View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10053_low_11 (Length: 370)

Name: NF10053_low_11
Description: NF10053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10053_low_11
NF10053_low_11
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (26-370)||(827293-827637)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (26-370)||(9442251-9442595)
chr8 (26-351)||(24596647-24596972)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (26-370)||(27876868-27877212)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (26-370)||(30948342-30948686)
chr4 (26-370)||(42267717-42268061)
chr4 (26-370)||(48699980-48700324)
chr4 (26-351)||(2000718-2001043)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (26-370)||(5821434-5821778)
chr3 (26-370)||(2815422-2815766)
chr3 (26-351)||(42586784-42587109)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (26-369)||(34353825-34354168)
chr5 (26-370)||(41720224-41720568)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (27-227)||(8134716-8134907)
chr7 (222-370)||(8136818-8136967)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 827637 - 827293
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827637 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 827538  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  827537 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 827438  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  827437 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 827338  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827337 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 827293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 9442251 - 9442595
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442251 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 9442350  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9442351 ctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 9442450  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9442451 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 9442550  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442551 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 9442595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Original strand, 24596647 - 24596972
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||  |||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  24596647 tctacatattctcctccattgtctgttcttaagcactttattcttttaccagtttcaagttccacttgtgctttgaattccttgaatactgtaaacacat 24596746  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |  |||||||| |||||||| || | | ||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  24596747 ttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtgatcatcaataaatgacacaaaatgttttgctcctcccatggatatttgtggtgactc 24596846  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  24596847 ccacacatcagaatgtatcaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactctggaaaacttcaatctatgttgcttgcttgtcacacagtgctcacag 24596946  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagccc 351  Q
    || |  ||||| ||||||||||||||    
T  24596947 aaagacaaattcactgtcttgagccc 24596972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 27876868 - 27877212
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876868 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 27876967  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27876968 ctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 27877067  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  27877068 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 27877167  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877168 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 27877212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 30948342 - 30948686
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948342 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 30948441  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  30948442 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctagaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattttggtgactc 30948541  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30948542 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 30948641  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948642 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 30948686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42268061 - 42267717
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268061 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 42267962  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42267961 ctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 42267862  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  42267861 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 42267762  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267761 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 42267717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 48699980 - 48700324
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699980 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 48700079  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48700080 ctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 48700179  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  48700180 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 48700279  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700280 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 48700324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 2001043 - 2000718
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| ||| | ||   ||||||||| || |  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2001043 tctacatattctgctccattgtttgttcttaagcactttattcttttactagtttcaagttccacgtgtgctttgaattccttgaatactgtaaacacat 2000944  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  2000943 ttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtggtcatcaataaatgacacaaaatattttgctcctcccatggatatttgtggcgactc 2000844  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  2000843 ccacacatcagaatgtattaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactatagaaaacttcaatctatgttgcttgcttgtcacacagtgctcacag 2000744  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagccc 351  Q
    || |  ||||| | ||||||||||||    
T  2000743 aaagacaaattcattgtcttgagccc 2000718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 5821434 - 5821778
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821434 tctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 5821533  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5821534 ctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 5821633  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  5821634 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacag 5821733  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821734 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 5821778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Original strand, 2815422 - 2815766
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  2815422 tctacatattatcctccattatctatcctcaagcacttaatctttttcccagtttcaagctctatttgtgcttttaatgccttgaatactggaaacacaa 2815521  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2815522 ctgacttcttcttgattggttacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactc 2815621  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  2815622 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaa 2815721  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2815722 aatggtaaatttactgaattgagcccgtgaaggagattgcgttcc 2815766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 42587109 - 42586784
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||  |||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  42587109 tctacatattctcctccattgtctgttcttaagcactttattcttttaccagtttcaagttccacttgtggtttgaattccttgaatacggtaaacacat 42587010  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |  |||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  42587009 ttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtgatcatcaataaatgacacaaaatattttgctcctcccatggatatttgtggtgactc 42586910  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  42586909 ccacacatcagaatgtatcaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactctggaaaacttcaatctatgttgcttgcttgtcacacagtgctcacag 42586810  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagccc 351  Q
    || |  ||||| | ||||||||||||    
T  42586809 aaagacaaattcattgtcttgagccc 42586784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 26 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 34354168 - 34353825
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354168 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 34354069  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354068 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 34353969  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  34353968 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttttagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaa 34353869  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttc 369  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34353868 aatggtaaatttactgccttgagcccgtgaaggagattgcgttc 34353825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 26 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 41720568 - 41720224
Alignment:
Q  26 tctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 125  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720568 tctatatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcctagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacat 41720469  T
Q  126 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41720468 ccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacaaaatatcttgctcctcctagagatatttctggtgactc 41720369  T
Q  226 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctcacag 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  41720368 ccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaa 41720269  T
Q  326 aatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720268 aatggtaaatttactgccttgagcccgtgaaggagattgcgttcc 41720224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 27 - 227
Target Start/End: Original strand, 8134716 - 8134907
Alignment:
Q  27 ctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttctcagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatc 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||         |||| |||||||||    
T  8134716 ctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttctcaatttcacgctttatttgtgctttgaat---------actgaaaacacatc 8134806  T
Q  127 cgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactcc 226  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8134807 tgacttcttcttaattgggtacacccataatcttctggaatagtaatcaatgaatgagacgaaatatcttgcccctcccagagatatttctggtgactcc 8134906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 222 - 370
Target Start/End: Original strand, 8136818 - 8136967
Alignment:
Q  222 actcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttactcatcacacagtgctc 321  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8136818 actcccacacatcataatggatcaagtctagtatatgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctc 8136917  T
Q  322 acagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtg-aaggagattgcgttcc 370  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  8136918 acagaatggtaagtttaccgtcttcagcctgtgaaaggagattgcgttcc 8136967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University