View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0979-INSERTION-15 (Length: 1131)

Name: NF0979-INSERTION-15
Description: NF0979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0979-INSERTION-15
NF0979-INSERTION-15
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1004)||(3982714-3983720)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 3983720 - 3982714
Alignment:
Q  8 agttttgcactgaaaaacataaccattagaaggatgtaaggacaaagagacatgatcatattaccttcttgactgaaccataaaatctatcaaccaattc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983720 agttttgcactgaaaaacataaccattagaaggatgtaaggacaaagagacatgatcatattaccttcttgactgaaccataaaatctatcaaccaattc 3983621  T
Q  108 agtaactgtacttgtagaactggaggctgacttgtttggaggaacgatgatcacaatgggatcatagaaatgcagtaatgtctttgtgttttgatatgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983620 agtaactgtacttgtagaactggaggctgacttgtttggaggaacgatgatcacaatgggatcatagaaatgcagtaatgtctttgtgttttgatatgaa 3983521  T
Q  208 ctactggtttcaatatattgtgaaaggtgcagtgaagcagacctcaaatcaacagccgctaatccaacctgtcagaaaattcagtcgatttgatccaagt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3983520 ctactggtttcaatatattgtgaaaggtgcagtgaagcagacctcaaatcaaaagccgctaatccaacctgtcagaaaattcagttgatttgatccaagt 3983421  T
Q  308 taggcactataaattcatttatttaacttgaaccagttctttaatacctttgaagtcataannnnnnnn-actaaactctaaaaattggactgactcgtt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983420 taggcactataaattcatttatttaacttgaaccagttctttaataccttagaagtcataatttttttttactaaactctaaaaattggactgactcgtt 3983321  T
Q  407 ctttttcaagttacgaaaatgcataacatgggaatttcaacttatgtacgaattctttgttaacaatcctttcgaacatgtatgaactttctcatcactc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983320 ctttttcaagttacgaaaatgcataacatgggaatttcaacttatgtacgaattctttgttaacaatcctttcgaacatgtatgaactttctcatcactc 3983221  T
Q  507 gactgaattcctaacaggcaaaagcccctttgtaatgtttataaattagtggaagacatgttttcactctttatgcttacgatctgacttgttagttatt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983220 gactgaattcctaacaggcaaaagcccctttgtaatgtttataaattagtggaagacatgttttcactctttatgcttacgatctgacttgttagttatt 3983121  T
Q  607 tcaagtttaggattatatcagtaacaaacgatacatcaatttcttcctcaatgaataccatgatcaattcaaattccttcatggctgttaaaggagtata 706  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983120 tcaagtttaggattatattagtaacaaacgatgcatcaatttcttcctcaatgaataccatgatcaattcaaattccttcatggctgttaaaggagtata 3983021  T
Q  707 agggagaaaacacaagaacgtactacacagaactaatagtggccggttactacgaaatagaaacctggttatagcaatcagacataattatcaaaagagt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3983020 agggagaaaacacaagaacgtactacacagaactaatagtggccggttactacgaaatagaaacctggttatagcaatcagacataattatcaaaagagt 3982921  T
Q  807 aaataaccggagcgtcgaatattttgggaaaacattaaattttgtagcattagtagcaaatttcattgagttcgcttcacagtagaatgatt-nnnnnnn 905  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  3982920 aaataaccggagtgtcgaatattttgggaaaacattaaattttgtaccattagtagcaaatttcattgagttcgcttcacagtagaatgattaaaaaaaa 3982821  T
Q  906 tacagaa-----tatatagtaatt-aaaaaatttgaacatcaaaggtgcatgtgatctggctggtatcctagtaagaatta-ggagg-aaagtcaaacac 997  Q
    |||||||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3982820 tacagaatatattatatagtaattaaaaaaatttgaacatcaaaggtgcatgtgatctggctggtatcctagtaagaattagggaggaaaagtcaaacac 3982721  T
Q  998 ttctgat 1004  Q
    |||||||    
T  3982720 ttctgat 3982714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University