View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10064_11 (Length: 336)

Name: NF10064_11
Description: NF10064
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10064_11
NF10064_11
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (65-231)||(22894681-22894849)
chr3 (42-231)||(34749898-34750088)
chr3 (42-231)||(43999990-44000180)
chr3 (43-231)||(36749407-36749596)
chr3 (42-231)||(51339784-51339971)
chr3 (42-236)||(36370338-36370533)
chr3 (42-239)||(21559554-21559752)
chr3 (42-229)||(48200688-48200876)
chr3 (42-228)||(46111944-46112131)
chr3 (42-236)||(30735496-30735690)
chr3 (42-231)||(38231294-38231483)
chr3 (138-231)||(29460661-29460756)
chr3 (138-231)||(29471513-29471608)
chr3 (70-224)||(20856182-20856334)
chr3 (130-231)||(50966132-50966234)
chr3 (130-231)||(51069267-51069369)
chr3 (120-231)||(39072350-39072463)
chr3 (42-231)||(39467102-39467291)
chr3 (42-142)||(29472901-29472999)
chr3 (100-210)||(53638157-53638269)
chr3 (141-225)||(29820397-29820483)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (42-231)||(3672275-3672465)
chr4 (42-231)||(28093096-28093286)
chr4 (42-231)||(6112631-6112820)
chr4 (42-231)||(7217766-7217956)
chr4 (42-231)||(21390956-21391145)
chr4 (42-231)||(49243816-49244005)
chr4 (42-231)||(44275707-44275896)
chr4 (234-336)||(3445720-3445822)
chr4 (42-231)||(46192360-46192550)
chr4 (43-231)||(35544913-35545102)
chr4 (42-231)||(45829258-45829447)
chr4 (42-227)||(51038768-51038955)
chr4 (103-227)||(54849793-54849919)
chr4 (56-227)||(52191214-52191386)
chr4 (186-228)||(43245522-43245564)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (42-231)||(13347129-13347319)
chr5 (42-231)||(39370928-39371118)
chr5 (42-231)||(2237277-2237467)
chr5 (42-237)||(40887942-40888138)
chr5 (58-231)||(9408054-9408229)
chr5 (42-221)||(14831555-14831735)
chr5 (42-231)||(1815620-1815806)
chr5 (56-231)||(27553387-27553563)
chr5 (42-195)||(31800595-31800748)
chr5 (130-231)||(33404523-33404626)
chr5 (42-163)||(42683670-42683790)
chr5 (92-231)||(17225320-17225459)
chr5 (42-231)||(19596068-19596257)
chr5 (64-237)||(4300565-4300739)
chr5 (42-223)||(41003851-41004031)
chr5 (55-229)||(12164254-12164433)
chr5 (103-228)||(19124532-19124657)
chr5 (140-237)||(37505863-37505964)
chr5 (178-227)||(3725730-3725779)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (42-228)||(6722-6909)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (42-231)||(26972203-26972393)
chr7 (42-231)||(36346565-36346754)
chr7 (42-231)||(34108427-34108617)
chr7 (42-231)||(28307495-28307685)
chr7 (42-231)||(7699883-7700073)
chr7 (42-231)||(7700081-7700271)
chr7 (42-231)||(7700279-7700469)
chr7 (42-231)||(7700477-7700667)
chr7 (43-231)||(30887701-30887890)
chr7 (42-231)||(45782660-45782850)
chr7 (42-239)||(31148283-31148480)
chr7 (42-229)||(34828069-34828255)
chr7 (42-231)||(42220964-42221153)
chr7 (42-231)||(5811164-5811353)
chr7 (42-231)||(13108149-13108337)
chr7 (43-228)||(21807324-21807509)
chr7 (98-226)||(23980137-23980267)
chr7 (90-231)||(15020283-15020423)
chr7 (42-140)||(29953572-29953669)
chr7 (42-211)||(36957450-36957618)
chr7 (37-183)||(46475075-46475220)
chr7 (141-227)||(38321014-38321102)
chr7 (105-197)||(20086690-20086784)
chr7 (139-227)||(42950109-42950189)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (43-231)||(39249864-39250053)
chr1 (42-228)||(2509028-2509215)
chr1 (42-231)||(34307138-34307328)
chr1 (42-231)||(46901735-46901925)
chr1 (43-242)||(19258674-19258873)
chr1 (42-231)||(28647354-28647543)
chr1 (151-227)||(10146971-10147049)
chr1 (111-228)||(29099821-29099939)
chr1 (111-214)||(9642933-9643039)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (42-231)||(42162599-42162789)
chr8 (56-232)||(44081780-44081958)
chr8 (42-231)||(31318806-31318996)
chr8 (42-244)||(10203652-10203855)
chr8 (56-231)||(30432340-30432516)
chr8 (42-229)||(12665347-12665536)
chr8 (42-231)||(36189217-36189405)
chr8 (42-228)||(43186031-43186217)
chr8 (42-229)||(18184556-18184743)
chr8 (42-226)||(33726017-33726202)
chr8 (99-212)||(42668838-42668952)
chr8 (143-227)||(31547-31633)
chr8 (40-189)||(38845021-38845168)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (42-231)||(33732570-33732759)
chr2 (42-229)||(44958116-44958304)
chr2 (42-231)||(16089823-16090011)
chr2 (44-237)||(3830900-3831091)
chr2 (64-231)||(14572996-14573165)
chr2 (42-231)||(37498863-37499055)
chr2 (37-231)||(36315562-36315757)
chr2 (42-236)||(37914237-37914431)
chr2 (42-231)||(6376239-6376423)
chr2 (100-231)||(24137149-24137286)
chr2 (105-224)||(41188777-41188898)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (42-231)||(3986906-3987095)
chr6 (32-231)||(15345650-15345847)
chr6 (42-231)||(3118047-3118237)
chr6 (42-231)||(14022935-14023124)
chr6 (42-231)||(13697570-13697758)
chr6 (42-231)||(24208445-24208634)
chr6 (203-231)||(7674598-7674626)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (42-228)||(87163-87350)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 65 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 22894849 - 22894681
Alignment:
Q  65 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttg 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22894849 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgtttttg 22894750  T
Q  165 ccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894749 ccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 22894681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 34749898 - 34750088
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34749898 gaaaaagatagc-cagacatcctttttcatacacttcttatgtacacccctatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34749996  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749997 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 34750088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44000180 - 43999990
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44000180 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacgccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44000082  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44000081 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagct 43999990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36749596 - 36749407
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 142  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  36749596 aaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 36749498  T
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  36749497 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacatctaaggtggttcatgtataagagct 36749407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 51339784 - 51339971
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  51339784 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaca-tcatgtgttagaggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 51339881  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51339882 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaaggatgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 51339971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 36370338 - 36370533
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36370338 gaaaaagataggt-agatactctttttcatacactttttatatacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 36370436  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36370437 catctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctctttt 36370533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21559752 - 21559554
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  21559752 gaaaaagatagat-agacaccatttttcatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcattacccttttt 21559654  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 239  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  21559653 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctctttttat 21559554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 48200876 - 48200688
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48200876 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattatgggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 48200778  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  48200777 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatatatgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaagatgattcatgaataagag 48200688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Original strand, 46111944 - 46112131
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46111944 gaaaaagataggt-agacaccatttttcatacaccttttatatacatccccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46112042  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  46112043 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaatggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataaga 46112131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 30735496 - 30735690
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  30735496 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccctttt 30735593  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 236  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  30735594 t-atatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacagatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatatataagagctctttt 30735690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 38231483 - 38231294
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || || | || |||    
T  38231483 gaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatta-ccattt 38231387  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38231386 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 38231294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 138 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29460756 - 29460661
Alignment:
Q  138 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29460756 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 29460661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 138 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29471608 - 29471513
Alignment:
Q  138 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29471608 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 29471513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 224
Target Start/End: Original strand, 20856182 - 20856334
Alignment:
Q  70 atacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacg 169  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||     
T  20856182 atacacctctcatgtacaccc-catgtgtcaggggtattt-agtaattttatatcacatcatcatccttttt-atatctt-tttcaatgtttttgccaca 20856277  T
Q  170 tgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 224  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20856278 tgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 20856334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 50966234 - 50966132
Alignment:
Q  130 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50966234 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 50966136  T
Q  228 agct 231  Q
    ||||    
T  50966135 agct 50966132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 130 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 51069369 - 51069267
Alignment:
Q  130 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  51069369 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 51069271  T
Q  228 agct 231  Q
    ||||    
T  51069270 agct 51069267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 120 - 231
Target Start/End: Original strand, 39072350 - 39072463
Alignment:
Q  120 acatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtt 217  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  39072350 acatcacatcatcacccattttcatctcttcttttaatgtttatgccacatgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctaaggtgatt 39072449  T
Q  218 catgtataagagct 231  Q
    ||||||||| ||||    
T  39072450 catgtataatagct 39072463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 39467102 - 39467291
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||  | |||| ||| ||| || ||||    
T  39467102 gaaaaagataggt-acacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttatggatattttagtaatttcatatcacatcctcacccctttt 39467199  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||||    
T  39467200 catctcttctttcaatatttttggcacatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctatggtggtttatggataacagct 39467291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 29472999 - 29472901
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29472999 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatccctttt 29472902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 100 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 53638269 - 53638157
Alignment:
Q  100 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggt 197  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||| ||| |||| |||| |||||| |   ||||||||||| |||||||    
T  53638269 aggggtattttagcaattttacatcacatcatcaccccctctcatctcttctttccatgtttttaccacatgtcacgattgtgtgtgggtgttaaagggt 53638170  T
Q  198 gtatgccacctaa 210  Q
    |||||||||||||    
T  53638169 gtatgccacctaa 53638157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 225
Target Start/End: Original strand, 29820397 - 29820483
Alignment:
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtata 225  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| || | |||||| |||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  29820397 tcatctcttcttttaatgtttttgctacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgccacctaaggtggtctatgtata 29820483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 3672465 - 3672275
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3672465 gaaaaagataggt-agataccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcacccttttt 3672367  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3672366 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 3672275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 28093096 - 28093286
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  28093096 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtatttttacatcatatcatcacccttttt 28093194  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28093195 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 28093286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 6112820 - 6112631
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6112820 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacttcttatgtacactc-catgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 6112723  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6112722 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 6112631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7217956 - 7217766
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7217956 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttataggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 7217858  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7217857 tatctcttattttaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtaggtgttaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 7217766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 21390956 - 21391145
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||  | ||||    
T  21390956 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatattcactcatttt 21391053  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21391054 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 21391145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 49244005 - 49243816
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||    
T  49244005 gaaaaagatatgt-agacatcctttttcatacacctcttatgtacactc-catgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacttttttt 49243908  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49243907 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 49243816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44275896 - 44275707
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44275896 gaaaaagatagat-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44275799  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44275798 aatctcttctttcaatatttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaatggtatatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 44275707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 234 - 336
Target Start/End: Original strand, 3445720 - 3445822
Alignment:
Q  234 ttttatatttgtgtaaactcatattggctttgcttttgaattgtttagataaaaagattaggattagattaagattaggattagtgacttgttgacacct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3445720 ttttatatttgtgtaaactcatattggctttacttttgaattgtttagataaaaagattaggattagattaagattaggattagtgacttgttgacacct 3445819  T
Q  334 ttt 336  Q
    |||    
T  3445820 ttt 3445822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 46192550 - 46192360
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  46192550 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 46192453  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46192452 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtgattcatgtataagagct 46192360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35545102 - 35544913
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  35545102 aaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 35545005  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35545004 tatatcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtatgtggatgtaaaatggtgtataccacctaagatggttcatgtataagagct 35544913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 45829258 - 45829447
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||| |   |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  45829258 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacct-ttatgtacaccc-catatgccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 45829354  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45829355 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgtcacctaaagtggttcatgtataagagct 45829447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 51038955 - 51038768
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 140  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||  ||||   || | ||||| |||||||  |||||| | ||||| ||  |||    
T  51038955 gaaaaagatagg-cagacaccttttttcatgtacatctcatgtacacccctatgtggcagagatattttagtaatttcacatcacaccatcacccccttt 51038857  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  51038856 tcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtttgtatgccacctaaggtggtccatatataag 51038768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 103 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 54849919 - 54849793
Alignment:
Q  103 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgta 200  Q
    ||||||| | |||||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |  |||||||| | |||| |||||    
T  54849919 ggtattttaataatttcacatcacatcatcatcctctctcatctcttctttcaatatttttgtcacttgtcacaactgcgtgtgggtatcaaagtgtgta 54849820  T
Q  201 tgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
     || | |||||||||||||||||||||    
T  54849819 cgctatctaaggtggttcatgtataag 54849793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 227
Target Start/End: Original strand, 52191214 - 52191386
Alignment:
Q  56 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 155  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||  ||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||   ||||| |||||||||   | | |||  ||||||||    
T  52191214 agacacccttttttatacacctctcgtgtacaccc-catatgttaggagtattttagtaatttcgcatcacatcatcatctcctcttatcctttctttca 52191312  T
Q  156 atgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||| ||||| ||| |||||||| |  |||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52191313 atgtttttgtcacatgtcacaattctgtgtggctgttaaaaggtatatgccacctaaggtggtccatgtataag 52191386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 186 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43245564 - 43245522
Alignment:
Q  186 gtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  43245564 gtgtaaaagggtgtatgtcatctaagatggttcatgtataaga 43245522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13347319 - 13347129
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13347319 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcactcttttt 13347221  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13347220 catctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaaagct 13347129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39371118 - 39370928
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39371118 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 39371020  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39371019 catctcttctttcaatgtttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 39370928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 2237467 - 2237277
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2237467 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccaagtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 2237369  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2237368 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaaagct 2237277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 237
Target Start/End: Original strand, 40887942 - 40888138
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  40887942 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacacccccatctattagaggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 40888040  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 237  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40888041 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagagtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctcttttt 40888138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 58 - 231
Target Start/End: Original strand, 9408054 - 9408229
Alignment:
Q  58 acaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaat 157  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9408054 acaccatttttcatacacttcttatgtacacccccatatattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttcatctcttctttcaat 9408153  T
Q  158 gattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9408154 gtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggcgtatgtcacctgaggtggttcatgtataagagct 9408229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 42 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14831735 - 14831555
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14831735 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacacccctacgtattaggggtatttgaataattttacatcatatcatcacccttttt 14831637  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14831636 catctcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 14831555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 1815620 - 1815806
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |      ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1815620 gaaaaagataggt-agacaccttttttcataaagaa---atgtacaccct-atgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 1815714  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  1815715 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataagagct 1815806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 56 - 231
Target Start/End: Original strand, 27553387 - 27553563
Alignment:
Q  56 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 155  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| || |||| | |||||| ||||||||||||    
T  27553387 agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccct-atgtgttaggagtattttagtaattttacatcagataatcaccatttttcttctcttctttca 27553485  T
Q  156 atgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  27553486 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatggtatatgccacctaaaatggttcatgtataagagct 27553563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 42 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 31800748 - 31800595
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31800748 gaaaaagatagg-cagacaccctttttcatacacctcttgtgtacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 31800651  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagg 195  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  31800650 catcttttctttcaatatttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagg 31800595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 231
Target Start/End: Original strand, 33404523 - 33404626
Alignment:
Q  130 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33404523 atcattctttttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagtgtgtatggcacctaaggtggttcatgtataag 33404622  T
Q  228 agct 231  Q
    ||||    
T  33404623 agct 33404626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 42 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 42683790 - 42683670
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  42683790 gaaaaagatagat-agacatcctttttcatacacctcttatgtacacccccatatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccatccttttt 42683692  T
Q  142 catctcttctttcaatgatttt 163  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42683691 catctcttctttcaatgttttt 42683670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 92 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 17225459 - 17225320
Alignment:
Q  92 catgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgt 189  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  |||||||||    
T  17225459 catgtatcaggggtattttagtaatttcacatcacatcatcacctcttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgt 17225360  T
Q  190 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17225359 aaaa--gagtatgccacctaaagtggttcatgtataagagct 17225320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 19596068 - 19596257
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| | | || |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || |||| |  |||    
T  19596068 gaaaaagataggt-agacatccttttttgaaatacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatca-ctattt 19596164  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19596165 tcacctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgcgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataacagct 19596257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 64 - 237
Target Start/End: Original strand, 4300565 - 4300739
Alignment:
Q  64 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 163  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| | |||||  |||||| |||| || | ||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  4300565 ttttttatacatctctcatgtacacc-tcatgtgttagggatattttaataatttcacatcacatcaccaccattttttatctcttatttcaatgttttt 4300663  T
Q  164 gccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 237  Q
    ||||  ||||||||||  |||||||||||||||| | |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  4300664 gccatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaaggatatatgtcacctaaaatggttcatgtataagagctcttttt 4300739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 223
Target Start/End: Original strand, 41003851 - 41004031
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttt-tcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    |||||||||||  |||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||| ||| | | |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  41003851 gaaaaagataga-cagaaacctttttgttatacacctctcatgtacaccc-catatgtcagggatattt-agtaattttacatcacatcatcatcccttt 41003947  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgta 223  Q
    | || |||| |||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41003948 ttatatctt-tttcaatatttttgccacatgtcataaatgtgtatgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgta 41004031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12164433 - 12164254
Alignment:
Q  55 cagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctct---tct 151  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||||  ||||||  ||||| |||| |||||||  |||||| | ||||| ||| |  |||||||   |||    
T  12164433 cagacacccttttttatgcacctcttatgtacacctccatgtagcaggggcattttagtaatttcacatcacaccatcaccctctcccatctcttcttct 12164334  T
Q  152 ttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgta--aaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||| |||||| | |||  ||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12164333 ttcaatgtttttgccacatgccacaactgtgtgtgagtattaaagaatgtgtgccacctaagatggttcatgtataagag 12164254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 228
Target Start/End: Original strand, 19124532 - 19124657
Alignment:
Q  103 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgta 200  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||   ||||||||||| |||  |||||    
T  19124532 ggtattttagtaattttacatcatatcatcacattctttcatctcttcttt-aatgtttttgccacacgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaa-tgtgta 19124629  T
Q  201 tgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||| ||||| | || |||||||||||    
T  19124630 tgccatctaagatagtccatgtataaga 19124657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 140 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 37505964 - 37505863
Alignment:
Q  140 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattt 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||  |||| |||||||||||| ||  |||| || | |||||||||||||| |||    
T  37505964 ttcatatcttctttcaatgattttgccacatgtcacaattatgtatgtatgtgtcaaagggtgtatgtcatataagatgatccatgtataagagcttttt 37505865  T
Q  236 tt 237  Q
    ||    
T  37505864 tt 37505863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3725779 - 3725730
Alignment:
Q  178 atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3725779 atgtgtggttgttaaagagtatatgccacctaaggtggtccatgtataag 3725730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 146; Significance: 7e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 6909 - 6722
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6909 gaaaaagataggt-agataccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattagggatatttaagtaattttacatcatatcatcacccttttt 6811  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6810 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 6722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 26972203 - 26972393
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26972203 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 26972301  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26972302 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 26972393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 36346565 - 36346754
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36346565 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatca-ccttttt 36346662  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  36346663 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtctgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagct 36346754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34108617 - 34108427
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34108617 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacactcccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34108519  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108518 catctcttcattcaatgtttttgtcatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagct 34108427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 28307495 - 28307685
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  28307495 gaaaaagataggt-agacatcttttttcatacacctcttatgtacacccccatatgttaagggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 28307593  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  28307594 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcgcaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtagtttatgtataagagct 28307685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 7699883 - 7700073
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7699883 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7699981  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7699982 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 7700081 - 7700271
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700081 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700179  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700180 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 7700279 - 7700469
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700279 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700377  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700378 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 7700477 - 7700667
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700477 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700575  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7700576 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagct 7700667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30887890 - 30887701
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 142  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30887890 aaaaagatacgtaagacaccctttttcatacacttcttatatacaccc-catgtattagaggtatttaagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 30887792  T
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  30887791 atctcttcattcaatgtttttgctacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagtgtgtatgccacctaagattgttcatgtataagagct 30887701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 45782660 - 45782850
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45782660 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacactttttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 45782758  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  45782759 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatgatgtatgccacctaaagtggttgatgtataagagct 45782850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31148480 - 31148283
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||  |||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31148480 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacctcttatacacaccc-catatgttaggcttattttagtaattttacatcatatcatcacccatttt 31148383  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 239  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||    
T  31148382 catctcttctttcaatgtttttgccatgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataaaagccctttttat 31148283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 34828255 - 34828069
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  34828255 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatcactttt 34828158  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  34828157 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatg-cacccaaggtggttcatgtataagag 34828069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 42220964 - 42221153
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| || |||    
T  42220964 gaaaaagataggt-agacaccttttt-catacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccccttt 42221060  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42221061 ttatatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaagtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 42221153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 5811164 - 5811353
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  5811164 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttt 5811261  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  5811262 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgaaaaaggatgtatgccacctatggtggtttatgtataatagct 5811353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13108337 - 13108149
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | | ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||     
T  13108337 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctttcatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttt- 13108241  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  13108240 catctcttctttcaacgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtataacagct 13108149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 228
Target Start/End: Original strand, 21807324 - 21807509
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 142  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| || || |||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||| |||||    
T  21807324 aaaaagataggtt-gacaaccttttttatacacttctcatatacaccc-cacgtgttaggggtattttagtaatttcacataacatcatcatccattttc 21807421  T
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21807422 atctcttctttcaatatttttgccacatatcacaaatttgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataaga 21807509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 98 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 23980267 - 23980137
Alignment:
Q  98 ttaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagg 195  Q
    |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  23980267 ttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagg 23980168  T
Q  196 gtgtatgccacctaaggtggttcatgtataa 226  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23980167 gtgtatgccacctatggtggtttatgtataa 23980137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 15020423 - 15020283
Alignment:
Q  90 ctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 189  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| || ||| | ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15020423 ctcatgtgttagggatattttagtaatttcacatcatatcttcaccccttt-cgtctcttctttcaatgtttttgccatatgtcacaaatgtgtgggtgt 15020325  T
Q  190 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  15020324 aaaaggttgtatgccacctatggtggtttatgtataacagct 15020283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 42 - 140
Target Start/End: Original strand, 29953572 - 29953669
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29953572 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtagacttccatgtattagggatatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttt 29953669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 36957618 - 36957450
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| | | || |||||||  |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||| ||||    
T  36957618 gaaaaagataggt-agacacaattttttatacacctttcatatacaccc--atgtgttgggggtattttagtaattttacattacattatcatccatttt 36957522  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaag 211  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36957521 catctcttcttacaatatttttgtcacgtgtcacaaatatgtatggatgtaaaagggtgtatgccacctaag 36957450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 46475220 - 46475075
Alignment:
Q  37 tatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtatta-ggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 135  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |    
T  46475220 tataggaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctctcatgtacatc-tcatgtgttatggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcacc 46475123  T
Q  136 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt 183  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||    
T  46475122 ccttttcatctcttctttcaatgtttttgttacatgtcacaaatgtgt 46475075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 141 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38321102 - 38321014
Alignment:
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||  |||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  38321102 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgttaaaatgtgtatgccacctaagatggttaatgtataag 38321014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 197
Target Start/End: Original strand, 20086690 - 20086784
Alignment:
Q  105 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggt 197  Q
    ||||| |||||||  |||||| ||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  20086690 tattttagtaatttcacatcacatcatcacccctttttatctcttcttttaatgtttttgccagatgtctcaaatgtatgtgggtgtaaaagggt 20086784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 227
Target Start/End: Original strand, 42950109 - 42950189
Alignment:
Q  139 tttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||| | ||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42950109 tttcatctcttttttcaatgtatttgccacatatcacaaatgtgtgtg--------ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtctaag 42950189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Original strand, 39249864 - 39250053
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 142  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  39249864 aaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacacccccatgtattaggggtattttagtaattttacattatatcaccatcctttttc 39249962  T
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39249963 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagct 39250053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2509215 - 2509028
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2509215 gaaaaagataggt-agacactttttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 2509117  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2509116 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaga 2509028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 34307138 - 34307328
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34307138 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34307236  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34307237 catatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 34307328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 46901735 - 46901925
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46901735 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatttcttatgtacaccgccatgtatcaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46901833  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46901834 catctcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgttggtgtaaaatggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagct 46901925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 43 - 242
Target Start/End: Original strand, 19258674 - 19258873
Alignment:
Q  43 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 142  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || |||||    
T  19258674 aaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacaccc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccaccccttttc 19258771  T
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttata 240  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||| ||||| ||    
T  19258772 atctcttttttcaatgtttttgccacatgtcacaaatatatgtgggtgtaaaaaggtgtatgccaccttagatggtttatgtataatagctcttttttta 19258871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 28647543 - 28647354
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||| || ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || ||||    
T  28647543 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacatcc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccacccctttt 28647446  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  28647445 catctattctttcaatgtttttgccaaatatcacaaatatgtgtgggtgtaaaaagatgtatgcaaccttaggtggttcatgtataatagct 28647354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10147049 - 10146971
Alignment:
Q  151 tttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10147049 tttcactgtttttgccacatgtcacaattgtgtgtgggggtcaaagggtgtatgccacctaaggtggtccatgtataag 10146971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29099939 - 29099821
Alignment:
Q  111 agtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccaccta 209  Q
    |||||||  |||||| ||||||| || |||| || |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||    |||| |||||||||| |||    
T  29099939 agtaatttcacatcacatcatcaccccttttaatttcttttttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtggacgtaaagagtgtatgccatcta 29099840  T
Q  210 aggtggttcatgtataaga 228  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  29099839 aggtggtttatgtataaga 29099821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 214
Target Start/End: Original strand, 9642933 - 9643039
Alignment:
Q  111 agtaattatacatcatatcatcatcctttt-tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacc 207  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||  |||||||||||| ||| ||| ||||||| |    
T  9642933 agtaatttcacatcatatcatcacccccttctcatctcttctttcattgtttttgtcatgtgtcacaattatgtgtgggtgttaaaaggtatatgccatc 9643032  T
Q  208 taaggtg 214  Q
    |||||||    
T  9643033 taaggtg 9643039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 42162789 - 42162599
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42162789 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 42162691  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42162690 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtttgggtgtaaaagggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagct 42162599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 56 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 44081958 - 44081780
Alignment:
Q  56 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 155  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44081958 agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacattatatcatcaccctttttcatctcttctttca 44081859  T
Q  156 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagcta 232  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44081858 atgttttttccacgtgttacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagcta 44081780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 31318996 - 31318806
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31318996 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatatacacccccatgtattaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 31318898  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318897 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaagttatatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 31318806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 42 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10203855 - 10203652
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||||    
T  10203855 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacatctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttatatcatatcaccacccttttt 10203757  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttttat 239  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  10203756 catctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagaactcttttttt 10203657  T
Q  240 atttg 244  Q
    |||||    
T  10203656 atttg 10203652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 56 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30432516 - 30432340
Alignment:
Q  56 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 155  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30432516 agacaccctttttcatacacctcttatgtacatcc-catatattatgggtattttagtaattttacatcatatcatcaccccttttcatctcttctttca 30432418  T
Q  156 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30432417 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtataaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagct 30432340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12665536 - 12665347
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-tttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  12665536 gaaaaagataggt-agacatcctttttcgtacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 12665438  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12665437 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgttacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 12665347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36189405 - 36189217
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||  ||||  ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||  | ||||    
T  36189405 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacacccatatgt--taggggtattttaataattttatatcatatcatcactcctttt 36189309  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36189308 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagct 36189217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43186217 - 43186031
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| | |||||    
T  43186217 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaattttatatcatatcatcacctttttt 43186120  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  43186119 catcttttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgcaggtgtaaaagagtatatgccacctaaagtggttgatgtataaga 43186031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18184743 - 18184556
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  18184743 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttatatcatatcatcacccctttt 18184646  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
    ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  18184645 catctcttcattcaatgttttcaccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacttaaggtggttcatatataagag 18184556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 33726202 - 33726017
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||  |||    
T  33726202 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacact-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcatccacttt 33726105  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataa 226  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  33726104 tcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtttgtgggtgtaaaaaggtgtatgccacctaaagtggtttatgtataa 33726017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 99 - 212
Target Start/End: Original strand, 42668838 - 42668952
Alignment:
Q  99 taggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaaggg 196  Q
    ||||||||||  |||||||  |||||||| ||||| ||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| |    
T  42668838 taggggtattgtagtaatttcacatcataccatca-cctctctcatatcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtg 42668936  T
Q  197 tgtatgccacctaagg 212  Q
    ||||||||||||||||    
T  42668937 tgtatgccacctaagg 42668952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 227
Target Start/End: Original strand, 31547 - 31633
Alignment:
Q  143 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 227  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||    
T  31547 atctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgctacctaagatggtacatatataag 31633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 189
Target Start/End: Original strand, 38845021 - 38845168
Alignment:
Q  40 acgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttt 139  Q
    ||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||   | ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||   ||||| ||||||| || |     
T  38845021 acgaaaaagatagataa-acaccattttttatacacccttcatgtacacccttatgtgttagggttattttagtaatttctcatcacatcatcacccctc 38845119  T
Q  140 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 189  Q
    || |||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  38845120 tt-atcttttctttcaatattttttccacatgtcacaattgtgtgtgtgt 38845168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 33732759 - 33732570
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  33732759 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 33732662  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33732661 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 33732570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 44958304 - 44958116
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44958304 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44958206  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 229  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44958205 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 44958116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16090011 - 16089823
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  16090011 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcacca-ccttttt 16089915  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16089914 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacttaaggtggttcatgtataagagct 16089823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 237
Target Start/End: Original strand, 3830900 - 3831091
Alignment:
Q  44 aaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttca 143  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| || |||| |  ||||||    
T  3830900 aaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtatattagtaattttacatcagataatcaccacttttca 3830997  T
Q  144 tctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctattttt 237  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3830998 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagtgctcttttt 3831091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 64 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 14573165 - 14572996
Alignment:
Q  64 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 163  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14573165 ttttacatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttccatctcttctttcaatgttttt 14573066  T
Q  164 gccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14573065 gctacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtggatgccacctaaggtggtttatgtataagagct 14572996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 37498863 - 37499055
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc--cttt 139  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||    
T  37498863 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcttatgtacatccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcaccctcttt 37498961  T
Q  140 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||||||||    
T  37498962 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaaggatgtatgccagttaagatggttgatatataagagct 37499055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36315757 - 36315562
Alignment:
Q  37 tatacgaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 135  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||| | | |||  |||||| || |||| |    
T  36315757 tataggaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacacc-tcatgtgtcaggggtattttaatcatttcacatcacattatcacc 36315660  T
Q  136 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
      |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315659 tctttttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 36315562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 37914237 - 37914431
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 140  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  37914237 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggg-tattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 37914333  T
Q  141 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtggg--tgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctatttt 236  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  37914334 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataaaagctctttt 37914431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 6376239 - 6376423
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||  ||||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  6376239 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctcccatgtacatc-tcatgtgttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccatttt 6376336  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  6376337 catctcttctttcaatg-----gccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctatggtggtttatgtataacagct 6376423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 100 - 231
Target Start/End: Original strand, 24137149 - 24137286
Alignment:
Q  100 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg------ggtgtaaaa 193  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||      ||||| |||    
T  24137149 aggggtattttagtaatttcacatcacatcctcatcccttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtaggtgtcaaa 24137248  T
Q  194 gggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24137249 gggtgtataccacctaaggtggtttatgtataacagct 24137286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 41188898 - 41188777
Alignment:
Q  105 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatg 202  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || | |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||   | | ||||||||||||||    
T  41188898 tattttagtaattttacatcacatcatcatcccttttcatatcatttttcaatgtttttgccacatgtcataaatatgtatagatataaaagggtgtatg 41188799  T
Q  203 ccacctaaggtggttcatgtat 224  Q
     ||| ||| |||||||||||||    
T  41188798 tcacataaagtggttcatgtat 41188777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 3986906 - 3987095
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  3986906 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacatttattatgtataccc-catgtattaagggtatttgagtaattttacatcatattatcatccctttt 3987003  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3987004 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 3987095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 32 - 231
Target Start/End: Original strand, 15345650 - 15345847
Alignment:
Q  32 ttaattatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcat 131  Q
    |||| |||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||    
T  15345650 ttaaatataggaaaaaaataggt-agacatcttttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaatttgatatcatatcat 15345747  T
Q  132 catcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    || | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15345748 caccttttttcatcttttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtatgggtgtaaaagagtatatgccacctaaggtggttgatgtataagagct 15345847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 3118047 - 3118237
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || |||||||    
T  3118047 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatctcttatgtacactcccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatgtcaccacccttttt 3118145  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3118146 tatctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatatataagagct 3118237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 14023124 - 14022935
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || || |    
T  14023124 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcaccccttgt 14023027  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14023026 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataatagct 14022935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13697758 - 13697570
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  13697758 gaaaaagataggt-agagatcatttttcatacattacttatgtacaccc-catgtgttagagatattttagtaattttatatcatatcatcacccgtttt 13697661  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt-gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||||    
T  13697660 catctcttctttcaatgtttttaccacgtatcacaaatgtgtatggtgtaaaagggtgcatgtcatctaagatggtttatgtataagagct 13697570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24208634 - 24208445
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 141  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |||||||    
T  24208634 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctctcatttacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccttttt 24208537  T
Q  142 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| | ||||| |||||||| ||||    
T  24208536 catctcttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatagtgtataccacctatgatggtttatgtataacagct 24208445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 203 - 231
Target Start/End: Original strand, 7674598 - 7674626
Alignment:
Q  203 ccacctaaggtggttcatgtataagagct 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7674598 ccacctaaggtggttcatgtataagagct 7674626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Original strand, 87163 - 87350
Alignment:
Q  42 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatat--catcatccttt 139  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||  |||||   |||    
T  87163 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacaccttttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttatattatatatcatcactattt 87260  T
Q  140 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 228  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87261 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggtgtacaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 87350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University