View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10049A_low_48 (Length: 406)

Name: NF10049A_low_48
Description: NF10049A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10049A_low_48
NF10049A_low_48
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-384)||(36314417-36314801)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (8-340)||(19345141-19345458)
chr8 (8-340)||(19503885-19504202)
chr8 (4-302)||(19390551-19390852)
chr8 (8-343)||(19410752-19411072)
chr8 (8-343)||(19457771-19458091)
chr8 (8-343)||(19522987-19523307)
chr8 (8-340)||(19592102-19592416)
chr8 (8-343)||(19469355-19469672)
chr8 (8-343)||(19540279-19540596)
chr8 (10-165)||(19337427-19337582)
chr8 (8-165)||(19355445-19355602)
chr8 (8-134)||(19468610-19468736)
chr8 (8-134)||(19555531-19555657)
chr8 (228-340)||(19337681-19337793)
chr8 (241-340)||(19355714-19355813)
chr8 (217-340)||(19468410-19468533)
chr8 (217-340)||(19555331-19555454)
chr8 (217-322)||(19404923-19405028)
chr8 (5-122)||(19172846-19172963)
chr8 (223-320)||(19376801-19376898)
chr8 (8-125)||(19376589-19376706)
chr8 (5-122)||(19287683-19287800)
chr8 (10-134)||(19404722-19404846)
chr8 (232-314)||(19172660-19172742)
chr8 (10-122)||(19370934-19371046)
chr8 (229-327)||(19287901-19287999)
chr8 (10-122)||(19341154-19341266)
chr8 (251-298)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (217-313)||(19543241-19543337)
chr6 (8-125)||(19543038-19543155)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 36314801 - 36314417
Alignment:
Q  3 aaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattatt 102  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314801 aaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagtacattatt 36314702  T
Q  103 gtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36314701 gtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgttg 36314602  T
Q  203 aagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtaggga 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314601 aagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtaggga 36314502  T
Q  303 acccggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttat 384  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314501 acctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttat 36314417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 8e-77; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 340
Target Start/End: Original strand, 19345141 - 19345458
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19345141 gcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19345240  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |   ||| ||||        
T  19345241 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta---ggtcatga---- 19345333  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |    
T  19345334 --------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19345425  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345426 gtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 302
Target Start/End: Original strand, 19390551 - 19390852
Alignment:
Q  4 aaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  19390551 aaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaatacattattg 19390650  T
Q  104 tttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatga 203  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||| ||||||    
T  19390651 tctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagtgctgatga 19390750  T
Q  204 ---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagg 300  Q
       ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19390751 gggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagg 19390850  T
Q  301 ga 302  Q
    ||    
T  19390851 ga 19390852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 343
Target Start/End: Original strand, 19410752 - 19411072
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||    
T  19410752 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctc 19410851  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||        
T  19410852 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga---- 19410944  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19410945 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19411036  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 343  Q
    ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411037 gtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 343
Target Start/End: Original strand, 19457771 - 19458091
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||    
T  19457771 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctc 19457870  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||        
T  19457871 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga---- 19457963  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19457964 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19458055  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 343  Q
    ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458056 gtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19523307 - 19522987
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||    
T  19523307 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctc 19523208  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||        
T  19523207 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga---- 19523115  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19523114 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19523023  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 343  Q
    ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523022 gtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 340
Target Start/End: Original strand, 19592102 - 19592416
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  19592102 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctc 19592201  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||        
T  19592202 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga---- 19592294  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19592295 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19592383  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592384 gtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19469672 - 19469355
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  19469672 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctc 19469573  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||        
T  19469572 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga---- 19469480  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19469479 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19469391  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 343  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469390 gtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19540596 - 19540279
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  19540596 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctc 19540497  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 207  Q
    ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||        
T  19540496 taacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga---- 19540404  T
Q  208 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccg 307  Q
            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19540403 --------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctg 19540315  T
Q  308 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 343  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540314 gtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 165
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  10 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  110 acaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgg 165  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 165
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaggatgggaagtttatacgatgg 165  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 19468736 - 19468610
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19468736 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctc 19468637  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttt 134  Q
    ||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19468636 taacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 19555657 - 19555531
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19555657 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctc 19555558  T
Q  108 taacaagaatgaagattctttcgcttt 134  Q
    ||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19555557 taacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 228 - 340
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  228 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggtttttcagaaaaag 327  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  328 gtgggaacaccaa 340  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 241 - 340
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  241 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  217 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggttt 316  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  317 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  217 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggttt 316  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  317 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 340  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 217 - 322
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  217 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggttt 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  317 ttcaga 322  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 19172963 - 19172846
Alignment:
Q  5 aacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  19172963 aacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaatacattattgt 19172864  T
Q  105 ttctaacaagaatgaaga 122  Q
     ||||||||| |||||||    
T  19172863 ctctaacaaggatgaaga 19172846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 223 - 320
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  223 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggtttttca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 125
Target Start/End: Original strand, 19376589 - 19376706
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||    
T  19376589 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggtacatcattgtctc 19376688  T
Q  108 taacaagaatgaagattc 125  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  19376689 taacaaggatgaagattc 19376706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 122
Target Start/End: Original strand, 19287683 - 19287800
Alignment:
Q  5 aacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  19287683 aacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaatacattattgt 19287782  T
Q  105 ttctaacaagaatgaaga 122  Q
     ||||||||| |||||||    
T  19287783 ctctaacaaggatgaaga 19287800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Original strand, 19404722 - 19404846
Alignment:
Q  10 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||    
T  19404722 ggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaatacactattgtctcta 19404821  T
Q  110 acaagaatgaagattctttcgcttt 134  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19404822 acaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 232 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  232 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggt 314  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 122
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  10 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  110 acaagaatgaaga 122  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 229 - 327
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  229 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgaggtttttcagaaaaag 327  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 122
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  10 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  110 acaagaatgaaga 122  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 251 - 298
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  251 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 298  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 217 - 313
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  217 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacccggtgagg 313  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 8 - 125
Target Start/End: Original strand, 19543038 - 19543155
Alignment:
Q  8 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||    
T  19543038 gcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatgaatacattattgtttc 19543137  T
Q  108 taacaagaatgaagattc 125  Q
    ||| ||  ||||||||||    
T  19543138 taagaaagatgaagattc 19543155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University