View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10024_1 (Length: 361)
Name: NF10024_1
Description: NF10024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10024_1 |
 | |
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| [»] chr2 (1 HSPs) |
| |
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| [»] chr8 (2 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0697 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Original strand, 26662965 - 26663315
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26662965 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatataga |
26663064 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663065 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
26663164 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663165 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
26663264 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663265 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
26663315 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Original strand, 10639164 - 10639514
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639164 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
10639263 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
10639264 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
10639363 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
10639364 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
10639463 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639464 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
10639514 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 32716447 - 32716097
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716447 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
32716348 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716347 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgact |
32716248 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
32716247 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatag |
32716148 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716147 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
32716097 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Original strand, 22903224 - 22903574
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903224 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
22903323 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903324 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
22903423 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22903424 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatag |
22903523 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903524 |
tttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
22903574 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 13341043 - 13340693
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13341043 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
13340944 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340943 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
13340844 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13340843 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatag |
13340744 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340743 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatg |
13340693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 11 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 13330128 - 13330030
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatag |
109 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13330128 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
13330030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 5670576 - 5670226
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670576 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacctacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatagg |
5670477 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670476 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgact |
5670377 |
T |
|
| Q |
211 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatag |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
5670376 |
ctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatag |
5670277 |
T |
|
| Q |
311 |
tttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670276 |
tttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatg |
5670226 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 39 - 267
Target Start/End: Original strand, 34149051 - 34149279
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatg |
138 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
34149051 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacg |
34149150 |
T |
|
| Q |
139 |
tgttaggtgtatgctcaccagatttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcg |
238 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
34149151 |
tgttgggtgtatgctcaccagatatgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcg |
34149250 |
T |
|
| Q |
239 |
accaaatggtttaaaggttcctcaaggta |
267 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
34149251 |
aacaaatgggttaagggttcctcaaggta |
34149279 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 11 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 5680 - 5529
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatataga |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5680 |
cacagacgaacgatggaaatactttaaaaattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatataga |
5581 |
T |
|
| Q |
111 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatt |
162 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5580 |
acaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcactagatt |
5529 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 210 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5377
Alignment:
| Q |
210 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
310 |
gtttatgga-ttttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
361 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatg |
5377 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 48943486 - 48943430
Alignment:
| Q |
39 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgac |
95 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943486 |
aattgtttaggagctcttgatggcacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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