View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0960_low_8 (Length: 450)

Name: NF0960_low_8
Description: NF0960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0960_low_8
NF0960_low_8
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (87-406)||(16994623-16994946)
chr5 (87-406)||(17017858-17018181)
chr5 (96-431)||(17048388-17048723)
chr5 (96-442)||(17042524-17042868)
chr5 (96-442)||(17036698-17037049)
chr5 (96-431)||(17031984-17032320)
chr5 (96-299)||(17025049-17025256)
chr5 (96-400)||(17002654-17002960)
chr5 (282-351)||(16988137-16988206)
chr5 (281-351)||(17017288-17017358)
chr5 (87-124)||(17082382-17082419)
chr5 (87-124)||(17097258-17097295)
chr5 (185-227)||(17017213-17017255)
chr5 (87-124)||(17079588-17079625)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 87 - 406
Target Start/End: Original strand, 16994623 - 16994946
Alignment:
Q  87 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatag----atattctcatgcatgaagc 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  16994623 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagc 16994722  T
Q  183 gttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttct 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16994723 gttcaaaggaactctaagagacaatcaacataaagctaataagctagatctgttagactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttct 16994822  T
Q  283 atatatagtacaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtc 382  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16994823 atatatattacaaatattgggttcaaagcacaaagatacttgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtc 16994922  T
Q  383 aggatgtttggcaataggaattgg 406  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  16994923 aggatgtttggcaaaaggaattgg 16994946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 87 - 406
Target Start/End: Original strand, 17017858 - 17018181
Alignment:
Q  87 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatag----atattctcatgcatgaagc 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  17017858 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagc 17017957  T
Q  183 gttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttct 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17017958 gttcaaaggaactctaagagacaatcaacataaagctaataagctagatctgttagactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttct 17018057  T
Q  283 atatatagtacaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtc 382  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17018058 atatatattacaaatattgggttcaaagcacaaagatacttgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtc 17018157  T
Q  383 aggatgtttggcaataggaattgg 406  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  17018158 aggatgtttggcaaaaggaattgg 17018181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 96 - 431
Target Start/End: Original strand, 17048388 - 17048723
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048388 ccaagagttcccccaaacacttcatagaagaaaagactatcttttctaatggatattagaccaaatagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaact 17048487  T
Q  196 ctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagtacaa 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048488 ctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctggttttgatagactagttttctgcgttggctaaatgatgcatagtataatgttctatatatagtacaa 17048587  T
Q  296 atattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtttggca 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048588 atattgggttcaaagtacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtttggca 17048687  T
Q  396 ataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaata 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048688 ataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaata 17048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 96 - 442
Target Start/End: Original strand, 17042524 - 17042868
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17042524 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaa-ctat-ttttctaatggattttagaccaaatagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaact 17042621  T
Q  196 ctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagtacaa 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17042622 ctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctggatctgatagacttgttttatgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagtacaa 17042721  T
Q  296 atattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtttggca 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17042722 atattgggttcaaagtacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaaaaatgaacatagtcaggatgtttggca 17042821  T
Q  396 ataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17042822 ataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttc 17042868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 96 - 442
Target Start/End: Original strand, 17036698 - 17037049
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattga--aaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaa 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || ||   |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17036698 ccaagagttcccccaaacacttcattgatgaagaa---ctatcttttctaatggatattagaccaaatacatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaa 17036794  T
Q  194 ctctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagtac 293  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17036795 ctctaagaaacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttagactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagtac 17036894  T
Q  294 aaatattgggttcaaagcacaaag------atacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggat 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17036895 aaatattgggttcaaagcacaaagatatatatacttgaaaatttttgtggccatttataaagttagtcagctatcattgaaaaatgaacatagtcaggat 17036994  T
Q  388 gtttggcaataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17036995 gtttggcaataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttc 17037049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 96 - 431
Target Start/End: Original strand, 17031984 - 17032320
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagata----ttctcatgcatgaagcgttcaaagg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||    |||||| | |||||||| |||| ||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  17031984 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaa-ctatctatcctaatggattttaaaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 17032082  T
Q  192 aactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagcta--gatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatag-tataatgttctatatat 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | || |||||  |||||  |  ||||| |||     ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17032083 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatgagctatagatctacttcactagcttg-----ttggctaaataatgcatagctatattgttctatatat 17032177  T
Q  289 agtacaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatg 388  Q
    |||| | |||| | |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17032178 agtaaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatg 17032277  T
Q  389 tttggcaataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaata 431  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  17032278 tttggccataggaattgggaatatcattctacgaaaccaaata 17032320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 96 - 299
Target Start/End: Original strand, 17025049 - 17025256
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatatt-ctcatgcatgaagcgttcaaaggaac 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17025049 ccaagagttcccccaaacacttcatagaagaaaatactatcttttctaatggattttaaaccaaagagatatttctcatgcatgaagcgttcaaaggaac 17025148  T
Q  195 tctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttgga--ctagtttgctgcgttggctaaataatgcata-gtataatgttctatatatagt 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  |  |||| ||||||| |||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17025149 tctaagagacaatcaacaaaaagcttatcagctagatctgattcatgctagcttgctgccttggttatattatgcataggtataatgttctatatatagt 17025248  T
Q  292 acaaatat 299  Q
    ||||||||    
T  17025249 acaaatat 17025256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 96 - 400
Target Start/End: Original strand, 17002654 - 17002960
Alignment:
Q  96 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatag----atattctcatgcatgaagcgttcaaagg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17002654 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaa-ctatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 17002752  T
Q  192 aactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttggactagtttgctgcgttggctaaataatgcatagtataatgttctatatatagt 291  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |  ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||  | |  |||||||||||||    
T  17002753 aactctaagagacaatcaacataaagctaatcagctagatctacttcactagcttgctgccttgactaaataatgcagag-ctgaaattctatatatagt 17002851  T
Q  292 acaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtga--aaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgt 389  Q
      | ||||||  ||||||| ||||||||||||||  | ||| ||||||| ||  ||||||||| | | | |||| |||| ||||||||||||||  ||||    
T  17002852 --atatattgtcttcaaagtacaaagatacgtgaatatattagtgtggcaatgcataaagttaattttccatcaatgaaaaatgaacatagtcataatgt 17002949  T
Q  390 ttggcaatagg 400  Q
    ||| |||||||    
T  17002950 ttgacaatagg 17002960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 282 - 351
Target Start/End: Original strand, 16988137 - 16988206
Alignment:
Q  282 tatatatagtacaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagtt 351  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  16988137 tatatatagtacatatattgtgttcaaagtacaaatatacgtgtaaatttgtgtggccatgtataaagtt 16988206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 281 - 351
Target Start/End: Original strand, 17017288 - 17017358
Alignment:
Q  281 ctatatatagtacaaatattgggttcaaagcacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagtt 351  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  17017288 ctatatatagtacagatattgtgttcaaagtacaaatatacgtgaaaatttgtgtggtcttgtataaagtt 17017358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 124
Target Start/End: Original strand, 17082382 - 17082419
Alignment:
Q  87 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaa 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17082382 gattcaattccaagagttcccccaaacacttcattgaa 17082419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 124
Target Start/End: Original strand, 17097258 - 17097295
Alignment:
Q  87 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaa 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17097258 gattcaattccaagagttcccccaaacacttcattgaa 17097295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 185 - 227
Target Start/End: Original strand, 17017213 - 17017255
Alignment:
Q  185 tcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagct 227  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  17017213 tcaaaggaactctaagagacaatgaataaaaagctaatcagct 17017255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 124
Target Start/End: Original strand, 17079588 - 17079625
Alignment:
Q  87 gattcaactccaagagttcccccaaacacttcattgaa 124  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17079588 gattcaattccaagagttcccccaaatacttcattgaa 17079625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University