View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0979-INSERTION-14 (Length: 1072)

Name: NF0979-INSERTION-14
Description: NF0979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0979-INSERTION-14
NF0979-INSERTION-14
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (8-755)||(34566385-34567148)
chr7 (485-1026)||(34292330-34292874)
chr7 (12-422)||(34291894-34292313)
chr7 (791-1037)||(34567147-34567397)
chr7 (8-78)||(34371745-34371815)
chr7 (467-746)||(34555192-34555472)
chr7 (466-561)||(34371246-34371341)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1014)||(15896075-15897085)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (467-523)||(129548-129604)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 755
Target Start/End: Original strand, 34566385 - 34567148
Alignment:
Q  8 caactgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcccttgcaacctcacttgctattgggttgatatcatatgtatctacaattccacctgacatctc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566385 caactgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcctttgcaacctcacttgctattgggttgatatcatatgtatctacaattccacctgacatctc 34566484  T
Q  108 tcgaaatagataccaagcctcatcctccgacaacacagaaacttgaaaattcacattgcatcccaagtttttgcacactttttcatcccgtgatgtgagc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566485 tcgaaatagataccaagcctcatcctccgacaacacagaaacttgaaaattcacattgcatcccaagtttttgcacactttttcatcccgtgatgtgagc 34566584  T
Q  208 aatattt----------ctcatgttctaggtaaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttat 297  Q
    |||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566585 aatattttgcaatatttctcatgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttat 34566684  T
Q  298 cttttctcatcagtctctcatgtaattg------catggctcttccttgctcgctgacctttttcaattccatgcccaaaacctctgcaatttgaatttg 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566685 cttttctcatcagtctctcatgtaattaatattacatggctcttcctttctcgctgacctttttcaattccatgcccaaaacctctgcaatttgaatttg 34566784  T
Q  392 gaccttctcataattttatatcttgggagacattgccattgcaacttcttcaaatagcttacttttttctattattttgatgacttctttcaccattgtg 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566785 gaccttctcataattttatatcttgggagacattgccattgcaacttcttcaaatagcttacttttttctattattttgatgacttctttcaccattgtg 34566884  T
Q  492 gtttttcccactccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgacctctttataatcttctccctagacaataa 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566885 gtttttcccactccgcccatcccacagatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgacctctttataatcttctccctagacaataa 34566984  T
Q  592 gctcttgatattttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttagggtatgaaataacttgaaatttattttcttcttccttcatgcttgtaata 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34566985 gctcttgatattttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttggggtatgaaataacttgaaatttgttttcttcttccttcatgcttgtaata 34567084  T
Q  692 ttttcaaggcttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttgagcattgtc 755  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34567085 ttttcaaggcttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttgagcattgtc 34567148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 485 - 1026
Target Start/End: Original strand, 34292330 - 34292874
Alignment:
Q  485 cattgtggtttttcccactccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgacctctttataatcttctccctag 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292330 cattgtggtttttcccactccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgacctctttataatcttctccctag 34292429  T
Q  585 acaataagctcttgatattttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttagggtatgaaataacttgaaatttattttcttcttccttcatgct 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34292430 acaataagctcttgatattttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttagggtatgaaataacttgaaatttgttttcttcttccttcatgct 34292529  T
Q  685 tgtaatattttcaaggcttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttgagcattgtcgaccaaagcattttttgctatttttaact 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292530 tgtaatattttcaaggcttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttgagcattgtcaaccaaagcattttttgctatttttaact 34292629  T
Q  785 ctgttttcatcagagagccacttttgcaactgatcttcaattgttgtcacttcatagagccatttttgcacattaggtgcaacttcatatcctttccttc 884  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34292630 ctattttcatcagagagccacttttgcaactgatcttcaattgttgtcacatcatagacccatttttgcatattaggtgcaatttcatatcctttccttc 34292729  T
Q  885 tttcagttccaacccttgtttgcaatgcttgttttatcattttcaacctctcaagttcttcctccaga-ttgttctga-ttttttgtgttgtgtcaaata 982  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  34292730 tttcagtttcaacccttgtttgcaatgcttgttttatcattttcaacctctcaagttcttcctccaaatttgttgtgatttttttgtgttgtgtcaaata 34292829  T
Q  983 tttgagatgcttcatgggtgactccacaacc-agtctcccaattt 1026  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||    
T  34292830 tttgaaatgcttcatgattgactccacaaccaattctcccaattt 34292874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 12 - 422
Target Start/End: Original strand, 34291894 - 34292313
Alignment:
Q  12 tgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcccttgcaacctcacttgctattgggttgatatcatatgtatctacaattccacctgacatctctcga 111  Q
    |||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||| | ||||||||| | | ||| ||| |||||||    
T  34291894 tgtcgcaattgcaagcggtaagccgccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatcatttctatctacaacttcccctcacagctctcga 34291993  T
Q  112 aatagataccaagcctcatcctccgacaacacagaaacttgaaaattcacattgcatcccaagtttttgcacactttttcatcccgtgatgtgagcaa-- 209  Q
    || ||||||||||| ||||||||   ||||| ||  ||||||||||| |  || |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  34291994 aacagataccaagcttcatcctctttcaacagaggtacttgaaaattgagttttcatcccatattttggcacactttttcatcccgtgatgtgagcaata 34292093  T
Q  210 --------tatttctcatgttctaggtaaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttt 301  Q
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292094 ttttgcaatatttctcatgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttt 34292193  T
Q  302 tctcatcagtctctcatgtaattgcatggctcttccttgctcgctgacctttttcaattccatgcccaaaacctctgcaatttgaatttggaccttctca 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292194 tctcatcagtctctcatgtaattgcatggctcttcctttctcgctgacctttttcaattccatgcccaaaacctctgcaatttgaatttggaccttctca 34292293  T
Q  402 taattttatatcttgggagac 422  Q
    ||| ||||||| |||||||||    
T  34292294 taa-tttatatattgggagac 34292313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 791 - 1037
Target Start/End: Original strand, 34567147 - 34567397
Alignment:
Q  791 tcatcagagagccacttttgcaactgatcttcaattgttgtcacttcatagagccatttttgcacattaggtgcaacttcatatcctttccttctttcag 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34567147 tcatcagagagccacttttgcaactcattttcaattgttgtgacatcatagagccatttttgcacattaggtgcaatttcatatcctttccttctttcag 34567246  T
Q  891 ttccaacccttgtttgcaatgcttgttttatcattttcaacctctcaagttcttcctccaga-ttgttctga-ttttttgtgttgtgtcaaatatttgag 988  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  34567247 tttcaacccttgtttgcaatgcttgttttatcattttcaacctctcaagttcttcctccaaatttgttgtgatttttttgtgttgtgtcaaatatttgaa 34567346  T
Q  989 atgcttcatgggtgactccacaacc-agtctcccaa-tttgtgacagtttc 1037  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  34567347 atgcttcatggttgactccacaaccaattctcccaattttgtgacagtttc 34567397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 34371815 - 34371745
Alignment:
Q  8 caactgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcccttgcaacctcacttgctattgggttgatatca 78  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34371815 caactgttgcaattgcaaggggcaaaccaccacattcccttgcaacctcacttgctattggattgatatca 34371745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 467 - 746
Target Start/End: Original strand, 34555192 - 34555472
Alignment:
Q  467 tttgatgacttctttcaccattgtggtttttcccactccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgac-ctc 565  Q
    |||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  | ||||  | ||||||||| |||||||||||||| |      
T  34555192 tttgatgatttcttttaccagagtggtttttcccactccacccattccacatatgcttattcttttgaacttatcatccttcagtttctctatgactcct 34555291  T
Q  566 tttataatcttctccctagacaataagctcttgatattttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttagggtatgaaataacttgaaatttat 665  Q
    ||||| ||  ||| |||||||   |||||||| |||| ||  ||  |||| |||||||| |||  ||||| |||| |||| || || |  || |||| ||    
T  34555292 tttatgattatcttcctagactccaagctcttaatatcttcagtgaaggtggatccaagagttggtggagctttatggtaggatatgagctggaattcat 34555391  T
Q  666 tttcttcttccttcatgcttgtaatattttcaaggcttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttg 746  Q
    ||| ||| |||||||  ||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||  |||||||    
T  34555392 ttttttcctccttcaaccttataatatattcaatgcttttagaggcttgctttcccaatgagtaattatatgtcaaatttg 34555472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 466 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 34371341 - 34371246
Alignment:
Q  466 ttttgatgacttctttcaccattgtggtttttcccactccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatga 561  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||||||| |  ||||||||||    
T  34371341 ttttgatgagttctttcacaagtgtggttttccccactccacccatcccacaaatgccaatccttttgagttgaccatccttcaacttctctatga 34371246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 8 - 1014
Target Start/End: Original strand, 15896075 - 15897085
Alignment:
Q  8 caactgtcacaattgcaagaggcaagccaccacattcccttgcaacctcacttgctattgggttgatatcatatgtatctacaattccacctgacatctc 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||| | | | |||||   | |||| ||| ||    
T  15896075 caactgtcacaattgcaaggggcaagccaccacatgcctttgcaacctctcttgctattggattgatatcatgtttgtttacaacatctcctgccatttc 15896174  T
Q  108 tcgaaatagataccaagcctcatcctccgacaacacagaaacttgaaaattcacattgcatcccaagtttttgcacactttttcatcccgtgatgtgagc 207  Q
    | |||||||   |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  15896175 ttgaaataggctccaagcttcatcctccgacaatacagggacttgaaaattcactctgcatcccatattttggcacactttttgatcccgtgatgtgaac 15896274  T
Q  208 aatatttctcatgttcta----ggtaaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttttc 303  Q
    |||||||  ||   | ||    | |   |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||  ||  ||||| |||| |    
T  15896275 aatattttgcaatatttatcacgttcttgaagtccaatacgctcaaaatcaagaatatcccacacatcgtctagaactattaagactcttttacctttac 15896374  T
Q  304 tcatcagtctctcatgtaattgcatggctcttccttgctcgctgacctttttcaattccatgcccaaaacctctgcaatttgaatttggaccttctcata 403  Q
    |||   |||||||| ||| || ||| ||||||||| ||  |||| ||||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||||| |||||||||    
T  15896375 tca---gtctctcaagtagttccattgctcttcctagcaagctgtcctttttaaattccatgcccaaagtatcagcaatttgaatttggatcttctcata 15896471  T
Q  404 attttatatcttgggagac-attgccattgcaacttcttcaaatagcttacttttttctattattttgatgacttctttcaccattgtggtttttcccac 502  Q
    |||| | |||||| || || | ||||||  ||||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  15896472 attt-acatcttgagaaaccactgccatcacaacttcatcaaatagattgtttttttctattgttttgatgacttctttcaccagtgtggtttttcctac 15896570  T
Q  503 tccgcccatcccacaaatgctaatcatattgacttgatcatccttgagtttctctatgacctct-ttataatcttctccctagacaataagctcttgata 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| |||||||| |    
T  15896571 tccgcccatcccacaaatgctaatcattttgacttgatcatccttgagcttctctatgacctctgttataattttttctctagacaataggctcttgaca 15896670  T
Q  602 ttttttgtataggtagatccaagtgttaatggaggtttagggtatgaaataacttgaaatttattttcttcttccttcatgcttgtaatattttcaaggc 701  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| ||| |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |  |    
T  15896671 tcttttgtgaaggtagatccaagtgttaatgaagctttagggtaagatatatctttaaatttgtttttttcctccttcaggcttgtaatatattctatcc 15896770  T
Q  702 ttttagtggcttcctttcccaatgaataattaaatgctaaatttgagcattgtcgaccaaagcattttttgctatttttaactctgttttcatcagagag 801  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||| |||||| ||||| ||  | || |||||  | ||||||| |||||     
T  15896771 ttttagttgcttgctttcccaatgagtaattaaatgctatatctgaacattgtccaccaaaacatttcttcttcttgttaacattattttcattagagat 15896870  T
Q  802 ccacttttgcaactgatcttcaattgttgtcacttcatagagccatttttgcacattaggtgcaacttcatatcctttccttctttcagttccaaccctt 901  Q
    ||| |||||| ||| || ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||  | ||| ||| ||||| ||| |||||||||||| |  | ||| ||    
T  15896871 ccatttttgccactcattttcaataattgtcacatcagatagccatttttgcacgatgggttcaatttcatgtcccttccttctttcattgtccaccttt 15896970  T
Q  902 gtttgcaatgcttgttttatcattttcaacctctcaagttcttcctccagattg-ttctga-ttttttgtgttgtgtcaaatatttgagatgcttcatgg 999  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||  || || |||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  15896971 gtttgcaatgcttgtttcatcatttttaagttcttgagctcctcctccagattgattgtaatttttttgtgttgtgtcaaatatttaaaatgcttcatgg 15897070  T
Q  1000 gtgactccacaacca 1014  Q
     | ||||||||||||    
T  15897071 ataactccacaacca 15897085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 467 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 129604 - 129548
Alignment:
Q  467 tttgatgacttctttcaccattgtggtttttcccactccgcccatcccacaaatgct 523  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  129604 tttgatgagttctttaaccaatgtggtttttcccactccacccatcccacatatgct 129548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University