View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1002-Insertion-9 (Length: 721)

Name: NF1002-Insertion-9
Description: NF1002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1002-Insertion-9
NF1002-Insertion-9
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-721)||(2283968-2284683)
chr4 (255-356)||(40677238-40677340)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 602; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 2284683 - 2283968
Alignment:
Q  8 ctagtgtgagaatatgatgctctattacttgtgagcgacactatttactcgcctcaaaatacactgcaatagatcccctacacaaagtcagaaatattga 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2284683 ctagtgtaagaatatgatgctctattacttgtgagcgacactatttactcgcctcaaaatacactacaatagatcccctacacaaagtcagaaatattga 2284584  T
Q  108 acatagatctctacactgtgatacaatgtcgacaaacttgttgtggttaatagatgaagaggatgatcttgtgtctgtttcaaacatgaaatcataaaa- 206  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2284583 aca--gatctctacactgtgatacaatgtcgacaaacttgttgtggttaatagatgaagaggaggatcttgtgtctgtttcaaacatgaaatcataaaag 2284486  T
Q  207 atggatgaaattgtgtcaaatggagcacccaactttctcaaatagagcaccaactttatcctcattctccctaaatggagcttccaactttctcaaatga 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2284485 atggatgaaattgtgtcaaatggagcacccaactttctcaaatacagcaccaactttatcctcattctccctaaatggagcttccaactttctcaaatga 2284386  T
Q  307 taggcaaaagaa-tattgaaaccttgtgcatacttatgagcagtggtacctaatttttcattggaatgactcttcttgcttaaacttttgggttactgta 405  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2284385 gaggcaaaagaaatattgaaaccttatgcatacttatgagcagtg-tacctaatttttcattggaatgactcttcttgcttaaacttttgggttactgta 2284287  T
Q  406 gttgccctttgttttgtttaagtgaagggagagttgccccaaataacaatgtttgctctaaacaccatttatatattattatttcttgtgaaatatatgg 505  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2284286 gttgcccttttgtttgtttaattgaagggagagttgccccaaataacaatgtttgctctaaacaccatttatatatcattatttcttgtgaaatatatgg 2284187  T
Q  506 tgagacgcatataacctcatcgggtagagcaacttgtggtctctatcttaatttttacatatataaaaaacacttaccaaatcatatgcaatttcccaaa 605  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2284186 tgagacgcatataagctcatcgggtagagcaacttgtggtctctatcttaatttctacatatataaaaaacacttaccaaatcatatggactttcccaaa 2284087  T
Q  606 cattgaatca---aagcacatccgatagcattaagttcaatacaaaacttaaacatctcttcgtaaaatttcatttttcatatccatatcgcattcactc 702  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2284086 catcgaatcaaacaagcacatccgatagcattaagttcaatataaaacttagacatctcttcgtaaaatttcatttttcatatccatatcgcattcactc 2283987  T
Q  703 ctatatatgtttccaacta 721  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2283986 ctatatatgtttccaacta 2283968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 255 - 356
Target Start/End: Original strand, 40677238 - 40677340
Alignment:
Q  255 accaactttatcctcattctccctaaatggagcttccaactttctcaaatgataggcaaaag-aatattgaaaccttgtgcatacttatgagcagtggta 353  Q
    |||||||||||| ||| | |  |||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||    
T  40677238 accaactttatcttcactttgtctaaatggagcagccaactttctcaaatgagatgcaaaagaaatattgagtccttgtgcaaacttatgagcaccggta 40677337  T
Q  354 cct 356  Q
    |||    
T  40677338 cct 40677340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University