View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1002-Insertion-5 (Length: 759)

Name: NF1002-Insertion-5
Description: NF1002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1002-Insertion-5
NF1002-Insertion-5
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (192-515)||(40844053-40844376)
chr4 (23-636)||(48817499-48818109)
chr4 (7-196)||(40845618-40845807)
chr4 (547-759)||(40843832-40844056)
chr4 (356-652)||(48832485-48832766)
chr4 (21-362)||(48833103-48833444)
chr4 (15-614)||(15827415-15828008)
chr4 (15-615)||(48791943-48792537)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 192 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 40844376 - 40844053
Alignment:
Q  192 caaaccatcccatagtgtaagtagaacaaactacctcagagacattcaatcctctccttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccc 291  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40844376 caaaccatcccatagtgaaagtagaacaaagtacctcagagagattcaatcctctctttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccc 40844277  T
Q  292 tactgcaacggtttgttcatcaaccgaaagcgttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatc 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40844276 tactgcaacggtttgttcatcaaccgaaagcgttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatc 40844177  T
Q  392 tcatggctttcgacgttattgatgatagcaatgacaaaggctttacgagggattgttataacacttggtttcgaagattcccatttgagaatatcatctt 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40844176 tcatggctttcgacgttattgatgatagcaatgacaaaggctttacgagggattgttataacacttggtttcgaagatacccatttgagaatatcatctt 40844077  T
Q  492 tttcagggtcatctaagccaatat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  40844076 tttcagggtcatctaagccaatat 40844053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 23 - 636
Target Start/End: Original strand, 48817499 - 48818109
Alignment:
Q  23 ttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattgtaattccagtaataggcctaa 122  Q
    |||||| | |||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||| ||   ||||||| | || || || |||||||||||||||||||    
T  48817499 ttctcagcagtaggcactgcttcaacatctctatcatggtactcaacaattttcattagactaagatcagccaccatggtgattccagtaataggcctaa 48817598  T
Q  123 catatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaaccatcccatagtgtaagtagaacaaac 222  Q
    ||||||||||  ||||  |||||||||| || ||||| |  ||||||||||| ||| | |  | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  48817599 catatatattaacagtactttctttcataaaacagtcaactctcacagtccttctattctctttttctccaaaccatcccatagtgaaactagaacaaac 48817698  T
Q  223 tacctcagagacattcaatcctctccttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccctactgcaacggtttgttcatcaaccgaaagc 322  Q
     |||||||||| |||||| |||||| ||| || ||| ||||| ||||||||||||||   ||||||  ||| ||||| || |||||||||||| |  ||     
T  48817699 cacctcagagagattcaaacctctcttttgcactgaggcaataaaaggaggatatttctttggaagttctattgcaatggcttgttcatcaacggttagt 48817798  T
Q  323 gttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatctcatggctttcgacgttattgatgatagcaa 422  Q
    || ||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| | |   ||||||||||||||    
T  48817799 gtagggaaaccattccctttgtaaacattgtcatagacaattctcttcaaccttaaatctattagtatctcatggttttggcc---attgatgatagcaa 48817895  T
Q  423 tgacaaaggctttacgagggattgttataacacttggtttcgaagattcccatttgagaatatcatctttttcagggtcatctaagccaatatagtgaaa 522  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||    
T  48817896 tgataaaggctttacgagggatagttataacacttggtttcaaagtttcccatttgagaatagcatctttttcagggtcatcaagaccaatatagtggaa 48817995  T
Q  523 agctactttgttttttgaggtgggatatttgtgcaggactgttgtttggaca-agagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtgttgaaaatg 621  Q
    || |||| |||| |||||||||||||||||||   |||||   |||||||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  48817996 agatactgtgttctttgaggtgggatatttgttatggactagggtttggacagtcagaa-actcttctttggttaaaggatcaagtggatgttgaaaatg 48818094  T
Q  622 caatggggtaacaga 636  Q
    |||||| ||||||||    
T  48818095 caatggtgtaacaga 48818109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 7 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 40845807 - 40845618
Alignment:
Q  7 agccctaaattctgtgttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattgtaatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40845807 agccctaaattctgtgttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattttaatt 40845708  T
Q  107 ccagtaataggcctaacatatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaac 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40845707 ccagtaataggcctaacatatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaac 40845618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 547 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 40844056 - 40843832
Alignment:
Q  547 atatttgtgcaggactgttgtttggacaagagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtgttgaaaatgcaatggggtaacagaaactacgact 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40844056 atatttgtgcaggactgttgtttggacaagagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtgttgaaaatgcaatggggtaacggaaactacgact 40843957  T
Q  647 tgtaaga------------gggttaagaaaagagcaaattttatggtggtggaagccattgtgagctctatagcttatgtttgttgtgtggaattgaagc 734  Q
    |||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40843956 tgtaagaagaggagtgtcagggttaagaaaagagcaaattttatggtggtggaagccattgtgagctctatagcttatgtttgttgtgtggaattgaagc 40843857  T
Q  735 tctaggtgatgcccttaaatataca 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  40843856 tctaggtgatgcccttaaatataca 40843832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 356 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 48832766 - 48832485
Alignment:
Q  356 gagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatctcatggctttcgacgttattgatgatagcaatgacaaaggctttacgagggattgttataacac 455  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  48832766 gagacaatgatcctcaaccttaaatctattagtatctcatggctttggcc---attgatgatagcaatgataaaggctttacgagggatagttatagcac 48832670  T
Q  456 ttggtttcgaagattcccatttgagaatatcatctttttcagggtcatctaagccaatatagtgaaaagctactttgttttttgaggtgggatatttgtg 555  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||    
T  48832669 ttggtttgaaagattcccatttgagaatagcatctttttcagggtcatctaggccaatatagtggaaagctactt------------tgggatatttgtg 48832582  T
Q  556 caggactgttgtttggacaagagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtgttgaaaatgcaatggggtaacagaaactacgacttgtaag 652  Q
     |||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  48832581 taggactattttttggacaagagaatactctttatcggttaaagggtcaagagggtgttgaaaatgtaatggggtgacagaaactacggcttataag 48832485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 48833444 - 48833103
Alignment:
Q  21 tgttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattgtaattccagtaataggcct 120  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||  | || ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  48833444 tgttctcagctgtaggcacagtttcaatttccctgtcatgatactcaacaattttcatacgaccaagatcaacaacaattgttaatccactaataggcct 48833345  T
Q  121 aacatatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaaccatcccatagtgtaagtagaacaa 220  Q
     ||||| |||||  ||||  |||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||| |  | |||||||||||||||||| | | | |||||||||    
T  48833344 cacataaatatttacagtactttctttcataaagcagtcaatcctcacagtccttctactctctttttctccaaaccatcccatggagaatgtagaacaa 48833245  T
Q  221 actacctcagagacattcaatcctctccttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccctactgcaacggtttgttcatcaaccgaaa 320  Q
    || | |||||||| |||||| |||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||   ||||||  ||| ||||| || |||||||||||| || |    
T  48833244 acaatctcagagagattcaaacctctctttttcactgaggcaataaaaggaggatatttctttggaagttctattgcaatggattgttcatcaacagata 48833145  T
Q  321 gcgttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaa 362  Q
    | || ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  48833144 gtgtagggaaaccattccctttgtaaacattgtcagagacaa 48833103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 614
Target Start/End: Original strand, 15827415 - 15828008
Alignment:
Q  15 attctgtgttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattgtaattccagtaat 114  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||| |||| ||||| | |||| ||||    
T  15827415 attcagtgttctcagccgtaggcacaacttcaacttctctatcatgatattcaacaattttcatgagtccaagatcagcaaccattgttaatccactaat 15827514  T
Q  115 aggcctaacatatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaaccatcccatagtgtaagta 214  Q
    |||||| ||| | | |||  |||||||||||||||| || || || |  |||||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| | | | | |    
T  15827515 aggcctcacaaaaaaattaacagtgttttctttcataaaacaatcaactctcacagtccttttactctcttcttctccaaaccatcccatggagaatgga 15827614  T
Q  215 gaacaaactacctcagagacattcaatcctctccttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccctactgcaacggtttgttcatcaa 314  Q
    | ||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |    |||    |||||| ||||    
T  15827615 gcacacactacttcagagagattcaaacctctcttttttagtgaagcaatgaaaggaggatatttcaatggaagctttgtgacaagaccttgttcctcaa 15827714  T
Q  315 ccgaaagcgttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatctcatggctttcgacgttattgat 414  Q
      || | | | || |||||||  || ||||||| |||||| ||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||   |   ||||||    
T  15827715 gagataacataggaaaaccatatcccttgtgaacattgtcagagacaattgttttcaaccttatatcaattactatctcatggctttgtcc---attgat 15827811  T
Q  415 gatagcaatgacaaaggctttacgagggattgttata-acacttggtttcgaagattcccatttgagaatatcatctttttcagggtcatctaagccaat 513  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| | |||  ||||   ||||  ||||  |  |||  |||||   |||| |||||| || |||||||||| ||||||    
T  15827812 gatagcaataacaaaggatttacgatgaattactataggaactt--tttc--atgttcatatttggatatataatctttgtcggggtcatctaggccaat 15827907  T
Q  514 atagtgaaaagctactttgttttttgaggtgggatatttgtgcaggactgttgtttggaca-agagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtg 612  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||   |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15827908 atagtggaaagctactttgttctttgaggtgtgatatttgttatggactaaggtttggacagttagaa-actcttctttggttaaagggtcaagtggatg 15828006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 615
Target Start/End: Original strand, 48791943 - 48792537
Alignment:
Q  15 attctgtgttctcatccgtaggcacagcttcaataactctatcatgatactcaacaatcttcataagttcaagatcaacaacaattgtaattccagtaat 114  Q
    |||| ||||| ||| | |||||||||| ||||||  |||| |||||||| |||||||| |||   ||| |||||||||||||||| || | |||| ||||    
T  48791943 attcagtgttttcagctgtaggcacagtttcaatttctctgtcatgatattcaacaattttctgtagtccaagatcaacaacaatggttaatccactaat 48792042  T
Q  115 aggcctaacatatatattggcagtgttttctttcattaagcagtctaacctcacagtcctactacttttctcttctccaaaccatcccatagtgtaagta 214  Q
    |||||| |||||||||||  || ||||||||||||| || ||||| |  |||||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| | | | |||    
T  48792043 aggcctcacatatatattaacactgttttctttcataaaacagtcaactctcacagtccttttactctcttcttctccaaaccatcccatggagaatgta 48792142  T
Q  215 gaacaaactacctcagagacattcaatcctctccttttcattgatgcaatgaaaggaggatattttaatggaagccctactgcaacggtttgttcatcaa 314  Q
    |||||||| || ||||||| ||| || |||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||| | ||||||| |||  |||||   |||||| ||||    
T  48792143 gaacaaaccacttcagagagatttaaacctctctttttcactgaagcaatgaaagcaggatatttcagtggaagctctatggcaacaccttgttcctcaa 48792242  T
Q  315 ccgaaagcgttgggaaaccattccctttgtgaatattgtcggagacaatgctcttcaaccttaaatcaattactatctcatggctttcgacgttattgat 414  Q
    | || |   | ||||||||||  || || |||| |||||| ||| ||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||   |   ||||||    
T  48792243 cggataagatagggaaaccatatcccttatgaacattgtcagagtcaatagttttcaaccttatatcaattactatctcatggctttgtcc---attgat 48792339  T
Q  415 gatagcaatgacaaaggctttacgagggattgttataacacttggtttcgaagattcccatttgagaatatcatctttttcagggtcatctaagccaata 514  Q
    |||||||| |||||| | ||||||| | |||  || |  | || |    |||  |||  || ||   |||| ||||||  | |||||||| | |||||||    
T  48792340 gatagcaaggacaaaagatttacgacgaattactacaggaattag---agaacgttcatatatggcgatataatctttggcggggtcatcaaggccaata 48792436  T
Q  515 tagtgaaaagctactttgttttttgaggtgggatatttgtgcaggactgttgtttggaca-agagaatactcttctttggttaaagggtcaagtgggtgt 613  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||   |||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  48792437 tagtggaaagctactttgttttttgaggtgggatatttgttatggactagggtttggacagttagaa-actcttcattggttaaagggtcaagtggatgt 48792535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University