View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0984-Insertion-1 (Length: 1158)

Name: NF0984-Insertion-1
Description: NF0984
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0984-Insertion-1
NF0984-Insertion-1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-1001)||(9809647-9810639)
chr8 (119-476)||(26952898-26953255)
chr8 (134-475)||(18177460-18177801)
chr8 (150-291)||(21277989-21278130)
chr8 (249-294)||(18479658-18479703)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (18-1001)||(20489393-20490384)
chr7 (440-821)||(9815322-9815704)
chr7 (440-821)||(10717247-10717629)
chr7 (277-365)||(10326345-10326433)
chr7 (116-219)||(21116687-21116790)
chr7 (56-230)||(10326465-10326644)
chr7 (203-300)||(9815846-9815943)
chr7 (203-300)||(10717771-10717868)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (15-911)||(37839789-37840694)
chr4 (502-1001)||(9632544-9633046)
chr4 (626-1001)||(46077554-46077930)
chr4 (119-291)||(23060985-23061157)
chr4 (846-1001)||(17284404-17284560)
chr4 (157-294)||(43990897-43991034)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (9-382)||(15121-15504)
scaffold0015 (449-786)||(14768-15110)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (543-1002)||(3602150-3602611)
chr1 (84-294)||(39285127-39285344)
chr1 (137-534)||(27876015-27876411)
chr1 (567-909)||(15231282-15231624)
chr1 (457-535)||(39285489-39285567)
chr1 (150-288)||(20637963-20638101)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (140-772)||(42435324-42435958)
chr3 (119-216)||(1018449-1018546)
chr3 (125-283)||(2437893-2438051)
chr3 (20-65)||(42435197-42435242)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (119-476)||(30303164-30303521)
chr5 (840-938)||(8704476-8704575)
chr5 (429-475)||(24869792-24869838)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (119-769)||(28591116-28591768)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (119-695)||(32894315-32894892)
chr6 (134-357)||(13107739-13107962)
chr6 (119-291)||(25905987-25906159)
chr6 (616-706)||(941492-941582)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 9810639 - 9809647
Alignment:
Q  8 gtccgggcaggccattagcctttcaaggtctgaagttttctttagcattgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9810639 gtccgggcaggccattagccttccaaagtctgaagttttctttagcattgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcaga 9810540  T
Q  108 gcgctaatgggaaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatag 207  Q
    ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9810539 gcggtaatgggaaatatcttggtatatcgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatag 9810440  T
Q  208 ttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctccct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9810439 ttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcgaatcggtactccagactatttcatcttatattatgagtgtatttttgctccct 9810340  T
Q  308 tctaagctaattgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9810339 tctaagctaattgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtc--ggtggtagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagt 9810242  T
Q  408 ttttcgttcataannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcc 507  Q
    | || ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9810241 tatttgttcataatttttttggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcc 9810142  T
Q  508 cactagctttgtttctcgtttgtttaaggcacaatttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagta 607  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  9810141 aactagccttgtttctcgtttgtttaaggcacaatttttcctaacactgattttatggggtctagtattggacatactccaagttatgtttggaagagta 9810042  T
Q  608 tttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9810041 tttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaagagctaatataccttttttaggtactccttggcttaaagacggttt 9809942  T
Q  708 gtccttgttcacgactagttcaatatttgagcctatatgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaattt 807  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9809941 gtgcttgttcatgactagttcaatatttgagcctatatgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaattt 9809842  T
Q  808 ataatatatttgatatgcccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggag-agagtgg 906  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9809841 ataatctatttgatatgcccactgcacaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggagaagagtgg 9809742  T
Q  907 taagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgcgtgtct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaatatgga 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9809741 taagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgcgtgtctgaaattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgat-ggaatttaatatgga 9809647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 26953255 - 26952898
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  |    
T  26953255 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggcgacttttggttttatcaaggaccatatttggcacaaaattaacagttggagtaata 26953156  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaat 318  Q
    |||| || ||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||  | ||||| || ||   ||||||  |    
T  26953155 agtgtttgtccaaagctggtcgagaggtaatgatcaaatcggtactacaatcaatcccatcttatattatgagcatttttttacttccaaataagcttgt 26953056  T
Q  319 tgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcat 418  Q
    |||| |  | |||||| | || |||||||| |||||||| ||||| | ||  | ||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  || || ||||||    
T  26953055 tgatgcaatagaaaaattgattaatgctttctggtggggccatggcggtaatatgcgtcgtggattacattggatgtcctgggaaagattgtttgttcat 26952956  T
Q  419 aannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttag 476  Q
    ||       ||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26952955 aaatattttggaggcatgggctttaaggatttgacctcttttaatgtggctatgttag 26952898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 134 - 475
Target Start/End: Original strand, 18177460 - 18177801
Alignment:
Q  134 ccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatgg 233  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| || ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||    
T  18177460 ccgtctatggtgggcagaagcaaagaggcgacatttggttttataaaggactatatttggcacaaaattaatagtt-gagcagcaagtgcttgtccaagg 18177558  T
Q  234 cttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaattgattctgttgaaaa 333  Q
    || || ||| ||||||||| ||||||||| | ||  |||| ||||||||||| |||||  | ||||| || ||   ||||||  ||||| |  | |||||    
T  18177559 ctggtggagaggtaatgattaaatcggtattacaatctatcccatcttatatcatgagcatctttttacttccaaataagcttgttgatgcaatagaaaa 18177658  T
Q  334 aattatcaat-gctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcataannnnnnnggagg 432  Q
    ||| || |||  ||||||||||||| || || | |   | ||| || || ||||| | |||||||||||||| ||| |  ||||||||       |||||    
T  18177659 aatgattaatccctttttggtggggccacggcggtgatatgcgtcgcggattacattcgatgtcttgggaaaggttgtctgttcataatttttttggagg 18177758  T
Q  433 tatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgtta 475  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  18177759 tatgggctttaaggatttgacatcttttaatgtggctatgtta 18177801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 150 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 21278130 - 21277989
Alignment:
Q  150 gaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaat 249  Q
    |||| ||||| || |||||||  || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||| |||| || | | ||||||    
T  21278130 gaagtaaagaggcaacatttgactttataaaggaccgtatttggcacaaaattaatagttggagcagcaaatgtttgtccaaggctggtcgtgaggtaat 21278031  T
Q  250 gatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgag 291  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  21278030 gatcaaatcggtactccaatctatcccatcttatattatgag 21277989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 294
Target Start/End: Original strand, 18479658 - 18479703
Alignment:
Q  249 tgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgt 294  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  18479658 tgatcaaatcggtactccaatctattccttcttatattatgagtgt 18479703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1001
Target Start/End: Original strand, 20489393 - 20490384
Alignment:
Q  18 gccattagcctttcaaggtctgaagttttctttagcattgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcagagcgctaatgg 117  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20489393 gccattagccttccaaagtctgaagttttctttaacattgttgttccatctcctatgaaggataccatcaccaacatccttggagtcagagcggtaatgg 20489492  T
Q  118 gaa-------atatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttg 210  Q
     ||       |||||||||| | |  |||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||    
T  20489493 aaacaggcaaatatcttggtcttctatctatggtggattgaagcaaagaggcaacatttggtttcattaaggagtgtatttgccacaaaattaatagttg 20489592  T
Q  211 gagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttct 310  Q
    |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20489593 gagtagcatgtgagtatccaaggttggtagagaggtaatgatcaaatcgatactccaatctatttcatcttatattatgagtgtatttttgctcccttct 20489692  T
Q  311 aagctaattgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttt 410  Q
    || ||| |||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  20489693 aaactagttgatgttattgaaaaaat-atcaatgctttttggtggggtcatggtggtaacacgcgacgtgggttacaccggatgtctttggaaaagttgt 20489791  T
Q  411 tcgttcataannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccac 510  Q
      ||||||||       ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  20489792 ctgttcataattgttttggaggtatgaggtttaaggacttgacatcttttattatggctatgttaggtaaacaaggttggagatttcaaactgaccccac 20489891  T
Q  511 tagctttgtttctcgtttgtttaaggcacaat-ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatt 609  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||    
T  20489892 tagccttgtttctcgtttgtttaaggcacgatatttttctaactctagttttattcagtctagtattggacataatccaagttatgtttacaggagtatt 20489991  T
Q  610 tttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgt 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | || ||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  20489992 tttagtgctaaaattatggtaaaacatgatgcgctatggcctgtaggctcaggagctaatataccttttttgggtgctccctggcttaaagacggattgt 20490091  T
Q  710 ccttgttcacgactagttcaatatttgagcctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaattta 808  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||  |||| |||| |||||||    
T  20490092 ccttgtccacgactaattcaatatttgagcctttgttgtaggtgaaattgtgtgattttattgacctggatttgaaggtttagaaagatcccctaattta 20490191  T
Q  809 taatatatttgatatgcccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaagggga-gagagtggt 907  Q
    |||| ||||||||  ||| | ||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  20490192 taatttatttgatgcgccag-tgcacaacgtatccttaacacaccgctacaacatcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggataagagtgga 20490290  T
Q  908 aagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgcgtgtct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaatatgga 1001  Q
    |||||||  |||||||||||||| || |||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  20490291 aagtattttgttcgaagtgcataccgtatatgcgtgtttgaaattgcagataattctcatttgcatgtccctggctgat-ggaaattaatatgga 20490384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 440 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 9815704 - 9815322
Alignment:
Q  440 tttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaaggcac 539  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||| |  |||| | ||| |||||| | ||||||||      
T  9815704 tttaaggatttgacatcttttaatgtagctatgttaggaaaacagggttggagattccaaactgattcgtctag-tctgtctctcgtgtatttaaggcta 9815606  T
Q  540 aat-ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacaggg 638  Q
     || |||||||||  ||||||| ||  | |||| |||||| |||| | ||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  9815605 gatattttcctaattctaatttcattagttctaatattgggcataattcaagctatgtttggaggagtatctttagtgccaaaattgtggtgaaacaggg 9815506  T
Q  639 tgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgag 738  Q
     | ||| ||| | ||||| || |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||||| || | ||| |||| | |||| ||||||    
T  9815505 cgcgcgttggagaataggttctgatgctaatataccttttttaggcgctccttggctaaaggatgatttgtctttatccacaactaatccaatttttgag 9815406  T
Q  739 cctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaatttataatatatttgat 821  Q
    ||| | |||| |||||||||  |||| | |||||| || ||||||||||| || ||||| ||| | ||| ||||| | ||||||    
T  9815405 cctttgatgcaggtgaaattaagtgaatctattgaccaagatttgaaggtgtggaaagcgccccttattcataatttgtttgat 9815322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 440 - 821
Target Start/End: Complemental strand, 10717629 - 10717247
Alignment:
Q  440 tttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaaggcac 539  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||| |  |||| | ||| |||||| | ||||||||      
T  10717629 tttaaggatttgacatcttttaatgtagctatgttaggaaaacagggttggagattccaaactgattcgtctag-tctgtctctcgtgtatttaaggcta 10717531  T
Q  540 aat-ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacaggg 638  Q
     || |||||||||  ||||||| ||  | |||| |||||| |||| | ||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  10717530 gatattttcctaattctaatttcattagttctaatattgggcataattcaagctatgtttggaggagtatctttagtgccaaaattgtggtgaaacaggg 10717431  T
Q  639 tgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgag 738  Q
     | ||| ||| | ||||| || |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||||| || | ||| |||| | |||| ||||||    
T  10717430 cgcgcgttggagaataggttctgatgctaatataccttttttaggcgctccttggctaaaggatgatttgtctttatccacaactaatccaatttttgag 10717331  T
Q  739 cctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaatttataatatatttgat 821  Q
    ||| | |||| |||||||||  |||| | |||||| || ||||||||||| || ||||| ||| | ||| ||||| | ||||||    
T  10717330 cctttgatgcaggtgaaattaagtgaatctattgaccaagatttgaaggtgtggaaagcgccccttattcataatttgtttgat 10717247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 10326433 - 10326345
Alignment:
Q  277 atcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaattgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtg 365  Q
    ||||||||| |||| | ||||||| ||||||  ||||||||||||| |  |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  10326433 atcttatatcatgattctatttttactccctaataagctaattgatgccattgagaaaatgataaatgctttttggtggggtcatggtg 10326345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 219
Target Start/End: Original strand, 21116687 - 21116790
Alignment:
Q  116 gggaaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagta 215  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||| || ||||||||||||| ||| |||  ||||||||    
T  21116687 gggaagtatcttgggctaccttctatggttggtcgaagcaaagaagctactttcggatttattaaagatcgtatttggcacaaaatcaattcttggagta 21116786  T
Q  216 gcaa 219  Q
    ||||    
T  21116787 gcaa 21116790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10326644 - 10326465
Alignment:
Q  56 tgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcagagcgctaatggg-------aaatatcttggtttaccgtctatggtgggt 148  Q
    |||||||||  ||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||       ||||| |||| | |  ||||||||||||||    
T  10326644 tgttgttccctctcctataaaggatgccatcaccaatatccttggagtcagagcactaatgggaactggcaaataccttgttcttacgtctatggtgggt 10326545  T
Q  149 cg-----aagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatcca 230  Q
     |     ||||||||| ||||||||||| |||||       || |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  10326544 agaattaaagcaaagaggcgacatttggcttcat-------cgcatttggcacaaaattaatagttagagtagtaagtgcttatcca 10326465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 9815943 - 9815846
Alignment:
Q  203 aatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtattttt 300  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |  ||| | |||| ||| ||||| ||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  9815943 aatagttggagcagcaagtgtttatctaaagctggcagagaggttatgattaaatcagtactacaatctatcccgtcttatattatgagtgtcttttt 9815846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10717868 - 10717771
Alignment:
Q  203 aatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtattttt 300  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |  ||| | |||| ||| ||||| ||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  10717868 aatagttggagcagcaagtgtttatctaaagctggcagagaggttatgattaaatcagtactacaatctatcccgtcttatattatgagtgtcttttt 10717771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 252; Significance: 1e-139; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 15 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 37840694 - 37839789
Alignment:
Q  15 caggccattagcctttcaaggtctgaagttttctttagcattgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcagagcgctaa 114  Q
    |||| |||||||||| |||   |||||||| ||||||| | | |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  37840694 caggtcattagccttccaaaacctgaagttgtctttagaactattgttccatctcctatgaaggatgtcatcaccaacatctttggagtcagagcggtaa 37840595  T
Q  115 tgggaa-------atatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatag 207  Q
    ||||||       || | ||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||  ||| |||||||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  37840594 tgggaactcgcaaattttttggtgttccgtctatggtaggtcgaagcaaagaggcaacattcagtt-cattaaggaccacatttgacacaaaattaatag 37840496  T
Q  208 ttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctccct 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||   | ||  |||||||| |||||| ||||| || |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  37840495 ttggagcagcaagtgcttatccaaagctgacaaagatgtaatgattaaatcgatactcaagtctatcctatcttatatcatgagtgtatttttgctccat 37840396  T
Q  308 tctaagctaattgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagt 407  Q
     |||||||| ||||| || |||| ||||| || || || |||||||||| |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37840395 actaagctagttgatgctattgagaaaatgataaacgccttttggtgggatcatggtggtaatacgcgacgtgggttacactggatgtctttggaaaagt 37840296  T
Q  408 ttttcgttcataannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcc 507  Q
    | | ||| |||||       ||||||||||| ||||  || ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||     
T  37840295 tgtccgtccataacaattttggaggtatgaggtttatggatttgacctcttttaatgtgtctatgttagacaaacaaggtttgggatttcaaactgatct 37840196  T
Q  508 cactagctttgtttctcgtttgtttaaggcacaatttttcc-taacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagt 606  Q
    || |||  |||||||| | |||||||| |||| || |||||  |||| | ||||||| ||||| |  ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  37840195 caatagtattgtttctagcttgtttaaagcacgatatttccaaaacattgattttattgggtccaacattagacataatccaagttatgtttggcggagt 37840096  T
Q  607 atttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtt 706  Q
    || |||||||| |||||| |||| |||||||| | ||  ||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||      
T  37840095 atatttagtgcaaaaattgtggtgaaacagggcgcgcaatggtgtatgggctcaggagctaacatacctcttttaggcgttccttggcttaaagatggcc 37839996  T
Q  707 tgtccttgttcacgactagttcaatatttgagcctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaat 805  Q
    |||| ||||  |  |||| | |||||||||||||| |  ||| ||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  37839995 tgtctttgtcaataactaatccaatatttgagcctttgttgcaggtgaaattatgggaatttattgatcaagatttaaagctttggaaagctcccttaat 37839896  T
Q  806 ttataatatatttgatatgcccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggag-agagt 904  Q
    ||||||| |||||||| | |||  ||| ||  | | |||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||    
T  37839895 ttataatctatttgatgttcccactgcacagttaactcttaatacaccgcttcagcctcttgttacggaagataaattgatttggaaaaggtagaagagt 37839796  T
Q  905 ggtaagt 911  Q
    |||||||    
T  37839795 ggtaagt 37839789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 502 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 9633046 - 9632544
Alignment:
Q  502 tgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaaggcacaat-ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttgg 600  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||| | ||||| ||||||||    
T  9633046 tgatcccactagccttgtttctcgtttgtttaaggcacattattttcctaacattgattttatggggtctagtatcagacataattcaagttatgtttgg 9632947  T
Q  601 aggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaag 700  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9632946 cagagtatttttagtgctaaaattgtggtaaaatagggcgcgcggtagcgtataggctcaggagctaatatactttttttaggtgctccttggcttaaag 9632847  T
Q  701 acggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgagcctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcc 799  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |  ||| || |||||| ||||| ||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||    
T  9632846 acggtttttccttgtccacgactaatctaatatttgagcctctgttgcaggagaaattatgtgactttattgattaaaaattgaaggtttggaaagctcc 9632747  T
Q  800 cttaatttataatatatttgatatgcccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggag 899  Q
    ||||||||||||| | ||||||  | ||  ||| ||| |||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9632746 cttaatttataatctctttgatgcgtccactgcacaatttatccttaacacactacttcatcctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggag 9632647  T
Q  900 -agagtggtaagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgcgtgtct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaata 997  Q
     |||||||||||||||| | | |||||||||| || |||||| |||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || ||| || | |||||||||||    
T  9632646 aagagtggtaagtattctgcttgaagtgcataccgtatatgcttgtctgaaattgcagataattctcatttgcatgcccctggttg-ttggaatttaata 9632548  T
Q  998 tgga 1001  Q
    ||||    
T  9632547 tgga 9632544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 626 - 1001
Target Start/End: Original strand, 46077554 - 46077930
Alignment:
Q  626 tggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactag 725  Q
    ||||||||||||| | || |||   |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||     
T  46077554 tggtaaaacagggcgcgcagtgatttataggcttaggagctactatacctttttaaggtgttccttagcttaaggacgatttatccttgtccacgactaa 46077653  T
Q  726 ttcaatatttgagcctatat-gctggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaatttataatatatttgatatg 824  Q
    |  ||||||||||||| | | || |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||  |    
T  46077654 tcaaatatttgagcctttgttgcaggtgaaattgtgtgattt-attgaccaggacttgaaggtttggaaagctcccctaatttataatttatttgatgcg 46077752  T
Q  825 cccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaagggga-gagagtggtaagtattccgttcgaa 923  Q
    |||  ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||  |||| ||    
T  46077753 cccaatgcacaacttatccttaacacaccgctacaacctcttgttgtgaaagataaattattttggaaaagggaggagagtgttaagtattatgttcaaa 46077852  T
Q  924 gtgcatatcgaatatgcgtgtct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaatatgga 1001  Q
    |||||| ||| |||||| ||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || |||||||||||||||    
T  46077853 gtgcatttcgtatatgcatgtatgaaattgcagataattctcatttgcatgtccctgaccaat-ggaatttaatatgga 46077930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 119 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23061157 - 23060985
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  23061157 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggcgacttttggttttatcaaggaccgtatttggcacaaaattaacagttggagtagta 23061058  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgag 291  Q
    |||| || ||||  | | || ||| ||||||||||||||||||| | ||  | || |||||||||||||||||    
T  23061057 agtgtttgtccaaagttggtcgagaggtaatgatcaaatcggtattacaatcaatcccatcttatattatgag 23060985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 846 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 17284560 - 17284404
Alignment:
Q  846 aacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaagggga-gagagtggtaagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgcgtgt 944  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||  | ||||  ||||    
T  17284560 aacacaccgctacaacctcttgtttcggaagataagctaatttagaaaggggataagagtggtaagtattatgtttgaagtgcatactgtatatatgtgt 17284461  T
Q  945 ct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaatatgga 1001  Q
     |  ||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  17284460 ttgaaattgcaaataattctcatttgcatgtccctggctgat-ggaatttaatatgga 17284404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 43991034 - 43990897
Alignment:
Q  157 agaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaa 256  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||| | || |  ||    ||||  ||  |||| |||    
T  43991034 agaagcaacttttggcttcattaaggaccgcatttggcacaaaataaactgttggagcagcaagtgcctttctaaagccgaaagagaagtgttgatgaaa 43990935  T
Q  257 tcggtactccagactattccatcttatattatgagtgt 294  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  43990934 tcggtactccagtctattccttcttatattatgagtgt 43990897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 207; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 9 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 15504 - 15121
Alignment:
Q  9 tccgggcaggccattagcctttcaaggtctgaagttttctttagcattgttgttccacctcctatgaagtataccatcaccaacatccttggagtcagag 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15504 tccgggcaagccattagcctttcaaagtctgaagttttctttagcactgttgttccatctcctattaaggataccatcaccaacatcctaggagtcagag 15405  T
Q  109 cgctaatgggaa-------atatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaat 201  Q
    || || ||||||       |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  15404 cggtagtgggaactgggaaatatcttggtcttccgtctatggtgggtcgaagcaaagaggcaacatttggtttcattaaggactgtatttggcacaaaat 15305  T
Q  202 taatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15304 taatagttggagtagcaagtgcttatccaaggctagtagagaggtaatgatcaaatcagtactccagtatattccatcttatattatgagtgtatttttg 15205  T
Q  302 ctcccttct-aagctaattgattctgttg--aaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtggg 382  Q
    |||||   | |||||| |||||  | |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||    
T  15204 ctcccagataaagctagttgatgatattgaaaaaaaatgatcaatgctttttggtggggtcatggtggtaacacacggtgtggg 15121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 449 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 15110 - 14768
Alignment:
Q  449 ttgacatcttttaatgtggctatgt--tagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaaggcacaat-ttt 545  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  15110 ttgacatcttttaatgtggctgtgtgttaggtaaacaacgttggagatttcaaactgatcccactagccttgtttcttgtttgtttaaggcacgatattt 15011  T
Q  546 tcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcgg 645  Q
    || | ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  15010 tcgtcacactaattttattgggtctagcattggacataatccaatttatgtttggaagagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgcacgg 14911  T
Q  646 tggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctc--cttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgagcctat 743  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||| || || ||||  | || ||||| | |||||||| ||||| |    
T  14910 tgacgtataggctcagaagctaatataccttttttgggtgctccgcttgacttaaagatgggttatcctattccatgactaatccaatatttaagccttt 14811  T
Q  744 atgct-ggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaagg 786  Q
     |  | ||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||    
T  14810 gttataggtgaaattatgcgattttattgat-aagatttgaagg 14768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 1e-93; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 543 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 3602611 - 3602150
Alignment:
Q  543 ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtg 642  Q
    |||||| |||||| |||| || |||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||  ||||||||| || | |    
T  3602611 ttttcccaacactgatttgattgggtatagtattggacataagacaagttatgtttggaggagtatctcgagtgctaaaattggggtaaaacaaggcgcg 3602512  T
Q  643 cggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgagccta 742  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||| || |||||||| | |||||||| || |||||||||||||     
T  3602511 tgatggcgtataggctcaggagctaatatacattttttgtgtgctccttgacttaaagatggattgtccttctccacgactaatttaatatttgagcctt 3602412  T
Q  743 tatgct-ggtgaaattgtgtgattttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaatttataatatatttgatatgcccgttgctcaacttat 841  Q
    | |  | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||  |||  |||||||    
T  3602411 tgttgtaggtgaaattatgtgattttattgatcaagattcaaagatttgaaaaactcccttaatttataatctatttgatgcgcccactgcagaacttat 3602312  T
Q  842 tcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaaggggag-agagtggtaagtattccgttcgaagtgcatatcgaatatgc 940  Q
     ||||| ||||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| | || ||||||    
T  3602311 ccttaatacactgctacaacctcttattacagaagataaattaatttggaaagggaagaagagtggtaagtattttgttcgaagtgcacaccgtatatgc 3602212  T
Q  941 gtgtct-caattgtagataattatcatttgcatgtccttggctgatgggaatttaatatggag 1002  Q
    |||| |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3602211 gtgtatgaaattgcagataattctcatttgcatgtccttggccgat-ggaatttaatatggag 3602150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 84 - 294
Target Start/End: Original strand, 39285127 - 39285344
Alignment:
Q  84 atcaccaacatccttggagtcagagcgctaatgggaa-------atatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttca 176  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||       ||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||  ||||    
T  39285127 atcactaacatccttggagtcagagctgtaatgggaacaaaaaaataccttggtcttccgtctatggtgggtagaagcaaagaggcgatatttgccttca 39285226  T
Q  177 ttaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgt-agaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattc 275  Q
    | ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||  |||| |    
T  39285227 tcaaggatctcatttggcacaaaattaatagttggagtagcaagtgtttatccaaag-ttgtcagagaggtcatgattaaatcggtactccaatctatcc 39285325  T
Q  276 catcttatattatgagtgt 294  Q
    ||| |||||||| ||||||    
T  39285326 catattatattacgagtgt 39285344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 137 - 534
Target Start/End: Original strand, 27876015 - 27876411
Alignment:
Q  137 tctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggctt 236  Q
    |||||||||||  |||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || || |||| ||||     
T  27876015 tctatggtgggcagaagtaaagaggcaacatttggctttataaaggatcgtatttggcacaaaattaatagtttgagcagcaaatgtttgtccaaggctg 27876114  T
Q  237 gtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaattgattctgttgaaaaaat 336  Q
    || | | ||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||  | ||||| || ||   ||||||  ||||| |  | ||||||||    
T  27876115 gtcgtgaggtaatgatcaaatcggtactaca-tccatcccatcttatattatgagcatctttttacttccaaataagcttgttgatgcaatagaaaaaat 27876213  T
Q  337 tatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcataannnnnnnggaggtatg 436  Q
     || ||| ||||||||||||| || |  | ||  | ||| ||  | ||||| |||||||||| | ||| ||| |  ||||||||       |||||||||    
T  27876214 gattaattctttttggtggggccacgacggtaatatgcgtcgcagattacattggatgtcttagaaaaggttgtctgttcataaattttttggaggtatg 27876313  T
Q  437 agctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaa 534  Q
     ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || ||||||||| | | |||| |||||| ||| || |||||    
T  27876314 ggctttaaggatttgacttcttttaatgtggctatgttagggaaacagggatggaggttccaaattgattctagtagccttgtttgtcgattatttaa 27876411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 567 - 909
Target Start/End: Original strand, 15231282 - 15231624
Alignment:
Q  567 gtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagct 666  Q
    ||||| |||| | |||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  ||| ||| | ||||| |  || | |    
T  15231282 gtctaatattaggcataatccaagctatgtttggagaagtatttttagtgctaaaattgtggtgaaacaaggtacgcgatggagaataggttttggtgtt 15231381  T
Q  667 aatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgagcctat-atgctggtgaaattgtgtgatt 765  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| |||| || |||||||| || | ||| |||| | |||| ||||||||| | |||| |||||||||  |||| |    
T  15231382 aatatacc-tttttaggcgctccttggattaatgatggtttgtctttatccacaactaatccaatttttgagcctttgatgcaggtgaaattaagtgagt 15231480  T
Q  766 ttattgatcatgatttgaaggtttgtaaagctcccttaatttataatatatttgatatgcccgttgctcaacttattcttaacacaccactacaacctct 865  Q
    ||||||| || || |||||| | || ||||| ||| | |||| |||  | ||||||  || |  ||| ||| |||||||| |||||||| | ||  | ||    
T  15231481 ttattgaccaagaattgaagatgtggaaagcgccccttatttgtaacttgtttgatgcgcacactgcacaagttattcttgacacaccaattcagacact 15231580  T
Q  866 tgttacggaagataaattaatttggaaaggggagagagtggtaa 909  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| | | ||||||||    
T  15231581 tgttacggaagataaaatgatttggaaagggaaaaaagtggtaa 15231624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 457 - 535
Target Start/End: Original strand, 39285489 - 39285567
Alignment:
Q  457 ttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaag 535  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| | ||||||  |   |||||||||| |||||||||    
T  39285489 ttttaatgtggctatgttaggtaaacaatgttgaagatttcaaactaatcccaacaatcttgtttctcgcttgtttaag 39285567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 288
Target Start/End: Original strand, 20637963 - 20638101
Alignment:
Q  150 gaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgtagaggggtaat 249  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| | ||| ||   |||||| | ||||||| | || |  || || ||||  ||  |    
T  20637963 gaagcaaagaagcgacttttggcttcattaaggaccacatttggcataaaataaacttttggagcaacaagtgcctttctaaagcctgaagagaagtgtt 20638062  T
Q  250 gatcaaatcggtactccagactattccatcttatattat 288  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||    
T  20638063 gatcaaataggtactccagtctgttccttcttatattat 20638101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 90; Significance: 7e-43; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 140 - 772
Target Start/End: Original strand, 42435324 - 42435958
Alignment:
Q  140 atggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatggcttgta 239  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || ||  | || || ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||| |||| ||  ||| | |    
T  42435324 atggtgggtagaagtaaagaagcaaccttcagatttatcaaggaccgtatttagcacaaaatcaatagttggagccgcaagtgtttattcaaagctagca 42435423  T
Q  240 gaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaattgattctgttgaaaaaattat 339  Q
    ||| ||| ||||| || || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||  |||| || ||   |||  || ||||| |  |||||||||| ||    
T  42435424 gagaggtcatgattaagtcagtactacaacctatcccatcttatattatgagtgtccttttactgccaaataaattagttgatgcaattgaaaaaatgat 42435523  T
Q  340 caatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcataannnnnnnggaggtatgagc 439  Q
     ||||| |||||||||||| ||| || ||  | |||  | | |||||| ||||||||||||||||  || || ||||||||       ||| | ||| |     
T  42435524 aaatgccttttggtggggtaatgatggtaatatgcgcagagagttacattggatgtcttgggaaagattatttgttcataagaattttggatgcatgggg 42435623  T
Q  440 tttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttgtttctcgtttgtttaaggcac 539  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||| |||| |  ||||  ||||||||| ||| ||||||||      
T  42435624 tttaaggatctgacatcttttaatgtggctatgttaggaaaacaaggttggaggttccaaactgattcttctagtcttgtttctcctttatttaaggctg 42435723  T
Q  540 aat-ttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgctaaaattatggtaaaacaggg 638  Q
     || |||||||||  |  |||| || ||||||| |||||| |||| | ||||  ||||||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  42435724 gatattttcctaattccgatttcattgggtctaatattgggcataattcaagctatgtttggaagagtgtttttagtgccaaaattgttgtaaaacaggg 42435823  T
Q  639 tgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttcacgactagttcaatatttgag 738  Q
    || ||| ||| | ||||| || |  | ||||||||||||| |||| ||||||||||| || || | | |||| || | ||| ||||   |||| ||||||    
T  42435824 tgcgcgttggtggataggttctgctgataatataccttttctaggcgctccttggctaaaggatgatatgtctttatccacaactaacccaatttttgag 42435923  T
Q  739 cctat-atgctggtgaaattgtgtgattttattga 772  Q
    ||| | |||| ||||||||| || |||||||||||    
T  42435924 cctttgatgcaggtgaaattttgcgattttattga 42435958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 1018546 - 1018449
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtag 216  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| | ||  |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1018546 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggagaattttggttttatcaaggaccgtatttggcacaaaattaacagttggagtag 1018449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 283
Target Start/End: Original strand, 2437893 - 2438051
Alignment:
Q  125 cttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgct 224  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||||||| |||| || ||  |||||||||||||| |  | ||||| | ||| | ||||||||| || || ||||    
T  2437893 cttggtttaccttcaatggtagggcgaagcaaaaaagcaaccttcagtttcattaaggacagagtgtggcaaagaatcagtagttggagcagtaaatgct 2437992  T
Q  225 tatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttat 283  Q
    | || |  ||| |||| | ||| |||||||||||||| || ||  ||||||||||||||    
T  2437993 tgtctaaagctggtagggaggtcatgatcaaatcggtccttcaagctattccatcttat 2438051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 65
Target Start/End: Original strand, 42435197 - 42435242
Alignment:
Q  20 cattagcctttcaaggtctgaagttttctttagcattgttgttcca 65  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42435197 cattagccttccaaaatctgaagttttctttagcagtgttgttcca 42435242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 3e-42; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 119 - 476
Target Start/End: Original strand, 30303164 - 30303521
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  30303164 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggcgacttttggttttatcaaggaccgtatttggcacaaaattaacagttggagtagta 30303263  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaat 318  Q
    |||| || ||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||  | ||||| || ||   ||||||  |    
T  30303264 agtgtttgtccaaagctggtcgagaggtaatgatcaaatcggtactacaatcaatcccatcttatattatgagcatttttttacttccaaataagcttgt 30303363  T
Q  319 tgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcat 418  Q
    |||| |  | |||||| | || |||||||| |||||||| ||||| | ||  | ||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  || |  ||||||    
T  30303364 tgatgcaatagaaaaattgattaatgctttctggtggggccatggcggtaatatgcgtcgtggattacattggatgtcctgggaaagattgtctgttcat 30303463  T
Q  419 aannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttag 476  Q
    ||       ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30303464 aaattttttggaggcatgagctttaaggatttgacctcttttaatgtggctatgttag 30303521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 840 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 8704575 - 8704476
Alignment:
Q  840 attcttaacacaccactacaacctcttgttacggaagataaattaatttggaaagggg-agagagtggtaagtattccgttcgaagtgcatatcgaatat 938  Q
    ||||||||||| || || || || || || |||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||    
T  8704575 attcttaacacgccgcttcagccactagtaacggaagataaaatgatttggaaaggggaaaagagtggtaagtattatgtcagaagtgcatatagaatat 8704476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 429 - 475
Target Start/End: Original strand, 24869792 - 24869838
Alignment:
Q  429 gaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgtta 475  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24869792 gaggtatgagttttaaggatttgacttcttttaatgtggctatgtta 24869838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 119 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 28591768 - 28591116
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  28591768 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggcgacttttggttttatcaaggaccgtatttggcacaaaattaacagttggagtagta 28591669  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaat 318  Q
    |||| || ||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||  | ||||| || ||   ||||||  |    
T  28591668 agtgtttgtccaaagctggtcgagaggtaatgatcaaatcggtactacaatcaatcccatcttatattatgagcatttttttacttccaaataagcttgt 28591569  T
Q  319 tgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcat 418  Q
    |||| |  | |||||| | || |||||||| |||||||| ||||  | ||  | ||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  || |  ||||||    
T  28591568 tgatgcaatagaaaaattgattaatgctttctggtggggccatgacggtaatatgcgtcgtggattacattggatgtcctgggaaagattgtctgttcat 28591469  T
Q  419 aannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttg 518  Q
    ||       ||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || ||||  ||  | |  ||  |||    
T  28591468 aaattttttggaggcatgggctttaaggatttgacctcttttaatgtggctatgttagggaaacagggatggaggttccaaacagagtctagcagtcttg 28591369  T
Q  519 tttctcgtttgtttaaggc-acaatttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgc 617  Q
    ||| ||| || |||||||| | |   ||||||||  || ||||||| ||||| |  ||||| ||||  |||||  |||||||| | || |||||||||||    
T  28591368 tttgtcgattatttaaggctagatactttcctaattctgattttattgggtccaaaattgggcataacccaagctatgtttggcgaagcatttttagtgc 28591269  T
Q  618 taaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtttgtccttgttc 717  Q
     |||||| |||| ||||||||||  || ||||| || || ||||| |  || |||||||| || || || |||||||| || || |||||||| || | |    
T  28591268 aaaaattgtggtgaaacagggtgcacgatggcggatcggttcaggggtcaacatacctttcttgggagccccttggctcaaggatggtttgtctttatcc 28591169  T
Q  718 acgactagttcaatatttgagcctat-atgctggtgaaattgtgtgattttat 769  Q
    || |||| | | || ||||||||| | |||| ||||||||| ||||| |||||    
T  28591168 acaactaatcctatttttgagcctttgatgcaggtgaaattatgtgactttat 28591116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 695
Target Start/End: Original strand, 32894315 - 32894892
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||| ||| | || || ||||||||  |||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  32894315 aaatatctcggtgtgccatccatggtgggcagaagtaaagaggcaacatttggctttataaaggaccgtatttggcacaaaattaatagttggagcagta 32894414  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaat 318  Q
    | || || |  | |||| ||   | ||||||||||||||||||||| ||  | ||  ||||||||||||||||  | ||| | || ||   ||||||  |    
T  32894415 aatgtttgtaaaaggctggtcatgaggtaatgatcaaatcggtactacaatccatctcatcttatattatgagcatctttctacttccaaataagcttgt 32894514  T
Q  319 tgattctgttgaaaaaattatcaatgctttttggtggggtcatggtgatagcacgcggcgtgggttacactggatgtcttgggaaaagtttttcgttcat 418  Q
    |||| |  | |||||||| || ||||||||||||||||| || | || ||  | ||| || || ||||| |||||||||||||||| ||| |  ||||||    
T  32894515 tgatgcaatagaaaaaatgattaatgctttttggtggggccacgatggtaatatgcgtcgcggattacattggatgtcttgggaaaggttgtctgttcat 32894614  T
Q  419 aannnnnnnggaggtatgagctttaatgagttgacatcttttaatgtggctatgttagataaacaaggttggagatttcaaattgatcccactagctttg 518  Q
    ||       ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || |||| |||| | | |||| |||    
T  32894615 aaattttttggaggtatgtgctttaaggatttgacttcttttaatgtggctatgttagggaaacagggatggaggttccaaactgattctagtagccttg 32894714  T
Q  519 tttctcgtttgtttaaggc-acaatttttcctaacactaattttatggggtctagtattggacatactccaagtaatgtttggaggagtatttttagtgc 617  Q
    ||| ||| || ||||| || | |  ||||||||   || ||||||| ||||| |  || || ||||  |||||  || ||||| | ||||||||||| ||    
T  32894715 tttgtcgattatttaaagctagatattttcctacttctgattttattgggtccaaaatcgggcataacccaagctatatttggcgaagtatttttagcgc 32894814  T
Q  618 taaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggct 695  Q
     |||||  |||||||||||||||   | ||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  32894815 aaaaatagtggtaaaacagggtgcaagatggcggattggttcaggggccaatatacctttcttaggcgccccttggct 32894892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13107962 - 13107739
Alignment:
Q  134 ccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagcaagtgcttatccatgg 233  Q
    ||||||||| ||||  |||| ||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||    
T  13107962 ccgtctatgttgggcagaagtaaagaggtgacatttggttttataaaggaccgtatttgacacaaaattaatagttagagcagcaagtgcttgtccaagg 13107863  T
Q  234 cttgta-gaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgagtgtatttttgctcccttctaagctaattgattctgttgaaa 332  Q
    || ||| ||| |||||| || | |||| |||| ||   ||| |||||||||||||||||  | |||||||| ||   ||||||  ||||| |  | ||||    
T  13107862 ct-gtacgagaggtaataattatatcgatactacaagttatcccatcttatattatgagcatctttttgcttccaaataagcttgttgatgcaatagaaa 13107764  T
Q  333 aaattatcaatgctttttggtgggg 357  Q
    |||| || |||||||||||||||||    
T  13107763 aaatgattaatgctttttggtgggg 13107739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 119 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 25906159 - 25905987
Alignment:
Q  119 aaatatcttggtttaccgtctatggtgggtcgaagcaaagaagcgacatttggtttcattaaggaccgtatttggcacacaattaatagttggagtagca 218  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||  |||| ||||| | ||| |||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| |    
T  25906159 aaatatcttggccttccgtctatggtgggcagaagtaaagaggtgacttttgattttatcaaggaccgtatttggtacaaaattaacaattggagtagta 25906060  T
Q  219 agtgcttatccatggcttgtagaggggtaatgatcaaatcggtactccagactattccatcttatattatgag 291  Q
    |||| || ||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||  | ||  ||||||||||||||||    
T  25906059 agtgtttgtccaaagctggtcgagaggtaatgatcaaatcggtactacaatcaatctcatcttatattatgag 25905987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 706
Target Start/End: Original strand, 941492 - 941582
Alignment:
Q  616 gctaaaattatggtaaaacagggtgtgcggtggcgtataggctcaggagctaatataccttttttaggtgctccttggcttaaagacggtt 706  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  | ||| | || || || || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  941492 gctaaaattatggttaaacagggtgttagatggaggattggttctggtgctagtattcctttgttcggtgctccgtggcttaaagacggtt 941582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University