View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0979-INSERTION-26 (Length: 737)

Name: NF0979-INSERTION-26
Description: NF0979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0979-INSERTION-26
NF0979-INSERTION-26
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (7-728)||(49687643-49688360)
chr1 (8-725)||(49710350-49711070)
chr1 (5-728)||(49682741-49683463)
chr1 (16-640)||(49714077-49714702)
chr1 (5-391)||(49215347-49215728)
chr1 (423-711)||(49215059-49215347)
chr1 (124-492)||(49728422-49728792)
chr1 (15-434)||(49725058-49725479)
chr1 (263-340)||(11033343-11033420)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (459-638)||(30986001-30986180)
chr6 (459-638)||(30992165-30992344)
chr6 (235-386)||(31224434-31224585)
chr6 (265-386)||(31201401-31201522)
chr6 (265-383)||(31189594-31189712)
chr6 (316-386)||(31145587-31145657)
chr6 (316-386)||(31171900-31171970)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 49688360 - 49687643
Alignment:
Q  7 acttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49688360 acttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccaatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttct 49688261  T
Q  107 ttgaccaaccatctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatatcc 206  Q
    |||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49688260 ttgaccaaccattt-----accatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaatttcgggagaacaactctggagcaatatcc 49688166  T
Q  207 tggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49688165 tggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatattttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaattctcatca 49688066  T
Q  307 agtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgcc-aactgcaatatta 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49688065 agtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgcccaactgcaatatta 49687966  T
Q  406 tacaatgttttgcaatccaattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatatta 505  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49687965 tacaatgttttgcaatccaattgccgatcatccttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagatatccattagacatgaattcgtatatta 49687866  T
Q  506 gtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcacc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49687865 gtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattgatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcacc 49687766  T
Q  606 atcaccttttgattcacttaaaaccttcactgcaataactcactcatctggtaacttcccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatgttt 705  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49687765 gtcaccttttgattcacttaaaaccttcactgcaataacacactcatctggtaacttcccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatgttt 49687666  T
Q  706 ctaaaagagtgtgttattttctt 728  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  49687665 ctaaaagagtgtgttattttctt 49687643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 49711070 - 49710350
Alignment:
Q  8 cttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttctt 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  49711070 cttgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatataactcgctagaacaatcaacttcaaccttaatgttctttctt 49710971  T
Q  108 tgaccaaccatctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatat--c 205  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |    
T  49710970 cgaccaaccatctctaaaaccatcattccgtaactgtagacatctgacttatgtgacaccccaccaaaatttctagagaacaactctggagcaatatatc 49710871  T
Q  206 ctggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcc-tcat 304  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||   ||||    
T  49710870 ctggtgttccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttagacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacaaaaattaatcat 49710771  T
Q  305 caagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgccaactgcaatatt 404  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  49710770 ctagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgcaagattctagtgttgcagcctctgtgcaagtactctagtccacgagcaaccccaactgcaatatc 49710671  T
Q  405 atacaatgttttgcaatccaattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatatt 504  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49710670 atacaatgttttgcaatccaactggcgatcatccttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattaggcatgaattcgtatatt 49710571  T
Q  505 agtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcac 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  49710570 agtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgcgaagttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttcgc 49710471  T
Q  605 catcaccttttgattcacttaaaaccttcactgcaataactcactcatctggtaacttcccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatgtt 704  Q
    | || ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||  | ||||||   ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||    
T  49710470 cgtcgccttttggttcacttaaaactttcactgcaacaatacgctcatcatttaacttccctttgtatacacttccgtaccctccttgtcctaatttgtt 49710371  T
Q  705 tctaaaagagtgtgttatttt 725  Q
    |||||||||||  ||||||||    
T  49710370 tctaaaagagttagttatttt 49710350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 49683463 - 49682741
Alignment:
Q  5 acacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttcttt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683463 acacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttcttt 49683364  T
Q  105 ctttgaccaaccatctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatat 204  Q
    ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||    
T  49683363 cttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttgtgtgacaccccaccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatat 49683264  T
Q  205 --cctggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctc 302  Q
      ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||    
T  49683263 atcctggtgtcccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatc 49683164  T
Q  303 atcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgccaactgcaata 402  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  |||||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  49683163 gtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagcaacgccaacagcaata 49683064  T
Q  403 ttatacaatgttttgcaatccaattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtata 502  Q
    | ||||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  49683063 tcatacaacattttgcattccaattggccatcatccttcaatggatttttctc---gtatatgaacttctcaagagatccattaagcatgaattcgtata 49682967  T
Q  503 ttagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttc 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49682966 ttagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaagaacgttgacatgcgaagttctattgatactcgcaacttcattaatgaaatcatc 49682867  T
Q  603 accatcaccttttgattcacttaaaaccttcactgcaataactcactcatctggtaacttcccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatg 702  Q
     || || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  49682866 cccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcacgtaacctccctttgtatacacttccgaaccctccttggcctaatttg 49682767  T
Q  703 tttctaaaagagtgtgttattttctt 728  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  49682766 tttctaaaagagtttgttattttctt 49682741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 49714702 - 49714077
Alignment:
Q  16 caagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttctttgaccaac 115  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| | |||||    
T  49714702 caagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatataactcgctggaacaatcaacttcaaccttaatgttctttcttcggccaac 49714603  T
Q  116 catctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatat--cctggcgtt 213  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  49714602 catttctaaaaccatcattccataactataaacatctgatttatgtgacaccccgtcaaaatttctggagaacaactctggagcaatatatcctggtgtt 49714503  T
Q  214 ccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaata 313  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| || |||||||| |||||||||||||    
T  49714502 ccccc-gcaacaaatatggatacaatgctttcttttcttggacatactttagcaagtccgaaatctgaaattttaggacagaaatcttcatcaagtaata 49714404  T
Q  314 tattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgccaactgcaatattatacaatgt 413  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  49714403 tattatgaggtttaatgtcaaaatgtaagattctagtgttacagcctctgtgcaagtactctaacccacgagcaacaccaactgcaatatcatacaatgt 49714304  T
Q  414 tttgcaatccaattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatattagtgccttt 513  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  49714303 tttgcaatccaattggtgatcgtctgttaatggattcttttcttcatatattaacttttcaagggatccattaggcatgaattcatatattagtgccttt 49714204  T
Q  514 ttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcaccatcacctt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||    
T  49714203 ttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgcgaagttctactgatactcgcaacttcgttgatgaaatcttcactgtcacctt 49714104  T
Q  614 ttgattcacttaaaaccttcactgcaa 640  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  49714103 tggattcatttaaaaccttcaccgcaa 49714077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 49215728 - 49215347
Alignment:
Q  5 acacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttcttt 104  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||       ||||| |||||||| || |||||||||    
T  49215728 acacctgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatattactc-------caatcaacttcaaccttaatgttcttt 49215636  T
Q  105 ctttgaccaaccatctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatat 204  Q
    ||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  49215635 cttcgacaaaccatttctaaaaccatcattccataactataaacatctgatttatgtgacaccccaccaaaatgtctggagaacaactctggagcaatat 49215536  T
Q  205 --cctggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctc 302  Q
      ||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||  | |||| |||||||||||||||||| ||| |||| || || ||||| ||    
T  49215535 atcctggcgttcctcttgcgccaaatacggatgcaatactttcttttcttgggcatattttagcaagtccaaaatctgaaattttcggacaaaaatcatc 49215436  T
Q  303 atcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgc 391  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  | || ||||||| ||||||||||||||    
T  49215435 agctagtaatatattatgaggtcttatgtcaaaatgcaagattctagtgttacagcctctgtgcaagtactctaatccacgagcaacgc 49215347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 423 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 49215347 - 49215059
Alignment:
Q  423 caattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatattagtgcctttttagaacca 522  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||  |    
T  49215347 caattggcgatcatccctcaatggatttttctcttcatatatgaacttctcaagagatccattaggcatgaattcatatattaatgcctttttagaatta 49215248  T
Q  523 tccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaatatgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcaccatcaccttttgattcac 622  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  49215247 tccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgtgaagttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttcgccatcgccttttgattcac 49215148  T
Q  623 ttaaaaccttcactgcaataactcactcatctggtaacttcccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatgtttctaaaa 711  Q
    ||||||| ||||||||||  |  | ||||||  |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || |||||| |||||||||||    
T  49215147 ttaaaactttcactgcaactatacgctcatcatgtaacttccctttgtatacacctccgtaccctccctgacctaatttgtttctaaaa 49215059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 124 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 49728792 - 49728422
Alignment:
Q  124 aaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaat--atcctggcgttccccttgc 221  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || || ||||||||||||   |||||||  |||||||||||  ||||||  || || || ||    
T  49728792 aaaccatcattccataactatatacatcagatttgtgagagacgccaccaaaatttctagagaacacttctggagcaatgtatcctgcagtacctctagc 49728693  T
Q  222 accaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaatatattatga 321  Q
    ||| |||| |||||  || |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||   || || || ||||| || || || ||||||||||||    
T  49728692 acctaataaggatatgatactttcttttcttggacatacttttgcaagtccaaaatccgaaaccttaggacaaaaatcatcgtctagcaatatattatga 49728593  T
Q  322 ggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgccaactgcaatattatacaatgttttgcaat 421  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| |  | | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| || |  |||||||||     
T  49728592 ggttttatatcaaaatgtaaaattttagtattgcaacctttgtgcagatactctaatccccgagcaacgccaattgcaatattgtagacagttttgcaac 49728493  T
Q  422 ccaattggcgatcatctttcaatggatttttctcttcgtatatgaacttctcaagagatccattagacatg 492  Q
     ||||||  |||     |||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  49728492 tcaattgaagattgagcttcaatggatctttgttttcatatatgaacttctcaagtgatccattaggcatg 49728422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 49725479 - 49725058
Alignment:
Q  15 ccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccgatgtggaaaatataaatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttctttgaccaa 114  Q
    |||||||| |||||  | |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  || || || |  |||||||||   |||||||| |||||    ||||    
T  49725479 ccaagatcctgatttgaatcaagacggttgtaaatccaatgaggaaaatatatttcactcgagcggtccacttcagtgttgatgttttttctcctcccaa 49725380  T
Q  115 ccatctcttaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgggacaccccaccaaaattttgggagaacaactctggagcaatat--cctggcgt 212  Q
    |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  ||||||||||    || || | ||| || |||||||  |||| |||    
T  49725379 ccatttccatgaccatcattccataactgtaaacatctgacttatgtgacactgcaccaaaattcctagaaaatacctcgggggcaatatagcctgccgt 49725280  T
Q  213 tccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaat 312  Q
    ||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||    || | ||| |||||||||||||| ||| || | |||  ||||| |||||| |  |      
T  49725279 tcctctcgcaccaaatattgataccatactttcttttcttgtgcaaatttttgcaagtccaaaatccgaaattctggggttgaaattctcatccaaaaga 49725180  T
Q  313 atattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagcaacgccaactgcaatattatacaatg 412  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |  | |  || ||||| || ||||| || |||| ||| ||||  ||||| |    
T  49725179 atgttatgaggttttatgtcaaaatgcaaaattctagtattgcagcctttgtgcaggtattctagccctcgagctacaccaattgcgatatagtacaacg 49725080  T
Q  413 ttttgcaatccaattggcgatc 434  Q
    ||| ||||||||||||| ||||    
T  49725079 tttggcaatccaattggagatc 49725058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 340
Target Start/End: Original strand, 11033343 - 11033420
Alignment:
Q  263 tagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgta 340  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  11033343 tagctagtccaaaatcagaaacttttgggttgaaattctcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgta 11033420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 459 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 30986180 - 30986001
Alignment:
Q  459 gtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaata 558  Q
    |||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||| |||| || ||||| || || | |||  |||||||||||| |    
T  30986180 gtatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaaca 30986081  T
Q  559 tgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcaccatcaccttttgattcacttaaaaccttcactgc 638  Q
    || || |||||| | ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||||||||| || |||| | |||||||||    
T  30986080 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttcaccatttccttttgatgcatttaatatcttcactgc 30986001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 459 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 30992344 - 30992165
Alignment:
Q  459 gtatatgaacttctcaagagatccattagacatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattaata 558  Q
    |||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||| |||| || ||||| || || | |||  |||||||||||| |    
T  30992344 gtatataaatttgtcaagggaaccattagacataaattcatatatgagagctttattacaaccttcaaaacaaaatccaagaaggttaacaacattaaca 30992245  T
Q  559 tgagaagttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcaccatcaccttttgattcacttaaaaccttcactgc 638  Q
    || || |||||| | ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||||||||| || |||| | |||||||||    
T  30992244 tgtgaggttctagtaatactagcaacctcattaataaagtcttcaccatttccttttgatgcatttaatatcttcactgc 30992165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 31224585 - 31224434
Alignment:
Q  235 acaatgctttcttttctcagacatactttagcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaa 334  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||| | || || || ||||  ||||| |  |  || || || |||||||||||||    
T  31224585 acaatgctttctttcctgagacatagttttgcaagtccaaaatctgaaatcttcggacataaattatcatctaaaaggatgttgtgtggttttatgtcaa 31224486  T
Q  335 aatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagc 386  Q
    ||||||| ||||||||| | || |||| | | || |||||||||||||||||    
T  31224485 aatgtaaaattctagtggtacatcctccatgcaagtactctagtccacgagc 31224434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 386
Target Start/End: Original strand, 31201401 - 31201522
Alignment:
Q  265 gcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctac 364  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||| || |||| |||||| |  |  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||| | || ||||||     
T  31201401 gcaagtccaaaatctgaaatctttggacaaaaattctcatctaaaagaatattatgtggttttatgtcgaaatgtaaaattcgagtggtacatcctctat 31201500  T
Q  365 gaaaatactctagtccacgagc 386  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  31201501 gcaagtactctagtccacgagc 31201522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Original strand, 31189594 - 31189712
Alignment:
Q  265 gcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaatcctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctac 364  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| || |||| |||||| |  |  || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| | || ||||||     
T  31189594 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacataaattctcatctaaaagaatgttatgtggttttatgtcgaaatgtaaaattcttgtggtacatcctctat 31189693  T
Q  365 gaaaatactctagtccacg 383  Q
    | || ||||||||||||||    
T  31189694 gcaagtactctagtccacg 31189712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 316 - 386
Target Start/End: Original strand, 31145587 - 31145657
Alignment:
Q  316 ttatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagc 386  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | || |||||| | || |||||||| ||||||||    
T  31145587 ttatgtggttttatgtcaaaatgtaaaattcgagtggtacatcctctatgcaagtactctagcccacgagc 31145657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 316 - 386
Target Start/End: Original strand, 31171900 - 31171970
Alignment:
Q  316 ttatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctacgaaaatactctagtccacgagc 386  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | || |||||| | || |||||||| ||||||||    
T  31171900 ttatgtggttttatgtcaaaatgtaaaattcgagtggtacatcctctatgcaagtactctagcccacgagc 31171970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University