View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10021_low_9 (Length: 424)

Name: NF10021_low_9
Description: NF10021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10021_low_9
NF10021_low_9
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-406)||(9118407-9118812)
chr1 (1-400)||(9155728-9156127)
chr1 (3-405)||(9218551-9218953)
chr1 (1-405)||(9161640-9162044)
chr1 (3-405)||(9170468-9170870)
chr1 (1-405)||(9200033-9200437)
chr1 (1-402)||(9229434-9229835)
chr1 (18-397)||(1868428-1868807)
chr1 (18-406)||(1842810-1843198)
chr1 (18-397)||(1856833-1857209)
chr1 (18-224)||(1815835-1816041)
chr1 (301-397)||(1816115-1816211)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (339-400)||(40597772-40597833)
chr3 (339-406)||(40579436-40579503)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 9118812 - 9118407
Alignment:
Q  1 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  9118812 tctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaattt 9118713  T
Q  101 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 200  Q
     |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  9118712 ggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaaatgatgcagatgaa 9118613  T
Q  201 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9118612 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcga 9118513  T
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118512 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 9118413  T
Q  401 cagaat 406  Q
    ||||||    
T  9118412 cagaat 9118407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 9155728 - 9156127
Alignment:
Q  1 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9155728 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 9155827  T
Q  101 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9155828 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 9155927  T
Q  201 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaa 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||| ||||||| ||| ||||||  |||||| | |||||||||||||    
T  9155928 tgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaa 9156027  T
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9156028 aaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttggga 9156127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 3 - 405
Target Start/End: Original strand, 9218551 - 9218953
Alignment:
Q  3 tcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcg 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  9218551 tcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttg 9218650  T
Q  103 aagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatg 202  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  9218651 aagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagctgaatg 9218750  T
Q  203 tagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaaaa 302  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||  |||||  |||  |||||||||||||||||||    
T  9218751 tagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcaaaa 9218850  T
Q  303 agtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggaca 402  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9218851 agtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggaca 9218950  T
Q  403 gaa 405  Q
    |||    
T  9218951 gaa 9218953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Original strand, 9161640 - 9162044
Alignment:
Q  1 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 100  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9161640 tctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaacct 9161739  T
Q  101 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9161740 cgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaa 9161839  T
Q  201 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaa 300  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||| |||  |||||  |||||||| ||||||||||| |    
T  9161840 tgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttatctttagtattatgtatgaaatcga 9161939  T
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9161940 aaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9162039  T
Q  401 cagaa 405  Q
    |||||    
T  9162040 cagaa 9162044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 3 - 405
Target Start/End: Original strand, 9170468 - 9170870
Alignment:
Q  3 tcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcg 102  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |    
T  9170468 tcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttg 9170567  T
Q  103 aagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatg 202  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9170568 aagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatg 9170667  T
Q  203 tagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaaaa 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||| ||||||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||| |||    
T  9170668 tagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaa 9170767  T
Q  303 agtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggaca 402  Q
    |||||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9170768 agtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtca 9170867  T
Q  403 gaa 405  Q
    |||    
T  9170868 gaa 9170870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Original strand, 9200033 - 9200437
Alignment:
Q  1 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 100  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  9200033 tctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatct 9200132  T
Q  101 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 200  Q
     ||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||| ||||    
T  9200133 ggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagctgaa 9200232  T
Q  201 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaa 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||| |    
T  9200233 tgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcga 9200332  T
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9200333 aaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggt 9200432  T
Q  401 cagaa 405  Q
    |||||    
T  9200433 cagaa 9200437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 9229434 - 9229835
Alignment:
Q  1 tctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacct 100  Q
    |||| |||| ||| || ||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| ||||  || ||||||   || |||||||||||||| || ||    
T  9229434 tctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaatct 9229533  T
Q  101 cgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaa 200  Q
     ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  9229534 tgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaa 9229633  T
Q  201 tgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaa 300  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||   || |   || || | || || ||||| |    
T  9229634 tgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaatactagtgtgcatcaaatcga 9229733  T
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    |||| ||||| | |||||  |||||||| || |   ||||||||| |||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9229734 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9229833  T
Q  401 ca 402  Q
    ||    
T  9229834 ca 9229835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1868807 - 1868428
Alignment:
Q  18 gtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcgg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |    
T  1868807 gtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccg 1868708  T
Q  118 aaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagc 217  Q
    | ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||    
T  1868707 atactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagc 1868608  T
Q  218 tccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttatt-cttagtattttgtatgaaatcaaaaagtgtaccgtggct 316  Q
    | |||||  |||||| |||||| | ||||| |||| |||| ||  |||||| |  ||||| ||| ||  | ||||| ||| || |||| || || | | |    
T  1868607 ttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggt 1868509  T
Q  317 aacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttg 397  Q
    ||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868508 aacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttg 1868428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 1843198 - 1842810
Alignment:
Q  18 gtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcgg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| || || |||||||||||||| |    
T  1843198 gtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctg 1843099  T
Q  118 aaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagc 217  Q
    | ||||| |||||||   |   ||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| || ||||     
T  1843098 atactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagt 1842999  T
Q  218 tccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttatt-cttagtattttgtatgaaatcaaaaagtgtaccgtggct 316  Q
    | |||||  |||||| |||||| | ||||| |||| |||| ||  |||||| |  ||||| ||| ||  | ||||| ||| || |||| || || | | |    
T  1842998 ttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggt 1842900  T
Q  317 aacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggacagaat 406  Q
    ||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  1842899 aacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaat 1842810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1857209 - 1856833
Alignment:
Q  18 gtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcgg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |    
T  1857209 gtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccg 1857110  T
Q  118 aaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagc 217  Q
    | ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||| || | |||    
T  1857109 acactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagc 1857010  T
Q  218 tccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcaaaaagtgtaccgtggcta 317  Q
      |||||  |||||| |||||| | ||||| || | |||  |||||| |||  | |||   || |   | || || || ||| |||| ||||| | ||||    
T  1857009 ctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttg---tgtgaataaattcagaaagagtaccattgcta 1856913  T
Q  318 acgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttg 397  Q
    || || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  1856912 acaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttg 1856833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 224
Target Start/End: Original strand, 1815835 - 1816041
Alignment:
Q  18 gtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgcaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcgg 117  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| |    
T  1815835 gtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctg 1815934  T
Q  118 aaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagc 217  Q
    | ||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||| || | |||    
T  1815935 acactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagc 1816034  T
Q  218 tccagct 224  Q
    |||||||    
T  1816035 tccagct 1816041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 397
Target Start/End: Original strand, 1816115 - 1816211
Alignment:
Q  301 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttg 397  Q
    |||| ||||| | |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  1816115 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttg 1816211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 339 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 40597833 - 40597772
Alignment:
Q  339 ggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  40597833 ggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcctatggttgatttggga 40597772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 40579503 - 40579436
Alignment:
Q  339 ggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggacagaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||  || || ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  40579503 ggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaatctttaccacatttctatgattgatttgggaaagaat 40579436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University