View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10064_6 (Length: 432)

Name: NF10064_6
Description: NF10064
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10064_6
NF10064_6
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (30-408)||(36403710-36404088)
chr4 (30-407)||(36373039-36373413)
chr4 (30-408)||(36396777-36397155)
chr4 (30-398)||(36387004-36387372)
chr4 (30-408)||(36411027-36411402)
chr4 (30-408)||(36416358-36416733)
chr4 (32-408)||(36425193-36425566)
chr4 (30-407)||(36368423-36368797)
chr4 (34-407)||(36433051-36433421)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (359-407)||(34712339-34712387)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36404088 - 36403710
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404088 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36403989  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403988 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 36403889  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36403888 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggaaatgaaacatcggtagaccaaat 36403789  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 408  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36403788 gggaatggtgctatggttgtggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 36403710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 30 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36373413 - 36373039
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373413 atggttgtacataaacaactgaggtttgacaatgctgttgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 36373314  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  36373313 cagctttgattagtttttctattaaacccaatctttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttgt 36373214  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||||  |||||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373213 ttatcatcagaacaaggtttgctacatccgataattgagctataa---ccctggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 36373117  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 407  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  | |||||||||| ||||||| || || |||| ||| |||||||| || |||||    
T  36373116 gggaatggtgctacggttgtggttgagtactagattttcatttggatcgattgatagaattccagaagtatcgttgat 36373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 30 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36397155 - 36396777
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  36397155 atggttgtacataaacaactgaggtatacctatgctgctgaatttcaccgtgaatgcaccttttccagggtcatcttctgtcttccaggattgaaggggc 36397056  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| || | | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36397055 caactttgattagtttttctatcaaaaccaaacctttgatatggaaggaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccaaatgacagtttttgtgttgt 36396956  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  || ||||||||    
T  36396955 ttatcatcagaacaatgtttgctttgtctgttaattttgctataacagcactagtgatatttctttgtgatagtgttaatgaaacattagtggaccaaat 36396856  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 408  Q
     |||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36396855 tggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36396777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 30 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 36387372 - 36387004
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36387372 atggttgtacattaacacttgaggtttgccaatggtgctgaatttcactgtgaatgcaccatttccagggtcatcatccgtcttccaggattgaaggaac 36387273  T
Q  130 cagctttgattagtttttct-attaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttg 228  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| || | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  36387272 cagctttgattagttttttttatcaaaaccaagccttagatatggaagcaaggtgtctgttggatgatcaaagctttcccataatacagttttggtgttg 36387173  T
Q  229 tttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaa 328  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  36387172 tttatcatcaaaacaaggtttgctatatccgatagttgagctataacagcactagtgctatttctttgtgattgcgggaatgaaacattggtagaccaaa 36387073  T
Q  329 tgggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagt 398  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  36387072 tgggaatggtgcttaggttgtggtggagtactagatttccatttgggtcgat-gataaaattccggaagt 36387004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36411402 - 36411027
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36411402 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36411303  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36411302 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36411203  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36411202 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36411106  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 408  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36411105 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36411027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36416733 - 36416358
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36416733 atggttgtacataaacaattgtggtttgccaatggtgctgaatttcaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggacc 36416634  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||    
T  36416633 caactttgattaatttttctatcaaaaccaatcttttgatacggaagcattgtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgt 36416534  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  36416533 ttaacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgactgtgttaatgaaacattggtagaccaaat 36416437  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 408  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||| |||||| |||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36416436 gggaatggtgctaaggttgtggtggagttctagattcccattttggttgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36416358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 32 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36425566 - 36425193
Alignment:
Q  32 ggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaacca 131  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  36425566 ggttgtacataaacaactgcggtttgccaattgtgctgaatttcacggtgaacgcaccttttccagggtcatcgtcggtcttccatgattgaaggaacca 36425467  T
Q  132 gctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgttt 231  Q
     ||||||||| ||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||    
T  36425466 actttgattaatttttctatcaaaaccaagctttatatatggaagcattgtgtctgtgggatgatccaagctttcccagatggcagtttcggtgtcgttt 36425367  T
Q  232 atcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatgg 331  Q
    | | |||||||||||||| |||| ||  ||| ||  |||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  36425366 aacctcagaacaaggtttcctatatccaatagttgagctataa---cattggtgttatttctttgtgaatgtgttaatgaaacattggtagaccaaatgg 36425270  T
Q  332 gaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgatg 408  Q
    ||||||||||| | || ||||| | | ||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36425269 gaatggtgctaagtttgtggtggagttctagattcccatttgggtcgattgatagaattccagaagtgtcattgatg 36425193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36368797 - 36368423
Alignment:
Q  30 atggttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaac 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  36368797 atggttgtacataaacaactgaggttttccaatgctgctgaatttcaatgtgaatgcgccttttccagggtcatcatctgtcttccatgattggagaaac 36368698  T
Q  130 cagctttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgt 229  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | | |    
T  36368697 cagctttgattagtttttctatcaaaaccaaccttgagatatggaagcaaggtatctgtaggatgatcaaaactttcccatatgacagttttggagcttt 36368598  T
Q  230 ttatcatcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaat 329  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||| || |||| ||  |||||||   | |||||||||||| | ||||| ||  ||| ||||||| |||||||||||||    
T  36368597 ttagcatcaaaacaaggtttcctatatccgatagttgagctataa---cgttggtgctatttatctgtgactgcagtagtgaaacagcggtagaccaaat 36368501  T
Q  330 gggaatggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 407  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||  |  ||||||||||||||| | || || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36368500 gggaatgttgctaaggttgtggttgagaactagatttccatttcgatcgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36368423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 34 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36433421 - 36433051
Alignment:
Q  34 ttgtacataaacaactgaggtttaccaatggtgctgaattccaccgtgaacgcaccttttccagggtcatcatctgtcttccaggattgaaggaaccagc 133  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36433421 ttgtacataaaaagctgagttttaccaacggtgctgaatttcaacgtgaaggcaccttttccagggtcatcctctgtcttccaggattgaaggaaccagc 36433322  T
Q  134 tttgattagtttttctattaaaccctatctttagatatggaagcaaggtgtctgtgggatgatcaaagctttcccagatgacagtttttgtgttgtttat 233  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | | || ||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||     
T  36433321 tttgattagtttttctatcaaaaccaagcctttgatatggaagccaagtgtccgtgggataatcaaagctatcccatatgacagttttggttctgtttaa 36433222  T
Q  234 catcagaacaaggtttgctatgtctgataatttcgctataacagcattggtgctatttctttgtgattgtggtaatgaaacatcggtagaccaaatggga 333  Q
    ||||| ||||| |||| |||| || |||| ||  ||||||||  |   |||||||||| | ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||    
T  36433221 catcaaaacaaagtttcctatatcagatagttgagctataacgtc---ggtgctatttatctgtgattgctggagtgaaacatcggtagaccaaatggga 36433125  T
Q  334 atggtgctatggttatggtgaattactagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 407  Q
    ||||||||| |||| | ||  |  |||||||||||||||||||  || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  36433124 atggtgctaaggttgttgttgagaactagatttccatttgggttgattgatagaattccagaagtgtcattgat 36433051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 34712387 - 34712339
Alignment:
Q  359 ctagatttccatttgggtcaatggataaaatcccagaagtgtcattgat 407  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  34712387 ctagatttccattttggtcaattgatagaattccagaagtgtcattgat 34712339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University