View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10040_high_1 (Length: 533)

Name: NF10040_high_1
Description: NF10040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10040_high_1
NF10040_high_1
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-518)||(7466334-7466851)
chr7 (129-336)||(35705634-35705853)
chr7 (152-338)||(22901152-22901351)
chr7 (151-330)||(47419539-47419729)
chr7 (152-336)||(27761397-27761592)
chr7 (152-336)||(27756846-27757041)
chr7 (137-264)||(733614-733740)
chr7 (5-89)||(30430033-30430117)
chr7 (194-336)||(7940083-7940240)
chr7 (194-336)||(7944636-7944793)
chr7 (21-57)||(2962270-2962306)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (9-337)||(36632313-36632639)
chr5 (9-336)||(32485805-32486143)
chr5 (121-336)||(19502307-19502535)
chr5 (138-336)||(26336753-26336964)
chr5 (148-336)||(40367569-40367757)
chr5 (151-338)||(30695291-30695489)
chr5 (132-266)||(20830271-20830404)
chr5 (194-336)||(37682036-37682182)
chr5 (162-266)||(43385033-43385138)
chr5 (194-336)||(37658732-37658878)
chr5 (194-336)||(12018731-12018888)
chr5 (194-336)||(12023289-12023446)
chr5 (208-337)||(40371753-40371893)
chr5 (194-337)||(7103943-7104101)
chr5 (194-336)||(7099374-7099531)
chr5 (194-336)||(16794108-16794265)
chr5 (194-336)||(16798669-16798826)
chr5 (258-338)||(10274544-10274623)
chr5 (258-336)||(10277204-10277281)
chr5 (23-89)||(26336629-26336694)
chr5 (225-266)||(20808675-20808716)
chr5 (245-287)||(33823934-33823976)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (6-336)||(8892437-8892778)
chr4 (137-336)||(50627889-50628087)
chr4 (137-329)||(43683621-43683813)
chr4 (121-336)||(10316994-10317220)
chr4 (152-336)||(31670090-31670286)
chr4 (137-336)||(27186142-27186356)
chr4 (121-308)||(35842797-35842973)
chr4 (150-336)||(53722007-53722204)
chr4 (194-336)||(3770842-3770999)
chr4 (9-89)||(10316881-10316961)
chr4 (194-336)||(44147023-44147180)
chr4 (194-336)||(44151558-44151715)
chr4 (258-337)||(41884924-41885002)
chr4 (273-336)||(31359151-31359213)
chr4 (258-336)||(49274591-49274668)
chr4 (9-89)||(49274314-49274400)
chr4 (273-336)||(31354678-31354740)
chr4 (230-287)||(33334262-33334320)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-341)||(14531599-14531950)
chr6 (121-336)||(17886779-17887000)
chr6 (121-336)||(17895654-17895881)
chr6 (161-336)||(27574709-27574884)
chr6 (152-340)||(17096236-17096435)
chr6 (152-336)||(27552072-27552267)
chr6 (161-336)||(8315474-8315661)
chr6 (161-337)||(8320013-8320200)
chr6 (151-336)||(17779914-17780111)
chr6 (1-32)||(17895516-17895547)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (131-337)||(11004344-11004561)
chr3 (137-336)||(9697586-9697798)
chr3 (143-337)||(9105274-9105479)
chr3 (137-336)||(43547723-43547935)
chr3 (152-336)||(21847109-21847306)
chr3 (152-336)||(21850199-21850396)
chr3 (152-266)||(43554650-43554764)
chr3 (194-336)||(54171924-54172081)
chr3 (257-336)||(43554292-43554372)
chr3 (194-336)||(54167344-54167501)
chr3 (258-336)||(39399202-39399279)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (121-336)||(33071918-33072144)
chr8 (152-338)||(38757001-38757186)
chr8 (146-337)||(42234650-42234852)
chr8 (152-336)||(28644562-28644757)
chr8 (152-337)||(30410291-30410487)
chr8 (247-337)||(41945338-41945427)
chr8 (152-336)||(30405782-30405960)
chr8 (194-336)||(197684-197841)
chr8 (194-336)||(202202-202359)
chr8 (194-336)||(312521-312678)
chr8 (194-336)||(317039-317196)
chr8 (194-337)||(43812044-43812200)
chr8 (194-336)||(43807485-43807640)
chr8 (259-336)||(41949802-41949878)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (152-337)||(6463400-6463584)
chr2 (122-336)||(12999393-12999622)
chr2 (185-338)||(13270980-13271133)
chr2 (161-336)||(8055392-8055578)
chr2 (161-336)||(8050839-8051025)
chr2 (194-336)||(36670503-36670660)
chr2 (194-336)||(36675051-36675208)
chr2 (258-336)||(35950518-35950595)
chr2 (258-337)||(41093823-41093901)
chr2 (259-323)||(29767953-29768017)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (152-336)||(26311522-26311705)
chr1 (152-336)||(26316013-26316196)
chr1 (121-336)||(43591752-43591978)
chr1 (152-337)||(16588440-16588636)
chr1 (161-336)||(39793831-39794017)
chr1 (258-336)||(10504436-10504513)
chr1 (7-97)||(43591640-43591728)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (194-336)||(7506-7662)
scaffold0440 (194-336)||(2980-3137)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (194-336)||(44865-45022)
scaffold0044 (194-336)||(49445-49602)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (6-75)||(64427-64496)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 518
Target Start/End: Original strand, 7466334 - 7466851
Alignment:
Q  1 tgccaatttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattnnn 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  7466334 tgccaatttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattaga 7466433  T
Q  101 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgctt 200  Q
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7466434 gagagttgagagaagagagaagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctt 7466533  T
Q  201 gaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgatta 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466534 gaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgatta 7466633  T
Q  301 tcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaatacatcattcttaatttcagaacctgagggaagagaagttaggaattgattgtcttcaaagg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466634 tcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaatacatcattcttaatttcagaacctgagggaagagaagttaggaattgattgtcttcaaagg 7466733  T
Q  401 agaccaggcatgggataagtttctgagggagattattaaccacacagttaggaggagaagcaaaaatcttggaaaaataactcaaaacatgctcttcaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466734 agaccaggcatgggataagtttctgagggagattattaaccacacagttaggaggagaagcaaaaatcttggaaaaataactcaaaacatgctcttcaat 7466833  T
Q  501 agcttggagggtggaaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7466834 agcttggagggtggaaaa 7466851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 129 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 35705853 - 35705634
Alignment:
Q  129 tgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaagga-ggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactcta 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  35705853 tgaacttgttattgatacttatgaaaatatacaaagaaaggtagcttatatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta 35705755  T
Q  228 gatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaaca-------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  35705754 gatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaa 35705656  T
Q  315 cttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  35705655 cttgaattaaaacaaactaaca 35705634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 152 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901152
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 22901252  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaa-atgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 338  Q
    |||||||||||            ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22901251 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaacaaa 22901152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Original strand, 47419539 - 47419729
Alignment:
Q  151 gaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 250  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  47419539 gaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaag 47419638  T
Q  251 aaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaa 330  Q
    |||||||            ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47419639 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27761592 - 27761397
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  27761592 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27761493  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761492 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27761397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27757041 - 27756846
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  27757041 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27756942  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756941 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27756846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 137 - 264
Target Start/End: Original strand, 733614 - 733740
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  733614 ttattgat-cttatgaaagtatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 733712  T
Q  237 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaa 264  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  733713 tgctaacctctaacaaaattgtaacaaa 733740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 30430117 - 30430033
Alignment:
Q  5 aatttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattt 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  30430117 aatttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattctagggtttatgtgaatttgtgattt 30430033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940240
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7940240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 57
Target Start/End: Original strand, 2962270 - 2962306
Alignment:
Q  21 aattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagtttt 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2962270 aattgatgcttgttacacaagcaacataagcagtttt 2962306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 36632639 - 36632313
Alignment:
Q  9 tgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattnnnnnnnnnnn 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||               
T  36632639 tgatagcgcatcaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagatttatgattctagggtttatgtgaatttgtgattt-gtgaattagagagaattg 36632541  T
Q  109 nnnnnnnnnnnnagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcata 208  Q
                |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  36632540 agagaagagagaagttatgatgaaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcaca 36632441  T
Q  209 aacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  36632440 agcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcact-aa 36632342  T
Q  309 actaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632341 actaaacttgaattaaaacaaactaacaa 36632313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 9 - 336
Target Start/End: Original strand, 32485805 - 32486143
Alignment:
Q  9 tgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattnnnnnnnnnnn 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||               
T  32485805 tgatagcgcagcaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttacgattctagggtttatgtgaatttgtgatttt-tgaattagagagaattg 32485903  T
Q  109 nnnnnnnnnnnnagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcata 208  Q
                | ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| |    
T  32485904 agagaagagagaaattatgatgaaattgttattgattttaatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcaca 32486003  T
Q  209 aacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtg 296  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486004 agcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtg 32486103  T
Q  297 attatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486104 attatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 32486143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 19502535 - 19502307
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19502535 agttatgatgaaattgttattgattcttatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaaca 19502436  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtga-ttaatcattgattgtgattatcactaa 307  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19502435 aactctatatcttattttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaa 19502336  T
Q  308 aactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19502335 aactaaacttaaattaaaacaaactaaca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 138 - 336
Target Start/End: Original strand, 26336753 - 26336964
Alignment:
Q  138 tattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttattt 237  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26336753 tattgattctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 26336852  T
Q  238 gctaacctctaacaaacttgtaacaaac-------------taaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaa 324  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||              |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26336853 gctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaa 26336952  T
Q  325 aacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||    
T  26336953 aacaaactaaca 26336964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 148 - 336
Target Start/End: Original strand, 40367569 - 40367757
Alignment:
Q  148 tatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagtt-gcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctc 246  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||   ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  40367569 tatgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctc 40367668  T
Q  247 taacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367669 taacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40367757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 151 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 30695489 - 30695291
Alignment:
Q  151 gaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 250  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  30695489 gaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaac 30695390  T
Q  251 aaacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 338  Q
    ||||||||||||            |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695389 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 30695291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 132 - 266
Target Start/End: Original strand, 20830271 - 20830404
Alignment:
Q  132 aattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatc 231  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||    
T  20830271 aattgttattgatactgatgaaaatatataa-gtaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatc 20830369  T
Q  232 ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact 266  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20830370 ttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaact 20830404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682036
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttg-taacaaactaaaacaaaat-gtgattaatcatt 289  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||| || |    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccact 37682083  T
Q  290 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682082 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37682036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 43385138 - 43385033
Alignment:
Q  162 aaggaggtagctt-atatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 260  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43385138 aaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 43385039  T
Q  261 caaact 266  Q
    ||||||    
T  43385038 caaact 43385033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658732
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttg-taacaaactaaaacaaaat-gtgattaatcatt 289  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| | |||||||| || |    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttcataacaagctaaaacaaacttgtgattaaccact 37658779  T
Q  290 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658778 gattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023289
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12023289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 208 - 337
Target Start/End: Original strand, 40371753 - 40371893
Alignment:
Q  208 aaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaac------------aaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgt 295  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  40371753 aaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgt 40371852  T
Q  296 gattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371853 gattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 40371893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 337
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104101
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 7104101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099531
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7099531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798669
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16798669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 258 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10274623 - 10274544
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 338  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274623 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccattaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 10274544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 258 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10277281 - 10277204
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10277281 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 10277204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 26336629 - 26336694
Alignment:
Q  23 ttgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattt 89  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||| ||| ||||    
T  26336629 ttgatgcttgttacacaagcaacggaagcag-tttctgattctagggtttatgtgaatatgttattt 26336694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 225 - 266
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808716
Alignment:
Q  225 ctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact 266  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaact 20808716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 33823976 - 33823934
Alignment:
Q  245 tctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatca 287  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  33823976 tctaaccaacttgtaacaaactaaaacgaagtgtgattaatca 33823934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 336
Target Start/End: Original strand, 8892437 - 8892778
Alignment:
Q  6 atttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattnnnnnnnn 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||            
T  8892437 atttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcacttttatgattctagggtttatgtaaatttgtgattt-gtgaattagagagag 8892535  T
Q  106 nnnnnnnnnnnnnnnagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagc 205  Q
                   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8892536 ttgagagaagagagaagttatgatgaaattgttattgatacttgtgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagc 8892635  T
Q  206 ataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgatt 293  Q
    | || | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||            |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8892636 acaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaacaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgatt 8892735  T
Q  294 gtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892736 gtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8892778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 137 - 336
Target Start/End: Original strand, 50627889 - 50628087
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  50627889 ttattgattctgatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 50627988  T
Q  237 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50627989 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaaaaaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaaaacaaactaaca 50628087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 137 - 329
Target Start/End: Original strand, 43683621 - 43683813
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43683621 ttattaattcttatgaaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatt 43683720  T
Q  237 tgctaacctctaacaaactt-gtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaa 329  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43683721 tgctaacctctaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaa-taaacttgaattaaaacaa 43683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Original strand, 10316994 - 10317220
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  10316994 agttatgatgaaaatgttattaattcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 10317093  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  10317094 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataact-aa 10317192  T
Q  309 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317193 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 10317220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670090
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 31670187  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670186 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 31670090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27186356 - 27186142
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  27186356 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 27186257  T
Q  237 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaact---------------aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaat 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186256 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaat 27186157  T
Q  322 taaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||||    
T  27186156 taaaacaaactaaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 35842973 - 35842797
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| || || |||||||    
T  35842973 agttatgatgaaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaaca 35842874  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||           |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35842873 aactctagatcttatttgctaacctct-----------aacatactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaa 35842797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 150 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 53722204 - 53722007
Alignment:
Q  150 tgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaa 249  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  53722204 tgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaa 53722105  T
Q  250 caaacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||            |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722104 caaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 53722007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 89
Target Start/End: Original strand, 10316881 - 10316961
Alignment:
Q  9 tgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattt 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10316881 tgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacataagcagttttatgattctagggtttatgtgaatttgtgattt 10316961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151558
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 258 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 41885002 - 41884924
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  41885002 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaaccaacaa 41884924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 31359213 - 31359151
Alignment:
Q  273 aaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31359213 aaatgtgattaaccactaattgtgattatcattaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 31359151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 258 - 336
Target Start/End: Original strand, 49274591 - 49274668
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49274591 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattatgatcatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 49274668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 89
Target Start/End: Original strand, 49274314 - 49274400
Alignment:
Q  9 tgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaa-------cagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattt 89  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  49274314 tgatagcgcaacacttgatgcttgttacacaagcaatgaaaaccagaagcag-tttctgattttagggtttatgtgaatttgtgattt 49274400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 31354740 - 31354678
Alignment:
Q  273 aaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||| || | ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354740 aaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaa-ctaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 287
Target Start/End: Original strand, 33334262 - 33334320
Alignment:
Q  230 tcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaa-caaaatgtgattaatca 287  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  33334262 tcttattttctaaactctaaccaacttgtaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatca 33334320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 341
Target Start/End: Original strand, 14531599 - 14531950
Alignment:
Q  1 tgccaatttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaattnnn 100  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||       
T  14531599 tgccaaatcgatagcgcagcaattgatgcttgtttcacaagcaacagaagcaattttatgattctagggtttatgtgaatttgtgattt-gtgaattaga 14531697  T
Q  101 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgctt 200  Q
                        |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  14531698 gagaattgaaagaagagagaagttatgatgaaattgttattgattctaatgaaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgctt 14531797  T
Q  201 gaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcat 288  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||            ||||||||||||||||||||||||||    
T  14531798 caagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaatcat 14531897  T
Q  289 tgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaatac 341  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14531898 tgattgtgattataactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacacatac 14531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Original strand, 17886779 - 17887000
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  17886779 agttatgatgaaattgctatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaaca 17886878  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaac------ttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17886879 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaactttactttataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaa 17886978  T
Q  315 cttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  17886979 cttgaattaaaacaaactaaca 17887000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Original strand, 17895654 - 17895881
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17895654 agttatgatgaaattgttatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 17895753  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgt------------aacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17895754 aattctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaa 17895853  T
Q  309 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895854 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 17895881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 161 - 336
Target Start/End: Original strand, 27574709 - 27574884
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt-gta 259  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  27574709 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaacttcata 27574808  T
Q  260 acaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574809 acaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27574884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 152 - 340
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096435
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  252 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaat 339  Q
    ||||||            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaat 17096434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Original strand, 27552072 - 27552267
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||    
T  27552072 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaaca 27552171  T
Q  252 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||| ||            ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552172 aacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 161 - 336
Target Start/End: Original strand, 8315474 - 8315661
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg--- 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||       
T  8315474 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8315573  T
Q  258 ---------taacaaactaaaacaaa-atgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
             |||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315574 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8315661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 161 - 337
Target Start/End: Original strand, 8320013 - 8320200
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg--- 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||       
T  8320013 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8320112  T
Q  258 ---------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
             ||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320113 caaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 8320200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 151 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 17780111 - 17779914
Alignment:
Q  151 gaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 250  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  17780111 gaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaac 17780012  T
Q  251 aaactt------------gtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||             |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17780011 aaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattcaaaacaaactaaca 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 32
Target Start/End: Original strand, 17895516 - 17895547
Alignment:
Q  1 tgccaatttgatagcgcaacaattgatgcttg 32  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895516 tgccaatttgatagcgcaacaattgatgcttg 17895547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 131 - 337
Target Start/End: Original strand, 11004344 - 11004561
Alignment:
Q  131 aaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagat 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11004344 aaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagat 11004443  T
Q  231 cttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||            |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11004444 cttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattattcactgattgtgattatcact-aaactaaacttg 11004542  T
Q  319 aattaaaacaaactaacaa 337  Q
    |||||||||||||||||||    
T  11004543 aattaaaacaaactaacaa 11004561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 137 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 9697798 - 9697586
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  9697798 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 9697699  T
Q  237 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaact-------------aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697698 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 9697599  T
Q  324 aaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||    
T  9697598 aaacaaactaaca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 143 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 9105479 - 9105274
Alignment:
Q  143 atacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaa 242  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9105479 atacttctgaaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaa 9105380  T
Q  243 cctctaacaaacttgt------------aacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaa 330  Q
    ||||||||||||||||            ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9105379 cctctaacaaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaa 9105281  T
Q  331 ctaacaa 337  Q
    |||||||    
T  9105280 ctaacaa 9105274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 43547935 - 43547723
Alignment:
Q  137 ttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatt 236  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  43547935 ttattgattctgatgaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 43547836  T
Q  237 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaact-------------aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 323  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43547835 tgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 43547736  T
Q  324 aaacaaactaaca 336  Q
    |||||| ||||||    
T  43547735 aaacaagctaaca 43547723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 21847306 - 21847109
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21847306 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21847207  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21847206 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21847109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 21850396 - 21850199
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21850396 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21850297  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21850296 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21850199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 152 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 43554764 - 43554650
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43554764 aaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43554665  T
Q  252 aacttgtaacaaact 266  Q
    |||||||||||||||    
T  43554664 aacttgtaacaaact 43554650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172081
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54172081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 257 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 43554372 - 43554292
Alignment:
Q  257 gtaacaaactaaaa-caaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554372 gtaacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43554292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167501
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatc--ttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54167501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 258 - 336
Target Start/End: Original strand, 39399202 - 39399279
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39399202 taacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 33072144 - 33071918
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  33072144 agttatgatgaaattgttattgatgctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 33072045  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||            |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  33072044 aactctagatcttatttgctaacctccaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aa 33071946  T
Q  309 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33071945 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 33071918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 152 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757001
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  252 aacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 338  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aacttgtaacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 38757001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 146 - 337
Target Start/End: Original strand, 42234650 - 42234852
Alignment:
Q  146 cttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacct 245  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234650 cttatgaaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacct 42234749  T
Q  246 ctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaacta 333  Q
    ||||||||||||            ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42234750 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaacta 42234848  T
Q  334 acaa 337  Q
    ||||    
T  42234849 acaa 42234852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 28644757 - 28644562
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28644757 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 28644658  T
Q  252 aacttgtaaca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||            |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644657 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 152 - 337
Target Start/End: Original strand, 30410291 - 30410487
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  30410291 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaaca 30410390  T
Q  252 aacttgtaacaaac------------taaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||||||||||||            ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410391 aacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 30410487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 247 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 41945427 - 41945338
Alignment:
Q  247 taacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945427 taaccaacttgtaacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 41945338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Original strand, 30405782 - 30405960
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  30405782 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaaca 30405881  T
Q  252 aacttgtaacaaact--aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||||  | ||||||      | || ||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405882 aacttgtaacaaacttcataacaaa-----ctaaaaca--gaatgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30405960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197841
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 197841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202359
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 202359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312678
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 312678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317196
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 317196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 337
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812200
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaac------------aaactaaaacaaaatgtg 279  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||| ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  280 attaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaacaa 43812200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807640
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaac------------aaactaaaacaaaatgtg 279  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||| ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  280 attaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43807640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 259 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 41949878 - 41949802
Alignment:
Q  259 aacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  41949878 aacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaagcttgaattaaaagaaactaaca 41949802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 152 - 337
Target Start/End: Original strand, 6463400 - 6463584
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  6463400 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 6463499  T
Q  252 aacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6463500 aacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaagacaaactaacaa 6463584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 122 - 336
Target Start/End: Original strand, 12999393 - 12999622
Alignment:
Q  122 gttatgatgaaattgttattgatacttatg---aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaa 218  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||    
T  12999393 gttatgatgaaattgtaattgattcttatttttaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaa 12999492  T
Q  219 caaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcacta 306  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  12999493 caaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcacta 12999592  T
Q  307 aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999593 aaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 185 - 338
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271133
Alignment:
Q  185 tctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaa 284  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaacttataacaaactaaaataaagtgtaattaa 13271079  T
Q  285 tcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 338  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271080 tcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaa 13271133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 161 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 8055578 - 8055392
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg--- 257  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||       
T  8055578 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaa 8055479  T
Q  258 ---------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
             ||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055478 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8055392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 161 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 8051025 - 8050839
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8051025 aaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8050926  T
Q  261 ca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||            |||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050925 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670503
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36670503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675051
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36675051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 258 - 336
Target Start/End: Original strand, 35950518 - 35950595
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35950518 taacaaactgaacctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 35950595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 258 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 41093901 - 41093823
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||||||| || | |||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  41093901 taacaaactgaatctaaatatgattaatcactaattgtgattatcact-aaactaaatttgaattaaaacaaaccaacaa 41093823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 29768017 - 29767953
Alignment:
Q  259 aacaaactaaaacaaaatgtgattaatc-attgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 323  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29768017 aacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcact-aaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 26311705 - 26311522
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26311705 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26311606  T
Q  252 aacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 aacttgtaacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 152 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 26316196 - 26316013
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26316196 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26316097  T
Q  252 aacttgtaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316096 aacttgtaacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26316013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 121 - 336
Target Start/End: Original strand, 43591752 - 43591978
Alignment:
Q  121 agttatgatgaaattgttattgatacttatgaaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaaca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  43591752 agttatgatgaaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 43591851  T
Q  221 aactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||            ||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  43591852 aactctagattttatttgctaacctctaacaatattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcact-aa 43591950  T
Q  309 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591951 actaaacttgaattaaaacaaactaaca 43591978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 152 - 337
Target Start/End: Original strand, 16588440 - 16588636
Alignment:
Q  152 aaaatataaaaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 251  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  16588440 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaaca 16588539  T
Q  252 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 337  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588540 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacaa 16588636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 161 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 39794017 - 39793831
Alignment:
Q  161 aaaggaggtagcttatatacaatgtctagataagttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaa 260  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  39794017 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 39793918  T
Q  261 ca------------aactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||            |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793917 caaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10504513 - 10504436
Alignment:
Q  258 taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504513 taacaaactgaatctaaatgtgattaatcactaattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10504436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 7 - 97
Target Start/End: Original strand, 43591640 - 43591728
Alignment:
Q  7 tttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatgtaaatttgtgattttgtgaatt 97  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |  || |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  43591640 tttgttagcgcaacacttaatgcttgttacacaagcaacagaagcagtttc-tacttctagggtttatgtgaatttctga-tttgtgaatt 43591728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7506
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaatgtg 279  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  280 attaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2980
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 2980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45022
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 45022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  194 gttgcttgaagcataaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaact------------aaaacaaaat-gt 278  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||| | ||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  279 gattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 336  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 6 - 75
Target Start/End: Original strand, 64427 - 64496
Alignment:
Q  6 atttgatagcgcaacaattgatgcttgttacacaagcaacagaagcagttttatgattatagggtttatg 75  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||  || |||||||||||    
T  64427 atttgttagcgcagcaattgatgcttgttacataagcaacataagtagttttatatttctagggtttatg 64496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University