View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0962_low_87 (Length: 219)

Name: NF0962_low_87
Description: NF0962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0962_low_87
NF0962_low_87
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-219)||(11279215-11279433)
chr7 (1-219)||(23759913-23760131)
chr7 (1-209)||(36222622-36222825)
chr7 (1-219)||(33312717-33312936)
chr7 (6-219)||(17863398-17863612)
chr7 (6-219)||(17866657-17866871)
chr7 (1-219)||(46846616-46846835)
chr7 (6-219)||(6966875-6967089)
chr7 (12-216)||(36843244-36843449)
chr7 (4-211)||(294590-294798)
chr7 (4-211)||(24783131-24783342)
chr7 (12-204)||(23107721-23107914)
chr7 (17-216)||(9765531-9765731)
chr7 (23-219)||(3862202-3862403)
chr7 (138-216)||(23313567-23313645)
chr7 (4-169)||(2719269-2719435)
chr7 (4-52)||(23313673-23313721)
chr7 (121-169)||(27796678-27796726)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-219)||(15532505-15532723)
chr5 (1-219)||(15542687-15542905)
chr5 (1-219)||(26712646-26712868)
chr5 (1-219)||(26982384-26982606)
chr5 (1-219)||(33574811-33575030)
chr5 (4-219)||(14616732-14616948)
chr5 (6-219)||(34405576-34405790)
chr5 (12-216)||(22159478-22159683)
chr5 (4-174)||(11989166-11989337)
chr5 (4-219)||(7650245-7650467)
chr5 (4-109)||(23993447-23993552)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-219)||(16294622-16294840)
chr2 (1-219)||(31528112-31528330)
chr2 (1-219)||(31626272-31626491)
chr2 (4-219)||(23673648-23673864)
chr2 (4-203)||(40017703-40017902)
chr2 (7-219)||(36326651-36326868)
chr2 (4-219)||(13709796-13710012)
chr2 (4-209)||(32576000-32576206)
chr2 (64-111)||(8426783-8426830)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-219)||(22626615-22626835)
chr3 (1-219)||(39563814-39564032)
chr3 (1-219)||(11138873-11139091)
chr3 (4-216)||(13979212-13979425)
chr3 (4-219)||(35366102-35366318)
chr3 (4-123)||(47411916-47412035)
chr3 (177-219)||(47412082-47412124)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (1-219)||(13017494-13017712)
chr6 (1-219)||(22247281-22247500)
chr6 (6-219)||(14790346-14790560)
chr6 (6-219)||(14795374-14795588)
chr6 (1-219)||(22221446-22221665)
chr6 (12-211)||(20527475-20527674)
chr6 (6-219)||(32704558-32704772)
chr6 (4-211)||(16883402-16883609)
chr6 (12-216)||(1838208-1838413)
chr6 (6-219)||(12983682-12983896)
chr6 (12-216)||(19664971-19665175)
chr6 (6-219)||(12980795-12981009)
chr6 (7-182)||(32427097-32427271)
chr6 (93-211)||(15538036-15538155)
chr6 (12-101)||(15534823-15534912)
chr6 (144-216)||(15534923-15534995)
chr6 (178-219)||(30978516-30978557)
chr6 (11-194)||(7769721-7769912)
chr6 (4-45)||(2330478-2330519)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-219)||(12171705-12171924)
chr4 (6-219)||(647507-647721)
chr4 (6-219)||(650779-650993)
chr4 (4-216)||(26060313-26060526)
chr4 (12-216)||(26063000-26063204)
chr4 (6-219)||(2541612-2541826)
chr4 (4-45)||(13978982-13979023)
chr4 (4-45)||(56089543-56089584)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (1-219)||(7296-7515)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (1-219)||(24487-24706)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (1-210)||(2414-2624)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (22-219)||(9606-9804)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (4-219)||(13492988-13493204)
chr1 (1-214)||(22104680-22104892)
chr1 (4-219)||(13495713-13495929)
chr1 (7-219)||(32506158-32506371)
chr1 (4-219)||(27282411-27282627)
chr1 (4-219)||(34066070-34066286)
chr1 (17-219)||(23990392-23990595)
chr1 (19-216)||(39545983-39546181)
chr1 (18-219)||(22453439-22453641)
chr1 (6-219)||(22456795-22457008)
chr1 (4-211)||(16190490-16190691)
chr1 (4-219)||(15297058-15297274)
chr1 (12-219)||(21152989-21153197)
chr1 (4-209)||(1936353-1936558)
chr1 (79-131)||(44650877-44650929)
chr1 (187-219)||(10764829-10764861)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (4-219)||(2907-3123)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (4-216)||(6117-6330)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (4-219)||(13096745-13096963)
chr8 (4-200)||(12575623-12575819)
chr8 (12-201)||(44008035-44008224)
chr8 (45-216)||(41779048-41779213)
chr8 (4-52)||(13331937-13331985)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (6-166)||(1-162)
[»] scaffold1657 (1 HSPs)
scaffold1657 (84-129)||(609-654)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (4-45)||(7086-7127)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 11279215 - 11279433
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11279215 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 11279314  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11279315 ttaggttatgacatagagattaacgttcattaatacctccaacggtttcagattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaatcctaggt 11279414  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  11279415 caagagattgggtagaatt 11279433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23760131 - 23759913
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23760131 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactccgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 23760032  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  23760031 ttaggttatgatatagggattaacgttcgttaatacctccaatggttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggg 23759932  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  23759931 caagagattgggtagaatt 23759913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 36222825 - 36222622
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  36222825 catattgatcatggaaattgaatgaccactaaccctcgcttttaactctgaactagctaatagatttaacctaagtaatcaagttagagatagatcatta 36222726  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     ||||||||||||||    
T  36222725 ttaggttatgacatagagattaacgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcact-----ggagaattctaggt 36222631  T
Q  201 caagagatt 209  Q
    |||||||||    
T  36222630 caagagatt 36222622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 33312717 - 33312936
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33312717 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctgacttttaactctgaactaggtaatatgtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 33312816  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||| || ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33312817 ttaggttatgacatatggattaacgttcttttaatacctccgccggtttcgaattcatttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 33312916  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||| ||||||| |||||||    
T  33312917 tcaaaagattgggtagaatt 33312936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17863612 - 17863398
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17863612 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 17863513  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  17863512 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 17863413  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  17863412 agattgggtagaatt 17863398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17866871 - 17866657
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17866871 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 17866772  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  17866771 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 17866672  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  17866671 agattgggtagaatt 17866657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 46846835 - 46846616
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  46846835 catattgatcatggaaattgaatgatcactaaccctgacttttaactctgaactaagtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagattatta 46846736  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||| |||||| | || || || || ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46846735 ttaggttatgacatagggattaacgatcttttaaaacctccaacgttttcgaattcagttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 46846636  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  46846635 tcaagagattgggtagaatt 46846616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 6966875 - 6967089
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6966875 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 6966974  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  6966975 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggttaag 6967074  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  6967075 agattgggtagaatt 6967089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 36843449 - 36843244
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36843449 tagagattgaatgaccactaatcctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatga 36843350  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||| |||||| ||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36843349 catagggattaacgttctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattg 36843250  T
Q  211 gataga 216  Q
    | ||||    
T  36843249 ggtaga 36843244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 294590 - 294798
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  294590 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 294689  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| | | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| |||    
T  294690 ggttatgacatagggattaacgttttgttaaaacatccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttatggggagaattctagttca 294789  T
Q  203 agagattgg 211  Q
    |||||||||    
T  294790 agagattgg 294798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 24783131 - 24783342
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaat---caagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| |||| |||||||    
T  24783131 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaataatcaagctagagatatatcatta 24783230  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| | || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  24783231 ttaggttatgacatagggattaacgttctgttaaaatctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctagg 24783330  T
Q  200 tcaagagattgg 211  Q
    ||||||||||||    
T  24783331 tcaagagattgg 24783342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 204
Target Start/End: Original strand, 23107721 - 23107914
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| |||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  23107721 tagagattgaatgaccactgacccagacttttgactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattattaggttatga 23107820  T
Q  112 catagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||| |||||| |||| || ||||| || |||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23107821 catagggattaacgttcttttaatacctcaaacaatttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattatagctcaag 23107914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 216
Target Start/End: Original strand, 9765531 - 9765731
Alignment:
Q  17 attgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatag 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||     
T  9765531 attgaatgaccactaaccctgacttttgactctggtctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatgattattaggttatgacataa 9765630  T
Q  117 agattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatag 215  Q
     || ||||||| | | || || || || |||||||||||||||||||||||||| ||  | | |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  9765631 ggactaatgttttgttaaaacctctaatggtttcgaattcacttaagagattaagggtattttacttgcagggagaattataggtcaagagattgggtag 9765730  T
Q  216 a 216  Q
    |    
T  9765731 a 9765731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3862403 - 3862202
Alignment:
Q  23 tgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatagagatta 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |  |||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||    
T  3862403 tgaccactaaccctggctttaaactctgaactaggtggtgtgtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgatatagggatta 3862304  T
Q  123 atgttc--ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaaga----gattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    | |  |  ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||     ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3862303 aaggacggttaaa-acttccaacagttttgaattcacttaagacattaattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtaga 3862205  T
Q  217 att 219  Q
    |||    
T  3862204 att 3862202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 23313645 - 23313567
Alignment:
Q  138 tccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  23313645 tccaacgattttgaattcacttaagagattaaggggtttccacttgcggggagaattctaggccaagagattgggtaga 23313567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 169
Target Start/End: Original strand, 2719269 - 2719435
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |  ||| | |||||  || |||||  | ||||| ||| |||| ||||||| ||||||  ||| |||    
T  2719269 attgatcatagaatttgaatgactactagccctagtgtttgaatctgatctaagtaatccgattaacttaattaattaagctagagatagacaattgtta 2719368  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaa 169  Q
     |||||||  || ||||||| | ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2719369 agttatgatttatagattaacgatctataaaaacctccaacggttttgaattcacttaagagattaa 2719435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 23313721 - 23313673
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaa 52  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23313721 attgatcttagagattgaatgaccactaaccttggcttttgactctgaa 23313673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 169
Target Start/End: Original strand, 27796678 - 27796726
Alignment:
Q  121 taatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaa 169  Q
    ||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27796678 taatggtctttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaa 27796726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15532723 - 15532505
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15532723 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 15532624  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| | ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15532623 ttaggttatgatatagggattaacgttcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggt 15532524  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  15532523 caagagattgggtagaatt 15532505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15542905 - 15542687
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15542905 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 15542806  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15542805 ttaggttatgatatagggattaacgttcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagatcaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggt 15542706  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  15542705 caagagattgggtagaatt 15542687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26712868 - 26712646
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatag---atca 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||    
T  26712868 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatca 26712769  T
Q  98 ttattaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattct 196  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26712768 ttattaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattct 26712669  T
Q  197 aggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  26712668 aggtcaagagattgggtagaatt 26712646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26982606 - 26982384
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatag---atca 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||    
T  26982606 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatca 26982507  T
Q  98 ttattaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattct 196  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26982506 ttattaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattct 26982407  T
Q  197 aggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  26982406 aggtcaagagattgggtagaatt 26982384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 33574811 - 33575030
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33574811 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctaacttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 33574910  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  ||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33574911 ttaggttatgatatagggattaacattcgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaga 33575010  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  33575011 tcaagagattgggtagaatt 33575030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14616948 - 14616732
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14616948 attgatcttagagattgaatgaccactaaccatggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 14616849  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||  |||||| ||| | | || || ||||||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||    
T  14616848 ggttatgacatatggattaacgttttgttaaaacctccaacggtttcgaattcactcaagagattaagggcttgtcacttgcggggagaattataggtca 14616749  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  14616748 agagattgggtagaatt 14616732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 34405576 - 34405790
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34405576 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 34405675  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    |||||| |||| |||||| |||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34405676 ttatgagatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcgaggagaattctaggtcaag 34405775  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  34405776 agattgggtagaatt 34405790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Original strand, 22159478 - 22159683
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  22159478 tagagattgaatgaccattaaccctggcttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaaactagagatagatcattattaggttatga 22159577  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||| |||||| ||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  22159578 catagggattaacgttctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgtggggagaactctaggtcaagagattg 22159677  T
Q  211 gataga 216  Q
    | ||||    
T  22159678 ggtaga 22159683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 11989337 - 11989166
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11989337 attgatcttagagattgaatgaccactaaccttcgcttttgactctgatctaggtattaggtttaacctatgtaatcaagttagagatagatcattatta 11989238  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggt 174  Q
    |||| | ||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11989237 ggttttaacatagagattaacgttctattaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggt 11989166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7650467 - 7650245
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||||   |||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  7650467 attgatcttagagattgaataaccactaacc---gcttttgactcagaactaggtaataagtttaacctaaaaaatcaagctagagatagatcattatta 7650371  T
Q  104 ggttat---------gacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaat 193  Q
    ||||||         ||||||| ||||||  |||| | || || |||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  7650370 ggttatttaggttatgacatagggattaaccttctattaaaacctccagcgatttcgaattcactcaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaat 7650271  T
Q  194 tctaggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||    
T  7650270 tctaggtaaagagattgagtagaatt 7650245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 23993552 - 23993447
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| | |||||  |||| |||| | |||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||    
T  23993552 attgatcttagaacttgaatgaccactagccatgacttttgaatctgatctaggaaatatggttaacctaagaaattaagctagagatagacaattatta 23993453  T
Q  104 ggttat 109  Q
    ||||||    
T  23993452 ggttat 23993447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 16294622 - 16294840
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  16294622 catattgatcatagaaattgaatgaccactaactctggcttttaactctgaactatgtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcatta 16294721  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16294722 ttaggttatgacatagggattaacgttctttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggt 16294821  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  16294822 caagagattgggtagaatt 16294840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 31528112 - 31528330
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31528112 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 31528211  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| | ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31528212 ttaggttatgatatagggattaacgttcgttaatacctccattggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggt 31528311  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  31528312 caagagattgggtagaatt 31528330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 31626272 - 31626491
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31626272 catattgattatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 31626371  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||| |||||  |||||| |||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  31626372 ttaggttataacataaggattaacgttcttttaatacctccaacgatttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcagggagaattctagg 31626471  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  31626472 tcaagagattgggtagaatt 31626491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23673864 - 23673648
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23673864 attgatcttagagattgaatgaccactatccctgacttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 23673765  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  23673764 ggttatgacatagggattaacgttctgttaaaacctccaactgtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtca 23673665  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  23673664 agagattgggtagaatt 23673648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 203
Target Start/End: Original strand, 40017703 - 40017902
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40017703 attgatcgtagagattgaatgaccactgaccctggcttttgactttgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 40017802  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||| ||||||||   ||||| |||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40017803 ggtcatgacatatgaattaacgttcttttaatacctccaacagtttcgaattcacttaagagaataa-gggttgtcacttgcggggagaattctaggtca 40017901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Original strand, 36326651 - 36326868
Alignment:
Q  7 gatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggt 106  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  36326651 gatcttagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactttgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggc 36326750  T
Q  107 tatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttc----gaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtc 201  Q
    ||||||| || |||||| ||||| | ||||| |||||| |||||     ||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  36326751 tatgacacagggattaacgttctgttaatacctccaacagtttcaaattaattcacttaagagattaaggagttgtcacttgcagggagaattctaggtc 36326850  T
Q  202 aagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||| |||||||    
T  36326851 aagagattgggtagaatt 36326868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 13709796 - 13710012
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13709796 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctggattttgactctgacctaggtgataagtttaacccaagtaatcaagctagatatagatcattatta 13709895  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| | | || || ||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| | |||||    
T  13709896 ggttatgacatagggattaacgttttgttaaaacctccaacgatttcgaattcactaaagagattatggggttgtcacttgaggggagaattatgggtca 13709995  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    |||||| || |||||||    
T  13709996 agagatcgggtagaatt 13710012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 32576206 - 32576000
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||    
T  32576206 attgatcgtatagattgaatgatcactgaccctgtcttttgactatgaactaggtaatatgtttaacctaaataatcaagctaaagatagatctttatta 32576107  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||| || ||||| ||||||  ||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  32576106 ggttacgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacaatttcgaattcagtcaagagattaaggggttgtcacttgtggggagaattctaggtca 32576007  T
Q  203 agagatt 209  Q
    || ||||    
T  32576006 agggatt 32576000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 111
Target Start/End: Original strand, 8426783 - 8426830
Alignment:
Q  64 gtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  8426783 gtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatga 8426830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 8e-91; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 22626835 - 22626615
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggat-agatcatt 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22626835 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagataagatcatt 22626736  T
Q  100 attaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctag 198  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22626735 attaggttatgatatagggattaacgttcgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctag 22626636  T
Q  199 gtcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22626635 gtcaagagattggatagaatt 22626615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 39564032 - 39563814
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39564032 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctgacttttaa-tctgaactaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 39563934  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttctta-aatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39563933 ttaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 39563834  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  39563833 tcaagagattgggtagaatt 39563814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11139091 - 11138873
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11139091 catattgatcatagaaattgaatggccactaaccctggcttttaactctgaaatag-taataggtttaacctcagtaatcaagctagagatagatcatta 11138993  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| || ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||    
T  11138992 ttaggttatgatatagggattaacgttcgtttaatacctcctatggtttcgaattcacttaagagattaaggagttgtcacttgcggggagaattctagg 11138893  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  11138892 tcaagagattggatagaatt 11138873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Original strand, 13979212 - 13979425
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  13979212 attgatcgtagagattgaatgaccactgaccctgactttcgactctgaactaggtaatagttttaacttaagtaatcaagttggagatagatcattatta 13979311  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13979312 ggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctcgaacgatttcgaattcacttaagagattaagaggttgtcacttgcggggagaattctaggtca 13979411  T
Q  203 agagattggataga 216  Q
    || |||||||||||    
T  13979412 agggattggataga 13979425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 35366102 - 35366318
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||    
T  35366102 attgatcttaaaacttgaatgaccactagccttggcttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattatta 35366201  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    || ||||||  |  |||||| |  || | || || |||||  || | |||||||||||||||||||| || || ||||| |||| |||| ||||||||||    
T  35366202 ggctatgactcatggattaacggactgttaaaacctccaagagtcttgaattcacttaagagattaagggattgtcactcgcggagagagttctaggtca 35366301  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||  |||||||    
T  35366302 agagattgagtagaatt 35366318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 4 - 123
Target Start/End: Original strand, 47411916 - 47412035
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||  |||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||    
T  47411916 attgatcttagaacttgaatgatcactagtcctgccttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattatta 47412015  T
Q  104 ggttatgacatagagattaa 123  Q
    | || ||||  |||||||||    
T  47412016 gattgtgactcagagattaa 47412035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 177 - 219
Target Start/End: Original strand, 47412082 - 47412124
Alignment:
Q  177 tcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  47412082 tcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgagtagaatt 47412124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13017712 - 13017494
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  13017712 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggctcttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcatta 13017613  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13017612 ttaggttatgatatagggattaacgttcgttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggt 13017513  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  13017512 caagagattgggtagaatt 13017494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 22247281 - 22247500
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22247281 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaaccaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 22247380  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatg-ttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||  |||||| | || || ||| | || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22247381 ttaggttatgatatatggattaacgtttgtttaattcctctaatggtttcgaattcacttgagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 22247480  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  22247481 tcaagagattgggtagaatt 22247500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 14790346 - 14790560
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14790346 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 14790445  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14790446 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 14790545  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  14790546 agattgggtagaatt 14790560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 14795374 - 14795588
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14795374 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 14795473  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14795474 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 14795573  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  14795574 agattgggtagaatt 14795588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 22221446 - 22221665
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22221446 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaaatctaaaaaaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 22221545  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatg-ttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||  |||||| | || || ||| | || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22221546 ttaggttatgatatatggattaacgtttgtttaattcctctaatggtttcgaattcacttgagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 22221645  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  22221646 tcaagagattgggtagaatt 22221665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20527674 - 20527475
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20527674 tagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagattatga 20527575  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||| |||||| ||||| | || || |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20527574 catagggattaacgttctgttaaaacctccaacggtttcaaattcacttaagagattaa-gggttgttacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 20527476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 32704772 - 32704558
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  32704772 tgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaagtaataagtttaacctaagtaatcaagatagagatagatcattattagg 32704673  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||  |||||    
T  32704672 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctatttcaag 32704573  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  32704572 agattgggtagaatt 32704558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Original strand, 16883402 - 16883609
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16883402 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctcacttttgactctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 16883501  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||| | || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  16883502 ggtgatg-catagggattaatgttctgttaaaacctccaacggttttgaattcacataagagattaaggggttgccacttgtggggagaattctaggtca 16883600  T
Q  203 agagattgg 211  Q
    |||||||||    
T  16883601 agagattgg 16883609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Original strand, 1838208 - 1838413
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1838208 tagagattgaatgaccactaaccctgacttttgactctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatga 1838307  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||| |||||| ||| | | || |  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1838308 catagggattaacgttatgttaaaatctccaatggtttcaaattcacttaagagattaaggagttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattg 1838407  T
Q  211 gataga 216  Q
    | ||||    
T  1838408 ggtaga 1838413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 12983896 - 12983682
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||    
T  12983896 tgatcttagaacttgaatgaccactagccctgacttttgactctgatctaggtaatatgtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattagg 12983797  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    |||||||| |  |||||| |  || | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  12983796 ttatgacacatggattaacggactgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattcaaggtcaag 12983697  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  12983696 agattgggtagaatt 12983682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 19665175 - 19664971
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19665175 tagagattgaatgatcactaaccctgacttttaattctgatctaggtaataggtttaacctaagtaatcaagatagagatagatca-tattaggttatga 19665077  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||| |||||| ||||| | || |  ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  19665076 catagggattaacgttctattaaaatctccaatgatttcgaattcacttaagagattaaggggatgttacttgcggggagaactctaggtcaagatattg 19664977  T
Q  211 gataga 216  Q
    | ||||    
T  19664976 ggtaga 19664971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 12981009 - 12980795
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||    
T  12981009 tgatcttagaacttgaatgaccactagccctgacttttgactctgatctaggtaatatgtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaagtattagg 12980910  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    |||||||  |  |||||| |  || | || || ||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  12980909 ttatgactcatggattaacggactgttaaaacctccaacaatttcgaattcacttaagagattaagcggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaag 12980810  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  12980809 agattgggtagaatt 12980795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 182
Target Start/End: Original strand, 32427097 - 32427271
Alignment:
Q  7 gatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggt 106  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||  ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  32427097 gatcttagagattgaatgaccactaactctggattttgact--gatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaatctagagatagatcattattatgt 32427194  T
Q  107 tatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcactt 182  Q
    |||||||||| ||||||  |||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  32427195 tatgacatagggattaacattctgttaatacctccaacggttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcactt 32427271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 211
Target Start/End: Original strand, 15538036 - 15538155
Alignment:
Q  93 gatcattattaggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggaga 191  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||    
T  15538036 gatcattattaagttatgacatagggattaacgttctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggtgttgttacttgcggggaga 15538135  T
Q  192 attctaggtcaagagattgg 211  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  15538136 actctaggtcaagagattgg 15538155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 101
Target Start/End: Original strand, 15534823 - 15534912
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattat 101  Q
    |||| ||||| |||||||||| | || |||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15534823 tagagattgagtgaccactaaacttgacttttaactctgatcttggtaataggtttaacataagtaatcaagctagtgatagatcattat 15534912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 144 - 216
Target Start/End: Original strand, 15534923 - 15534995
Alignment:
Q  144 ggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  15534923 ggtttcgaattcacttaagagattaagaggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattggttaga 15534995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 30978557 - 30978516
Alignment:
Q  178 cacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30978557 cacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaatt 30978516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7769912 - 7769721
Alignment:
Q  11 atagaaattgaatgaccactaac----cctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggt 106  Q
    |||||| |||||||||||||| |    | |||||||| | |||||  |||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  7769912 atagaacttgaatgaccactagccatgcatggcttttgaatctgatctaggaaatatgtttaacctaagtaattaagttagagatagacaattattaggt 7769813  T
Q  107 tatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaat---tcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaatt 194  Q
    |||||  ||| |||||| |  || | || || ||||| | ||||||||   ||||| |||||||||| |||||| ||||||| | |||||||    
T  7769812 tatgatttagggattaacggactgttaaaacctccaaagatttcgaattcatcactgaagagattaaggggttagcacttgcagagagaatt 7769721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Original strand, 2330478 - 2330519
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaa 45  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  2330478 attgatcttagaaattgaatgactactaaccctagcttttaa 2330519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 12171705 - 12171924
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12171705 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaattcttaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 12171804  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  12171805 ttaggttatgatatagggattaacgttcgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattgtagg 12171904  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  12171905 tcaagagattgggtagaatt 12171924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 647721 - 647507
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  647721 tgatcttagagattaaatggccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 647622  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  647621 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 647522  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  647521 agattgggtagaatt 647507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 650993 - 650779
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  650993 tgatcttagagattaaatggccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 650894  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  650893 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtcaag 650794  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  650793 agattgggtagaatt 650779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Original strand, 26060313 - 26060526
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  26060313 attgatcttagagattgaatgaccactaaccatgacttttgactctgatctaggtaatatgtttaacttaagtaatcaagctagagatagaccattatta 26060412  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| | || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | | |||| |||||||||||||||||    
T  26060413 ggttatgacatagggattaacgttctattaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagacattaaggggttgttatttgcagggagaattctaggtca 26060512  T
Q  203 agagattggataga 216  Q
    ||||||||| ||||    
T  26060513 agagattgggtaga 26060526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26063204 - 26063000
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26063204 tagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataggtt-aacctaagtaatcaagctagagattgatcattattaggttatga 26063106  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
    ||||  ||| || ||||| | || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26063105 catatggataaacgttctgttaaaacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaactctaggtcaagagattg 26063006  T
Q  211 gataga 216  Q
    | ||||    
T  26063005 ggtaga 26063000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 2541612 - 2541826
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||   | |||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||    
T  2541612 tgatcttagaacttgattgaccactaacaccggcttttaactctgaactaggtggaatgtttaacctaagtaattaagctagagatagacaattattagg 2541711  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    |||||| |||| |||||| |  || | || || | ||| ||||| ||||||| |||||||||||| || || | | || || | |||||| |||||||||    
T  2541712 ttatgatatagggattaacggactgttaaaaccttcaatggttttgaattcatttaagagattaatggattgttatttccgagaagaattttaggtcaag 2541811  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    |||||||||| ||||    
T  2541812 agattggataaaatt 2541826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Original strand, 13978982 - 13979023
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaa 45  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13978982 attgatcttaggaattgaatgaccactaaccctagcttttaa 13979023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 56089584 - 56089543
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaa 45  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  56089584 attgatcttaggaattgaatgaccactaaccctagcttttaa 56089543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 7515 - 7296
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  7515 catattgatcatagaatttgattgaccactaaccctggctttttactcagaactaggtaataggtttaacctaagtaataaagctagagatagatcatta 7416  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7415 ttaggttatgacatagggattaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaag 7316  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  7315 tcaagagattgaatagaatt 7296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 24706 - 24487
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  24706 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaaccaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatatatcatta 24607  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatg-ttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||| |||| |||||| | || || ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24606 ttaggttatgatatagggattaacgtttatttaattcctccaatggtttcgaattcacataagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 24507  T
Q  200 tcaagagattggatagaatt 219  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  24506 tcaagagattgggtagaatt 24487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 2414 - 2624
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2414 catattgatcatagaaaataaatgaccactaaccctggctttttactctgaactaggtaataggtttgacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 2513  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2514 ttaggttatgacatagggatcaacgttcttttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagatttaggggttgtcacttgcggggagaattctagg 2613  T
Q  200 tcaagagattg 210  Q
    |||||||||||    
T  2614 tcaagagattg 2624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 9606 - 9804
Alignment:
Q  22 atgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatagagatt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  9606 atgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctaaagatagatcattattaggttatgatatagggatt 9705  T
Q  122 aatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    || |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9706 aacgttcgtttaatacctccaatggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtagaatt 9804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 13492988 - 13493204
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13492988 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 13493087  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  13493088 ggttatgacatagggattaacgttctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacatgcggggagaattctaggtca 13493187  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  13493188 agagattgggtagaatt 13493204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22104892 - 22104680
Alignment:
Q  1 catattgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22104892 catattgatcatagaaattgaatgaccactaattctggtttttaactctgaactatgtaataggtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcatta 22104793  T
Q  101 ttaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||    
T  22104792 ttaggttatgacatagggattaacgttctttaatacctccaacgattttgaattcacttaagagattaa-ggtctgtcacttacggggagaattctaggt 22104694  T
Q  201 caagagattggata 214  Q
    ||||||||||||||    
T  22104693 caagagattggata 22104680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 13495713 - 13495929
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13495713 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctagcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 13495812  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct--taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtc 201  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  13495813 ggttatgacatagggattaacgttctgctaaa-acctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcgggtagaattctaggtc 13495911  T
Q  202 aagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  13495912 aagagattggatataatt 13495929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 7 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 32506371 - 32506158
Alignment:
Q  7 gatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggt 106  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32506371 gatcttagagattgaatgaccactaaccctgacttttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagataggtcattattaggt 32506272  T
Q  107 tatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaaga 205  Q
    |||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32506271 tatgacatagggattaacgttctgttaatacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaaga 32506172  T
Q  206 gattggatagaatt 219  Q
    |||||| |||||||    
T  32506171 gattgggtagaatt 32506158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27282627 - 27282411
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27282627 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctggattttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 27282528  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || || || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27282527 ggttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacgattttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtca 27282428  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  27282427 agagattgggtagaatt 27282411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 34066070 - 34066286
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  34066070 attgatcttagagattaaatgaccactaaccctggcttttgactctgacctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcattatta 34066169  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  34066170 ggttatgacatagagattaacgttctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattcaaggtca 34066269  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  34066270 agagattgggtagaatt 34066286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23990595 - 23990392
Alignment:
Q  17 attgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23990595 attgaatgaccactaaccctggcttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagattgatcattattaggttatgacatag 23990496  T
Q  117 agattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggatag 215  Q
     |||||| ||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  23990495 ggattaacgttctgttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagtttaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtcaagtgattgggtag 23990396  T
Q  216 aatt 219  Q
    ||||    
T  23990395 aatt 23990392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 216
Target Start/End: Original strand, 39545983 - 39546181
Alignment:
Q  19 tgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatagag 118  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39545983 tgaatgacaactaacaatggattttgactctgatctaggtaataagtttaacttaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacataggg 39546082  T
Q  119 attaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    ||||| ||||| | || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39546083 attaacgttctattaaaacctccaacgatttcgaattcacttaagagattaaggggttgttacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtaga 39546181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 22453641 - 22453439
Alignment:
Q  18 ttgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacataga 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||  |      
T  22453641 ttgaatgaccactagccctggcttttgactctgatttaggtaataggtttaacctaagtaattaagctagagatagaaaattattaggttatgactcatg 22453542  T
Q  118 gattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    |||||| |  || | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22453541 gattaacggactgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattgggtaga 22453442  T
Q  217 att 219  Q
    |||    
T  22453441 att 22453439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 22457008 - 22456795
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||||||||    
T  22457008 tgatcttagaacttgaatgaccactagccctgacttttgactctgttttaggtaataggtttaacctaagtaattaagcaagagatagaaaattattagg 22456909  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaag 204  Q
    |||||||  |  |||||| |  || | || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  22456908 ttatgactcatggattaacggactgttaaaacctccaacagtttcgaattcacttaagagattaa-gagttgtcacttgcggagagaattctaggtcaag 22456810  T
Q  205 agattggatagaatt 219  Q
    ||||||| |||||||    
T  22456809 agattgggtagaatt 22456795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 16190691 - 16190490
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  16190691 attgatcctagagattggatgaccactaaccttggcttttaactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagttagagatagatcaatatta 16190592  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagag----attaacgggttatcacttgcggggagaattctagg 199  Q
    ||||||||||||| ||||          || || |||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||||| ||||| | |||||||||| | ||    
T  16190591 ggttatgacatagggatt----------aaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagattaattaaggggttgtcactcgtggggagaattatggg 16190502  T
Q  200 tcaagagattgg 211  Q
    ||||||||||||    
T  16190501 tcaagagattgg 16190490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 15297058 - 15297274
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||    
T  15297058 attgatcttagaacttgaatgaccactagctctggcttttgaatctgatctaggtaatagttttaacctaagtaattaagttagagatagaaaattatta 15297157  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    |||||||||  |  |||||| |  || | || || |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  15297158 ggttatgactcatggattaacggactgttaaaacctccaacagtttcaaattcacttaagagatttaagggttgtcacttgcagagagaattctaggtca 15297257  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||| |||||||    
T  15297258 agagattgggtagaatt 15297274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Original strand, 21152989 - 21153197
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||    
T  21152989 tagaacttgaatgaccactagccctgacttttgactctgatctagggaatatatttaacctaagtaattaagctagagatagacagttattaggttatga 21153088  T
Q  112 catagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattg 210  Q
      ||| |||||| |  || | || || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21153089 tttagggattaacggactattaaaacctccaaaggtttcaaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggagagaattctaggtcaagagattg 21153188  T
Q  211 gatagaatt 219  Q
      |||||||    
T  21153189 agtagaatt 21153197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Original strand, 1936353 - 1936558
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||  | | |||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  1936353 attgatcttagagattaaatgaccactaaccatggctttcgaatttgatccaggtaataagtttaacctaagtaatcatgctagagatagatcattatta 1936452  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| || |||  ||| || || || || ||| ||||| ||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||| | ||  |||    
T  1936453 ggttatgacatagggaataacattcttttaaaacctcaaac-gtttcaaattcacttaagagattaagggattgttacttgcggggagaactataaatca 1936551  T
Q  203 agagatt 209  Q
    |||||||    
T  1936552 agagatt 1936558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 44650929 - 44650877
Alignment:
Q  79 tcaagctagggatagatcattattaggttatgacatagagattaatgttctta 131  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  44650929 tcaatctagggatagatgattatttggttatgacatagaaattaacgttctta 44650877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 219
Target Start/End: Original strand, 10764829 - 10764861
Alignment:
Q  187 ggagaattctaggtcaagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10764829 ggagaattctaggtcaagagattgggtagaatt 10764861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3123 - 2907
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3123 attgatcacagaatttgaatgaacactaaccatggctttcaactctgaactaggtaatacgtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattatta 3024  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    | |||||||| |  |||||| |||| || ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3023 gattatgacacaaggattaacgttcttttaatacctccaatagttttgaattcacttaagagattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggtca 2924  T
Q  203 agagattggatagaatt 219  Q
    ||||||| | |||||||    
T  2923 agagatttggtagaatt 2907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 114; Significance: 5e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 6330 - 6117
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  6330 attgatcttagagattgaatgaccactaaccctgacttttgactctgaactaggtaataagtttaatctaagtaatcaacctagagatagatcattatta 6231  T
Q  104 ggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtca 202  Q
    ||||||||||||| | |||| ||||| | || || ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  6230 ggttatgacatagggtttaacgttctgttaaaacctccaatgattttgaattcacttaagagattaaggggttgccacttgcggggagaattctagatca 6131  T
Q  203 agagattggataga 216  Q
    ||||||||| ||||    
T  6130 agagattgggtaga 6117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 107; Significance: 8e-54; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 13096745 - 13096963
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaac-cctggc-ttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattat 101  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13096745 attgatcttagagattgaatgatcactaactcctggccttttaactctgacctaggtaataagtttaagctaagtaatcaagctagagatagatcattat 13096844  T
Q  102 taggttatgacatagagattaatgttct-taaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    ||| ||||||||||| |||| | ||||| | || || ||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  13096845 tagattatgacatagggatttacgttctgttaaaacctcccacggtttcaaattcacttaagacattaaggggttgtcacttgcggggagaattctaggc 13096944  T
Q  201 caagagattggatagaatt 219  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  13096945 caagagattgggtagaatt 13096963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 12575819 - 12575623
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattatta 103  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||   |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  12575819 attgatcttagagattgaatgactactaaccttggcttttgactttgatcaaggtaataggtttaacataagtaatcaagttagagatagatcattatta 12575720  T
Q  104 ggttatgacatagagattaa--tgttcttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggt 200  Q
    |||||||| |||  ||||||  | || ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  12575719 ggttatgatataaggattaacgtattgttaaa-acctccaatggtttctaattcacttaagagattaa-gggttgttacttgcggggagaattctaggt 12575623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 201
Target Start/End: Original strand, 44008035 - 44008224
Alignment:
Q  12 tagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatga 111  Q
    |||| ||||||||| |||| || ||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||    
T  44008035 tagagattgaatgaacactgactctggcttttgattctgaactaggtaataagtttaacctaactaatcaagctagaaatagatcattgttaggttacga 44008134  T
Q  112 catagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtc 201  Q
    || || |||||| |||| || ||||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  44008135 cacagggattaacgttcttttaatacctccaacgatttcaaattcacttatgagattaaggagttgtcacttgc-gggagaattctaggtc 44008224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 45 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 41779213 - 41779048
Alignment:
Q  45 actctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattaggttatgacatagagattaatgttcttaaatacttccaacg 144  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |  | | ||  |      |    
T  41779213 actctgaactaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattaggttatgacatagggattgacataataacatttt------g 41779120  T
Q  145 gtttcgaattcacttaagagattaacgggttatcacttgcggggagaattctaggtcaagagattggataga 216  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41779119 gttttgaattcacttaagatattaaggggttgccacttgcggggagaattctaggtcaagagattgggtaga 41779048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 52
Target Start/End: Original strand, 13331937 - 13331985
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaa 52  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||    
T  13331937 attgatcttaggaattgaatgactactaaccctagcttttaattctgaa 13331985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 6 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 162 - 1
Alignment:
Q  6 tgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaactctgaattaggtaataggtttaacctaagtaatcaagctagggatagatcattattagg 105  Q
    ||||| |||| ||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  162 tgatcttagagattaaatgactactaaccctggtttttgactctgatctaggtaataagtttaacctaagtaatcaagctagagatagatcattattagg 63  T
Q  106 ttatgacatagagattaatgttc-ttaaatacttccaacggtttcgaattcacttaagagat 166  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  62 ttatgacatagggattaacgttcttttaaaacctccaacggtttcgaattcacttaagagat 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1657 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold1657
Description:

Target: scaffold1657; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 84 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 654 - 609
Alignment:
Q  84 ctagggatagatcattattaggttatgacatagagattaatgttct 129  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  654 ctagggatagatgattgttaggttatgacatagaaattaacgttct 609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Original strand, 7086 - 7127
Alignment:
Q  4 attgatcatagaaattgaatgaccactaaccctggcttttaa 45  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  7086 attgatcttagaaattgaatgactactaaccctagcttttaa 7127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University