View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10064_1 (Length: 683)

Name: NF10064_1
Description: NF10064
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10064_1
NF10064_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-673)||(3017512-3018170)
chr1 (182-638)||(3020776-3021251)
chr1 (19-153)||(3020642-3020776)
chr1 (19-375)||(3033477-3033830)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 673
Target Start/End: Original strand, 3017512 - 3018170
Alignment:
Q  19 caaaatgtgtgaacatgcttcttatcaactatgtttgaaactttcagagaatatcatccagaaattgttttctcgtccatggaagccataatggcccgtg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017512 caaaatgtgtgaacatgcttcttatcagctatgtttgaaactttcagagaatatcatccagaaattgttttctcgtccatggaagccataatggcccgtg 3017611  T
Q  119 ttatcgaggaaagtgacgatatatctctcggcttactctatccaatcttagattgtgtaaagaaagacaataaggttggtgtttggaaatttaatctcat 218  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017612 ttattgaggaaagtgacgatatatctctcggcttactctatccaatcttagattgtgtaaagaaagacaataaggttggtgtttggaaatttaatctcat 3017711  T
Q  219 tctttttaatagattgtgattatgaaactgaaacttatttcatttcattatggattgcttataattgtcgtgatcactatcattatgattcaggtggttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017712 tctttttaatagattgtgattatgaaactgaaacttatttcatttcattatggattgcttataattgtcgtgatcactatcattatgattcaggtggttt 3017811  T
Q  319 cgccaattgctcgaaagttgggaaaaagtgttcttcaaaagtgtgcaacaaagcttataatacctatttgcggcatgctgtgaatatgttgggtactatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017812 cgccaattgctcgaaagttgggaaaaagtgttcttcaaaagtgtgcaacaaagcttataatacctatttgcggcatgctgtgaatatgttgggtactatg 3017911  T
Q  419 gttgatgttcttgactcaataatcatgcagtgaactttggtgcaaatgatgcatcaatcatgtgggaaacttcggtgcttttggttaagaattttttgtg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3017912 gttgatgttcttgactcaataatcatgcagtgaactttggtgcaaatgatgcatcaatcatgtgggaaatttcggtgcttttggttaagaattttttgtg 3018011  T
Q  519 ccaaattagttgtttatctttaaaaatattttctagttaagaccaaacttcatatatgta----tgtttatagatattgccaaatttctttgcttgatta 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3018012 ccaaattagttgtttatctttaaaaatattttctagttaagaccaaacttcatatatgtatgtttgtttatagatattgccaaatttctttgcttgatta 3018111  T
Q  615 ttctaaaaggtaagtttcatatgcaattcatctagataatattctaattacatcctatg 673  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3018112 ttctaaaaggtaagtttcatatgcaattcatctagataatattctaattacatcctatg 3018170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 182 - 638
Target Start/End: Original strand, 3020776 - 3021251
Alignment:
Q  182 aagacaataaggttggtgtttggaaatttaatctcattctttttaatagattgtgattatgaaactgaaacttatttcatttcattatggattgcttata 281  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020776 aagacaataagggtggagtttggaaatttaatctcattctttttaatagattgtgattatgaaactgaaacttatttcatttcattatggattgcttata 3020875  T
Q  282 attgtcgtgatcactatcattatgattcaggtggtttcgccaattgctcgaaagttgggaaaaagtgttcttcaaaagtgtgcaacaaagcttataatac 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3020876 attgtcgtgatcactatcattatgattcaggttgtttcaccaaatgctcgaaagttgggggaaagtgttcttcaaaagtgtgcaacaaggcttataatac 3020975  T
Q  382 ctatttgcggcatgctgtgaatatgttgggtactatggttg---------atgttcttgactcaataatcatgcagtgaactttggtgcaa-atgat--- 468  Q
    || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| |||| | ||||||  |  ||||||||||||| ||| |       
T  3020976 ctgtttgcggtatgttgtgaatatgttgggtactatggttgattataatcatgttcttgcctcagtgatcatgtggcaaactttggtgcaatatgttcta 3021075  T
Q  469 gcatcaatcatgtgggaaacttcggtgcttttggttaagaattttttgtgccaaattagttg-tttatctttaaaaatattttct-------agttaaga 560  Q
      | |||||||||||  |||||| ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||       ||||||||    
T  3021076 atagcaatcatgtggtgaacttcagtgc---tggctaagaattttttgtgccaaattagttgttttatctttaaaaatatttactacttaagagttaaga 3021172  T
Q  561 ccaaacttcatatatgtatgtttat--agatattgccaaatttctttgcttgattattctaaaaggtaagtttcatatgc 638  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  3021173 ccaaacttcatat-tgtatgtttatacagatattgccaaaagtcttttcttgactattctaaaaggtaagttgcatatgc 3021251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Original strand, 3020642 - 3020776
Alignment:
Q  19 caaaatgtgtgaacatgcttcttatcaactatgtttgaaactttcagagaatatcatccagaaattgttttctcgtccatggaagccataatggcccgtg 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  3020642 caaaatatgtgaacatgcttcttatcagctctgtttgaaactttcagagaacatcatccagaaattgttttctcgtccatggaaaccataatgatccgtg 3020741  T
Q  119 ttatcgaggaaagtgacgatatatctctcggctta 153  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3020742 tttttgaggaaagtgacgatatatctcttggctta 3020776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 375
Target Start/End: Original strand, 3033477 - 3033830
Alignment:
Q  19 caaaatgtgtgaacatgcttcttatcaactatgtttgaaactttcagagaatatcatccagaaattgttttctcgtccatggaagccataatggcccgtg 118  Q
    ||||||||||||||||| |||| | || || |||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||  ||       
T  3033477 caaaatgtgtgaacatggttctaagcatctctgtttgaaactttcagggaacatcatccagataatgttttctcgtccatggaaactataatgatcctct 3033576  T
Q  119 ttatcgaggaaagtgacgatatatctctcggcttactctatccaatcttagattgtgtaaagaaagacaataaggttggtgtttggaa--atttaatctc 216  Q
     | | || |||||||| || ||||||   | |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||   |||  | ||    
T  3033577 gtctagaagaaagtgaagaaatatctgatgacttactctctccaatcttagacagtgtaaagaaagacaatgaggttggtgtttgtaattttttcgtttc 3033676  T
Q  217 attctttttaatagattgtgattatgaaactgaaacttatttcatttcattatggattgcttataattgtcgtgatcactatcattatgattcaggtggt 316  Q
    |||||| ||||||| | |||||| | |||||||||| |     ||||||||||| ||| |||||||||||| ||    || |||| |||||||||| |||    
T  3033677 attcttgttaataggtcgtgattgttaaactgaaacat-----atttcattatgaatttcttataattgtcatggctgctgtcatcatgattcaggaggt 3033771  T
Q  317 ttcgccaattgctcgaaagttgggaaaaagtgttcttcaaaagtgtgcaacaaagctta 375  Q
    || |||||||||||||||||||||  |||| || ||| |||  |||||||||| |||||    
T  3033772 tttgccaattgctcgaaagttgggggaaagagtccttgaaagttgtgcaacaaggctta 3033830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University