View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10056_low_3 (Length: 607)

Name: NF10056_low_3
Description: NF10056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10056_low_3
NF10056_low_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-592)||(38581743-38582334)
chr5 (187-588)||(38574762-38575163)
chr5 (5-145)||(38574580-38574720)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (5-592)||(18601386-18601973)
chr7 (187-592)||(18524150-18524555)
chr7 (187-592)||(18630652-18631057)
chr7 (187-592)||(18643360-18643765)
chr7 (5-145)||(18523968-18524108)
chr7 (5-145)||(18631099-18631239)
chr7 (5-145)||(18643807-18643947)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 592
Target Start/End: Original strand, 38581743 - 38582334
Alignment:
Q  1 ttattttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttc 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38581743 ttattttgttgtgatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttc 38581842  T
Q  101 aactcaattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatcccagctgatctaagcaagggtgctgatggagcggcacatgctaaagcttttttag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38581843 aactcaattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcctcccagctgatctaagcaagggtgctgatggagcggcacatgttaaagcttttttag 38581942  T
Q  201 ctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaaggtagaccggtgaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38581943 ctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaaggtagaccggtgaa 38582042  T
Q  301 gaaagaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaatgtgtttgcttggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38582043 gaaagaatacacctatattgtgttcgttatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccaaagcaaagtattataggtggaatgtgtttgcttggt 38582142  T
Q  401 cttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttttgtcacaagttgtg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38582143 cttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcccatttttgtcacaagttgtg 38582242  T
Q  501 ctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaagatgctg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38582243 ctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaagatgctg 38582334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 187 - 588
Target Start/End: Original strand, 38574762 - 38575163
Alignment:
Q  187 taaagcttttttagctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaa 286  Q
    |||||| ||||||  ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||  |  || ||||||    
T  38574762 taaagcctttttaaatgtttgctattacttatgttttatggtagtgactcctcttgtgttgcgtcctatattgaagtggtttgttaaaaagacaccagaa 38574861  T
Q  287 ggtagaccggtgaagaaagaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaa 386  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| || |||||||||    
T  38574862 ggtagaccgatgaagaaagtatacacatatattgtgttcattattgctcttgcagttggaatgttgggattattgacaaagcaaagtgttctaggtggaa 38574961  T
Q  387 tgtgtttgcttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttt 486  Q
    | ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  38574962 tttgcattgttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcctatttt 38575061  T
Q  487 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaag 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||    
T  38575062 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttagtgtatatgttaaaagcgagtatatttatgtttggcttggcattattgttgctgttcatttgttcaag 38575161  T
Q  587 at 588  Q
    ||    
T  38575162 at 38575163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Original strand, 38574580 - 38574720
Alignment:
Q  5 tttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttcaact 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  38574580 tttgctgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaactcggacgtttagcactctcaacagctatggttatggattctttcaact 38574679  T
Q  105 caattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38574680 caattgttacaggaattggcacagcttttattagcagcatc 38574720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 5 - 592
Target Start/End: Original strand, 18601386 - 18601973
Alignment:
Q  5 tttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttcaact 104  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  18601386 tttgctgtcatagcttctttgctttctgaccttgagattcttaactcagaactcggacgtttagcactctcaacaactatggttatggattctttcaact 18601485  T
Q  105 caattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatcccagctgatctaagcaagggtgctgatggagcggcacatgctaaagcttttttagctgt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | | |||  | |  |   ||  ||||||   | |  |  |||||| ||||||  |||    
T  18601486 caattgttacaggaattggcacagcttttattagcagcatcaaaacagattcacgtgataatggggatggaaaaggaactcttaaagcctttttaaatgt 18601585  T
Q  205 tttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaaggtagaccggtgaagaaa 304  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||  |  || ||||||||||||||| ||||||||    
T  18601586 tttctattacttatgttttatggtagtgactcctcttgtgttgcgtcctatattgaagtggtttgttaaaaagacaccagaaggtagaccgatgaagaaa 18601685  T
Q  305 gaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaatgtgtttgcttggtctta 404  Q
    | |||||  |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| || |||||||||| ||  |  |||||||||    
T  18601686 gtatacatgtatattgtgttcattattgctcttgcagttggaatgttgggattattgacaaagcaaagtgttttaggtggaatttgcattgttggtctta 18601785  T
Q  405 ttgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttttgtcacaagttgtgctat 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18601786 ttgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcctatttttgtcacaagttgtgctat 18601885  T
Q  505 gaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaagatgctg 592  Q
    |||||||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  18601886 gaaggttgatcttagtgtatatgttaaaagcgactatatttatgtttggcttggcattattgttgctgttcatttgttcaagatgctg 18601973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 187 - 592
Target Start/End: Original strand, 18524150 - 18524555
Alignment:
Q  187 taaagcttttttagctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaa 286  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||  |  || ||||||    
T  18524150 taaagcctttttaaatgttttctattacttatgttttatggtagtgactcctcttgtgttgcgtcctatattgaagtggtttgttaaaaagacaccagaa 18524249  T
Q  287 ggtagaccggtgaagaaagaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaa 386  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| | || | ||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| || |||||||||    
T  18524250 ggtagaccgatgaagaaagtatacatgtatattgtgttcattattggtcttgcagttggaatgttgggattattgacaaagcaaagtgttctaggtggaa 18524349  T
Q  387 tgtgtttgcttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttt 486  Q
    | ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18524350 tttgcattgttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcctatttt 18524449  T
Q  487 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaag 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||    
T  18524450 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttagtgtacatgttaaaagcgactatatttatgtttggcttggcattattgttgctgttcatttgttcaag 18524549  T
Q  587 atgctg 592  Q
    ||||||    
T  18524550 atgctg 18524555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 187 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 18631057 - 18630652
Alignment:
Q  187 taaagcttttttagctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaa 286  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||  |  || ||||||    
T  18631057 taaagcctttttaaatgttttctattacttatgttttatggtagtgactcctcttgtgttgcgtcctatattgaagtggtttgttaaaaagacaccagaa 18630958  T
Q  287 ggtagaccggtgaagaaagaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaa 386  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| || |||||||||    
T  18630957 ggtagaccgatgaagaaagtatacatgtatattgtgttcattattgctcttgcagttggaatgttgggattattgacaaagcaaagtgttttaggtggaa 18630858  T
Q  387 tgtgtttgcttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttt 486  Q
    | ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18630857 tttgcattgttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgatcaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcctatttt 18630758  T
Q  487 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaag 586  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||    
T  18630757 tgtcacaagttgtgctatgaagattgatcttagtgtatatgttaaaagcgactatatttatgtttggcttggcattattgttgctgttcatttgttcaag 18630658  T
Q  587 atgctg 592  Q
    ||||||    
T  18630657 atgctg 18630652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 187 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 18643765 - 18643360
Alignment:
Q  187 taaagcttttttagctgttttctattacatttgtttcatggtagtgactcctcttgtagttcgtcctatactgcagtggtttgttagtagaacgccagaa 286  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||  |  || ||||||    
T  18643765 taaagcctttttaaatgttttctattacttatgttttatggtagtgactcctcttgtgttgcgtcctatattgaagtggtttgttaaaaagacaccagaa 18643666  T
Q  287 ggtagaccggtgaagaaagaatacacctatattgtgttcgtaatggctctggcagttggaatgttggcattagtgccgaagcaaagtattataggtggaa 386  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||| || |||||||||    
T  18643665 ggtagaccgatgaagaaagtatacatgtatattgtgttcattattgctcttgcagttggaatgttgggattattgacaaagcaaagtgttttaggtggaa 18643566  T
Q  387 tgtgtttgcttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgattaagcaattggaattgttttgcagttggttcctttttcccatttt 486  Q
    | ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18643565 tttgcattgttggtcttattgtacctgaaggtcctccattaggaactgaaatgatcaagcaattggaattgttttgtagttggttcctttttcctatttt 18643466  T
Q  487 tgtcacaagttgtgctatgaaggttgatcttaatatgcatgttaaaagcgagtatgtttatgtttggcttggttttattgttgctattcatttgtttaag 586  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||    
T  18643465 tgtcacaagttgtgctatgaagattgatcttagtgtatatgttaaaagcgactatatttatgtttggcttggcattattgttgctgttcatttgttcaag 18643366  T
Q  587 atgctg 592  Q
    ||||||    
T  18643365 atgctg 18643360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Original strand, 18523968 - 18524108
Alignment:
Q  5 tttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttcaact 104  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18523968 tttgctgtcatagcttctttgctttctgaccttgagattcttaactcagaactcggacgtttagcactctcaacagctatggttatggattctttcaact 18524067  T
Q  105 caattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18524068 caattgttacaggaattggcacagcttttattagcagcatc 18524108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 18631239 - 18631099
Alignment:
Q  5 tttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttcaact 104  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18631239 tttgctgtcatagcttctttgctttctgaccttgagattcttaactcagaactcggacgtttagcactctcaacagctatggttatggattctttcaact 18631140  T
Q  105 caattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18631139 caattgttacaggaattggcacagcttttattagcagcatc 18631099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 18643947 - 18643807
Alignment:
Q  5 tttgttgtcatagcttctttgctctctgaccttgagattcttaactcagaacttggacgtttagcactctcaatagcaatggttatggattctttcaact 104  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18643947 tttgctgtcatagcttctttgctttctgaccttgagattcttaactcagaactcggacgtttagcactctcaacagctatggttatggattctttcaact 18643848  T
Q  105 caattgttacaggaattggcacagcttttgttagcagcatc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18643847 caattgttacaggaattggcacagcttttattagcagcatc 18643807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University