View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10014_high_5 (Length: 280)
Name: NF10014_high_5
Description: NF10014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10014_high_5 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 17842918 - 17843169
Alignment:
| Q |
1 |
tacttaatgttttagtagcaagatgaagatttggcaaactaaaccttaaataaacgagaacattatacacaaattttaacttcaaaccacacaaatattc |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
17842918 |
tacttaatgttttagtagcaagatgaagatttggcaaactaaacctaaaataaacgagaacattatacacaaattttaacttcaaaccacacaaatattc |
17843017 |
T |
|
| Q |
101 |
atttatttgcatcacacataatataagatacactcctcaagacatcaccgacacatttatttcatacaaacaaaggatcaagggaagcaaatatgcatgt |
200 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
17843018 |
atttatttgcatcacacataatataagatacactcctcaagacatcaccgacacatttattcgatacaaacaaaggatcaagggaagcaaatatgcatgt |
17843117 |
T |
|
| Q |
201 |
ttatgctacatgccattatacaaacatcaaactaacttttattttatttata |
252 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
17843118 |
ttatgctacatgccattatacaaacatcaaactagcttttattttatttata |
17843169 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 263
Target Start/End: Original strand, 17851490 - 17851744
Alignment:
| Q |
7 |
atgttttagtagcaagatgaagatttggcaaactaaaccttaaataaacgagaacattatacacaaattttaacttcaaaccacacaaatattcatttat |
106 |
Q |
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||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
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| T |
17851490 |
atgttttagcagcacgatcaagatttggcaaactaaaccttaaataaat-agaacattatacacaaattttaacttcaaagcacacaaatatccatttat |
17851588 |
T |
|
| Q |
107 |
ttgcatcacacataatataagatacactcctcaagacatcaccgacacatttatttcatacaaacaaaggatcaagggaagcaaatatgcatgtttatgc |
206 |
Q |
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|||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |
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| T |
17851589 |
ttgcattacacataatataaga-acactccttaaaacatcaccgacacatttattcgatacaaacgaaggttcaagggaaacaaatatgcatgcttatgc |
17851687 |
T |
|
| Q |
207 |
tacatgccattatacaaacatcaaactaacttttattttatttatatgctcacattt |
263 |
Q |
| |
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|
| T |
17851688 |
tacatgccattatacaaacatcacactagcttttattttatttatatgctcacattt |
17851744 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 263
Target Start/End: Original strand, 17817134 - 17817365
Alignment:
| Q |
22 |
gatgaagatttggcaaactaaaccttaaataaacgagaacattatacacaaattttaacttcaaaccacacaaatattcatttatttgcatcacacataa |
121 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |
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| T |
17817134 |
gatgaagatttggcaaactaa-cctcaaataaatgagagcattatacaccaatttaaacgtcaaagcacaccaatatctatttatttgaatcacacataa |
17817232 |
T |
|
| Q |
122 |
tataagatacactcctcaagacatcaccgacacatttatttcatacaaacaaaggatcaagggaagcaaatatgcatgtttatgctacatgccattatac |
221 |
Q |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| | ||||| ||||| ||||||| |
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| T |
17817233 |
tataaaatacactcctcaagacatcaccgacacgtttatttgatacaaacgaaggaccaagtgaagcaaaca---------atgctgcatgcaattatac |
17817323 |
T |
|
| Q |
222 |
aaacatcaaactaacttttattttatttatatgctcacattt |
263 |
Q |
| |
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|||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
17817324 |
aaacatcacactagcttttattttatttatatgctcacattt |
17817365 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 263
Target Start/End: Original strand, 17868549 - 17868768
Alignment:
| Q |
45 |
cttaaataaacgagaacattat-acacaaattttaacttcaaaccacacaaatattcatttatttgcatcacacataatataagatacactcctcaagac |
143 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | || ||||||| |
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| T |
17868549 |
cttaaataattgagaacattattacacaaatttaaactgcaaagtacacaaatatccatttatttgcatcacacataatttaagacataatcttcaagac |
17868648 |
T |
|
| Q |
144 |
atcaccgacacatttatttcatacaaacaaaggatcaagggaagcaaatatgcatgtttatgctacatgccattatacaaacatcaaactaacttttatt |
243 |
Q |
| |
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|| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| |
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| T |
17868649 |
atgaccgacacatatatttgatacaaacgaaggatcaagggaaagaaatatgcatgcttatgctacatgccaaaatacaaacttcacactagcttttatt |
17868748 |
T |
|
| Q |
244 |
ttatttatatgctcacattt |
263 |
Q |
| |
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|
| T |
17868749 |
ttatctatatgctcacattt |
17868768 |
T |
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