View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1001-INSERTION15 (Length: 745)

Name: NF1001-INSERTION15
Description: NF1001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1001-INSERTION15
NF1001-INSERTION15
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-745)||(17576054-17576805)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 745
Target Start/End: Original strand, 17576054 - 17576805
Alignment:
Q  6 catatatgtcatacatattttggactttgttgttgctgttagtatgtgctatacgaattatgcttgagtcctctaaattctatcttctatcttggctaaa 105  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17576054 catatatgtcatacatactttggactttgttgttgctgttagtatgtgctatacaaattatgcttgagtcctctaaattctatcttctatcttggctaag 17576153  T
Q  106 gtggttgaaacttgactgccaaagaaatgccacaaatcataataccaattctctgttatttggaaaatggcgcccgctttattgttaatgctaaaatcct 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17576154 gtggttgaaacttgactgccaaagaaatgccacaaatcataataccaattttctattatttggaaaatggcgcccgctttattgttaatgctaaaatcct 17576253  T
Q  206 ctttggtatgcatgataggatagcataggacaggataaggactagcataaaaacttgatagtataaggcttgacataatttaaataatgcaatagttatg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17576254 ctttggtatgcatgataggatagcataggacaggataaggactagtataaaaacttgatagtataaggcttgacataatttaaataatgcaatagttatg 17576353  T
Q  306 aagaaaaataaaccccgaagtaaggtgggggatatcatcctttccatttccctttccccaaagccctcccttcccttttgct------------acaaag 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||    
T  17576354 aagaaaaataaaccccgaagtaaggtgggggatatcatcctttccatttccctttccccaaagccctcccttcccttttgctcctaattctcaaacaaag 17576453  T
Q  394 cctaaattgggccctccacgttaaagaagtggactcaactctaactctagtacatggcaaggtcacatgaagattctgtggactcaactctatctctagt 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17576454 cctaaattgggccctccacgttaaagaagtggactcaactctaactctagtgcatggcaaggtcacatgaaaattctgtggactcaactctatctctagt 17576553  T
Q  494 acgggacaaggtcacatgaaggttatgtgtatgtatcacatacattaagtaagttggaccaatgtttggatcctctagagtagtttctctcttaatttat 593  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  17576554 acaggacaaggtcacatgaaagttatgtgtatgtgtcacatacattaagtaagttggaccaatgtttggatcctctagtgtagtttctctcttaatttaa 17576653  T
Q  594 tgttcccaaaacctg-aacaccatactgcaaatgtagaggataaatgtccagtcggaccatattaaactttttaaatgtgcatgtagaacaagataataa 692  Q
    || |||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17576654 tggtccctacaactgcaacaccatactgcaaatgtagaggataaaagtccagtcggaccatattaaactttttaaatgtgcatgtagaacaagataataa 17576753  T
Q  693 tgagattcacgcttcataannnnnnnncacataatcatactatgtgaaaaatc 745  Q
    |||||||||| ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  17576754 tgagattcacacttcataa-tttttttcacataatcatactatgtgaaaaatc 17576805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University