View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10069_low_13 (Length: 232)

Name: NF10069_low_13
Description: NF10069
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10069_low_13
NF10069_low_13
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-229)||(4643039-4643263)
chr7 (5-230)||(4666270-4666495)
chr7 (16-228)||(4671986-4672198)
chr7 (5-230)||(4661139-4661364)
chr7 (5-230)||(4630244-4630469)
chr7 (5-230)||(4652855-4653080)
chr7 (5-213)||(4636192-4636400)
chr7 (10-219)||(4784402-4784611)
chr7 (10-219)||(4816831-4817040)
chr7 (16-219)||(4697757-4697960)
chr7 (10-219)||(4863229-4863438)
chr7 (10-175)||(4712677-4712842)
chr7 (10-228)||(4846579-4846797)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-230)||(18926295-18926509)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 1e-95; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 229
Target Start/End: Original strand, 4643039 - 4643263
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |  ||||||||||||||||||    
T  4643039 gtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatcca 4643138  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4643139 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaagg 4643238  T
Q  205 agcggcacagatggggcggcaaaga 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4643239 agcggcacagatggggcggcaaaga 4643263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 230
Target Start/End: Original strand, 4666270 - 4666495
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4666270 gtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatcca 4666369  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4666370 tcgacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaagg 4666469  T
Q  205 agcggcacagatggggcggcaaagat 230  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||    
T  4666470 accggcacaaatggggcggcaaagat 4666495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 228
Target Start/End: Original strand, 4671986 - 4672198
Alignment:
Q  16 gagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaacacaacc 115  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4671986 gagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacc 4672085  T
Q  116 tttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcggcacaga 215  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||      
T  4672086 tttgtacaggtttccaaaccctccaactccgatgatagaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaag 4672185  T
Q  216 tggggcggcaaag 228  Q
    |||||||||||||    
T  4672186 tggggcggcaaag 4672198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 5 - 230
Target Start/End: Original strand, 4661139 - 4661364
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  4661139 gtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttgaggcgtttaatcgcaacaagtgttgatcca 4661238  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  4661239 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaagt 4661338  T
Q  205 agcggcacagatggggcggcaaagat 230  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4661339 agcggcacaaatggggcggcaaagat 4661364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 230
Target Start/End: Original strand, 4630244 - 4630469
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  4630244 gtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatcca 4630343  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||     
T  4630344 tcgacacaacctttgtacacgttcccaaaccctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagt 4630443  T
Q  205 agcggcacagatggggcggcaaagat 230  Q
    |||| |||| ||| ||| ||| ||||    
T  4630444 agcgacacaaatgcggctgcagagat 4630469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 230
Target Start/End: Original strand, 4652855 - 4653080
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |  ||||||||    
T  4652855 gtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatggatcca 4652954  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4652955 tcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatgatgaaaacatcatcgaagttatttgtggctgctttgatctctgcgattgtgaagg 4653054  T
Q  205 agcggcacagatggggcggcaaagat 230  Q
    |||| |||| ||| || |||||||||    
T  4653055 agcgacacaaatgtggtggcaaagat 4653080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 213
Target Start/End: Original strand, 4636192 - 4636400
Alignment:
Q  5 gtggagaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatcca 104  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  4636192 gtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccgacctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatcca 4636291  T
Q  105 tcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaagg 204  Q
    ||||   ||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||     ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  4636292 tcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagttttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagt 4636391  T
Q  205 agcggcaca 213  Q
    |||||||||    
T  4636392 agcggcaca 4636400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4784611 - 4784402
Alignment:
Q  10 gaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaac 109  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||||  ||||||||||||| || | ||| || |||||||| |||||  ||||   ||||||||     
T  4784611 gaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaat 4784512  T
Q  110 acaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcgg 209  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||  |||||    
T  4784511 ataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcgg 4784412  T
Q  210 cacagatggg 219  Q
    |||| |||||    
T  4784411 cacaaatggg 4784402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4817040 - 4816831
Alignment:
Q  10 gaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaac 109  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||||  ||||||||||||| || | ||| || |||||||| |||||  ||||   ||||||||     
T  4817040 gaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaat 4816941  T
Q  110 acaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcgg 209  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||  |||||    
T  4816940 ataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcgg 4816841  T
Q  210 cacagatggg 219  Q
    |||| |||||    
T  4816840 cacaaatggg 4816831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4697960 - 4697757
Alignment:
Q  16 gagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaacacaacc 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| |  |||||||| || ||| ||||   | |||| |   ||||    
T  4697960 gagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacc 4697861  T
Q  116 tttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcggcacaga 215  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||| || ||| | ||||| || ||||||||  ||||||||| |    
T  4697860 tttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaa 4697761  T
Q  216 tggg 219  Q
    ||||    
T  4697760 tggg 4697757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 219
Target Start/End: Original strand, 4863229 - 4863438
Alignment:
Q  10 gaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaac 109  Q
    ||||| ||||||| || || || || ||||||||||| ||   |||||||||||| || | ||| || |||||||| |||||| || ||  ||||||||     
T  4863229 gaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaat 4863328  T
Q  110 acaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcgg 209  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||||||||||| || ||| | |||||||  ||||||||  |||||    
T  4863329 ataacctttgtacacgttgccgaaccctccaactccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcgg 4863428  T
Q  210 cacagatggg 219  Q
    |||| |||||    
T  4863429 cacaaatggg 4863438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 4712842 - 4712677
Alignment:
Q  10 gaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaac 109  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||  | |||||||| |||||| || ||  ||||||||     
T  4712842 gaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgttttatcgcaacaggtatgagtccatcaat 4712743  T
Q  110 acaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgt 175  Q
      ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  4712742 gtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 4712677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4846797 - 4846579
Alignment:
Q  10 gaagcagagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaac 109  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| || ||   ||||| | |||| |||| |||  | |||||||| |||||| |||||  |||||  |     
T  4846797 gaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgat 4846698  T
Q  110 acaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcgg 209  Q
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||| |||||||||||||| ||| || | ||||| || ||||||||  |||||    
T  4846697 gtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagctccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcgg 4846598  T
Q  210 cacagatggggcggcaaag 228  Q
    |||| ||||| ||| ||||    
T  4846597 cacaaatgggacggtaaag 4846579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 1e-58; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 18926509 - 18926295
Alignment:
Q  16 gagagagcaactcaatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcaacacaacc 115  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||  ||||||||  ||| |   ||||    
T  18926509 gagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacc 18926410  T
Q  116 tttgtacacgttgccaaaccctccaactccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcaattgtaaaggagcggcacaga 215  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  18926409 tttatacacgttgccaaaccctccaactccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaa 18926310  T
Q  216 tggggcggcaaagat 230  Q
    |||||||| ||||||    
T  18926309 tggggcggtaaagat 18926295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University