View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10053_low_23 (Length: 240)

Name: NF10053_low_23
Description: NF10053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10053_low_23
NF10053_low_23
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-223)||(22436682-22436904)
chr3 (1-223)||(22630486-22630709)
chr3 (99-214)||(22431230-22431345)
chr3 (99-213)||(22367985-22368099)
chr3 (1-223)||(22442787-22443009)
chr3 (1-214)||(22468005-22468218)
chr3 (1-223)||(22358050-22358272)
chr3 (4-214)||(22353867-22354078)
chr3 (50-223)||(22458537-22458710)
chr3 (50-223)||(22481518-22481691)
chr3 (1-212)||(22635562-22635773)
chr3 (72-225)||(22115352-22115505)
chr3 (91-176)||(22615363-22615448)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (73-137)||(29610701-29610765)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22436904 - 22436682
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22436904 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 22436805  T
Q  101 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22436804 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggaacttaaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 22436705  T
Q  201 cacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||||||||| || ||||||||||    
T  22436704 cacaacaaggaaaatgaatgttg 22436682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22630709 - 22630486
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || ||||| |  || |||| ||  |||||||||||| |||  | |||||   ||    
T  22630709 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcaaagtctccatcaaatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaa 22630610  T
Q  101 aaaggtac-tttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaa 199  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |     |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||    
T  22630609 aaaggtacgtttgtagtgtttgatgatgtatgggaggcacaattttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaa 22630510  T
Q  200 tcacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||||||||||||||| | ||||||    
T  22630509 tcacaacaagaaacaaggatgttg 22630486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 99 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22431345 - 22431230
Alignment:
Q  99 aaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtatta 198  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| | |  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  22431345 aaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcaaatttttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatatta 22431246  T
Q  199 atcacaacaagaaaca 214  Q
    ||||||||||||||||    
T  22431245 atcacaacaagaaaca 22431230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 99 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 22368099 - 22367985
Alignment:
Q  99 aaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtatta 198  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||   || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||||    
T  22368099 aaaaaggtacgttgtagtgtttgatgatgtatgggactcacatttttggaatgatattgaattttctatgattgataacaaaaatggttgtaagatatta 22368000  T
Q  199 atcacaacaagaaac 213  Q
    |||||||||||||||    
T  22367999 atcacaacaagaaac 22367985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22443009 - 22442787
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  || ||||| |  || || | ||  |||||||||||| |||  | |||||  |||    
T  22443009 ctcgagttttacaaacaacaaaggaaagttcctcctcagagtctccatcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaa 22442910  T
Q  101 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 200  Q
    |||||||  |||| |||||||| ||||||||| | |   || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | |||||||    
T  22442909 aaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttgcatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaat 22442810  T
Q  201 cacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||| |||||||||||| ||||||    
T  22442809 cactacaagaaacatggatgttg 22442787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22468218 - 22468005
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || | ||| |  || |||| ||  |||||||||||| |||  | |||||   ||    
T  22468218 ctcgatatttacaaacaacaaggggaagatcctcctcagagtctccatcagatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaactacttgcaaggaa 22468119  T
Q  101 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 200  Q
    |||||||  || | |||||||| ||||||||| | |   || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||    
T  22468118 aaaggtatgttatagtgtttgatgatgtatgggattcacatttttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaat 22468019  T
Q  201 cacaacaagaaaca 214  Q
    |||||| |||||||    
T  22468018 cacaacgagaaaca 22468005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22358272 - 22358050
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |   | ||||| |  || || | ||  |||||||||||| |||  | |||||  |||    
T  22358272 ctcgagttttacaaacaacaaaggaaagttcctcctcagagtctccgtcaaatggatcgacagtcattagttgatgaagtgagaaactacttgcaagaaa 22358173  T
Q  101 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 200  Q
    |||||||  |||| |||||||| ||||||||| | |   || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | |||||||    
T  22358172 aaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttgcatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggttctaggatattaat 22358073  T
Q  201 cacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||| |||||||||||| ||||||    
T  22358072 cactacaagaaacatggatgttg 22358050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 22354078 - 22353867
Alignment:
Q  4 gagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaa 103  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  || ||||| |  || |||| ||  |||||||||||| |||  | |||||   |||||    
T  22354078 gagatttacaaacaacgaaggaaagatcctcctcagagtctccatcaaatggatcgaaagccattagttgatgaagtgagaaacaacttgcaaggaaaaa 22353979  T
Q  104 ggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatatt-gaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaatca 202  Q
    ||||| |||| ||||||||  |||||| | | |   || ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||    
T  22353978 ggtacgttgtagtgtttgataatgtataggagtcacatttttggcaagatatttgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatca 22353879  T
Q  203 caacaagaaaca 214  Q
    ||||||||||||    
T  22353878 caacaagaaaca 22353867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22458710 - 22458537
Alignment:
Q  50 aaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaa 149  Q
    |||||||  ||||| | ||| ||||||||||||  ||  | |||||| ||||||||||  || | || ||||| |||||||||  |||  || ||||| |    
T  22458710 aaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttggga 22458611  T
Q  150 tgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaatcacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||   ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22458610 tgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttg 22458537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22481691 - 22481518
Alignment:
Q  50 aaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaa 149  Q
    |||||||  ||||| | ||| ||||||||||||  ||  | |||||| ||||||||||  || | || ||||| |||||||||  |||  || ||||| |    
T  22481691 aaatgaatcgagagtcattggttgatgaagtgaggaactacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttggga 22481592  T
Q  150 tgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaatcacaacaagaaacatgaatgttg 223  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||   ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22481591 tgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggttgtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttg 22481518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 22635773 - 22635562
Alignment:
Q  1 ctcgagatttacaaacaacaagggaaagatcctcctcagagtatatatgaaatgaacggagagccgttgattgatgaagtgataaaacagttgcagcaaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |  || ||||| |  || || | ||  |||||||||||| ||| || || ||   ||    
T  22635773 ctcgagttttacaaacaacaaggggaagttcctcctgagagtctccatcaaatggatcgaaagtcattagttgatgaagtgagaaaccactttcaaggaa 22635674  T
Q  101 aaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataacttaaatggttctaaggtattaat 200  Q
    |||||||  || | |||||||| ||||||||| | |   || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || | |||||||    
T  22635673 aaaggtatgttttagtgtttgatgatgtatgggagtcacatttttggtctgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatagttgtaggatattaat 22635574  T
Q  201 cacaacaagaaa 212  Q
    ||||||||||||    
T  22635573 cacaacaagaaa 22635562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 225
Target Start/End: Original strand, 22115352 - 22115505
Alignment:
Q  72 tgatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgatt 171  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||| |  |  || ||||| |||||||||||||| || | |||    
T  22115352 tgatgaagtgagaaaatacttgcagaaaaagaggtacgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttgggatgatattgaattttctgtaatt 22115451  T
Q  172 gataacttaaatggttctaaggtattaatcacaacaagaaacatgaatgttgtg 225  Q
    ||||    ||||||   |||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  22115452 gatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaagaaacatggatgttgtg 22115505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 22615448 - 22615363
Alignment:
Q  91 ttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactttaatatttggaatgatattgaatttgctatgattgataa 176  Q
    ||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| || |  || |||||||||| ||||||| |||| | ||||||||    
T  22615448 ttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataa 22615363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 29610765 - 29610701
Alignment:
Q  73 gatgaagtgataaaacagttgcagcaaaaaaggtactttgtcgtgtttgacgatgtatggtactt 137  Q
    |||||||||| |||  | |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29610765 gatgaagtgagaaattacttgcaggagaaaaggtaccttgtagtgtttgacgatgtatggaactt 29610701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University