View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10033_low_1 (Length: 554)

Name: NF10033_low_1
Description: NF10033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10033_low_1
NF10033_low_1
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (11-538)||(2672044-2672571)
chr6 (11-538)||(2568669-2569196)
chr6 (12-538)||(2596228-2596754)
chr6 (11-538)||(2440128-2440655)
chr6 (11-538)||(2592074-2592601)
chr6 (11-538)||(2640884-2641411)
chr6 (11-535)||(2623618-2624142)
chr6 (11-538)||(2450853-2451377)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-514)||(17870104-17870610)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (296-352)||(5766109-5766165)
chr2 (296-356)||(5823502-5823562)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 2672571 - 2672044
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672571 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 2672472  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672471 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 2672372  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2672371 tagaggcatcaaaggcttcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatactttgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtgg 2672272  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2672271 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2672172  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672171 ttagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 2672072  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672071 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 2672044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 2569196 - 2568669
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  2569196 cataggacttattgaaagattctatgatccacttaaagggatagtgacaattgatggtagagacataaagacatataatctaaggtcattaagggaacac 2569097  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2569096 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttacgatgataaggttgatgagagtgaaatta 2568997  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568996 tagaggcatcaaaggctgcaagtgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2568897  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2568896 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2568797  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2568796 ttagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttt 2568697  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    | || ||||| | |||||||||||||||    
T  2568696 tggataagggcattgttgttgagaaagg 2568669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 2596754 - 2596228
Alignment:
Q  12 ataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |    
T  2596754 ataggactaattgagagattctatgatccatttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctacgatcattaaggaaacata 2596655  T
Q  112 ttgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagattat 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  2596654 ttgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattat 2596555  T
Q  212 cgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggt 311  Q
     ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596554 agaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggt 2596455  T
Q  312 caaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596454 caaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaat 2596355  T
Q  412 tagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgtttt 511  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  2596354 tagtccaagatactttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtctt 2596255  T
Q  512 agacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
     || ||||||| |||||||||||||||    
T  2596254 ggataagggaattgttgttgagaaagg 2596228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Original strand, 2440128 - 2440655
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||     
T  2440128 cataggactaattgagagattctatgatccacttaaagggatagtgacagttgatggtagagacataaaaacttataatctacgatcattaaggaaacat 2440227  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2440228 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataagagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagatta 2440327  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440328 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2440427  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440428 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2440527  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  2440528 ttagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactattcaaaactgtgatttgattgctgttt 2440627  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    | || ||||||| |||||||||||||||    
T  2440628 tggataagggaattgttgttgagaaagg 2440655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Original strand, 2592074 - 2592601
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| |||||| | |||||||||    
T  2592074 cataggactaattgagaggttctatgatccacttaaagggatagtgacaattgatggtagggacataaaaatttataatctaaggtcactaaggaaacac 2592173  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  2592174 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccatcaaagaaaatattgcatatggatcatatgatgataaggttgatgaaagtgaaatta 2592273  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592274 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2592373  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592374 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2592473  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  2592474 ttagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttt 2592573  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||    
T  2592574 tggataagggaagtgttattgagaaagg 2592601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 2641411 - 2640884
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| | |||||||| ||||| || |||||||||    
T  2641411 cataggactaattgagagattctatgatccaattaaagggatagtgacaattgatggtgaagatataaagtcttataatctaaggtcgttaaggaaacac 2641312  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  2641311 attgcacttgtaagtcaagaaccaacactgtttggtggtaccataagggaaaatattgcatacggagcctatgatgataaagttgatgagagtgagatta 2641212  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    |  |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2641211 ttcaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttacaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2641112  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2641111 tcaaaaacaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttacttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2641012  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2641011 ttagtgcaagatgctttagaaagagttatggttggaaggacaagtgtagttgtcgcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttt 2640912  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    | || ||||| | ||||||||| |||||    
T  2640911 tggataaggggattgttgttgaaaaagg 2640884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 535
Target Start/End: Original strand, 2623618 - 2624142
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  2623618 cataggactaattgagaggttctatgatccacttgaagggatagtgacaattgatggcagagacataaaaacttataatctaaggtcattaaggaaacac 2623717  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||| ||||  ||||||||||||||| ||||    
T  2623718 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaatattgcatatggatcatatggtgatcaggttgatgagagtgaaatta 2623817  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2623818 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtgg 2623917  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2623918 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattaaagaatccagatgtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2624017  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  2624018 ttagtccaagacactttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttt 2624117  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaa 535  Q
    | || ||||||||||||||||||||    
T  2624118 tggataagggaagtgttgttgagaa 2624142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 538
Target Start/End: Original strand, 2450853 - 2451377
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||     
T  2450853 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaagtcttataatctaaggtcattaaggaagcat 2450952  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 210  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||||||||||||||    
T  2450953 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggagcatatgataa---ggttgatgagagtgagatta 2451049  T
Q  211 tcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 310  Q
    | || ||| | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2451050 tagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatatggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtgg 2451149  T
Q  311 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 410  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2451150 tcaaaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaag 2451249  T
Q  411 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 510  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  2451250 ttagtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaagaacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatatgattgttgttt 2451349  T
Q  511 tagacaagggaagtgttgttgagaaagg 538  Q
    | || ||||| |||||| ||||||||||    
T  2451350 tggataagggtagtgttattgagaaagg 2451377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 17870610 - 17870104
Alignment:
Q  11 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 110  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| ||| | ||||| |  |||||||| || |||| | |||||||  ||||||| || | |||| | || ||||||    
T  17870610 cataggattaatagagagattctatgatccaataaaaggaaatgtgacaatagatggtacaaacataaaatcatataacctaaagtcactaagaaaacac 17870511  T
Q  111 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagctt----atgatgatacggttgatgagagtgag 206  Q
    || || |||||||| ||||||||||||||| | | ||| |||||||| || || |||||||||||| |      ||| ||| |   | ||||| | ||||    
T  17870510 atagcacttgtgagccaagaaccaacattgataaatggaaccataagagacaacattgcatatggaacaacaacatg-tgacaacatcgatgaaactgag 17870412  T
Q  207 attatcgaggcatcaaaggcttcgaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtg 306  Q
    || || ||||||||||  |   | |||||||||||||| ||  |||| || |||||||| ||||| |||| |||||| || | |||||| ||||||   |    
T  17870411 atcatagaggcatcaagagtagccaatgctcatgatttcattgcaagtttgaaagatgggtatgagacatggtgtggggacaaaggagtgcaactttcag 17870312  T
Q  307 gtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcaga 406  Q
    | || ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  17870311 gggggcaaaaacaaaggatagcaatagctagagccatgttgaagaatccaaaggtgttgcttctagatgaagcaacaagtgcacttgataataattcaga 17870212  T
Q  407 gaaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgct 506  Q
     ||  |||| |||||||| ||  | | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||    
T  17870211 aaaggtagtgcaagatgcattgaataaggtaatggttggaaggactagtgtggttgtagcacataggttgagtaccatacacaattgtgatgttattgct 17870112  T
Q  507 gttttaga 514  Q
    ||||||||    
T  17870111 gttttaga 17870104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 296 - 352
Target Start/End: Original strand, 5766109 - 5766165
Alignment:
Q  296 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaa 352  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  5766109 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgctagggcaatattgaagaa 5766165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 296 - 356
Target Start/End: Original strand, 5823502 - 5823562
Alignment:
Q  296 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatcca 356  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||||    
T  5823502 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggccatattgaagaatcca 5823562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University