View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0979-INSERTION-12 (Length: 1228)

Name: NF0979-INSERTION-12
Description: NF0979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0979-INSERTION-12
NF0979-INSERTION-12
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-685)||(53900548-53901225)
chr4 (751-1076)||(53900143-53900476)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 53901225 - 53900548
Alignment:
Q  8 cacctagcctatgtttgtttttgccgtggattgggttatcgcggcgcgcgctcattgaaatcttcaatttgacgcgagaaaagtgtatcaacgatactaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  53901225 cacctagcctatgtttgtttttgctgtggattgggttatcgcggcgtgcgctcattgaaatcttcaatttgatgcgagaaaaatgtatcaacgatactaa 53901126  T
Q  108 acatacatttcaatttcagttttcatttgataccgacgttttaaataatttttgcgttgcgacttttgtcattgcggagattccccataaaacataagta 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53901125 acatacatttcaatttcagttttcatttgataccgatgttttaaataatttttgcgttgcgacttttgtcattgcggagattcaccataaaacataagta 53901026  T
Q  208 actgtaaataaattgactgaatgcaaatttggttggttggttgttagttttggcaatctctagattttagagcttcaacaaaataatagttcaaccatga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53901025 actgtaaataaattgactgaatgcaaatttggttggttggttgttagttttggcaatctctagattttagagcttcaacaaaataatagttcaaccatga 53900926  T
Q  308 tttatccatccaaatttacaatgccatgttatttttccaaattttcagtcaatccaaatatgtaccaaatggtatggtatgtggctttggtctacctatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900925 tttatccatccaaatttacaatgccatgttatttttccaaattttcagtcaatccaaatatgtaccaaatggtatggtatgtggctttggtctacctatg 53900826  T
Q  408 agagttgactaaaaatttactcactcaacaagagtacattttatgttttttcaaacactactagtatactggatttgtaagttatgaaacactgcgtcac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900825 agagttgactaaaaatttactcactcaacaagagtacattttatgttttttcacacactactagtatactggatttgtaagttatgaaacactgcgtcac 53900726  T
Q  508 cctacagcagaagaaactcttgactcaacagatgaaagtgacgcagaggaaaagtagnnnnnnngagaaaccatgagtgtgaattatgtctttatggaaa 607  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900725 cctacagcagaggaaactcttgactcaacagatgaaagtgacgcagaggaaaagtagtttttttgagaaaccatgagtgtgaattatgtctttatggaaa 53900626  T
Q  608 aggtgacaacgtagcagaatttggtcccagtattaaatgctacatacagggaccttattaaaacacacattataatgg 685  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900625 aggtgacaacgtagcagaatttggtcccagtattaaatgctacatacagggaccttattaaaacacacattataatgg 53900548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 751 - 1076
Target Start/End: Complemental strand, 53900476 - 53900143
Alignment:
Q  751 ggcttttaaccagtgttgatgtggaaagattagctgaaattgctaaggcagggatatgaatgcattaaattgtagcaatattgtgagaagcatggaaaag 850  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900476 ggcttttaaccagtgttgatgtggaaagattagctgaaattgctaaggcagggatatgaatgcattaaattgtagcaatattgtgagaagcatggaaaag 53900377  T
Q  851 aggttagccaggtag-tgacatgactcaatagtaaacatattgatagctgtttttaattaaggtcacgagaacggttggatgcagctgtctgctgtaatt 949  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53900376 aggttagccaggtaggtgacatgactcaatagtaa-catattgatagctgtttttaattaaggtcacgagaacggttggatgcagctgtctgctgtaatt 53900278  T
Q  950 tctgcacctaaccctttacttcacgttattattcaacatgcatgtacttgtctcacatttttct-ttttgaga-gtgtacttgtgtcacattg-taagct 1046  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  53900277 tctgcacctaaccctttacttcacgttattattcaacatgcatgtacttgtctcacatttttcttttttgagaggtgtacttgtgtcacattgttaagct 53900178  T
Q  1047 --ca--cgaa-caagtatgggtttgtttttacatc 1076  Q
      ||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53900177 tccaaccgaaccaagtatgggtttgtttttacatc 53900143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University