View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10014_low_17 (Length: 232)

Name: NF10014_low_17
Description: NF10014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10014_low_17
NF10014_low_17
[»] chr6 (25 HSPs)
chr6 (1-222)||(33342149-33342370)
chr6 (1-222)||(34164761-34164982)
chr6 (1-222)||(34166983-34167204)
chr6 (2-222)||(6027151-6027370)
chr6 (2-222)||(25421208-25421429)
chr6 (1-222)||(16554772-16554993)
chr6 (1-222)||(16631328-16631549)
chr6 (1-229)||(16653008-16653236)
chr6 (1-211)||(27647777-27647984)
chr6 (1-222)||(16578562-16578783)
chr6 (1-222)||(16616597-16616818)
chr6 (1-154)||(13153886-13154039)
chr6 (6-211)||(412016-412221)
chr6 (6-211)||(3072808-3073014)
chr6 (96-211)||(6097577-6097695)
chr6 (6-211)||(2171581-2171792)
chr6 (7-208)||(31404725-31404932)
chr6 (7-208)||(5406250-5406456)
chr6 (7-208)||(5410575-5410781)
chr6 (54-127)||(3038998-3039071)
chr6 (7-127)||(4045423-4045542)
chr6 (6-208)||(30834585-30834794)
chr6 (54-127)||(2973034-2973107)
chr6 (54-127)||(21588931-21589004)
chr6 (54-127)||(21593664-21593737)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (1-222)||(5138193-5138414)
chr4 (1-222)||(5135967-5136189)
chr4 (2-222)||(7122585-7122806)
chr4 (2-222)||(7124804-7125025)
chr4 (2-222)||(8395508-8395726)
chr4 (2-222)||(8393299-8393517)
chr4 (6-195)||(31495365-31495556)
chr4 (6-208)||(13992342-13992544)
chr4 (7-208)||(29999856-30000063)
chr4 (7-107)||(12119559-12119658)
chr4 (7-195)||(56178687-56178882)
chr4 (10-120)||(5207895-5208003)
chr4 (54-127)||(9927553-9927626)
chr4 (54-127)||(41639426-41639499)
chr4 (54-127)||(54200001-54200074)
chr4 (55-127)||(26364236-26364308)
chr4 (7-127)||(47038461-47038577)
chr4 (7-101)||(26699492-26699585)
chr4 (25-123)||(48142444-48142542)
chr4 (54-127)||(34570509-34570582)
chr4 (7-127)||(36994524-36994642)
chr4 (54-127)||(41639263-41639336)
chr4 (7-127)||(48143042-48143161)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-222)||(15290427-15290648)
chr8 (1-222)||(15470796-15471017)
chr8 (1-222)||(42575368-42575589)
chr8 (1-215)||(25689865-25690078)
chr8 (2-211)||(3439418-3439626)
chr8 (6-211)||(2627649-2627855)
chr8 (93-208)||(34254464-34254586)
chr8 (7-127)||(42498193-42498312)
chr8 (54-127)||(15212786-15212859)
chr8 (88-127)||(8965820-8965859)
chr8 (54-127)||(27811278-27811351)
chr8 (55-124)||(44353796-44353865)
chr8 (55-127)||(30291606-30291679)
chr8 (54-125)||(40321082-40321153)
chr8 (56-127)||(43036423-43036494)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (1-222)||(16546534-16546755)
chr5 (1-222)||(16544312-16544533)
chr5 (2-222)||(25078023-25078244)
chr5 (2-222)||(25135992-25136213)
chr5 (1-222)||(40379995-40380215)
chr5 (1-222)||(40382206-40382426)
chr5 (2-222)||(10593161-10593381)
chr5 (2-215)||(22536335-22536545)
chr5 (2-211)||(29751205-29751414)
chr5 (2-211)||(29720278-29720487)
chr5 (2-211)||(29722438-29722647)
chr5 (6-211)||(18441697-18441902)
chr5 (6-211)||(9789273-9789478)
chr5 (6-211)||(16409389-16409594)
chr5 (6-211)||(26177797-26178001)
chr5 (7-208)||(25412672-25412878)
chr5 (96-211)||(26170688-26170804)
chr5 (7-127)||(13695740-13695859)
chr5 (7-195)||(13239674-13239869)
chr5 (54-124)||(39468644-39468714)
chr5 (54-127)||(13488203-13488276)
chr5 (7-127)||(40147261-40147379)
chr5 (54-127)||(42428525-42428598)
[»] chr3 (38 HSPs)
chr3 (1-222)||(4598567-4598788)
chr3 (1-222)||(4600788-4601009)
chr3 (1-222)||(10056122-10056343)
chr3 (1-222)||(10058344-10058565)
chr3 (1-222)||(10060566-10060787)
chr3 (1-222)||(10062788-10063009)
chr3 (1-222)||(10065010-10065231)
chr3 (1-222)||(10211298-10211519)
chr3 (1-222)||(10209078-10209299)
chr3 (2-222)||(25637331-25637550)
chr3 (2-222)||(3617352-3617573)
chr3 (23-222)||(10067232-10067431)
chr3 (1-211)||(6716414-6716623)
chr3 (1-211)||(54635039-54635248)
chr3 (2-211)||(45282897-45283109)
chr3 (93-211)||(6718598-6718718)
chr3 (2-211)||(801005-801215)
chr3 (6-162)||(7780053-7780208)
chr3 (7-208)||(45095075-45095281)
chr3 (6-211)||(23200187-23200398)
chr3 (6-208)||(5258193-5258402)
chr3 (6-208)||(5260372-5260581)
chr3 (6-208)||(9636175-9636385)
chr3 (6-211)||(23197988-23198199)
chr3 (7-127)||(4569952-4570070)
chr3 (54-127)||(5236551-5236624)
chr3 (7-127)||(7762265-7762383)
chr3 (7-125)||(31314447-31314563)
chr3 (40-127)||(51352191-51352278)
chr3 (7-109)||(51398833-51398932)
chr3 (7-116)||(7764476-7764582)
chr3 (7-127)||(34491212-34491330)
chr3 (7-127)||(40734498-40734616)
chr3 (55-127)||(43401898-43401970)
chr3 (54-127)||(5433971-5434046)
chr3 (7-124)||(19683939-19684054)
chr3 (88-127)||(29196515-29196555)
chr3 (56-127)||(44331545-44331616)
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (1-222)||(6594602-6594822)
chr7 (2-222)||(18388805-18389024)
chr7 (2-222)||(18392241-18392460)
chr7 (1-222)||(6592384-6592604)
chr7 (2-222)||(32060367-32060590)
chr7 (2-211)||(20343811-20344020)
chr7 (56-222)||(1562103-1562268)
chr7 (4-211)||(24789755-24789962)
chr7 (6-211)||(43504203-43504409)
chr7 (6-211)||(39731283-39731488)
chr7 (2-49)||(1560711-1560757)
chr7 (6-211)||(25767009-25767215)
chr7 (7-127)||(34310766-34310884)
chr7 (6-211)||(48408709-48408923)
chr7 (7-127)||(48491579-48491697)
chr7 (6-208)||(35853825-35854033)
chr7 (7-127)||(4586161-4586279)
chr7 (54-127)||(23343975-23344048)
chr7 (54-195)||(47674038-47674189)
chr7 (96-195)||(25615785-25615885)
chr7 (54-127)||(22269973-22270046)
chr7 (54-127)||(27347817-27347890)
chr7 (54-127)||(30024827-30024900)
chr7 (54-127)||(43864244-43864317)
chr7 (55-127)||(2361068-2361140)
chr7 (54-127)||(4253624-4253697)
chr7 (55-127)||(29608737-29608809)
chr7 (7-74)||(36574565-36574631)
[»] scaffold0674 (1 HSPs)
scaffold0674 (6-222)||(3775-3990)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (2-222)||(2649-2868)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (2-222)||(12647431-12647650)
chr2 (2-211)||(6266605-6266814)
chr2 (2-148)||(13656077-13656221)
chr2 (25-211)||(32289479-32289665)
chr2 (6-211)||(4484379-4484592)
chr2 (6-211)||(30833252-30833465)
chr2 (7-122)||(33648176-33648290)
chr2 (53-127)||(13121769-13121843)
chr2 (7-195)||(34139820-34140017)
chr2 (7-127)||(24398055-24398176)
chr2 (55-208)||(36205760-36205921)
chr2 (54-198)||(38312159-38312313)
chr2 (7-127)||(2334468-2334586)
chr2 (7-127)||(26353184-26353302)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (2-222)||(44203536-44203755)
chr1 (2-222)||(9036320-9036539)
chr1 (2-211)||(40282291-40282500)
chr1 (1-211)||(21053872-21054082)
chr1 (2-211)||(9987116-9987324)
chr1 (2-211)||(20622282-20622492)
chr1 (6-211)||(51765302-51765516)
chr1 (6-128)||(13316401-13316521)
chr1 (7-127)||(37503607-37503722)
chr1 (7-127)||(44455160-44455278)
chr1 (55-108)||(6378603-6378655)
chr1 (7-74)||(5459959-5460024)
chr1 (54-127)||(3156865-3156938)
chr1 (7-127)||(3189330-3189448)
chr1 (7-127)||(3198147-3198265)
chr1 (7-127)||(3206986-3207104)
chr1 (54-127)||(28220321-28220394)
chr1 (54-127)||(49918350-49918423)
chr1 (54-106)||(928071-928123)
chr1 (7-74)||(6808505-6808571)
chr1 (54-122)||(12318618-12318685)
chr1 (56-127)||(37033170-37033241)
[»] scaffold0137 (1 HSPs)
scaffold0137 (1-222)||(6177-6397)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (6-208)||(434443-434652)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (6-211)||(11210-11423)
scaffold0491 (6-129)||(8784-8907)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 25)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 33342149 - 33342370
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33342149 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggagtacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 33342248  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33342249 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 33342348  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  33342349 aaaccctagagcttcccctttg 33342370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34164982 - 34164761
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34164982 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 34164883  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34164882 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 34164783  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  34164782 aaactctagagcttcccctttg 34164761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34167204 - 34166983
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34167204 tttgtactctccaatccactatcaaataagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 34167105  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34167104 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 34167005  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  34167004 aaactctagagcttcccctttg 34166983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6027370 - 6027151
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  6027370 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 6027272  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6027271 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 6027172  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6027171 aaccctagagcttcccctttg 6027151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25421429 - 25421208
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25421429 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 25421331  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25421330 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 25421231  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25421230 taaaccctagagcttcccctttg 25421208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16554993 - 16554772
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  16554993 tttgcactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 16554896  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16554895 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 16554796  T
Q  199 ctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||    
T  16554795 ctaaaccctagagttgcccctttg 16554772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16631549 - 16631328
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  16631549 tttgcactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 16631452  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16631451 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 16631352  T
Q  199 ctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||    
T  16631351 ctaaaccctagagttgcccctttg 16631328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 16653236 - 16653008
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  16653236 tttgcactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 16653139  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16653138 tttttacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 16653039  T
Q  199 ctaaaccctagagcttcccctttgcttctcc 229  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  16653038 ctaaaccctagagttgcccctttgattctcc 16653008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27647984 - 27647777
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  27647984 tttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 27647888  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27647887 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacatggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 27647788  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  27647787 aaaccctagag 27647777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 16578562 - 16578783
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  16578562 tttgcactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgagcaaaccctaa 16578659  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16578660 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaacgtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 16578759  T
Q  199 ctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||    
T  16578760 ctaaaccctagagttgcccctttg 16578783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16616818 - 16616597
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  16616818 tttgcactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgagcaaaccctaa 16616721  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16616720 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaacgtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 16616621  T
Q  199 ctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||| | ||||||||    
T  16616620 ctaaaccctagagttgcccctttg 16616597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 13154039 - 13153886
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13154039 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 13153940  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13153939 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggt 13153886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 412221 - 412016
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |  |||||||||||||| ||    | |||||| |||||||| |||||||||    
T  412221 actctctaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaagagttacaagaaattagatttgataagttcacaatgaacaa-ccctaattt 412125  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||    
T  412124 ctacctttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagaagctctaatcaaag-actcta 412026  T
Q  202 aaccctagag 211  Q
    ||||||||||    
T  412025 aaccctagag 412016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 3072808 - 3073014
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |  |||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  3072808 actctccaattcactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-ccctaatt 3072903  T
Q  103 tctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || |    
T  3072904 tctaccattttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actc 3073002  T
Q  200 taaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||    
T  3073003 taaaccctagag 3073014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 211
Target Start/End: Original strand, 6097577 - 6097695
Alignment:
Q  96 cctaatttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctcta--caaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||   |||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  6097577 cctaatttctaccatttttccaatctcaccaaaacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttaccatgtttcccaaccaaagagatactctaatcaa 6097676  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||||||||    
T  6097677 agaaccctaaaccctagag 6097695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 2171581 - 2171792
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  2171581 actctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 2171675  T
Q  105 taccccttt-cccaatctcaccaa-------gacactcaatgattctctcta--caaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaaa 193  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||       |||||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  2171676 taccatttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaaactctaatcaaa 2171775  T
Q  194 gaaccctaaaccctagag 211  Q
    | ||||||||||||||||    
T  2171776 g-accctaaaccctagag 2171792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Original strand, 31404725 - 31404932
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  31404725 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 31404819  T
Q  105 tacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgtttt-caacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||     
T  31404820 taccattttcccaatctcactgatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgttttccaacccaagaga-actctaatcaaaa 31404918  T
Q  195 aaccctaaacccta 208  Q
     |||||||||||||    
T  31404919 gaccctaaacccta 31404932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Original strand, 5406250 - 5406456
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  5406250 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 5406344  T
Q  105 tacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||| ||||| |||||||||||||    
T  5406345 taccattttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccgagaga-actctaatcaaag 5406443  T
Q  195 aaccctaaacccta 208  Q
     |||||||||||||    
T  5406444 -accctaaacccta 5406456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Original strand, 5410575 - 5410781
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  5410575 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 5410669  T
Q  105 tacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||| ||||| |||||||||||||    
T  5410670 taccattttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccgagaga-actctaatcaaag 5410768  T
Q  195 aaccctaaacccta 208  Q
     |||||||||||||    
T  5410769 -accctaaacccta 5410781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 3038998 - 3039071
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacc-cctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||| |||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  3038998 ggttacaagaaattagcttcaaaaagctcacaatgaac-aaccctaatttctaccaattttcccaatctcaccaa 3039071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 4045542 - 4045423
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  || || || | | |||||||||||||||||||  | | |||  | ||||||||||||||||||    
T  4045542 ctctccaatccactatcaa-tgagttatttacaaagaga-tataaaatgattacaagaaattagcttcaacaagctcataaagaacaaaccctaatttct 4045445  T
Q  106 acccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||  |||||||||||| ||||    
T  4045444 accattttcccaatctctccaa 4045423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 30834585 - 30834794
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  30834585 actctccaatccactatc-aatgagttctt--ccaaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 30834679  T
Q  104 ctaccc--ctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatca 191  Q
    ||||||   ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  | |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  30834680 ctacccttttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccgaggtgtttacaatgtttctcaacccaagaga-actctaatca 30834778  T
Q  192 aagaaccctaaacccta 208  Q
    ||| ||| |||||||||    
T  30834779 aag-accataaacccta 30834794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 2973034 - 2973107
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  2973034 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaa-cctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 2973107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 21589004 - 21588931
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21589004 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 21588931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 21593737 - 21593664
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21593737 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 21593664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 5138414 - 5138193
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5138414 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 5138315  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5138314 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtatttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 5138215  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5138214 aaaccctagagcttcccctttg 5138193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 5136189 - 5135967
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5136189 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 5136090  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatg-ttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5136089 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtatttcccatgtttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 5135990  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5135989 taaaccctagagcttcccctttg 5135967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7122806 - 7122585
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7122806 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagtttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 7122708  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7122707 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 7122608  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7122607 taaaccctagagcttcccctttg 7122585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7125025 - 7124804
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7125025 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagtttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 7124927  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7124926 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 7124827  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7124826 taaaccctagagcttcccctttg 7124804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8395726 - 8395508
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8395726 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgaca-tgttcactatgaacaaaccctaat 8395629  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395628 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 8395529  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8395528 aaccctagagcttcccctttg 8395508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8393517 - 8393299
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8393517 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgaca-tgttcactatgaacaaaccctaat 8393420  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8393419 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccata 8393320  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8393319 aaccctagagcttcccctttg 8393299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 195
Target Start/End: Original strand, 31495365 - 31495556
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |  |||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| || |||||    
T  31495365 actctccaatcaactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaatcc-taatt 31495460  T
Q  103 tctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaaga 195  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  31495461 tctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaaga 31495556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 13992342 - 13992544
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||  |||||| || |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  13992342 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaagag--atacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 13992435  T
Q  104 ctaccc--ctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13992436 ctacccttttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagagactctaatcaaag-acc 13992534  T
Q  199 ctaaacccta 208  Q
    ||||||||||    
T  13992535 ctaaacccta 13992544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Original strand, 29999856 - 30000063
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||| || ||||||||||||||||||    |||||||| | |||||| |||||||||||    
T  29999856 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaaaagatacaaaagagttacaagaaattagctttgacatgttcacaaagaacaa-ccctaatttct 29999952  T
Q  106 acccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaaaga 195  Q
    |||| ||||||||||||||       |||||||||||| ||  ||| |||  |||||||||| | |||||| | ||||||||||| |||||||||||||     
T  29999953 acccttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaacgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttccaaacccaagaga-actctaatcaaag- 30000050  T
Q  196 accctaaacccta 208  Q
    |||||||||||||    
T  30000051 accctaaacccta 30000063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 12119658 - 12119559
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  12119658 ctctccaatccactat-aaatgagttctttacaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagcttcaaaaagttcacaaagaacaaaccataatttct 12119561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 195
Target Start/End: Original strand, 56178687 - 56178882
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||    
T  56178687 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttct 56178782  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  56178783 accctttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaag 56178881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 120
Target Start/End: Original strand, 5207895 - 5208003
Alignment:
Q  10 tccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagga-atacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacc 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||| ||||||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5207895 tccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaatagatatacaag-ggttgcaataaattagcttcaacaagttcacaaagaacaaaccctaatttctacc 5207991  T
Q  109 cctttcccaatc 120  Q
    | ||| ||||||    
T  5207992 ctttttccaatc 5208003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 9927553 - 9927626
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9927553 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 9927626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 41639499 - 41639426
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  41639499 ggttacaagaaattagcttcaaaaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatcttaccaa 41639426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 54200001 - 54200074
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  54200001 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 54200074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 26364308 - 26364236
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  26364308 gttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 26364236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Original strand, 47038461 - 47038577
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttcta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||  || |||||  | |||||||||||||||||||  | | |||| | |||||| ||||||||||||    
T  47038461 ctctccaatccactatcaa-tgagtcctt-acaaacaga-tacaaatgattacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaa-ccctaatttcta 47038556  T
Q  107 cccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||| ||| |||||||||||||    
T  47038557 cccattttccaatctcaccaa 47038577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 101
Target Start/End: Original strand, 26699492 - 26699585
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||    
T  26699492 ctctccaatccattat-aaatgagttctttacaaagaga-tacaaaagagttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaat 26699585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 123
Target Start/End: Original strand, 48142444 - 48142542
Alignment:
Q  25 aatgagttctttacaaaagga-atacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctca 123  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||| ||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||    
T  48142444 aatgagttctttacaaagagatatacaag-ggttacaagaaactagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttctatcatgttcccaatctca 48142542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 34570509 - 34570582
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacc-cctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  34570509 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacctattttcccaatctcaccaa 34570582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 36994642 - 36994524
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||  || |||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||| ||||||||    
T  36994642 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaggga-tacaaatgggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccttaatttct 36994547  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||||||||||||||||    
T  36994546 acccattttcccaatctcaccaa 36994524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 41639336 - 41639263
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| || | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  41639336 ggttacaagaaattagcttcaaaaagtttacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatcttaccaa 41639263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 48143161 - 48143042
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||   || ||  |||||| ||| |||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||    
T  48143161 ctctccaatccactatcaa-tgagttcttatgaagag--atacaaaagggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttct 48143066  T
Q  106 acc--cctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||    |||||||||||||||||    
T  48143065 acctttttttcccaatctcaccaa 48143042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15290648 - 15290427
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15290648 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 15290549  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15290548 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 15290449  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  15290448 aaaccctagagctttccctttg 15290427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15471017 - 15470796
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15471017 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 15470918  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15470917 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 15470818  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  15470817 aaaccctagagctttccctttg 15470796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 42575368 - 42575589
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  42575368 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaatccctaa 42575467  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42575468 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 42575567  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  42575568 aaaccctagagctttccctttg 42575589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 25690078 - 25689865
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  25690078 tttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 25689982  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25689981 tttctacctttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 25689882  T
Q  199 ctaaaccctagagcttc 215  Q
    |||||||||||||||||    
T  25689881 ctaaaccctagagcttc 25689865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 3439626 - 3439418
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||||||||||||    
T  3439626 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgccaa-gttcataatgaacaaaccctaat 3439530  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3439529 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 3439430  T
Q  200 taaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||    
T  3439429 taaaccctagag 3439418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2627855 - 2627649
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||  |||||| | |  || ||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  2627855 actctccaatccactatcaa-tgagttctt-acacaagagatacaaaaagagttgcaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-ccctaatt 2627760  T
Q  103 tctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || |    
T  2627759 tctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actc 2627661  T
Q  200 taaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||    
T  2627660 taaaccctagag 2627649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 93 - 208
Target Start/End: Original strand, 34254464 - 34254586
Alignment:
Q  93 aaccctaatttctacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatac 183  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | |||| | |||||||||||| ||    
T  34254464 aaccctaatttctacccttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtctccaacccaagaga-ac 34254562  T
Q  184 tctaatcaaagaaccctaaacccta 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  34254563 tctaatcaaag-accctaaacccta 34254586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 42498312 - 42498193
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||    
T  42498312 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaa-gaaatacaaaagggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttct 42498217  T
Q  106 acc--cctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||    |||||||||||||||||    
T  42498216 acctttttttcccaatctcaccaa 42498193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 15212859 - 15212786
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  15212859 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 15212786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 88 - 127
Target Start/End: Original strand, 8965820 - 8965859
Alignment:
Q  88 gaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  8965820 gaacaaaccctaatttctacctttttcccaatctcaccaa 8965859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 27811351 - 27811278
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  27811351 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 27811278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 44353865 - 44353796
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcac 124  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  44353865 gttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcac 44353796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 30291679 - 30291606
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||| | ||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  30291679 gttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaacctaatttctacccattttctcaatctcaccaa 30291606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 40321153 - 40321082
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcacc 125  Q
    ||||||||||||||| |||||  | | |||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  40321153 ggttacaagaaattaacttcaacaagctcacaatgaacaa-ccctaatttctacccattttcccaatctcacc 40321082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 43036494 - 43036423
Alignment:
Q  56 ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccccttt-cccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||| ||||  | |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  43036494 ttacaagaaattagtttcaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 43036423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16546755 - 16546534
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16546755 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 16546656  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16546655 tttctacccctttcctaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 16546556  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16546555 aaaccctagagcttcccctttg 16546534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16544533 - 16544312
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16544533 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttatgagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 16544434  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16544433 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 16544334  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16544333 aaaccctagagcttcccctttg 16544312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25078244 - 25078023
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25078244 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 25078146  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25078145 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 25078046  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25078045 taaaccctagagcttcccctttg 25078023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25136213 - 25135992
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25136213 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 25136115  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25136114 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 25136015  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25136014 taaaccctagagcttcccctttg 25135992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 40380215 - 40379995
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  40380215 tttgaactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagtttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaa 40380117  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40380116 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccgagagatactctaatcaaagaaccct 40380017  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  40380016 aaaccctagagcttcccctttg 40379995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 40382426 - 40382206
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  40382426 tttgaactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaa 40382328  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40382327 cttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccgagagatactctaatcaaagaaccct 40382228  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  40382227 aaaccctagagcttcccctttg 40382206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10593381 - 10593161
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  10593381 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 10593284  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10593283 ttctacccttctcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttctacccaagagatactctaatcaaagaaccc 10593184  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||| | ||||||||    
T  10593183 taaaccctagagttccccctttg 10593161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 215
Target Start/End: Original strand, 22536335 - 22536545
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22536335 ttgtactccccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaat 22536431  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22536432 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctgcagggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 22536531  T
Q  202 aaccctagagcttc 215  Q
    ||||||||||||||    
T  22536532 aaccctagagcttc 22536545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 29751205 - 29751414
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29751205 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 29751301  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29751302 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 29751401  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  29751402 ctaaaccctagag 29751414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 29720487 - 29720278
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||| ||||||||    
T  29720487 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagattagacaa-gttcacaatgaactaaccctaa 29720391  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29720390 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 29720291  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  29720290 ctaaaccctagag 29720278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 29722647 - 29722438
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||| ||||||||    
T  29722647 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagattagacaa-gttcacaatgaactaaccctaa 29722551  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29722550 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 29722451  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  29722450 ctaaaccctagag 29722438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 18441697 - 18441902
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  18441697 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaggaac-aaccctaattt 18441792  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || ||    
T  18441793 ctaccctttttccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actct 18441891  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  18441892 aaaccctagag 18441902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 9789273 - 9789478
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||| ||||||    
T  9789273 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaggaac-aaccttaattt 9789368  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || ||    
T  9789369 ctaccctttttccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actct 9789467  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  9789468 aaaccctagag 9789478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 16409594 - 16409389
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  16409594 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 16409499  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || ||    
T  16409498 ctaccctttttccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttaccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actct 16409400  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  16409399 aaaccctagag 16409389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 26178001 - 26177797
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  26178001 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 26177906  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  |||||||||||| || ||    
T  26177905 cta-cccttttccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttaccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-actct 26177808  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  26177807 aaaccctagag 26177797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25412878 - 25412672
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  25412878 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 25412784  T
Q  105 tacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  25412783 tacccttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaag 25412685  T
Q  195 aaccctaaacccta 208  Q
     |||||||||||||    
T  25412684 -accctaaacccta 25412672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 96 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 26170804 - 26170688
Alignment:
Q  96 cctaatttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  || |||||||    
T  26170804 cctaatttctacccttttcc-aatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttaccatgtttcccaacccaagagaagctgtaatcaa 26170706  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    || || |||||||||||||    
T  26170705 ag-actctaaaccctagag 26170688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Original strand, 13695740 - 13695859
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||||||  || ||||| ||| ||||||||||||||||| |  | | |||| | |||||||||||||||| |    
T  13695740 ctctctaatccactattaa-tgagttctttacaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttgt 13695837  T
Q  106 acccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||| |||||||||||| ||||    
T  13695838 acccttttcccaatctctccaa 13695859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 13239869 - 13239674
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||| | ||| ||||||||||||||    
T  13239869 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagagttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaa-aaaccctaatttct 13239774  T
Q  106 acc-cctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    |||   ||| ||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  13239773 accattttttccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaag 13239675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 124
Target Start/End: Original strand, 39468644 - 39468714
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcac 124  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  39468644 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcac 39468714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13488276 - 13488203
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  13488276 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatcttaccaa 13488203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 40147379 - 40147261
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||    
T  40147379 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaatgagttacaagaaattagcttcaacaagctcacgaagaac-aaccctaatttct 40147284  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||||||||||||||||    
T  40147283 acccattttcccaatctcaccaa 40147261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 42428525 - 42428598
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | ||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  42428525 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaa-aaaccataatttctacccattttcccaatctcaccaa 42428598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 38)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 4598567 - 4598788
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4598567 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 4598666  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4598667 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacagggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 4598766  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  4598767 aaaccctagagctttccctttg 4598788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 4600788 - 4601009
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4600788 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 4600887  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4600888 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 4600987  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  4600988 aaaccctagagctttccctttg 4601009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10056343 - 10056122
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10056343 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10056244  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10056243 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10056144  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  10056143 aaactctagagcttcccctttg 10056122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10058565 - 10058344
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10058565 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10058466  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10058465 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10058366  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  10058365 aaactctagagcttcccctttg 10058344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10060787 - 10060566
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10060787 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10060688  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10060687 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10060588  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  10060587 aaactctagagcttcccctttg 10060566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10063009 - 10062788
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10063009 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10062910  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10062909 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10062810  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  10062809 aaactctagagcttcccctttg 10062788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10065231 - 10065010
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10065231 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10065132  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10065131 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10065032  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  10065031 aaactctagagcttcccctttg 10065010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10211519 - 10211298
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10211519 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10211420  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10211419 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10211320  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  10211319 aaaccctagagctttccctttg 10211298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10209299 - 10209078
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10209299 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggactacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaa 10209200  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10209199 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccct 10209100  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  10209099 aaaccctagagctttccctttg 10209078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25637550 - 25637331
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25637550 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 25637452  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25637451 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 25637352  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||| | ||||||||    
T  25637351 aaccctagagatacccctttg 25637331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3617573 - 3617352
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  3617573 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 3617475  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3617474 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 3617375  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3617374 taaaccctagagcttcccctttg 3617352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10067431 - 10067232
Alignment:
Q  23 caaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10067431 caaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctc 10067332  T
Q  123 accaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10067331 accaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagaggtactctaatcaaagaaccctaaactctagagcttcccctttg 10067232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6716623 - 6716414
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  6716623 tttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 6716527  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6716526 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 6716427  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  6716426 ctaaaccctagag 6716414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 54635248 - 54635039
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  54635248 tttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 54635152  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54635151 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 54635052  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  54635051 ctaaaccctagag 54635039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 45283109 - 45282897
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttcttt--acaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaacccta 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  45283109 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttcttacaaaaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaacccta 45283011  T
Q  100 atttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctc--tacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 197  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45283010 atttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttgcaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 45282911  T
Q  198 cctaaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||||    
T  45282910 cctaaaccctagag 45282897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 93 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6718718 - 6718598
Alignment:
Q  93 aaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatc 190  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6718718 aaccctaatttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatc 6718619  T
Q  191 aaagaaccctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6718618 aaagaaccctaaaccctagag 6718598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 801215 - 801005
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccct 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |  |||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||    
T  801215 ttgtactctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-ccct 801120  T
Q  99 aatttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaaga 195  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||     
T  801119 aatttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag- 801021  T
Q  196 accctaaaccctagag 211  Q
    || |||||||||||||    
T  801020 actctaaaccctagag 801005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 162
Target Start/End: Original strand, 7780053 - 7780208
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  7780053 actctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaggttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-ccctaatttc 7780148  T
Q  105 tacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttccca 162  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  7780149 tacccttttcccaatctcacgaagacactcaatgattttctctcttcaaggtgtttccca 7780208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45095281 - 45095075
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||    
T  45095281 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttc 45095187  T
Q  105 tacccctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaag 194  Q
    ||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  45095186 taccattttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaag 45095088  T
Q  195 aaccctaaacccta 208  Q
     |||||||||||||    
T  45095087 -accctaaacccta 45095075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 23200187 - 23200398
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| | |||||||    
T  23200187 actctccaattcactatcaa-tgagttctt-acaaaaaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ctctaattt 23200281  T
Q  104 ctaccccttt-cccaatctcaccaaga------cactcaatgattctctcta--caaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaaa 193  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||      |||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  23200282 ctaccatttttcccaatctcaccaagaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaaactctaatcaaa 23200381  T
Q  194 gaaccctaaaccctagag 211  Q
    | ||||||||||||||||    
T  23200382 g-accctaaaccctagag 23200398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 5258193 - 5258402
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  5258193 actctccaatccactatc-aatgagttctt--ccaaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 5258287  T
Q  104 ctaccc--ctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatca 191  Q
    ||||||   ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  5258288 ctacccttttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatca 5258386  T
Q  192 aagaaccctaaacccta 208  Q
    ||| |||||||||||||    
T  5258387 aag-accctaaacccta 5258402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 5260372 - 5260581
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  5260372 actctccaatccactatc-aatgagttctt--ccaaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 5260466  T
Q  104 ctaccc--ctttcccaatctc-------accaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatca 191  Q
    ||||||   ||||||||||||       |||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  5260467 ctacccttttttcccaatctcaccaatgaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatca 5260565  T
Q  192 aagaaccctaaacccta 208  Q
    ||| |||||||||||||    
T  5260566 aag-accctaaacccta 5260581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Original strand, 9636175 - 9636385
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| | ||||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  9636175 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaaag-atacaaaagggttacaagaaattagttttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 9636269  T
Q  104 ctacccctt--tcccaatctc-------accaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatca 191  Q
    |||||| ||  ||||||||||       |||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | || |||  |||||||||||| ||||||||||    
T  9636270 ctacccttttctcccaatctcaccaatgaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatatttcccaacccaagagagactctaatca 9636369  T
Q  192 aagaaccctaaacccta 208  Q
    ||| |||||||||||||    
T  9636370 aag-accctaaacccta 9636385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 23197988 - 23198199
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| |  ||||| | |||||||    
T  23197988 actctccaattcactatcaa-tgagttctt-acaaaaaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaaaaacaa-ctctaattt 23198082  T
Q  104 ctaccccttt-cccaatctcaccaaga------cactcaatgattctctcta--caaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaaa 193  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||      |||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  23198083 ctaccatttttcccaatctcaccaagaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaaactctaatcaaa 23198182  T
Q  194 gaaccctaaaccctagag 211  Q
    | ||||||||||||||||    
T  23198183 g-accctaaaccctagag 23198199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 4570070 - 4569952
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||  | | |||| |||||| |||||||||||||    
T  4570070 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaatgagttacaagaaattagcttcaataagctcacaatgaac-aaccctaatttct 4569975  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||||||||||||||||    
T  4569974 acccattttcccaatctcaccaa 4569952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 5236551 - 5236624
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5236551 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 5236624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 7762383 - 7762265
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||    
T  7762383 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagagttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttct 7762288  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||| ||||||||||||    
T  7762287 accctttttctcaatctcaccaa 7762265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 31314563 - 31314447
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatac-aagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||| ||  |||||||||||||||||||||  | | |||| |||||| |||||||||||||    
T  31314563 ctctccaatccactatcaaa-gagttc-ttacaaaaag-atacaaatgggttacaagaaattagcttcaacaagatcacaatgaac-aaccctaatttct 31314468  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcacc 125  Q
    ||||  |||| ||||||||||    
T  31314467 acccattttctcaatctcacc 31314447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 127
Target Start/End: Original strand, 51352191 - 51352278
Alignment:
Q  40 aaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| ||| | || | |||| ||||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||||||    
T  51352191 aaagaaatacaaatggttacaagaaattaactttaaaaagctcacaatgaacaaaccctaacttctatcattttcctaatctcaccaa 51352278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 51398932 - 51398833
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| |||||||||||||    
T  51398932 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaatgagttacaagaaattagcttcaacaagttcactaagaac-aaccctaatttct 51398837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 7764582 - 7764476
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| || |||||||||||||||||| |  | |||||| | |||||| |||||||||||    
T  7764582 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagagttacaagaaattagctttaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttct 7764487  T
Q  106 acccctttccc 116  Q
    |||| ||||||    
T  7764486 acccttttccc 7764476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 34491330 - 34491212
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||    
T  34491330 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaatgagttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttct 34491235  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||||||||||||||||    
T  34491234 acccattttcccaatctcaccaa 34491212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 40734616 - 40734498
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||  | ||||||||||||||| ||||  | | |||| | |||||| |||||||||||    
T  40734616 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaggga-tacaaatgtgttacaagaaattaggttcaacaagctcacaaagaacaa-ccctaatttct 40734521  T
Q  106 accccttt-cccaatctcaccaa 127  Q
    |||| ||| ||||||||||||||    
T  40734520 acccattttcccaatctcaccaa 40734498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Original strand, 43401898 - 43401970
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43401898 gttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 43401970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 5433971 - 5434046
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctt--tcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||| |  | | |||| | |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  5433971 ggttacaagaaattagctttaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttctaccattttctcccaatctcaccaa 5434046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 124
Target Start/End: Original strand, 19683939 - 19684054
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  19683939 ctctccaatccactatc-aatgagttc-ttac-aaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaatttc 19684033  T
Q  105 taccc-ctttcccaatctcac 124  Q
    |||||  ||||||||||||||    
T  19684034 tacccattttcccaatctcac 19684054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 127
Target Start/End: Original strand, 29196515 - 29196555
Alignment:
Q  88 gaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  29196515 gaacaaaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 29196555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 44331616 - 44331545
Alignment:
Q  56 ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||  | | |||| |||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  44331616 ttacaagaaattagcttcaacaagctcacaatgaac-aaccctaatttctacccattttcctaatctcaccaa 44331545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 6594602 - 6594822
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  6594602 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaa 6594700  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6594701 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 6594800  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6594801 aaaccctagagcttcccctttg 6594822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 18388805 - 18389024
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  18388805 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 18388903  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18388904 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 18389003  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18389004 aaccctagagcttcccctttg 18389024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 18392241 - 18392460
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  18392241 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 18392339  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18392340 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 18392439  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18392440 aaccctagagcttcccctttg 18392460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 6592384 - 6592604
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  6592384 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaa 6592482  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6592483 tttctacccatttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 6592582  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  6592583 aaaccctagagcttcccctttg 6592604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 32060367 - 32060590
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaa--ggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaacccta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32060367 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaaggggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaacccta 32060465  T
Q  100 atttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32060466 atttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 32060565  T
Q  198 cctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||||||||| |||||||    
T  32060566 cctaaaccctagagcttaccctttg 32060590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20344020 - 20343811
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  20344020 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaat 20343923  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20343922 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 20343823  T
Q  200 taaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||    
T  20343822 taaaccctagag 20343811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 56 - 222
Target Start/End: Original strand, 1562103 - 1562268
Alignment:
Q  56 ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtg 155  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1562103 ttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaatttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtg 1562201  T
Q  156 tttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1562202 tttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaaccctagagcttcccctttg 1562268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24789962 - 24789755
Alignment:
Q  4 gtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24789962 gtactctccaatccactatcaaa-gagtt-tttacaaaagggatacaaaatgttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaatt 24789866  T
Q  103 tctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24789865 tttacccttttcccaatcttaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 24789766  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  24789765 aaaccctagag 24789755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 43504203 - 43504409
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| | |  |||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  43504203 actctccaattcactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-ccctaatt 43504298  T
Q  103 tctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||||||||||| || |    
T  43504299 tctacccttttcccaatctcaccaagacactcgatgattttctctcttcaaggtgtttcccatgtttcccaagccaagagaagctctaatcaaag-actc 43504397  T
Q  200 taaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||    
T  43504398 taaaccctagag 43504409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 39731488 - 39731283
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagct-tcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || ||||||||||||||| | | |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  39731488 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatctgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 39731393  T
Q  104 ctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  ||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  39731392 ctaccctttttccaatctcaccaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaaag-accct 39731294  T
Q  201 aaaccctagag 211  Q
    |||||||||||    
T  39731293 aaaccctagag 39731283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 49
Target Start/End: Original strand, 1560711 - 1560757
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatac 49  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  1560711 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttc-ttacaaaagggatac 1560757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 25767009 - 25767215
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||  | | ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  25767009 actctccaatccactatc-aatgagttcttcaaaagagatacaaaaggggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaatttc 25767105  T
Q  105 taccc-ctttcccaatctc----accaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 197  Q
    |||||  ||| ||||||||    | |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||    || |||||| ||||||||||||| ||    
T  25767106 tacccttttttccaatctcaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgttt---cccaaagagaaactctaatcaaag-ac 25767201  T
Q  198 cctaaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||||    
T  25767202 cctaaaccctagag 25767215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Original strand, 34310766 - 34310884
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||  | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||||    
T  34310766 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaaaga-tacaaatgtgttacaagaaattagcttcaacaat-ttcacaaagaac-aaccctaatttc 34310860  T
Q  105 taccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||  |||||||||||||||||    
T  34310861 tacccattttcccaatctcaccaa 34310884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 48408923 - 48408709
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||  |||| ||| || | |||||| |  |||||    
T  48408923 actctccaatccactatcaa-tgagttattt-caaaagagatacaaaaggggttacaagaaattagctttgacaa-gtttacaaagaacaa-cattaatt 48408828  T
Q  103 tctaccccttt-cccaatctcaccaa-------gacactcaatgattctctcta--caaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatca 191  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||       |||||||||||||| || ||   |||||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  48408827 tctaccctttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaaactctaatca 48408728  T
Q  192 aagaaccctaaaccctagag 211  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  48408727 aag-accctaaaccctagag 48408709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 48491697 - 48491579
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||  ||||||  || |||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||    
T  48491697 ctctccaatccactatcaa-tgagttctttcaaagag--atacaaatgggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttct 48491602  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  |||||||||||||||||    
T  48491601 acccattttcccaatctcaccaa 48491579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 35854033 - 35853825
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  35854033 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttac-aaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 35853939  T
Q  104 ctaccc-ctttcccaatctcac-------caagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    ||||||  ||||||||||||||       |||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| | ||||||  |||||||||||| |||| ||||||    
T  35853938 ctaccctttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actcaaatcaa 35853840  T
Q  193 agaaccctaaacccta 208  Q
    || |||||||||||||    
T  35853839 ag-accctaaacccta 35853825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 4586279 - 4586161
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttcta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||  | ||  |||||||| ||||||||||||  | |||||| | |||||| ||||||||||||    
T  4586279 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagagataaaaatgggttacaaaaaattagcttcaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttcta 4586183  T
Q  107 ccccttt-cccaatctcaccaa 127  Q
    ||| ||| ||||||||||||||    
T  4586182 cccattttcccaatctcaccaa 4586161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 23344048 - 23343975
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | ||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  23344048 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaataaaccttaatttctacccttttccaaatctcaccaa 23343975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 195
Target Start/End: Original strand, 47674038 - 47674189
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcac-------caagacactcaatgattctct 145  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||       ||||||||||||||||| ||     
T  47674038 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttctcaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttca 47674136  T
Q  146 ct---acaaggtgtttcccatgtttt-caacccaagagatactctaatcaaaga 195  Q
    ||    |||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  47674137 ctcacccaaggtgtttacaatgttttccaacccaagaga-actctaatcaaaga 47674189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 25615885 - 25615785
Alignment:
Q  96 cctaatttctaccccttt-cccaatctcaccaagacactcaatgattctctct---acaaggtgtttcccatgtttt-caacccaagagatactctaatc 190  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||    |||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  25615885 cctaatttctacccattttcccaatctca---agacactcaatgattttctctcacccaaggtgtttacaatgttttccaacccaagaga-actctaatc 25615790  T
Q  191 aaaga 195  Q
    |||||    
T  25615789 aaaga 25615785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 22270046 - 22269973
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22270046 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 22269973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 27347890 - 27347817
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  27347890 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aatcctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 27347817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 30024827 - 30024900
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  30024827 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaatgaac-aaccctaatttctacccattttctcaatctcaccaa 30024900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 43864317 - 43864244
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||| |||||||||||||  | |||||| | |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43864317 ggttacaggaaattagcttcaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttctacccacttttccaatctcaccaa 43864244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Original strand, 2361068 - 2361140
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  2361068 gttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 2361140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 4253624 - 4253697
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||| |||||||||||||  | | |||| | |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||    
T  4253624 ggttacatgaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttctaccattttaccaatttcaccaa 4253697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29608809 - 29608737
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  29608809 gttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 29608737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 74
Target Start/End: Original strand, 36574565 - 36574631
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagga-atacaagaggttacaagaaattagcttca 74  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  || ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  36574565 ctctccaaaccactatcaa-tgagttctttacaaagagatataaaag-ggttacaagaaattagcttca 36574631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0674 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0674
Description:

Target: scaffold0674; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 3775 - 3990
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3775 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttgaca-tgttcactatgaacaaaccctaatttct 3873  T
Q  106 acccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaacc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3874 acccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaacc 3973  T
Q  206 ctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||    
T  3974 ctagagcttcccctttg 3990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 2649 - 2868
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2649 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 2747  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 2847  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2848 aaccctagagcttcccctttg 2868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 12647431 - 12647650
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  12647431 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 12647529  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12647530 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 12647629  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12647630 aaccctagagcttcccctttg 12647650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6266814 - 6266605
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||||||||||    
T  6266814 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaa 6266718  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6266717 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 6266618  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  6266617 ctaaaccctagag 6266605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 148
Target Start/End: Original strand, 13656077 - 13656221
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  13656077 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctt-acaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 13656174  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctcta 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656175 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctcta 13656221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 32289665 - 32289479
Alignment:
Q  25 aatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctc 122  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||| || ||||||||||||||| ||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  32289665 aatgagttctt-acaaaagagatacaaaagagttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttctacccttttcc-aatctc 32289570  T
Q  123 accaagacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgttttc-aacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||    
T  32289569 accaagacactcaatgattttcactcaccaaggtgtttaccatgtttccaaacccaagagaagctctaatcaaag-actctaaaccctagag 32289479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 4484379 - 4484592
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  4484379 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 4484474  T
Q  104 ctacccctt--tcccaatctcac------caagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    |||||| ||  ||||||| ||||      |||||||||||||||||  | |||  |||||||||| | ||||||  ||||||||||||  ||||||||||    
T  4484475 ctacccttttctcccaatttcaccaagaacaagacactcaatgatttacactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaa 4484574  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    || ||||||||||||||||    
T  4484575 ag-accctaaaccctagag 4484592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 30833465 - 30833252
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||||||| | || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  30833465 actctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagagatacaaaagggttacaagaaattaactttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 30833370  T
Q  104 ctacccctt--tcccaatctcac------caagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    |||||| ||  ||||||||||||      |||||||||||||||||  | |||  ||| |||||| | ||||||  |||||||||| |  ||||||||||    
T  30833369 ctacccttttctcccaatctcaccaagaacaagacactcaatgatttacactcaccaaagtgtttacaatgtttcccaacccaagataagctctaatcaa 30833270  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    | |||||||||||||||||    
T  30833269 a-aaccctaaaccctagag 30833252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 33648290 - 33648176
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||  | | |||| | |||||||||||||||| |    
T  33648290 ctctccaatccgctatcaa-tgagttctttacaaa-gaaatacaaaagggttacaggaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaattttt 33648193  T
Q  106 acccctttcccaatctc 122  Q
    |||  |||| |||||||    
T  33648192 accattttctcaatctc 33648176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13121843 - 13121769
Alignment:
Q  53 aggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||| |||||  | | |||| | |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  13121843 aggttacaagaaattatcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttctaccattttcccagtctcaccaa 13121769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 195
Target Start/End: Original strand, 34139820 - 34140017
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaataca-agaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| |  | | |||| | |||| |||||||||||||    
T  34139820 ctctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaagggatacatatgggttacaagaaattagcttaaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttct 34139916  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcac-------caagacactcaatgattctctct---acaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaa 193  Q
    ||||  |||| |||||||||       ||||||||||||||||| || ||    |||||||||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  34139917 acccattttctcaatctcacaaatgaacaagacactcaatgattttcactcacccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaa 34140015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 24398176 - 24398055
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||||  | | |||| | ||||||||| ||| ||||    
T  24398176 ctctccaatccattatcaa-tgagttctttacaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccttaacttct 24398079  T
Q  106 acccct--ttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||| |  ||| ||||||||||||    
T  24398078 accctttcttcacaatctcaccaa 24398055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 208
Target Start/End: Original strand, 36205760 - 36205921
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccccttt-cccaatctcaccaa-------gacactcaatga--ttct 143  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||       ||||||||||||  |||     
T  36205760 gttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaatttctaccatttttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttca 36205857  T
Q  144 ctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaaccctaaacccta 208  Q
    |||  |||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36205858 ctcaccaaggtgtttaccatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaag-accctaaacccta 36205921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 38312313 - 38312159
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccccttt-cccaatctcac-------caagacactcaatgattctct 145  Q
    |||||||||||||||| ||||  | |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||       ||||||||||||||||| ||     
T  38312313 ggttacaagaaattagtttcaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttctacccattttcccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttca 38312215  T
Q  146 ct---acaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||   ||||||||| | | ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38312214 ctcacacaaggtgtatacaatgtttcccaacccaagaga-actctaatcaaagaacc 38312159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Original strand, 2334468 - 2334586
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| || ||||| ||||||||||||||  | |||||| | |||||| |||| ||||||    
T  2334468 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagagttactagaaattagcttcaacaagttcacaaagaacaa-cccttatttct 2334563  T
Q  106 accccttt-cccaatctcaccaa 127  Q
    |||| ||| ||||||||||||||    
T  2334564 acccattttcccaatctcaccaa 2334586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 26353302 - 26353184
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||  |   |||| | ||||||||| ||||||||    
T  26353302 ctctccaatccactatcaa-tgagtactt-acaaaaaga-tacaaaagtgttacaagaaattagcttcaacaaactcacaaagaacaaaccttaatttct 26353206  T
Q  106 acccctttcccaatctcaccaa 127  Q
    || | |||  ||||||||||||    
T  26353205 acacttttttcaatctcaccaa 26353184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44203755 - 44203536
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  44203755 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaat 44203657  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44203656 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacccta 44203557  T
Q  202 aaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  44203556 aaccctagagcttcccctttg 44203536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9036539 - 9036320
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaat 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  9036539 ttgtactcttcaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagcttgacaa-gttcacaatgaacaaaccctaat 9036443  T
Q  102 ttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctct--acaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 199  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9036442 ttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctttacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccc 9036343  T
Q  200 taaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    |||||||||||| | ||||||||    
T  9036342 taaaccctagagttgcccctttg 9036320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 40282500 - 40282291
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||| ||||||||    
T  40282500 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagattagacaa-gttcacaatgaactaaccctaa 40282404  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40282403 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 40282304  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  40282303 ctaaaccctagag 40282291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 21054082 - 21053872
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaacccta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| |||||| ||||||||||||||    
T  21054082 tttgtactctccaatccactatcaaa-gagttctt-acaaaagggatacaaaaggttgcaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaaacccta 21053986  T
Q  100 atttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattct--ctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 197  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21053985 atttctacacttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttttctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 21053886  T
Q  198 cctaaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||||    
T  21053885 cctaaaccctagag 21053872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9987324 - 9987116
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| ||||||    
T  9987324 ttgtactctccaatccactatcaa-tgagttcttg-caaaagggatacaaaaggttgcaagaaattagattagacaa-gttcacaatgaacaa-ccctaa 9987229  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 198  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9987228 tttctacccttttcccaatctcaccaagacactcaatgattttctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaacc 9987129  T
Q  199 ctaaaccctagag 211  Q
    |||||||||||||    
T  9987128 ctaaaccctagag 9987116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 20622282 - 20622492
Alignment:
Q  2 ttgtactctccaatccactatcaaatgagttcttt-acaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaacccta 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||||||| |||||    
T  20622282 ttgtactctccaatccactatcaaa-gagttcttacaaaaaagggatacaaaaggttacaagaaattagatttgacaa-gttcacaatgaacaa-cccta 20622378  T
Q  100 atttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctc--tctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 197  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20622379 atttctacccttttcccaatctcaccaagacagtcaatgattttccctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaac 20622478  T
Q  198 cctaaaccctagag 211  Q
    ||||||||||||||    
T  20622479 cctaaaccctagag 20622492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 51765516 - 51765302
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg--ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaatt 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||  |||| |||||| | |    ||||||||||    
T  51765516 actctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaagagatacaaaaggggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaaggtacaaccctaatt 51765420  T
Q  103 tctacccctttc--ccaatctcaccaaga------cactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    ||||||| ||||  ||||||  |||||||      ||||||||||||  | |||  |||||||||| | |||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  51765419 tctacccttttctcccaatcaaaccaagaacaagacactcaatgatttacactcaccaaggtgtttacaatgtttccaacccaagagaagctctaatcaa 51765320  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    || ||||||||||||||||    
T  51765319 ag-accctaaaccctagag 51765302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 128
Target Start/End: Original strand, 13316401 - 13316521
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagc-ttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||  |||||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  13316401 actctccaatccactatc-aatgagttctt--ccaaagagatacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 13316495  T
Q  104 ctaccc-ctttcccaatctcaccaag 128  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||    
T  13316496 ctaccctttttcccaatctcaccaag 13316521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Original strand, 37503607 - 37503722
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttcta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| ||||||||||| ||    
T  37503607 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaag--gttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaattttta 37503700  T
Q  107 ccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||  |||||||||||||||||    
T  37503701 cccattttcccaatctcaccaa 37503722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 44455278 - 44455160
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||  | ||||||||||||||| ||||  | |||||| | |||||| |||||||||||    
T  44455278 ctctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaaaaga-tacaaatgagttacaagaaattagtttcaacaagttcacaaagaacaa-ccctaatttct 44455183  T
Q  106 accccttt-cccaatctcaccaa 127  Q
    |||| ||| ||||||||||||||    
T  44455182 acccattttcccaatctcaccaa 44455160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 6378655 - 6378603
Alignment:
Q  55 gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacc 108  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  6378655 gttacaaaaaattagctt-acaatgttcaacatgaacaaaccctaatttctacc 6378603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 5460024 - 5459959
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttca 74  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||| || | ||||||||||||||||||||    
T  5460024 ctctccaatctactatcaa-tgagttctttacaaa-gaaatataaaatgttacaagaaattagcttca 5459959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 3156938 - 3156865
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  3156938 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttctcaatctcaccaa 3156865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 3189448 - 3189330
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| |||||||||||||  | |||||| | |||| ||||||||||| |    
T  3189448 ctctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaaag-atacaaaagagttacaggaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttat 3189353  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  ||||| |||||||||||    
T  3189352 accctttttccaaatctcaccaa 3189330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 3198265 - 3198147
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| |||||||||||||  | |||||| | |||| ||||||||||| |    
T  3198265 ctctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaaag-atacaaaagagttacaggaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttat 3198170  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  ||||| |||||||||||    
T  3198169 accctttttccaaatctcaccaa 3198147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 3207104 - 3206986
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttct 105  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| |||||||||||||  | |||||| | |||| ||||||||||| |    
T  3207104 ctctccaatccactatc-aatgagttc-ttacaaaaag-atacaaaagagttacaggaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttat 3207009  T
Q  106 accc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    ||||  ||||| |||||||||||    
T  3207008 accctttttccaaatctcaccaa 3206986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Original strand, 28220321 - 28220394
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  28220321 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttccgaatctcaccaa 28220394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 49918423 - 49918350
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||||| | |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  49918423 ggttacaagaaattagcttcaacaagttcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttctcaatctcaccaa 49918350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 106
Target Start/End: Original strand, 928071 - 928123
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttcta 106  Q
    |||||||||||||||||||||  | | |||| | |||||||||||||||||||    
T  928071 ggttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaacaaaccctaatttcta 928123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 6808571 - 6808505
Alignment:
Q  7 ctctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagag-gttacaagaaattagcttca 74  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||| || |||||||||| |||||||||    
T  6808571 ctctccaatccactat-aaatgagttctttac-aaagagatacaaaagagttacaagaagttagcttca 6808505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 122
Target Start/End: Original strand, 12318618 - 12318685
Alignment:
Q  54 ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctacccctttcccaatctc 122  Q
    |||||||||||||||||||||  | | || | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12318618 ggttacaagaaattagcttcaacaagctctccatgaacaaa-cctaatttctacccatttccaaatctc 12318685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 127
Target Start/End: Original strand, 37033170 - 37033241
Alignment:
Q  56 ttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttctaccc-ctttcccaatctcaccaa 127  Q
    |||||||||||||||||||  | | |||| | |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37033170 ttacaagaaattagcttcaacaagctcacaaagaac-aaccctaatttctacccattttcccaatctcaccaa 37033241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0137 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0137
Description:

Target: scaffold0137; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6397 - 6177
Alignment:
Q  1 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagaggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  6397 tttgtactctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaagggatacaagggcttacaagaaattagcttgacaa-gttcactatgaacaaaccctaa 6299  T
Q  101 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6298 tttctacccctttcccaatctcaccaagacactcaatgattctctctacaaggtgtttcccatgttttcaacccaagagatactctaatcaaagaaccct 6199  T
Q  201 aaaccctagagcttcccctttg 222  Q
    ||||||||||| | ||||||||    
T  6198 aaaccctagagttgcccctttg 6177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 434652 - 434443
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaagagg-ttacaagaaattagcttc-acaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | |||||| |||||||||    
T  434652 actctccaatccactatcaa-tgagttctt-acaaagaga-tacaaaagggttacaagaaattagctttgacaa-gttcacaaagaacaa-ccctaattt 434558  T
Q  104 ctaccccttt--cccaatctcaccaa-------gacactcaatga--ttctctctacaaggtgtttcccatgtttt-caacccaagagatactctaatca 191  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||       ||||||||||||  ||| |||  |||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  434557 ctaccctttttccccaatctcaccaatgaacaagacactcaatgattttcactcaccaaggtatttaccatgttttccaacccaagaga-actctaatca 434459  T
Q  192 aagaaccctaaacccta 208  Q
    ||| |||||||||||||    
T  434458 aag-accctaaacccta 434443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 11210 - 11423
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattag-cttcacaatgttcactatgaacaaaccctaattt 103  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||||||||  || |||| |||||| | |||| |||||||||||    
T  11210 actctccaatccactatc-aacgagttc-ttacaaaagagatacaaaagggttacaagaaattagattttacaa-gttcacaaagaac-aaccctaattt 11305  T
Q  104 ctacccctt--tcccaatctcac------caagacactcaatgatt--ctctctacaaggtgtttcccatgttt-tcaacccaagagatactctaatcaa 192  Q
    |||||| ||  ||||||||||||      |||||||||||||||||  | |||  |||||||||| | ||||||  ||||||||||||  ||||||||||    
T  11306 ctacccttttctcccaatctcaccaagaacaagacactcaatgatttacactcaccaaggtgtttacaatgtttcccaacccaagagaagctctaatcaa 11405  T
Q  193 agaaccctaaaccctagag 211  Q
    || ||| ||||||||||||    
T  11406 ag-accataaaccctagag 11423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 129
Target Start/End: Original strand, 8784 - 8907
Alignment:
Q  6 actctccaatccactatcaaatgagttctttacaaaaggaatacaaga-ggttacaagaaattagcttcacaatgttcactatgaacaaaccctaatttc 104  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  |||||| | |||||||||||||||| ||    | |||||| | |||| ||||||||||||    
T  8784 actctccaatccactatc-aacgagttc-ttacaaaagagatacaaaagggttacaagaaattagattttataagttcacaaagaac-aaccctaatttc 8880  T
Q  105 tacccctt--tcccaatctcaccaaga 129  Q
    ||||| ||  |||||||||||||||||    
T  8881 tacccttttctcccaatctcaccaaga 8907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University