View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10021_low_18 (Length: 255)

Name: NF10021_low_18
Description: NF10021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10021_low_18
NF10021_low_18
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-238)||(30368151-30368388)
chr1 (9-237)||(13204379-13204607)
chr1 (9-237)||(13070220-13070448)
chr1 (9-235)||(13100921-13101146)
chr1 (9-237)||(13007120-13007348)
chr1 (1-238)||(13094311-13094548)
chr1 (9-238)||(13129748-13129977)
chr1 (1-238)||(13244564-13244801)
chr1 (1-235)||(13161433-13161667)
chr1 (26-238)||(12963918-12964130)
chr1 (22-238)||(13065256-13065472)
chr1 (1-238)||(19279211-19279448)
chr1 (16-238)||(13080908-13081130)
chr1 (1-238)||(13271498-13271735)
chr1 (1-240)||(13086019-13086258)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-99)||(31380253-31380344)
chr6 (124-185)||(377566-377627)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (55-194)||(36668091-36668230)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (142-182)||(12164326-12164366)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30368388 - 30368151
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30368388 aacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgt 30368289  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30368288 aagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatattttttccatccttcccatagc 30368189  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368188 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 30368151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 9 - 237
Target Start/End: Original strand, 13204379 - 13204607
Alignment:
Q  9 taacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggt 108  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13204379 taacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggt 13204478  T
Q  109 acatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaag 208  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  13204479 acatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaag 13204578  T
Q  209 agtaaattaacttggtatttggactaaca 237  Q
    |||| | |||| | |||||||||||||||    
T  13204579 agtacaataaccttgtatttggactaaca 13204607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13070448 - 13070220
Alignment:
Q  9 taacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggt 108  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  13070448 taacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatgga 13070349  T
Q  109 acatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaag 208  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  13070348 acatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaag 13070249  T
Q  209 agtaaattaacttggtatttggactaaca 237  Q
    |||| | |||| | |||||||||||||||    
T  13070248 agtacaataaccttgtatttggactaaca 13070220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 235
Target Start/End: Original strand, 13100921 - 13101146
Alignment:
Q  9 taacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggt 108  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13100921 taacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttgtaagatggt 13101019  T
Q  109 acatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaag 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  13101020 acatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaag 13101119  T
Q  209 agtaaattaacttggtatttggactaa 235  Q
    |||| | |||| | |||||||||||||    
T  13101120 agtacaataaccttgtatttggactaa 13101146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 237
Target Start/End: Original strand, 13007120 - 13007348
Alignment:
Q  9 taacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggt 108  Q
    |||||| || |||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13007120 taacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggt 13007219  T
Q  109 acatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaag 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  13007220 acatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaag 13007319  T
Q  209 agtaaattaacttggtatttggactaaca 237  Q
    |||| | |||| | |||||||||||||||    
T  13007320 agtacaataaccttgtatttggactaaca 13007348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 13094311 - 13094548
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  13094311 aacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgt 13094410  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    |||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  13094411 aagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccataga 13094510  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||    
T  13094511 atacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacat 13094548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Original strand, 13129748 - 13129977
Alignment:
Q  9 taacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggt 108  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13129748 taacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggt 13129847  T
Q  109 acatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaag 208  Q
    |||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13129848 acatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaag 13129947  T
Q  209 agtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    ||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  13129948 agtaaatcaaagttgtatttggactaacat 13129977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13244801 - 13244564
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  13244801 aacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgt 13244702  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    |||| ||||||||||||||   ||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  13244701 aagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccatatttgttgcatccttcccattgc 13244602  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||    
T  13244601 atacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacat 13244564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 13161433 - 13161667
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||     
T  13161433 aacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgt 13161532  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    |||| ||||||| |||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| |||||||     
T  13161533 aagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccataga 13161632  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaa 235  Q
    ||||| |||||| |||||  | |||||||||||||    
T  13161633 atacatagagtacattaaacttgtatttggactaa 13161667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12964130 - 12963918
Alignment:
Q  26 ccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgtgtcc 125  Q
    |||| ||||||||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||  ||||||| || | |||||| | |||    
T  12964130 ccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcc 12964031  T
Q  126 tctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggta 225  Q
    ||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||    
T  12964030 tctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgta 12963931  T
Q  226 tttggactaacat 238  Q
    |||||||||||||    
T  12963930 tttggactaacat 12963918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13065472 - 13065256
Alignment:
Q  22 gcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgt 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||  | | ||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |    
T  13065472 gcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataattt 13065373  T
Q  122 gtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaactt 221  Q
    |||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||| |||| | || | |    
T  13065372 gtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatcct 13065273  T
Q  222 ggtatttggactaacat 238  Q
     ||||||||||| ||||    
T  13065272 tgtatttggacttacat 13065256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19279448 - 19279211
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    ||||||||||| |  ||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| |||||| || | ||| ||||| || |||| ||| || ||||||||||||     
T  19279448 aacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgt 19279349  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||  |||||| | |||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  19279348 acgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgc 19279249  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  19279248 atacaaagagtatattaactttgtatttagactaacat 19279211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 13081130 - 13080908
Alignment:
Q  16 gcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacattta 115  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||  ||||||| |||||| || | ||| ||||| || |||| ||| || |||||||||||  |||| || || | ||    
T  13081130 gcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgta 13081031  T
Q  116 taatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagcatacaaagagtaaat 215  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  13081030 taatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatat 13080931  T
Q  216 taacttggtatttggactaacat 238  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  13080930 taactttgtatttggactaacat 13080908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 13271498 - 13271735
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    ||||||||||| |  | ||||||| |||| ||||||||||  || |||| |||||| || | ||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||     
T  13271498 aacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgt 13271597  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||  | |||||||  | |||||| |||||||| ||    
T  13271598 aagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgc 13271697  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacat 238  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||    
T  13271698 atacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacat 13271735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 13086019 - 13086258
Alignment:
Q  1 aacttccataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttgg 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||| |  |||| |||||| || | |||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||     
T  13086019 aacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctatgaacttgc 13086118  T
Q  101 aagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcccatagc 200  Q
    ||||||||||||  | ||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||| |  |||||||||| || |||||||||||| ||    
T  13086119 aagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatccttcccattgc 13086218  T
Q  201 atacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacataa 240  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||    
T  13086219 atacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataa 13086258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 31380344 - 31380253
Alignment:
Q  8 ataacaaggcagctgcagccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttg 99  Q
    ||||||| | ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  31380344 ataacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 377627 - 377566
Alignment:
Q  124 cctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttcttc 185  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  377627 cctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccatatctcttc 377566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 194
Target Start/End: Original strand, 36668091 - 36668230
Alignment:
Q  55 ttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaacttggaagatggtacatttataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaa 154  Q
    ||||||| || ||| || ||||| | ||||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||  |   |||| |||  || ||||| ||||| || ||||    
T  36668091 ttacccaaacgactccttggtccagcattgaaagcaatgaacttgtaagaaggtacatgaattgtccctcctttcttagaaacccacctctctggtttaa 36668190  T
Q  155 attccatgcaatcttctccccatatttcttccatccttcc 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  36668191 attccaagcaatcttctccccatatttcctccacccttcc 36668230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 142 - 182
Target Start/End: Original strand, 12164326 - 12164366
Alignment:
Q  142 ctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccatatttc 182  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12164326 ctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttc 12164366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University