View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10030_low_14 (Length: 315)

Name: NF10030_low_14
Description: NF10030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10030_low_14
NF10030_low_14
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (14-301)||(2440585-2440871)
chr6 (14-301)||(2592531-2592821)
chr6 (14-301)||(2596007-2596298)
chr6 (14-203)||(2624075-2624264)
chr6 (14-263)||(2640705-2640954)
chr6 (14-296)||(2568456-2568739)
chr6 (14-214)||(2671914-2672114)
chr6 (14-174)||(2451307-2451467)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Original strand, 2440585 - 2440871
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440585 cataggttgagtactattcaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 2440684  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaagtt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440685 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttgccatgaaattaactaaataaacatgatcaagtt 2440784  T
Q  214 tccatgtttaaaggtagaagctataaagaagaattgatgatggagttgttgtggtaatatgtgaaattgaaaagaaaaatgagaagag 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2440785 tccatgtttaaaggtagaagctatgaagaagaattgatgatggagttgttgtggtaatatgtgaaatt-aaaagaaaaatgagaagag 2440871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Original strand, 2592531 - 2592821
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592531 cataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 2592630  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaagtt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  2592631 caagtggagcatattactctttgataagtctaaaaataagaccaaccaacataattattgattcttcacatgaaatcaactaaataaacaatatcaagtt 2592730  T
Q  214 tcca-tgtttaaaggtagaagctataaagaagaattgatgatggagttgttgtggtaat----atgtgaaattgaaaagaaaaatgagaagag 301  Q
    |  | ||||| ||||  ||||| | ||||| |  ||||||||| ||||||||| |||||    | | |||||||||||||||| |||||||||    
T  2592731 tttaatgttttaagg--gaagcaacaaagatgggttgatgatgtagttgttgtagtaattaataggcgaaattgaaaagaaaactgagaagag 2592821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 2596298 - 2596007
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||   || |    
T  2596298 cataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttatctttgggac 2596199  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagac--caaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaag 211  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||| | || ||    
T  2596198 caagtggagtttattactctttggtaagtctacaaagaagactataaccaatacaattgttgattcttcacatgaaatcaactaaataaacaaggtccag 2596099  T
Q  212 tttccatgtttaaaggtagaagcta-taaagaagaattgatgatggagttgt-tgtggtaatatgtgaaattgaaaagaaaaatgagaagag 301  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  2596098 tttccatgtttgaagggagaagctacaaaaaaagaatttatgatggagttgtgtttggtaataggtaaaattgaaaagaaaaatgagaagag 2596007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 2624075 - 2624264
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2624075 cataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttgttgagaatggaacacattcatccttgttgtctaaagggc 2624174  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaaca 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  2624175 caagtggagcatattactctttgataagtctacaaaaaagaccaaccaacataattgttgattctccacatgaaattaaataaataaaca 2624264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2640954 - 2640705
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   || |    
T  2640954 cataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataaggggattgttgttgaaaaaggaacacattcatctttgttgtctttgggac 2640855  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaagtt 213  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||||||||| | || | ||    
T  2640854 caagtggagtttattactctttagtaagtctacaaagaagaccaaccaatacaattgttggttcttcacatgaaatcaactaaataaacaaggtcgattt 2640755  T
Q  214 tccatgtttaaaggtagaagctataaagaagaattgatgatggagttgtt 263  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2640754 tccatgtttgaaggaagaagctacaaaaaagaatttatgatggagttgtt 2640705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2568739 - 2568456
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||    
T  2568739 cataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttttggataagggcattgttgttgagaaaggaacacattcaaatttattgtcaaaagggc 2568640  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaag-t 212  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||  |||||||| |||||||||||||  |  ||| |    
T  2568639 caagtggtgcttattactctttggtaagtctgcaaagaagaccaaacaatttaatttcgtattcttcacatgaaatcaactaaataaacaatactaagtt 2568540  T
Q  213 ttccatgtttaaaggtagaagctataaagaagaattgatgatggagttgttgtggtaatatgtgaaattgaaaagaaaaatgag 296  Q
    || ||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||| |||| ||||    
T  2568539 tttcatgtttgaagggagaagcaagaaagaagaatcgatgatgtacttgttgtgataacaggtgaaattgaaaataaaattgag 2568456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 2672114 - 2671914
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672114 cataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttttagacaagggaagtgttgttgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 2672015  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctgattcttggcatgaaattaactaaataaacatgatcaagtt 213  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |  ||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  2672014 caagtggagcttattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaccaacattactattgattcttcacatgaaatcaactaaataaacaatatcaagtt 2671915  T
Q  214 t 214  Q
    |    
T  2671914 t 2671914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 174
Target Start/End: Original strand, 2451307 - 2451467
Alignment:
Q  14 cataggttgagtactatacaaaactgtgatttgattgctgttttggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaagggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2451307 cataggttgagtactatacaaaattgtgatatgattgttgttttggataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgttgtctaaaggac 2451406  T
Q  114 caagtggagcatattactctttggtaagtctacaaagaagaccaaacaatataattgctga 174  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  2451407 caagtggagcttattactctatggtaagtctacaaagaagaccacccaatacaattgctga 2451467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University