View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0960_high_14 (Length: 262)

Name: NF0960_high_14
Description: NF0960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0960_high_14
NF0960_high_14
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-233)||(10289460-10289693)
chr7 (1-233)||(48654508-48654741)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-233)||(7337363-7337597)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-233)||(32735572-32735806)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-233)||(13777379-13777612)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-233)||(21264870-21265103)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 10289460 - 10289693
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10289460 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatgtgt 10289559  T
Q  101 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289560 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaattataagttgcgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 10289659  T
Q  200 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289660 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 10289693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 48654508 - 48654741
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48654508 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcactccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatgtgt 48654607  T
Q  101 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 199  Q
    |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48654608 tgatagctatatgaaattcaaggaaaatattgacgaaaatgaattataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcgacatatat 48654707  T
Q  200 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48654708 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 48654741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 7337363 - 7337597
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7337363 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatgtgt 7337462  T
Q  101 tgatagctatatggggttccagg-aaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatata 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7337463 tgatagctatatggggttccaggaaaaatattgaagaaaatgaattataagttgtgaccaagatataagtcgatgggttggatatagatgtcggcatata 7337562  T
Q  199 tgtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7337563 tgtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 7337597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 32735572 - 32735806
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32735572 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatgtgt 32735671  T
Q  101 tgatagctatatggggttccagg-aaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatata 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32735672 tgatagctatatggggttccaggaaaaatattgaagaaaatgaattataagttgtgaccaagatataagtcgatgggttggatatagatgtcggcatata 32735771  T
Q  199 tgtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32735772 tgtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 32735806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 13777379 - 13777612
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  13777379 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccatgacaatggtaagaaaacatgattctcaaaagtgt 13777478  T
Q  101 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13777479 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaattataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 13777578  T
Q  200 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13777579 gcggtgtttgtggaaaattactataggtggaaaa 13777612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 21264870 - 21265103
Alignment:
Q  1 aaccacgtcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacggtaagaaaacatgattctcaaatttgt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  21264870 aaccacctcaaactcgatacacatcattcctcgctccactaactctcctcgactccaattggccaagacaacgataagaaaacatgattctcaaatgtgt 21264969  T
Q  101 tgatagctatatggggttccaggaaaatattgacgaaaatgaa-tataagttgtgaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 199  Q
    |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21264970 tgatagctatatgaaattcaaggaaaatattgacgaaaatgaattataagttgagaccaagataaaagtcgatgagttggatatagatgtcggcatatat 21265069  T
Q  200 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21265070 gtggtgtttgtggaaaattacaataggtggaaaa 21265103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University