttgtttctaaa |
52128048 |
T |
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| Q |
401 |
acccctgcttcatcctatg |
419 |
Q |
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| T |
52128047 |
acccctgcttcatcctatg |
52128029 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 4160101 - 4160451
Alignment:
| Q |
1 |
gctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgc |
99 |
Q |
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| T |
4160101 |
gctgaagtatttaaagaagctcattgatgtatgaaatgtggcaaatgagaagcaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgc |
4160200 |
T |
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| Q |
100 |
taccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagataa--ttattagtc |
197 |
Q |
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| T |
4160201 |
taccaaattaaatactatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcaaaaaaaatttagatagagttattagtc |
4160300 |
T |
|
| Q |
198 |
taatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaaa |
297 |
Q |
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| T |
4160301 |
taatggattttaaaaagtaagaatggtagaactaagaatccctcaagttctcattgtcattgagagaatatacaatatgttagtacaaaaaattaaaaaa |
4160400 |
T |
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| Q |
298 |
t-ttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaa |
349 |
Q |
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| T |
4160401 |
aatta--ataaagttattttaaaacccataatcagataacagagagtttaaaa |
4160451 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 50 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 1179369 - 1179283
Alignment:
| Q |
50 |
agtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctata |
136 |
Q |
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|
| T |
1179369 |
agtaggtgttctcagaatattatttgacccatggaatgtgatccaaatgctgccaaaataaattctgtgcatcccagcatacatata |
1179283 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 3004214 - 3003920
Alignment:
| Q |
1 |
gctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgc |
99 |
Q |
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| T |
3004214 |
gctgaagtattaaaagaagctcattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaggtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgc |
3004115 |
T |
|
| Q |
100 |
taccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagat--aattattagtc |
197 |
Q |
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| T |
3004114 |
taccaaattaaatactatgcatcccaacatatctttacacataaacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaaattttagatagagttattagtc |
3004015 |
T |
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| Q |
198 |
taatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaatttt |
292 |
Q |
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| T |
3004014 |
taatggattttaaaaagtaaaaatggcagaactaagaatccctcaagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacataaatttt |
3003920 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 54654261 - 54653973
Alignment:
| Q |
1 |
gctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgc |
99 |
Q |
| |
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| T |
54654261 |
gctgaagtattaaaagaagctcattgatgtatgaactctggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatcc------ |
54654168 |
T |
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| Q |
100 |
taccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagat--aattattagtc |
197 |
Q |
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|
| T |
54654167 |
----aaattaaatactatgcatcccaacatacctttacac--atacacaattttagatttgaaagaaacatcacaaaatttttagatagagttattagtc |
54654074 |
T |
|
| Q |
198 |
taatggattt-tcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataatatgttagtacaaaaattttaaaa |
296 |
Q |
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| T |
54654073 |
taatggatttaaaaaaaaaaaaaatgtcagaactaaaaatccctcaagttctcattgttatcgagagaatatataatatgttagtacataaattttaaaa |
54653974 |
T |
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Back To:
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