View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10074_low_1 (Length: 957)

Name: NF10074_low_1
Description: NF10074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10074_low_1
NF10074_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-945)||(37303544-37304471)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-298)||(16826099-16826384)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 852; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 852; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 945
Target Start/End: Original strand, 37303544 - 37304471
Alignment:
Q  19 catgagaatctcaacaaggttaacatgattcatgatgacaacagaagattctcttgaagcttcacatttaaaaccagctggttttggaccaattcctcta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37303544 catgagaatctcaacaaggttaacatgattcatgatgacaacagaagattctcttgaagcttcacatttaaaaccagctggttttggaccaattcctcta 37303643  T
Q  119 ggaaaagacctaacatattcctcctcattgagtatggaacctccttcaagtgtaggcaaccaaagtggatcacccatttgtgccattccaatgagttcct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37303644 ggaaaagacctaacatattcctcctcattgagtatggaacctccttcaagtgtaggcaaccaaagtggatcacccatttgtgccattccaatgagttcct 37303743  T
Q  219 ccatagcagcaacagctagctcaattatcatcggtttatcggcttcggtcggtccacttattgatctaagaagatctccagctccatacatatctcctcc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37303744 ccatagcagcaacagctagctcaattatcatcggtttatcggcttcggtcggtccacttattgatctaagaagatctccagctccatacatatctcctcc 37303843  T
Q  319 cattcctggttgtcctccgaaaccaccaatgccgagttctagaggacgaggaggaaccgatgaaggggagaggagtggatagctcaccactggcttccct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37303844 cattcctggttgtcctccgaaaccaccaatgccgagttctagaggacgaggaggaaccgatgaaggggagaggagtggatagctcaccactggcttccct 37303943  T
Q  419 acgtacttggcagcaatggcagatatcctatcaatctg-aaattaacaccaaaattaaagaaggttaaaatatagttaatcatgaagaaga-ttttttat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  37303944 acgtacttggcagcaatggcagatatcctatcaatctgaaaattaacaccaaaattaaagaaggataaaatatagttgatcatgaagaagatttttttat 37304043  T
Q  517 catgatagagatagaataacaataggtcaatcactttaaaacgaaattttgataaaaacaaagtcgctttgcaaattttatactttagtgaattacaatt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37304044 catgatagagatagaataacaataggtcaatcactttaaaacgaaattttgataaaaacaaagtagctttgcaaattttatactttagtgaattacaatt 37304143  T
Q  617 aaattaatatgattgatgcgatattaactttggtcgtggagacaacaaaatctgcgttgattttaatctcatacnnnnnnngaacgccgaaaaatatagg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||    
T  37304144 aaattaatatgattgatgcgatattaactttggtcgtggagacaacaaaatctgcattgattttaatctcatactttttcc-aacgccgaaaaatatagg 37304242  T
Q  717 ttttgatcccctacaatagcgttgctgcaccgtgcaactgttgtaggggatccaagacctcgaatgtatttgttatctcattttttaaccgcatttagtt 816  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37304243 tttcgatcccctacaatagtgttgttgcaccgtgcaactgttgtaggggatccaagacctcgaatgtatttgttatctcattttttaaccgcatttagtt 37304342  T
Q  817 caaccagattggtctcgatatatgtgtctatcaatcgcaccataaacttggtgtagtttttgaatcaatgcgatgaatgtatacctcttctcgaaggcga 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37304343 caaccagattggtctcgatatatgtgtctatcaatcgcaccataaacttggtgtagtttttgaatcaatgcgatgaatgtatacctcttctcgaaggcga 37304442  T
Q  917 gaattttcaatcctcaagtgatgtccatc 945  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37304443 gaattttcaatcctcaagtgatgttcatc 37304471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 16826384 - 16826099
Alignment:
Q  19 catgagaatctcaacaaggttaacatgattcatgatgacaacagaagattctcttgaagcttcacatttaaaaccagctggttttggaccaattcctcta 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||   |||||| || |||||||||||||| ||||||   ||||| || ||||| || | |    
T  16826384 catgagaatctcaacaaggttgacatgattcatgataacaacgctagattccctcgaagcttcacatttgaaaccattaggtttaggtccaatcccacga 16826285  T
Q  119 ggaaaagacctaacatattcctcctcattgagta---tggaacctccttcaagtgtag---gcaaccaaagtggatcacccatttgtgccattccaatga 212  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| || |   | | | |||||||| ||||||     | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  16826284 ggaaacgacctaacatattcatcttcattaagcacggtagcagctccttcaggtgtagttcttagccaaagaggatcacccatttgagccatcccaataa 16826185  T
Q  213 gttcctccatagcagcaacagctagctcaattatcatcggtttatcggcttcggtcggtccacttattgatctaagaagatctcca 298  Q
    | || |||||||| ||||||||||  || ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||    
T  16826184 gctcttccatagctgcaacagctaattctattataattggtttgtcagcttcggtcggcccactaattgaccttagaatatctcca 16826099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University