View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10057_low_1 (Length: 708)

Name: NF10057_low_1
Description: NF10057
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10057_low_1
NF10057_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-698)||(33893137-33893823)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 698
Target Start/End: Original strand, 33893137 - 33893823
Alignment:
Q  18 caatggtctcaaaagtacaccattgaagatgccaaaaagtataaatatgtaagataaaaacaccaatgttcaattgtctaatgatattaaagttgaaaat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33893137 caatggtctcaaaagtacaccattgaagatgccaaaaagtataaatttgtaagataaaaacaccaatgttcaattgtctaaagatattaaagttgaaaat 33893236  T
Q  118 atcgctctttggcatgttaattttgtacctaggggctaggattctcaccaagaagctgcttgaatcatggatagattacagtcgtaattgattgcacaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33893237 atcgctctttggcatgttaattttgtacctaggggctaggattctcaccaagaagctgcttgaatcatggatagattacagtcgtaattgattgcacaaa 33893336  T
Q  218 taatcatggaaaaaaggagtgtaagattgcaaggtcctggtcaagggct------ttggctttgagaaaattagttcagaacaagactgacgacaaactc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33893337 taatcatggaaaaaaggagtgtaagattgcaaggtcctggtcaagggctttggctttggctttgagaaaattagttcagaacaagactgacgacaaactc 33893436  T
Q  312 taaaatttctatggatgtcaaggacagttcttccgatacttcatctccaaacaattgctgttaccgcgcagccaacacatgcggcttcaccaatcaacaa 411  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33893437 taaaatttctatggatggcaaggacagttgttccgatacttcatctccaaacaatggctgttaccgcgcagccaacacatgcggcttcaccaatcaacaa 33893536  T
Q  412 tgccaatcttcaatggagaaaatttctaagggtggcaggaatgtgtgtgtgtcctcaacatgcacaaagctgtatataccatctttaagccaaagtcatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33893537 tgccaatcttcaatggagaaaatttctaagggtggcaggaatgtgtgtgtgtcctcaacatgcacaaagctgtatataccatctttaagccaaagtcatt 33893636  T
Q  512 gtcatctatctaccaatcccaaactactcgaccaatgagcatatgcaaataaggtatgtcaatacaccaactcttctcccctaccattcttcctctcacc 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33893637 gtcatctatctaccaatcccaaactactcgaccaatgagcatatgcaaataaggtatgtcaatacaccaactcttctcccctaccattcttcctctcacc 33893736  T
Q  612 tcttgggttacatattccagtttattttatagttcgagctattctgcattttttgcaaatgccaataggagcttgatgtaccctatg 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33893737 tcttgggttacatattccagtttattttatagttcgagctattctacattttttgcaaatgccaataggagcttgatgtatcctatg 33893823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University