View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10047_low_16 (Length: 268)

Name: NF10047_low_16
Description: NF10047
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10047_low_16
NF10047_low_16
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (15-263)||(24064289-24064537)
chr8 (15-258)||(24016811-24017054)
chr8 (13-253)||(24074754-24074994)
chr8 (21-168)||(24025137-24025284)
chr8 (15-127)||(24030353-24030465)
chr8 (33-253)||(23246135-23246355)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 24064537 - 24064289
Alignment:
Q  15 ttggagttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttacat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24064537 ttggagttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgcattaataatattgccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcctacat 24064438  T
Q  115 atctgttggtggggtagtggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgttgggtttcatgaaagaggtaagttagta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24064437 atctgttggtggggtagtggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgtagggtttcatgaaagaggtaagttagta 24064338  T
Q  215 aatttggaaggattgacaactgctatgagcctttttgctctctgctact 263  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  24064337 aatttgggaggattgacaactgctatgagcctttttgctttctgttact 24064289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24017054 - 24016811
Alignment:
Q  15 ttggagttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttacat 114  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  24017054 ttggacttaatattggaagtaaaagtagttttgtgttaatcactgcattgataatattacctacaacttggttgagaagtttaggagctttggcctacat 24016955  T
Q  115 atctgttggtggggtagtggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgttgggtttcatgaaagaggtaagttagta 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  24016954 atctgttggtggggtagtgacttctgttgttttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgtagggtttcatgaaagaggaaagttagtt 24016855  T
Q  215 aatttggaaggattgacaactgctatgagcctttttgctctctg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24016854 aatttggaaggattgacaactgctatgagcctttttgctttctg 24016811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24074994 - 24074754
Alignment:
Q  13 gtttggagttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttac 112  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  24074994 gtttggacttagaattggaagtaaaagtggttttgtgttaatcactgctttgataatattaccatcaacttggttgagaagtttaggagctttggcttat 24074895  T
Q  113 atatctgttggtggggtagtggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgttgggtttcatgaaagaggtaagttag 212  Q
    ||| || || ||||| || ||| |||| | |||||   |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24074894 atagctctttgtgggataatggtttctttcattttagctggttgtgttgtgtgggtgggagaatttgatggtgtagggtttcatgaaagaggtaagttag 24074795  T
Q  213 taaatttggaaggattgacaactgctatgagcctttttgct 253  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  24074794 taaattttggaggattgtcaactgcaatgagcctttttgct 24074754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24025284 - 24025137
Alignment:
Q  21 ttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttacatatctgt 120  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||| ||| ||||| ||||  |||||||||||    
T  24025284 ttaatattggaagtaaaagtagttttgtgttaatcactgctttaataatattgctatcaacttggttgagaattttgggagctttggtctacatatctgt 24025185  T
Q  121 tggtggggtagtggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggt 168  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24025184 tggtgggatagtgacttctgttgttttgattggttgtgttgtttgggt 24025137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 24030465 - 24030353
Alignment:
Q  15 ttggagttaagattggaagtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttacat 114  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||    
T  24030465 ttggacttaatattggaagtaaaagtggttttgtgttaatcactgctttgataatattgccatcaacttggttgagaagtttaggagttttggtctacat 24030366  T
Q  115 atctgttggtggg 127  Q
    |||||||||||||    
T  24030365 atctgttggtggg 24030353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 23246355 - 23246135
Alignment:
Q  33 gtaaaagtggttttatgttaatcactgctttgataatattaccaacaacttggttgagaagtttaggagcattggcttacatatctgttggtggggtagt 132  Q
    |||||||||||||| |  |  |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||  | || || || ||| ||||||| ||| |    
T  23246355 gtaaaagtggttttgtaattctcactgctttggcaatattaccaacaacatggttgagaaattatggagctctagcatatatttctattggtggagtatt 23246256  T
Q  133 ggcttctgttattttgattggttgtgttgtttgggtgggagaagttgatggtgttgggtttcatgaaagaggtaagttagtaaatttggaaggattgaca 232  Q
      ||||| || |  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || || |||||   |||||   |     
T  23246255 tacttctattgtgctaattggttgtgttgtgtgggtgggtgaagttgatggtgttggatttaacgaaagaggaaaatttgtgaatttaagaggatcttct 23246156  T
Q  233 actgctatgagcctttttgct 253  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  23246155 acttctatgagcctttttgct 23246135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University