View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0979-INSERTION-19 (Length: 964)

Name: NF0979-INSERTION-19
Description: NF0979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0979-INSERTION-19
NF0979-INSERTION-19
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (8-961)||(4313871-4314825)
chr2 (68-949)||(4253720-4254602)
chr2 (11-566)||(4305405-4305960)
chr2 (56-729)||(4246590-4247263)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-952)||(41933104-41934048)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (75-952)||(34801955-34802834)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (364-724)||(6059532-6059901)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 4314825 - 4313871
Alignment:
Q  8 aaggttacaatggcaatcatggaggcaattactagaagtgcatgtcatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaa 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314825 aaggttacaaaggcaatcatggaggcaattactagaagtgcatgtcatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaa 4314726  T
Q  108 agaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacacttggaattcacttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314725 agaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacgcttggaattcacttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaat 4314626  T
Q  208 tcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgttt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314625 tcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttgtatggtacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgttt 4314526  T
Q  308 ggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttag 407  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4314525 ggaaatcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatcttcaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattgcctttag 4314426  T
Q  408 cagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4314425 cagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaatatcat 4314326  T
Q  508 tccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4314325 tccagcactccgaattagttatcattatctctctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattacacatttcgtaaagac 4314226  T
Q  608 aatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagttt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314225 aatttgatcttgttatggatggccgaagatcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagttt 4314126  T
Q  708 caaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctatta 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314125 caaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagttttgttatgcatgacctggtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctatta 4314026  T
Q  808 cagagtagaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaggactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatgatatt 907  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314025 cagagtagaagaactcggaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatgatatt 4313926  T
Q  908 tttggccgagcaaaacatcttcggacatttttgacaaccaa-tttttctgtcctc 961  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4313925 tttggccgagcaaaacatcttcggacatttttgacaaccaattttttctgtcctc 4313871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 949
Target Start/End: Original strand, 4253720 - 4254602
Alignment:
Q  68 gagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaaagaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacacttggaattcac 167  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  4253720 gagttgcttcatcgtgatttgaaggaaaaactgactggaaaaaagttcttaattgttttggatgatgtatggaccgaggattatgacagctggaattctc 4253819  T
Q  168 ttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaattcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttact- 266  Q
    ||||||| ||||||||  | ||  | | ||||| |||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |     
T  4253820 ttttaaggcctcttcaatacggggctaagggaaataaaattcttgtaacaactcgtattgaaaaagttgcttctatggtccaaacttttcaaggttaatt 4253919  T
Q  267 ctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgtttggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataat 366  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  4253920 ctcttgatgaattatctgatgaagattgttggtcggtgtttgcaaaccatgcatgcctttctccagaagaaaccactgagaacatggatctccaaaaaat 4254019  T
Q  367 tggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataat 466  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| |  ||||||||||||    
T  4254020 tggcaaagagattgttagaaaatgtaagggattgcctttagcagcacagtcatttgggggcttgttgcgacgtaaatgtgacataagggactggaataat 4254119  T
Q  467 atactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgttt 566  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  4254120 atactcaatagtaacatctgggaaaatgagagtaagatcattccagcactaaaaattagataccattatctccctccctgtttgaaacgttgctttgttt 4254219  T
Q  567 attgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagac 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||  || |||  ||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||   || | ||||||||||| ||    
T  4254220 attgttccttgtatcctaaagattacgaatttgatagagatgatttgatcttgttgtggatagctgaagatcttttaagaccttcaaaaaatgggaatac 4254319  T
Q  667 tttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgaccta 766  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||| || | ||||||| ||||       |||||||| ||     
T  4254320 tttagaagaagttggttatgggtattttaatgacttagcttctagatcattttttcaacgttccgggaatgagaaccagagttttgtgatgcatgatctg 4254419  T
Q  767 gtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctattacagagtagaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaggactcgacatttatcat 866  Q
    ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||| ||||  | |||| ||  | || ||||| || |||||||| |  ||||| ||||||||||    
T  4254420 gtgcatgatttagcaacatttcttgatggagaattctatttcagaacataagagcttgggaaagaaactaagattggtactaacactcgtcatttatcat 4254519  T
Q  867 ttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatgatatttttggccgagcaaaacatcttcggacatttttgacaaccaat 949  Q
    |||    ||||| |||||||||||||| || || |||||||||| | |||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||    
T  4254520 ttagtgagttcagtgatccaatcttggaaagctttgatatttttcgtcgagcaaaccatcttagaacatttttgacaatcaat 4254602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4305960 - 4305405
Alignment:
Q  11 gttacaatggcaatcatggaggcaattactagaagtgcatgtcatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaaaga 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4305960 gttacaaaggcaatcatggaggcagttactagaagtgcttgtaatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggccggaaaga 4305861  T
Q  111 agttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacacttggaattcacttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaattct 210  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||||| ||||||||  |  |   ||  ||||||||||||||    
T  4305860 agttcttaattgttttggatgacgtttggactgaggattatgatgcttggaaatcccttttaaggcctcttcagtacagtgacaaaggaagtaaaattct 4305761  T
Q  211 tgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgtttgga 310  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  4305760 tgtaacaacccgtattaaaaaagttgcttctatgctacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtctgtgtttgaa 4305661  T
Q  311 agtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcag 410  Q
    |  |||||||||||||||| |||| | | || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  4305660 aaccatgcatgcctttctctaaaacactccattgagaaaatggaactccaaaaaattggcaaagagattattagaaaatgtcaaggattgcctttagcag 4305561  T
Q  411 cacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattcc 510  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4305560 cacaatcacttgggggcttattgcgaagtaaacgtgacatcaaggattgcaataatatactaactagtaacatttgggaaactgagagtaagattattcc 4305461  T
Q  511 agcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgttt 566  Q
     ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  4305460 tgcactccaaatcagttaccattatctccctccctatttgaaatgttgctttgttt 4305405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 56 - 729
Target Start/End: Original strand, 4246590 - 4247263
Alignment:
Q  56 ataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaaagaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgaca 155  Q
    |||||||| | |||||| ||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||    
T  4246590 ataaataacaaagagttacttcattgtgatttgaaggaaaaactgactggaaaaaagttcttgattgttttggacgatgtttggatcaaggattataaca 4246689  T
Q  156 cttggaattcacttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaattcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttt 255  Q
     ||||||||| ||| | |  ||||||||  | ||  | | |||||| ||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4246690 gttggaattctcttatgatgcctcttcaatacggagctaagggaagcaaaattcttgtaacaacgcgtagtgataaagttgcttctatggtccaaacttt 4246789  T
Q  256 tcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgtttggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggat 355  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||  || ||| ||| ||||| | ||||    
T  4246790 tcaaggttattctcttgagaaattgtctgatgaagattgttggtcagtgtttgcaatccatgcatgcctttcacccgaacaatccaccgagaagacggat 4246889  T
Q  356 ctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatg 455  Q
    ||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||  ||||||| ||    
T  4246890 ctccaaaaaactggtagagagattgttagaaaatgtaagggattgccattagcagcaaaatcacttggaggccttttgcgaagtacacatgacatcagtg 4246989  T
Q  456 actggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacg 555  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||  |||| || || |||||||||||    
T  4246990 attggaataatctactacatagtaacatttgggaaactcagagtaagatcattccagcattgagaattagttatcaacatctacccccttatttgaaacg 4247089  T
Q  556 ctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaa 655  Q
    |||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||  ||||   | |||  |  |||||||||| |||||||| |||| ||||||| || |||| |||    
T  4247090 ctgctttgtttactgttcattgtttcctaaggatcatgaattttacagagaggaactgatcttgttgtggatggcagaagatcttttacagcctccaaaa 4247189  T
Q  656 aatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggtcattttttcaatgttc 729  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |  |||||||||||| ||||    
T  4247190 actggtaagactttagaagcagttggtaatgatcattttaatgatttagtttccatatcattttttcaacgttc 4247263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 952
Target Start/End: Original strand, 41933104 - 41934048
Alignment:
Q  8 aaggttacaatggcaatcatggaggcaattactagaagtgcatgtcatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaa 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  41933104 aaggttacaaaggcaatcatggaggcagttactagaagtgcttgtaatataaataatatagagttgcttcatctagatttgaaggaaaaactgtccggaa 41933203  T
Q  108 agaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacacttggaattcacttttaagacctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaat 207  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  41933204 agaagttcttaattgttttagatgatttctggaccgaggattatgatgcttggaattctcttttaaggcctcttcaatatggtaccaagggaagtaaaat 41933303  T
Q  208 tcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgatgaagattgttggtcagtgttt 307  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  41933304 tcttgtaacaacccatattaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttactctcttgagcaattgtctgaagaagattgttggtccgtgttt 41933403  T
Q  308 ggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttag 407  Q
    | ||  ||||| || ||| ||||| |||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  41933404 gcaaaccatgcctgtcttcctccagaagaatcctttgagaaaatggatctccaaaaaattggcaaagagattgttagaaaatgtcagggattgcctttag 41933503  T
Q  408 cagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41933504 cagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgtaacctcaaggactgggatgatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcat 41933603  T
Q  508 tccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagac 607  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  41933604 tccagcactccgaatcagttatcattatctccttccttatttgaaacgttgctttgtttattgttccttatatcctaaggattatgaatttcataaagac 41933703  T
Q  608 aatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagttt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41933704 aatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttacagcctaaaagaagtgggatgactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagctt 41933803  T
Q  708 caaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctatta 807  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||       |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  41933804 caaggtcattttttcaatgttctggaaatgagaacaaaagttttgtgatgcatgatctagtgcacgatttagccacgttgctcggtggggaattctatta 41933903  T
Q  808 cagagtagaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaggactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatgatatt 907  Q
    ||||  |||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  41933904 cagaacagaagaacttggaaatgaaacaaagattagtaccaagactcgtcatttatcatttagcacattcactgatccaatctcggaaaactttgatatt 41934003  T
Q  908 tttggccgagcaaaacatcttcggacatttttgacaaccaatttt 952  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  41934004 tttggccgagcaaaacatcttcggacgtttttgacaatcaatttt 41934048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 75 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 34802834 - 34801955
Alignment:
Q  75 ttcatctagatttgaaggaaaaactggctggaaagaagttcttaattgttttggatgatgtttggaccgaggattatgacacttggaattcacttttaag 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||   ||| ||||    
T  34802834 ttcatcaagatttgaaggagaagttggcgggaaagaagttcttaattgtattggatgatgtctggactgaggattatgacagttggaatattcttataag 34802735  T
Q  175 acctcttcatgatggcaccaggggaagtaaaattcttgtaacaacccgaagtaaaaaagttgcttctatggtacaaacttttcaaggttactctcttgag 274  Q
     ||| ||||    || || |  |||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||||| ||||||| ||||||||||||  ||||  |||| ||    
T  34802734 gccttttcaatgcggaactaaaggaagtaaaattcttgtaacaacctgtattgaaaatgttgctactatggtccaaacttttcaaccttaccatcttaag 34802635  T
Q  275 caattgtctgatgaagattgttggtcagtgtttggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaag 374  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| || | ||  |||||||| ||||||||| || |||   |||||||||||||| |||||| |   | ||| |    
T  34802634 atattgtctgatgaagattgttggtcagttttcgcaaaccatgcatgtctttctccagaaaaatcttctgagaatatggatatccaaaaatacgccaagg 34802535  T
Q  375 agattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaa 474  Q
    |||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||    
T  34802534 agattgttagaaaatgcaagggactgcctttagcagcacaatcactcgggggtttgttgcgaggtaaacgtgacatcagggattggaataatatactaaa 34802435  T
Q  475 tagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttcc 574  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||||| |||     
T  34802434 taataacatttgggaaaatgagtgtaagatcattccggcactatgaattagttatcattatctccctccctgcttgaagggatgctttgtttattattca 34802335  T
Q  575 ttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaag 674  Q
     |||||||||| ||||||  |||   ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||  ||| |||||||||||||||||    
T  34802334 ctgtatcctaaggattatgaattcgataaagacgatttgatcttgttatggatggctgaagatcttttacagcctccggaaattgggaagactttagaag 34802235  T
Q  675 aagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatga 774  Q
    ||||| || |||  |||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||| || |||| |||  ||||       |||||||| |||||||||||    
T  34802234 aagttagttatgggtattttaatgacttagcttcaagatcattttttcatcgttctgggagtgggaatgagagttttgtgatgcatgatctagtgcatga 34802135  T
Q  775 tttggccacattgcttggtggagaattctattacagagtagaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaggactcgacatttatc--atttacca 872  Q
    ||| || || ||| | |||||||| |||||||  |||   ||||||||  | || |||||||| |||||||||| |||||| || |||||  ||||| ||    
T  34802134 tttagcaacgttgataggtggagagttctattttagaacggaagaactagggaaagaaacaaagattggtaccaagactcgtcacttatcatatttagca 34802035  T
Q  873 cgttcattgatccaatcttgggaaactatgatatttttggccgagcaaaacatcttcggacatttttgacaaccaatttt 952  Q
     ||||| ||||| | |||||| | ||| |||||| |||||   || |||||||||  |||| |||||||||| |||||||    
T  34802034 agttcagtgatctagtcttggaagactttgatatgtttggaaaagaaaaacatctcaggacgtttttgacaatcaatttt 34801955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 364 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 6059901 - 6059532
Alignment:
Q  364 aattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaat 463  Q
    |||||||  |||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||  | |||    || |||| |    
T  6059901 aattggccgagagattgttaaaaagtgcaagggattgcctttagcagcacaatcacttggaggcattctgcgaagaaaacatggcatattggattggagt 6059802  T
Q  464 aatatactaaatagtaacatttgggaa---------aatgagagtaagatcattccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaac 554  Q
    ||| |||| || ||| |||||||||||         | ||| |||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  6059801 aatgtactgaagagtgacatttgggaattatctgaaagtgaaagtaaggtcattccggcattgagaattagttatcactatctccctccacatttgaaac 6059702  T
Q  555 gctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaa 654  Q
    |||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||  ||||   ||| |  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  | | || |     
T  6059701 gctgttttgtttattgttcgctatatcccaaagattatgaatttgagaaaaatgatttaatcttgttgtggatggccgaagatcttttattgccaccaat 6059602  T
Q  655 aaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggtcattttttcaa 724  Q
    ||| || | |||||| ||||| ||||||  ||| |||||| || | |||||||| || ||||||||||||    
T  6059601 aaaaggaatgacttttgaagaggttggttctgagtattttgattatttagtttcgagatcattttttcaa 6059532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University