View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0964_low_11 (Length: 470)

Name: NF0964_low_11
Description: NF0964
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0964_low_11
NF0964_low_11
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (28-462)||(1856698-1857132)
chr1 (26-462)||(1815910-1816346)
chr1 (28-462)||(1868293-1868730)
chr1 (28-462)||(1842684-1843121)
chr1 (28-366)||(9170560-9170901)
chr1 (28-462)||(9200127-9200564)
chr1 (35-351)||(9155829-9156148)
chr1 (242-462)||(9218860-9219080)
chr1 (231-414)||(9118329-9118512)
chr1 (231-366)||(9161940-9162075)
chr1 (231-357)||(9229734-9229860)
chr1 (28-144)||(9229528-9229644)
chr1 (72-137)||(9161778-9161843)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (293-460)||(37567642-37567809)
chr7 (171-298)||(37572119-37572246)
chr7 (274-318)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (236-315)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 1857132 - 1856698
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857132 caatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 1857033  T
Q  128 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaatt 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857032 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaatt 1856933  T
Q  228 cagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttg 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1856932 cagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttg 1856833  T
Q  328 agagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccct 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856832 agagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccct 1856733  T
Q  428 ttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856732 ttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 1856698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 462
Target Start/End: Original strand, 1815910 - 1816346
Alignment:
Q  26 atcaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgagg 125  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  1815910 atcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgagg 1816009  T
Q  126 catatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaa 225  Q
    ||  |||||| ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |||| ||| |||    
T  1816010 cagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagtaagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaaa 1816109  T
Q  226 ttcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816110 ttcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatt 1816209  T
Q  326 tgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttccc 425  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1816210 tgagagacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaattctattatcatcaagttccc 1816309  T
Q  426 ctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 462  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1816310 ctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatgat 1816346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 28 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 1868730 - 1868293
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1868730 caatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggca 1868631  T
Q  128 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataa 224  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||   | | |||| || |||||| ||||    
T  1868630 tatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataa 1868531  T
Q  225 attcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttat 324  Q
    |  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1868530 aaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttat 1868431  T
Q  325 ttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcc 424  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||        
T  1868430 ttgagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaagt 1868331  T
Q  425 cctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 462  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  1868330 cctttgaaaacggtaccaaaaccacctttgccaatgat 1868293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 28 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 1843121 - 1842684
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  1843121 caatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggca 1843022  T
Q  128 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataa 224  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||   | | |||| || |||||| ||||    
T  1843021 tatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataa 1842922  T
Q  225 attcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttat 324  Q
    |  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1842921 aaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttat 1842822  T
Q  325 ttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcc 424  Q
    |||||||| || |   ||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||        
T  1842821 ttgagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaaat 1842722  T
Q  425 cctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 462  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  1842721 cctttgtaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgat 1842684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 28 - 366
Target Start/End: Original strand, 9170560 - 9170901
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||  |||| |||    
T  9170560 caatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgca 9170659  T
Q  128 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatc-ttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaata 223  Q
     ||||||||||||| || | |||  |||||  |||||| |||||| ||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| |||   || ||     
T  9170660 gatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatg 9170758  T
Q  224 aattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgattta 323  Q
    || ||  |||| ||||| ||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  9170759 aaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgattta 9170858  T
Q  324 tttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 366  Q
    |||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9170859 tttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttg 9170901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 28 - 462
Target Start/End: Original strand, 9200127 - 9200564
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    |||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| ||||| || ||  |||| |||    
T  9200127 caatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgca 9200226  T
Q  128 tatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaataa 224  Q
      ||||||||||||||| | |||  |||||  ||| || |||||| | | ||| || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| |||   || || |    
T  9200227 gctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatga 9200326  T
Q  225 attcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttat 324  Q
    | ||  |||| ||||| ||||||||||| || || || ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9200327 aatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttat 9200426  T
Q  325 ttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcc 424  Q
    ||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||| || ||||| | ||| |||||| | ||||||   |   |     
T  9200427 ttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacaattttgttatcaggtaaaact 9200526  T
Q  425 cctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgat 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9200527 cctttgtaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgat 9200564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 351
Target Start/End: Original strand, 9155829 - 9156148
Alignment:
Q  35 gaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaat 134  Q
    |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||    
T  9155829 gaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaat 9155928  T
Q  135 gtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtg---tgaataaattcaga 231  Q
    ||||||| || | |||  | |||  |||||| |||||||| | ||| || ||||| |||||||  || || ||| |||| ||    || || || ||| |    
T  9155929 gtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaaa 9156028  T
Q  232 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagag 331  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     
T  9156029 aagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttgggat 9156128  T
Q  332 acaacatccacctcattaat 351  Q
    |  ||| | |||||||||||    
T  9156129 aggacaactacctcattaat 9156148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 242 - 462
Target Start/End: Original strand, 9218860 - 9219080
Alignment:
Q  242 ttgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatcca 341  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | |    
T  9218860 ttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaacta 9218959  T
Q  342 cctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatc-atcaagttcccctttgtaaactgtac 440  Q
    |||||||||||||||| || || ||  ||  ||||||| |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||   |||  |  |||||| |||||||||    
T  9218960 cctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagcgacaattttgttatcgggcaaaat-tcctttgaaaactgtac 9219058  T
Q  441 caaaacctcctttacctatgat 462  Q
    ||||||||||| |||| |||||    
T  9219059 caaaacctcctctaccgatgat 9219080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 231 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 9118512 - 9118329
Alignment:
Q  231 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 330  Q
    |||| ||||| | |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  9118512 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 9118413  T
Q  331 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatc 414  Q
     | || | | ||||||||||||||||| || |||||  ||  ||||||| || | |||||||||| ||| || ||||| |||||    
T  9118412 cagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagccacgattctgttatc 9118329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 231 - 366
Target Start/End: Original strand, 9161940 - 9162075
Alignment:
Q  231 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 330  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9161940 aaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9162039  T
Q  331 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttg 366  Q
     | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||    
T  9162040 cagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttg 9162075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 231 - 357
Target Start/End: Original strand, 9229734 - 9229860
Alignment:
Q  231 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 330  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9229734 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9229833  T
Q  331 gacaacatccacctcattaatgaattg 357  Q
     | |||| |||||||||| ||||||||    
T  9229834 caaaacaaccacctcatttatgaattg 9229860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 144
Target Start/End: Original strand, 9229528 - 9229644
Alignment:
Q  28 caatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggca 127  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||   || |||    
T  9229528 caatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgca 9229627  T
Q  128 tatgaatgtagatatga 144  Q
     ||||||||||||||||    
T  9229628 gatgaatgtagatatga 9229644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 137
Target Start/End: Original strand, 9161778 - 9161843
Alignment:
Q  72 catctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgta 137  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||||    
T  9161778 catctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatgta 9161843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 293 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 37567809 - 37567642
Alignment:
Q  293 cctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttt 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||    
T  37567809 cctaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattgttcattttggctttcatctattgttttggattttt 37567710  T
Q  393 tgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatg 460  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37567709 tgatagcaacagttctattatcatctagtttccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 37567642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 171 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 37572246 - 37572119
Alignment:
Q  171 tcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaagg 270  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  37572246 tcttaagacgagttttctaagttggatcattcatcttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgagg 37572147  T
Q  271 aacttctgtttctagacaacaccctaag 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37572146 aacttctgtttctagacaacaccctaag 37572119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 274 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 30105936 - 30105892
Alignment:
Q  274 ttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtg 318  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  30105936 ttctgtttcaagacaacagcctaagagtttgacaatattcctgtg 30105892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 40597866 - 40597787
Alignment:
Q  236 gtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcct 315  Q
    |||||||||  || ||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  40597866 gtaccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcct 40597787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University