View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10031_low_4 (Length: 425)

Name: NF10031_low_4
Description: NF10031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10031_low_4
NF10031_low_4
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (1-425)||(9840986-9841407)
chr3 (1-425)||(10519613-10520034)
chr3 (2-425)||(10129053-10129473)
chr3 (2-425)||(9851867-9852287)
chr3 (1-413)||(10373362-10373771)
chr3 (1-399)||(10431561-10431956)
chr3 (1-413)||(10034143-10034552)
chr3 (1-402)||(11779502-11779900)
chr3 (1-404)||(10262850-10263250)
chr3 (1-404)||(10361321-10361721)
chr3 (13-323)||(10665696-10666003)
chr3 (67-422)||(10582742-10583094)
chr3 (5-422)||(10090925-10091339)
chr3 (5-422)||(10197807-10198221)
chr3 (5-399)||(11771388-11771779)
chr3 (16-404)||(13852996-13853381)
chr3 (15-425)||(10502711-10503117)
chr3 (5-241)||(10530973-10531206)
chr3 (149-266)||(11244188-11244305)
chr3 (145-269)||(10967364-10967488)
chr3 (12-180)||(10679833-10679998)
chr3 (2-79)||(10085732-10085809)
chr3 (2-79)||(10192652-10192729)
chr3 (144-269)||(13397764-13397889)
chr3 (152-197)||(11230092-11230137)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-425)||(55122-55543)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-400)||(26909041-26909436)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-390)||(11487192-11487566)
chr8 (2-113)||(44955180-44955291)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (128-412)||(17850570-17850854)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9841407 - 9840986
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9841407 cgacgacagaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatctagactcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggg 9841308  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||| |    ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9841307 aaggatgtaagtgtatc---acagctccaccataactgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcac 9841211  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9841210 aactacgaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagt 9841111  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9841110 gcttctcagaatcaattttggaacaactaatagtttaacacacttttcaatcactacatcttgcatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaat 9841011  T
Q  401 tgggaactttcaccaaacccattga 425  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  9841010 tgggaactttcaccaagcccattga 9840986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 10520034 - 10519613
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10520034 cgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtgga 10519935  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||| |    ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10519934 aaggatgtaagtgtatc---acagctacgatagaacttaagactcacaagtgatgtgtaattgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcac 10519838  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |  |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  10519837 aacattgaatattaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtcccaagtgtgtaagacaagt 10519738  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10519737 gcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 10519638  T
Q  401 tgggaactttcaccaaacccattga 425  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  10519637 tgggaactttcaccaagcccattga 10519613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 10129473 - 10129053
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaa 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129473 gacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaa 10129374  T
Q  102 aggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttaca 201  Q
    ||||||||||||  |    |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  10129373 aggatgtaagtgcatc---acaactactccgtaaatcaatactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcaca 10129277  T
Q  202 cgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtg 301  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  10129276 tttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtg 10129177  T
Q  302 cttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaatt 401  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || | |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129176 cttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaatt 10129077  T
Q  402 gggaactttcaccaaacccattga 425  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  10129076 gggaactttcaccaagcccattga 10129053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 9852287 - 9851867
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaa 101  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  9852287 gacgaccgaggtgaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaa 9852188  T
Q  102 aggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttaca 201  Q
    ||||| ||||||   | | ||| || |   | ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  9852187 aggatttaagtg---aatcacagctacgatagaaccgaagactcacaagtgatgtgtagttgctccatgtttcaggaggtaggaaggataaattctcaca 9852091  T
Q  202 cgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtg 301  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9852090 attttcaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtgaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtg 9851991  T
Q  302 cttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaatt 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9851990 cttctcataatcaattttggcacagctaatagcttaacacacttttcaatctctacatcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaatt 9851891  T
Q  402 gggaactttcaccaaacccattga 425  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  9851890 gggaactttcaccaagcccattga 9851867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 10373362 - 10373771
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10373362 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtgga 10373461  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||| ||||||   | | ||| || |   |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10373462 aaggatataagtg---aatcacagctacgatataaataaagccacacaagtgatgtgtaattgctccacatttcaagaggaaggaaggataaattctcac 10373558  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |  | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  10373559 agtatctaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagttccaagtgtgtaagacaagt 10373658  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    |||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  10373659 gcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacagt 10373758  T
Q  401 tgggaactttcac 413  Q
    |||||||||||||    
T  10373759 tgggaactttcac 10373771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Original strand, 10431561 - 10431956
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  10431561 cgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagacttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtgga 10431660  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||   | | |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  10431661 aaggatgtaagtg---aatcacaactgctccataaataaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcac 10431757  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10431758 atttttcaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagt 10431857  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaa 399  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10431858 gcttctcagaatcaattttggcacaactaatagcttaacacagttttcaatcactacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaa 10431956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 10034552 - 10034143
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    |||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  10034552 cgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaaaccagactcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtgga 10034453  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||  |    ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  10034452 aaggatgtaagtgcatc---acaactatgaattaaataaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcac 10034356  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| |||||||||||||    
T  10034355 attttacaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagt 10034256  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || | |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  10034255 gcttctcaaaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacagt 10034156  T
Q  401 tgggaactttcac 413  Q
    |||||||||||||    
T  10034155 tgggaactttcac 10034143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 11779502 - 11779900
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  11779502 cgacgactgaggtgaaggtgtttctaaaatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtggg 11779601  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||  |    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||| ||    
T  11779602 aaggatgtaagtgcatc---acaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaattgctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcac 11779698  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||| |    
T  11779699 aatctttaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaaat 11779798  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || ||| || | ||||||||| |||| |||||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||    
T  11779799 gcttctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcagcacacttttcaatcactacatgttgcatcatagatagagaatcactatcaagcaatgacaat 11779898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 10263250 - 10262850
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| | || ||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  10263250 cgacgaccgaggtgaagacctttctaaaatataaatggaatccagacttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtgga 10263151  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||   | | ||| || |    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10263150 aaggatgtaagtg---aatcacagctacgatttaactcaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcac 10263054  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||  |||| ||||| |||| ||||||||    
T  10263053 aatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaagagaactgagtttcaagtgtgttagacaagt 10262954  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10262953 gcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacattcacgaataactacttcttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaat 10262854  T
Q  401 tggg 404  Q
    ||||    
T  10262853 tggg 10262850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Original strand, 10361321 - 10361721
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  10361321 cgacgaccgaggtgaagacctttctgaaatataaatggaatccagactcctacaatcacgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtgga 10361420  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||   |   ||| ||      |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  10361421 aaggatgtaagtg---aaccacagctatgatctaaatgtagagtcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcac 10361517  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||| |||| |||||||||||||    
T  10361518 aattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagattaccgagtcccaagagtgtaagacaagt 10361617  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | | | | || | ||||||| |||| || ||| |||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  10361618 gcttctcagaatcaattttggcacagatgacagcatagcgcacttttgaatcactgcatgttgcatcatacatggagaatcgctcccaagaaatgacaat 10361717  T
Q  401 tggg 404  Q
    ||||    
T  10361718 tggg 10361721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 13 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10666003 - 10665696
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10666003 tgaaggactttctaaaatacaaatggaaaccagactcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 10665904  T
Q  113 gtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatat 212  Q
    |  |    |||||||   |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  10665903 gcatc---acaactttgacataaatctagacgcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaatat 10665807  T
Q  213 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataat 312  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10665806 taagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatagagtgccaagtgtgtaagacaagtgcttctcataat 10665707  T
Q  313 caattttggca 323  Q
    |||||||||||    
T  10665706 caattttggca 10665696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 67 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10583094 - 10582742
Alignment:
Q  67 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctc 166  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | ||| || |   | || | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10583094 aagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtg---aatcacagctacgatagaactaaagactcacaagtgatgtgtagttgctc 10582998  T
Q  167 cacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatg 266  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  10582997 cacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgtagtgagagaag 10582898  T
Q  267 aaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcat 366  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| || |||   ||| || ||||||||||    
T  10582897 aaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagctaataggttaacgcagtttgccatcactgcatcttgcat 10582798  T
Q  367 catacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcaccaaacccat 422  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||    
T  10582797 catacacggagaatcactctcaagcaataacaattgggtcctttcaccaagcccat 10582742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10091339 - 10090925
Alignment:
Q  5 gaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 104  Q
    |||||||||||||   ||||| ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091339 gaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 10091240  T
Q  105 atgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacga 204  Q
    |||||||||  |    ||| ||    | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |    
T  10091239 atgtaagtgcatc---acagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaa 10091143  T
Q  205 ccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgctt 304  Q
       ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||    
T  10091142 ttcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgctt 10091043  T
Q  305 ctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 404  Q
    ||   ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091042 cttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacatggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 10090943  T
Q  405 aactttcaccaaacccat 422  Q
      ||||||||||||||||    
T  10090942 tcctttcaccaaacccat 10090925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10198221 - 10197807
Alignment:
Q  5 gaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 104  Q
    |||||||||||||   ||||| ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198221 gaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 10198122  T
Q  105 atgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacga 204  Q
    |||||||||  |    ||| ||    | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |    
T  10198121 atgtaagtgcatc---acagctatgacttaaataaagtctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaa 10198025  T
Q  205 ccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgctt 304  Q
       ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||    
T  10198024 ttcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgctt 10197925  T
Q  305 ctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 404  Q
    ||   ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10197924 cttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcacactttcgaatcactacatcttccatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 10197825  T
Q  405 aactttcaccaaacccat 422  Q
      ||||||||||||||||    
T  10197824 tcctttcaccaaacccat 10197807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 5 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11771779 - 11771388
Alignment:
Q  5 gaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 104  Q
    |||||||||||||   ||||| ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11771779 gaccgaggtgaagacatttctaaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 11771680  T
Q  105 atgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacga 204  Q
    |||||||||  |    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||       
T  11771679 atgtaagtgcatc---acaactactccataaataaagactcacaagtgaagtgtaatagctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatc 11771583  T
Q  205 ccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgctt 304  Q
       ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  11771582 tttaatatgaagtatttgcaatgaagtgggtagaccacttgggggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaagtgctt 11771483  T
Q  305 ctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaa 399  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||| || |||| |||||| |||| |||||| |||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  11771482 ctcaaaatcaattttggcacaactgatagctcaacatacttttcaatcactacatgttgcatcatagatagagaatcactatcaagcaatgacaa 11771388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 404
Target Start/End: Original strand, 13852996 - 13853381
Alignment:
Q  16 aggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgtg 115  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||  |||   |||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||      
T  13852996 aggactttctaaaatattaatggaatccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaagtgca 13853095  T
Q  116 tacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaa 215  Q
    |    ||| || |||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||       || ||||    
T  13853096 tc---acagctactccgtaaagtaagactcgcaagcgatgtgtaattgctccatgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaa 13853192  T
Q  216 gtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataatcaa 315  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |  || |||| ||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||    
T  13853193 gtgattgcaatggagttggcagaccacttgacggaaatacagtgagagatggaatatcatagagtttcaagtgttgaagaaaagtgcttctcaaaatcaa 13853292  T
Q  316 ttttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattggg 404  Q
    |||||||| || | | | | |||||||||||| |||| || ||| ||||||| | ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  13853293 ttttggcatagatgacagcataacacacttttcaatcactgcatgttgcatcgtgcaaggagaatcgctcccaagaaatgacaattggg 13853381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 15 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 10503117 - 10502711
Alignment:
Q  15 aaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagtgt 114  Q
    ||||||||| | || || |||||||||||| | ||||||| | |   ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  10503117 aaggactttttaaagtaaaaatggaatccaaattcctacagttactaatgttaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgttagtcc 10503018  T
Q  115 gtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatca 214  Q
     |    ||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     ||||  |    
T  10503017 atc---acagctactccataaatcaagactcacaagcaatgtgtaattgctccacgtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatacta 10502921  T
Q  215 agtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataatca 314  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  |  ||||||  |||||||||||| || |  || ||||  |||| ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  10502920 agtgactgcaaagaagtgggtagaccatctttgggaaacacagtgagagatggaatatcatagagttccaagtgttgaagacaagtgcttctca-aatca 10502822  T
Q  315 attttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttcacc 414  Q
     |||||| | || ||||| | |||||||| |   |||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| |   |||||||    
T  10502821 tttttggaatagataatagcgtaacacacctacaaatgactacatgttgcatcatacatggagagtcactcccaagcaatgataattgagtcttttcacc 10502722  T
Q  415 aaacccattga 425  Q
    || ||||||||    
T  10502721 aagcccattga 10502711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 10531206 - 10530973
Alignment:
Q  5 gaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaagg 104  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  10531206 gaccgacgtggaggactttctgaaataaaaaccgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaagg 10531107  T
Q  105 atgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacga 204  Q
    |||||||||  |    ||| || |||||||||  ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | ||| | ||| |||| |||       
T  10531106 atgtaagtgcatc---acagctactccataaaataagactctcaagcgatgtgtatctgctccacgtttcaggaggcatgaatgctaacttctcacaatt 10531010  T
Q  205 ccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 241  Q
       ||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10531009 atcaatacaaagtgactgcaatgaagtgggtagacca 10530973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 149 - 266
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244305
Alignment:
Q  149 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagg 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||  | | |||    | ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  249 gaaatgcagtgagagatg 266  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagagatg 11244305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 269
Target Start/End: Original strand, 10967364 - 10967488
Alignment:
Q  145 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| | ||||||||||||     ||||||||||||| | |||||||||||| || ||| |     
T  10967364 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttccggaggcaagaatgctaaattcttacagtcggaaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccatta 10967463  T
Q  245 gagggaaatgcagtgagagatgaaa 269  Q
    || | ||||||||||||||| ||||    
T  10967464 gatgaaaatgcagtgagagaggaaa 10967488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 10679998 - 10679833
Alignment:
Q  12 gtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaag 111  Q
    |||| ||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10679998 gtgatggactttctgaaataaaaactgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgtaag 10679899  T
Q  112 tgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggagg 180  Q
    ||  |    ||| || |||||||||  |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  10679898 tgcatc---acagctactccataaaataagactcacaagcgatgtatatctgctccacgtttcaggagg 10679833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10085809 - 10085732
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagc 79  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  10085809 gacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgtatgtcaagtgtttggagc 10085732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 10192729 - 10192652
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagc 79  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  10192729 gacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgtatgtcaagtgtttggagc 10192652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 13397889 - 13397764
Alignment:
Q  144 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| | |||||||| ||||      |||  |||||| ||||| |||||||| |||||| |    
T  13397889 tcacaagtgatgtgtaattgctccatgtttcaggacgcaagaatgctaaattctgacactcatctatacgaagtgactgcaacgaagtgggaagaccatt 13397790  T
Q  244 tgagggaaatgcagtgagagatgaaa 269  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||    
T  13397789 tgctggaaatgcagtgagagaggaaa 13397764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 197
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230137
Alignment:
Q  152 gatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 197  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattct 11230137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 55122 - 55543
Alignment:
Q  1 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |  ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55122 cgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaaaccagactcctacatctacttatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtgga 55221  T
Q  101 aaggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttac 200  Q
    |||||||||||||   | | ||||||     ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  55222 aaggatgtaagtg---aatcacaactatatgatatattaagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcac 55318  T
Q  201 acgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagt 300  Q
    |      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  55319 atttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatggagtttcaagtgtgtaagacaagt 55418  T
Q  301 gcttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || | |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55419 gcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttagaacagttgtgaatcgctacatgttgcatcatacacggagaatcactctcaagcaatgacaat 55518  T
Q  401 tgggaactttcaccaaacccattga 425  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  55519 tgggaactttcaccaagcccattga 55543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26909436 - 26909041
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaa 101  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26909436 gacggccgatgtgaaggagtttctgaaatataaatggaatccacactcctacaatcgtaaattttaagactttggagagcagggaaaccatcaagcggaa 26909337  T
Q  102 aggatgtaagtgtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttaca 201  Q
    | |||  |||||  |    ||| ||     |||| | ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  |||    
T  26909336 atgattcaagtgcatc---acagctatgatataactcaatgttcacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaaca 26909240  T
Q  202 cgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtg 301  Q
      |   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||| |||    
T  26909239 aaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacatgtg 26909140  T
Q  302 cttctcataatcaattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaat 400  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26909139 cttctcagaatcaattttggcaaacctaatagcccaacacaattttgaatcactacatcttgcatcatacagggagaatcactcttaagcaatgacaat 26909041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 11487566 - 11487192
Alignment:
Q  13 tgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 112  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487566 tgaaggactttctaaaataaaaatggaatccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtaagt 11487467  T
Q  113 gtgtacttacaacttctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatat 212  Q
    |     | ||| || ||  |||| | |||   |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||      || |     
T  11487466 g---catcacagctactaaataactcaagcgacacaagagacttgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacaactatgaacac 11487370  T
Q  213 caagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataat 312  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||    |  ||||||||||||||||| | ||    || ||||||||||  |  |||| || |||| | |  |||    
T  11487369 aaagtgattgcaatgaagtaggtagaccctccgtaggaaatgcagtgagagacggaatcttatagagtctcaagtcttgaagaaaattgctgcactgaat 11487270  T
Q  313 caattttggcacagctaataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaag 390  Q
    |||||||||||||| | | ||| | |||||||||| |||| ||| ||  ||| ||||||| ||||| |||||| ||||    
T  11487269 caattttggcacagatgacaacgtgacacacttttcaatcgctatatgctgcctcatacacggagagtcactcccaag 11487192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 113
Target Start/End: Original strand, 44955180 - 44955291
Alignment:
Q  2 gacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaa 101  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  44955180 gacggccgaggtgaaggactttccaaaatgaaaattgaatccagactcctacaaccactaatgttaagtctttggagcacagggaaaccatcaagtggga 44955279  T
Q  102 aggatgtaagtg 113  Q
    | ||| ||||||    
T  44955280 atgatttaagtg 44955291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 128 - 412
Target Start/End: Original strand, 17850570 - 17850854
Alignment:
Q  128 ctccataaatgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatg 227  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   | ||||| |||||| |||||||    
T  17850570 ctccataactcaagactcgcaagtgatgtgtaattgttccacgtttcaggaggcatgaaggataaattcttacacatactaatatgaagtgactgcaatg 17850669  T
Q  228 aagtgggtagaccacttgagggaaatgcagtgagagatgaaagagaatcgagtctcaagcgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcacagc 327  Q
    ||||| || || ||   |  ||||||||||||||||| | || |  || |||| ||||| ||  |||||||||||| |||||||||| ||| ||||  |     
T  17850670 aagtgagttgaacatccgtcggaaatgcagtgagagacggaatatcattgagtgtcaagtgttgaagacaagtgctcctcataatcattttaggcaggga 17850769  T
Q  328 taataacttaacacactttttaatctctacatcttgcatcatacaaggagaatcactctcaagcaatgacaattgggaactttca 412  Q
     |||| |||| ||||| ||| ||||  | ||| ||||| |  ||||| |||||||||| ||| ||| ||| |||| || ||||||    
T  17850770 caatagcttatcacacctttcaatcgttgcatattgcagctgacaagcagaatcactcccaaccaacgaccattgagatctttca 17850854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University