View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10068_low_1 (Length: 1050)

Name: NF10068_low_1
Description: NF10068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10068_low_1
NF10068_low_1
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (194-1037)||(34136717-34137560)
chr4 (144-554)||(34130976-34131386)
chr4 (601-1037)||(34133213-34133649)
chr4 (601-1037)||(34140790-34141223)
chr4 (628-1037)||(34126967-34127376)
chr4 (197-517)||(34142524-34142847)
chr4 (194-556)||(34139875-34140237)
chr4 (194-554)||(34125884-34126244)
chr4 (18-119)||(34130780-34130881)
chr4 (608-918)||(34143277-34143587)
chr4 (25-119)||(34125659-34125753)
chr4 (22-110)||(34119455-34119543)
chr4 (20-107)||(34142100-34142187)
chr4 (23-110)||(34136471-34136558)
chr4 (19-108)||(34139419-34139508)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-116)||(12381902-12381995)
chr1 (23-116)||(12385969-12386062)
chr1 (301-394)||(12387262-12387355)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 194 - 1037
Target Start/End: Original strand, 34136717 - 34137560
Alignment:
Q  194 aaagtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggtaggtttcacaagaacccattgttggtctgatttacgcttcacttcaagtcc 293  Q
    |||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||   || |||  ||||||||||||| ||    
T  34136717 aaagtacctggataatatcacaaacgttgataatgtaagcatctgaggtaggtttcacaagaacccactcttgtgatgctttgtgcttcacttcaagacc 34136816  T
Q  294 tccaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttg 393  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34136817 cccaacatcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgcccaacgccgagagctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttg 34136916  T
Q  394 aatctaataaagctagtgtgatctttgaagaactcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaact 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34136917 aatctaataaagctagtgtgatctttgaagaactcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaact 34137016  T
Q  494 tttccatctcttcattatactcttcaactatagccctgcttatgttcacataaattttaaaaatatacttttgaataatcgaaatggccattgaagatga 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  34137017 tttccatctcttcattatactcttcaactatagccctgcttatgttcacataaattttaaaaatatacttttgaataatctaaatggcgattgaagatga 34137116  T
Q  594 aatatataactacctgaagtgtgaagggtattgtggggatggattagaccattgaataacttgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtg 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34137117 aatatataactacctgaagtgtgaagggaattgtggggatggattagaccattgaataaattgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtg 34137216  T
Q  694 ggatcgttggcgagaaaatcaagcacttctttccagtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaa 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34137217 ggatcgttggcgagaaaatcaagcacttctttccagtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaa 34137316  T
Q  794 tcttcctcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaa 893  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34137317 ccttcctcttctcctccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaa 34137416  T
Q  894 gaaaccccactctttgcatgcacttccaatttccttcactaagttttcaatatcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagaggtcaatt 993  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34137417 gaaaccccactctttgcatgcacttccaatttccttcactaagttttcaatatcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagaggtcaatt 34137516  T
Q  994 acgggaattcctttggcttcaatgattgagagttttggtctgtg 1037  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34137517 acgggaattcctttggcttcaatgattgagagttttggtctgtg 34137560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 144 - 554
Target Start/End: Original strand, 34130976 - 34131386
Alignment:
Q  144 gtgtcaatgtcagtgttgtgtttagtttgatgtccgagtttcataggcccaaagtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggta 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34130976 gtgtcaatgtcagtgttgtgtttagtttgatgtccgaatttcataggcccaaagtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggta 34131075  T
Q  244 ggtttcacaagaacccattgttggtctgatttacgcttcacttcaagtcctccaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34131076 ggtttcacaagaacccattgttggtctgatttacgcttcacttcaagtcctccaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtc 34131175  T
Q  344 gtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttgaatctaataaagctagtgtgatctttgaagaactcttcaaacctctttgc 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  34131176 gtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttgaatctaataaagctagtttgatacttgaagaattcttcaaacctctttgc 34131275  T
Q  444 ttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaacttttccatctcttcattatactcttcaactatagccctgcttatgttcaca 543  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||| |||||| | || |||| |||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||  |||    
T  34131276 ttcaagtcctaagcttagagctattagctccagcaacctatatgccagcttttccacctcttgaatatactcttcaagtatagccctgctcatgtagaca 34131375  T
Q  544 taaattttaaa 554  Q
    | |||||||||    
T  34131376 tcaattttaaa 34131386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 601 - 1037
Target Start/End: Original strand, 34133213 - 34133649
Alignment:
Q  601 aactacctgaagtgtgaagggtattgtggggatggattagaccattgaataacttgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtgggatcgt 700  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||| || ||| |||||| ||||||||||||   |||||| | |||||||||| || ||||||| || || ||||| |    
T  34133213 aactacctgaattgtggaggatattgaggtgattgattagtccattgaataacaccatcatcatgttcatcagaactccgaggaactaatgtaggatctt 34133312  T
Q  701 tggcgagaaaatcaagcacttctttccagtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaatcttcct 800  Q
      |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  34133313 gagaaagaaaatcaaacacttctttccagtctctaacatttttggtatgctctgtatcataataaccagtaggattgacctcatctctagcaaccttctt 34133412  T
Q  801 cttctcctccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaagaaaccc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34133413 cttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagaagcttcctcaagtctctgccttagactcaaagggactccatggtttgtgacttgaaagaaaccc 34133512  T
Q  901 cactctttgcatgcacttccaatttccttcactaagttttcaatatcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagaggtcaattacgggaa 1000  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||| ||||||    
T  34133513 cactccttgcttgcacttccaatctccttcaccaagttttcaatatcagatggatttggaactgcatggtgaagaattggagagaggtcaatttcgggaa 34133612  T
Q  1001 ttcctttggcttcaatgattgagagttttggtctgtg 1037  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  34133613 ttcctttggcttcgatgatggagagttttggtctgtg 34133649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 601 - 1037
Target Start/End: Original strand, 34140790 - 34141223
Alignment:
Q  601 aactacctgaagtgtgaagggtattgtggggatggattagaccattgaataacttgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtgggatcgt 700  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | || | ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| || | | |||||||  |||| |   || |    
T  34140790 aactacctgaagtttgaagggtatggaggtgttggattacaccattgaataactcgatcatcattttcatgaggagtgagaggaaagaaaggg---tcat 34140886  T
Q  701 tggcgagaaaatcaagcacttctttccagtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaatcttcct 800  Q
    ||| |  |||||||| ||||||||||  ||| |||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |    
T  34140887 tggtgtaaaaatcaaacacttctttcatgtctctaacattcttggtgagttcagtgtcataataaccagttggaatgatctcatctctagcaaccttctt 34140986  T
Q  801 cttctcctccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaagaaaccc 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  34140987 cttctcctccaaactctgagcaaagaacaatctagcagcttcatcaagcctctgcctgagactcaaagggactccatggtttgtgactttaaagaatccc 34141086  T
Q  901 cactctttgcatgcacttccaatttccttcactaagttttcaatatcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagaggtcaattacgggaa 1000  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||    
T  34141087 cacgctttgcatgcacttccaatctccttgactaagctttcaatagcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagagatcaatttctggaa 34141186  T
Q  1001 ttcctttggcttcaatgattgagagttttggtctgtg 1037  Q
    | ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  34141187 tacctttggcttctatgagggagagttttggtctgtg 34141223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 628 - 1037
Target Start/End: Original strand, 34126967 - 34127376
Alignment:
Q  628 ggggatggattagaccattgaataacttgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtgggatcgttggcgagaaaatcaagcacttctttcc 727  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||| |||    
T  34126967 ggggacggattagaccattgaataacttgatcatcattttcatcacaattcagaggaaccaaagtgggatctctggcgaaaaaatcaaacacttctatcc 34127066  T
Q  728 agtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaatcttcctcttctcctccaaactctgagcaaagaa 827  Q
    |||  || ||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||  |||| |||||||| |||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  34127067 agtttcttacattcttggtgtgctctttatcaaaataaccaattggtgtgatctcatctctggcaaccttcattttctcctccaaactttgagcaaagaa 34127166  T
Q  828 caatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaagaaaccccactctttgcatgcacttccaatttcc 927  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |    
T  34127167 caatctagcagcttcatcaagtctttgcctaatactcaaagggacctcatggtttgtaacttgaaagaagccccattccttgcatgcacttccaatcttc 34127266  T
Q  928 ttcactaagttttcaatatcagatggatttggaacttcattgtggaatattggagagaggtcaattacgggaattcctttggcttcaatgattgagagtt 1027  Q
    ||||| ||| | |||||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  34127267 ttcaccaagctatcaatagcagattgatcttgaacttcatggtggaatattggtgagaggtcaatttcgggaattccttcggcttcaatgatggatagtt 34127366  T
Q  1028 ttggtctgtg 1037  Q
    ||||||||||    
T  34127367 ttggtctgtg 34127376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 197 - 517
Target Start/End: Original strand, 34142524 - 34142847
Alignment:
Q  197 gtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggtaggtttcacaagaacccattgttggtctgatttacgcttcacttcaagtcctcc 296  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  34142524 gtacctgaatgacatcaccaacattaataatataagcatctggtgtgggtttcacaagaacccactgttgatctgttttccgcttcacttcaagtcctcc 34142623  T
Q  297 aacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttgaat 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  34142624 aacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagaatccttatgtggaccagcaccaagagcaaggtgagggtaagggcatggaggataatggttaagt 34142723  T
Q  397 ctaataaagctagtgtgatctt---tgaagaactcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaact 493  Q
    |||| ||||||||| |||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |  | || | ||    
T  34142724 ctaagaaagctagtttgatctttgatgaagaattcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctaagagctatgagctctagcaacgtaaaggctagct 34142823  T
Q  494 tttccatctcttcattatactctt 517  Q
    |||||||||||| | |||||||||    
T  34142824 tttccatctctttaatatactctt 34142847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 194 - 556
Target Start/End: Original strand, 34139875 - 34140237
Alignment:
Q  194 aaagtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggtaggtttcacaagaacccattgttggtctgatttacgcttcacttcaagtcc 293  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||  |||||||| || | |||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  34139875 aaagtacctgaataataccgccaatgttgataatatacggatctcgggtaggttttacaagaacccgttgttgatctgttttacgcttcacttcaagacc 34139974  T
Q  294 tccaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttg 393  Q
    | ||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34139975 ttcaacctcatttagggtaagaatagtcaaggcaccagcatccttgtgtcttccaaggccaagagctaggtgagggtaagggcatggaggatagtagttg 34140074  T
Q  394 aatctaataaagctagtgtgatctttgaagaactcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaact 493  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |  |||||    |||| ||    
T  34140075 aatcttataaagctagtttgatacttgaagaattcttcaaacctctttgcttcaagtcctaagcttaaagctataagctccaataacttacgggccagct 34140174  T
Q  494 tttccatctcttcattatactcttcaactatagccctgcttatgttcacataaattttaaaaa 556  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||| | || || ||||| |||| |||||||||||    
T  34140175 tttccatctcttcgatatactcttcaattataactctactcatgttgacatcaattttaaaaa 34140237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 194 - 554
Target Start/End: Original strand, 34125884 - 34126244
Alignment:
Q  194 aaagtacctgaatgatatcaccaacattgataatgtaagcatctggggtaggtttcacaagaacccattgttggtctgattt-acgcttcacttcaagtc 292  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |   |||| | ||||||||||||| |    
T  34125884 aaagtacctgagtgagatcaccaacgttgatgatgaaagcatttggggtgggtttcacaagaacccattcttg-tgaaatttgatgcttcacttcaagac 34125982  T
Q  293 ctccaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggtt 392  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||| ||||| | |||  |||| |||||||||||||| ||    
T  34125983 cagcaacctcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcttcccatgccaagagctagctcaggagaaggacatggaggatagtgatt 34126082  T
Q  393 gaatctaataaagctagtgtgatctttgaagaactcttcaaacctctttgcttcaactcctaagctcaaagctattagctcaagcaacttgtaagccaac 492  Q
    || |||||  | ||||||   ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||     
T  34126083 gattctaaacacgctagttgtatccttgaagaattcttcaaacctcattgcttcaagccctaagctcaaagctattaactccagcaacttagaggccaaa 34126182  T
Q  493 ttttccatctcttcattatactcttcaactatagccctgcttatgttcacataaattttaaa 554  Q
    ||||||||||| | | |||||||||||| ||||  |||||| ||||| |||| |||||||||    
T  34126183 ttttccatctccttaatatactcttcaattatattcctgctcatgttgacattaattttaaa 34126244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 119
Target Start/End: Original strand, 34130780 - 34130881
Alignment:
Q  18 agaaaaagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgcacaaacaa 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34130780 agaaaaagaaggggattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgcacaaacaa 34130879  T
Q  118 aa 119  Q
    ||    
T  34130880 aa 34130881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 608 - 918
Target Start/End: Original strand, 34143277 - 34143587
Alignment:
Q  608 tgaagtgtgaagggtattgtggggatggattagaccattgaataacttgatcatcgttttcatcagaattcagaggaaccaaagtgggatcgttggcgag 707  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| | | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || || | |||    
T  34143277 tgaagtgtggagggtattgaggggatggattagtccagtaagtgacttgatcatcgtgttcatcagaattcagaggaaccaaagtagggtcattagagag 34143376  T
Q  708 aaaatcaagcacttctttccagtccctaacatttttggtgtgttctgtatcataataaccagttggattgatttcatctctagcaatcttcctcttctcc 807  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    |  | | |||||| | | ||||||| |||| |||    
T  34143377 aaaatcaaacacttctttccagtctcttacattcttggtgtgctctgtatcatgataaccaggcaaaccggtatcatctgtggtaatcttcttcttatcc 34143476  T
Q  808 tccaaactctgagcaaagaacaatttagcagcttcatcaagtctctgcctaagactcgaagggactccatggtttgtgacttggaagaaaccccactctt 907  Q
    ||||  ||||| || |||||||  |||| |||||| || | | |  |||| ||| | | |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |    
T  34143477 tccaggctctgtgcgaagaacatcttagaagcttcttccattttgagccttagagtgggagggacaccatgatttgtaacttggaagaaaccccattcct 34143576  T
Q  908 tgcatgcactt 918  Q
    |||| ||||||    
T  34143577 tgcaagcactt 34143587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 119
Target Start/End: Original strand, 34125659 - 34125753
Alignment:
Q  25 gaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgcacaaacaaaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  34125659 gaaggcaattgaaaacctttctttctcaaagttgactataactctatgttccacactctcatactcatcattgctccaaaccttcgcaaacaaaa 34125753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 22 - 110
Target Start/End: Original strand, 34119455 - 34119543
Alignment:
Q  22 aaagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgca 110  Q
    |||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34119455 aaagaacggaatggaaaacctatccttctcagagttcaccattaccctgtgctctacactctcataagcatcattgctccaaacctgca 34119543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 107
Target Start/End: Original strand, 34142100 - 34142187
Alignment:
Q  20 aaaaagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacct 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | | || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  34142100 aaaaagaagggaatagaaaacctttccttctctgtgctcacaatcgctctgtgctccacactctcataggcatcattgctccaaacct 34142187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 34136471 - 34136558
Alignment:
Q  23 aagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgca 110  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||   ||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  34136471 aagaatggaatagaaaacctctctttctccttgttcaccattactctatgctccacactctcataggcatcattactccaaacctgca 34136558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 108
Target Start/End: Original strand, 34139419 - 34139508
Alignment:
Q  19 gaaaaagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctg 108  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||   ||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||    
T  34139419 gaaaaagaatggaatagaaaatctttctttctccttgttcaccaatgctctgtgctccacactctcattggcatcattactccaaacctg 34139508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 116
Target Start/End: Original strand, 12381902 - 12381995
Alignment:
Q  23 aagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgcacaaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| || | ||||||||| |||||||| |||||    ||||||||||| ||||||| |||||    
T  12381902 aagaatggaatggaaaacctttctttctttgtgtttacaaccactctgtgctccacactctcatacttgtcattgctccatacctgcaaaaaca 12381995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 116
Target Start/End: Original strand, 12385969 - 12386062
Alignment:
Q  23 aagaagggaattgaaaacctttctttctcagagttaaccatcactctgtgttccacactttcataagcatcattgctccaaacctgcacaaaca 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| || | ||||||||| |||||||| |||||    ||||||||||| ||||||| |||||    
T  12385969 aagaatggaatggaaaacctttctttctttgtgtttacaaccactctgtgctccacactctcatacttgtcattgctccatacctgcaaaaaca 12386062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 394
Target Start/End: Original strand, 12387262 - 12387355
Alignment:
Q  301 tcatcttgggcaagaatagttaaggcaccagcatccttgtgtcgtccaactccaagtgctaggtgagggtaagggcatggaggatagtggttga 394  Q
    |||||||| ||||| | ||| || |||| || ||||||||| || ||||| |||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  12387262 tcatcttgtgcaagcacagtcaaagcactagaatccttgtgacgaccaacaccaagtgccaaatcaggggaagggcatggaggatagtgattga 12387355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University