View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10074_low_7 (Length: 350)

Name: NF10074_low_7
Description: NF10074
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10074_low_7
NF10074_low_7
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (1-338)||(13892410-13892747)
chr6 (1-346)||(14025595-14025940)
chr6 (1-332)||(13932676-13933007)
chr6 (1-346)||(14015464-14015811)
chr6 (1-345)||(14110791-14111135)
chr6 (1-346)||(13472403-13472748)
chr6 (1-189)||(13928810-13928998)
chr6 (1-339)||(13874706-13875044)
chr6 (1-306)||(14047684-14047989)
chr6 (184-346)||(13912137-13912299)
chr6 (1-329)||(14084998-14085326)
chr6 (1-306)||(13862236-13862541)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 13892410 - 13892747
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  13892410 tgggtccctccttttcaattggacactataggattgagatcctgcaaacttggtcctacatttcctaactggattcagacacaaaaacacattcaaaatc 13892509  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  13892510 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaattatcattaaaagagtgcagaagcatcaacatttcaaacaataa 13892609  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  13892610 tctcaaaggattaattccaaatcttcaagtcaaaaattattgttctattttatctctttcatcaaatgaatttgaagggcctattccaccatttctaaaa 13892709  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctc 338  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13892710 ggttctacacttattgacttgtccaaaaacaaattctc 13892747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14025940 - 14025595
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | | | |||    
T  14025940 tgggtcccaccttttcaactgtacaatataggattgagatcatgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaagtacctgcaggatc 14025841  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||  |||||||||||||    
T  14025840 ttgatatttcgaaggctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaatggtgcaacaacatcaacatttcaaacaataa 14025741  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  14025740 tctcaaaggattaattccaaatcttcaagtcaaaaatcgttgttctgttttatctctttcatcaaatgaatttgaagggcctattccaccatttctaaaa 14025641  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgcttctc 346  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14025640 ggttctacagttactgatttgtccaaaaacaaattctctgattctc 14025595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 13933007 - 13932676
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||| |||    
T  13933007 tgggtcccaccttttcaactgaacagtataggattgagatcaagcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaagtacctgctggatc 13932908  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  13932907 ttgatatttcgaaggctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagaatgcaacagcatcaatatttcaaacaataa 13932808  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||    
T  13932807 tctcaaaggttcaattccaaatcttcaagtcaaaaatcactgttctcttttatctctttcatcaaatgaatttgaagggcctattccagcatttttacaa 13932708  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaa 332  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13932707 ggttctgcacttattgatttgtccaaaaacaa 13932676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14015811 - 14015464
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||     ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  14015811 tgggtcccaccttttcaactgcgtggtataggattgagatcatgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattcacaatc 14015712  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||  |||||||||||||    
T  14015711 ttgatatttcgaatgctggaatttcagataatattccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgctaccgcatcaacatttcaaacaataa 14015612  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttt--tatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaa 298  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| || | |||  |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||     
T  14015611 tctcaaaggttcaattccaaatcttcaagtcaaaattaattttttttttttatatctctttcatcaaatgaatttgaagggcctattccagcatttctac 14015512  T
Q  299 aaggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgcttctc 346  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14015511 aaggttctgaacttattgatttgtccaaaaacaaattctctgattctc 14015464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 14111135 - 14110791
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| || ||||||||  ||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || | || | ||    
T  14111135 tgggtcccgccatttcaacttcacattataggattgagatcatgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacagaagtacctgctcattc 14111036  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14111035 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccggagtggttttgggctaaactatcatcacaaaagtgcaggagcatcaacgtttcaaacaataa 14110936  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||  |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  14110935 tctcaaaggaataattccaaatcttcaagtaaaaaattattgctctagtttatctctttcattaaatgaatttgaagggcccattccaccatttctacaa 14110836  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgcttct 345  Q
    |||||    ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  14110835 ggttcccatgttattgacctgtccaaaaacaagttctctgattct 14110791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 13472403 - 13472748
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |  ||||    
T  13472403 tgggtcccgcctttccaactgtacactatggatttgggatcatgcaaacttggtcttacatttcccaaatggattcagacacaaaaatacctgcacaatc 13472502  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||   || |||||  ||||  | || ||    
T  13472503 ttgatatttctaatggtggaatttcagataatgttccagagtggttttggtctaaactatcatcccaagactgctctagaatcaacatttcctataacaa 13472602  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  13472603 tctcaaaggattaattccaaatcttcaagtaaaaaatcattgttcttttttatatctttcatcaaatgaatttgaagggtccattccaccatttctaaga 13472702  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgcttctc 346  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  13472703 ggttcttcatttattgatctgtccaaaaataagttctctgattctc 13472748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 13928998 - 13928810
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13928998 tgggtcccgccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 13928899  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13928898 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttcccgagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtt 13928810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 13874706 - 13875044
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| ||||||||  || | ||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| | ||     
T  13874706 tgggtcccgccttttcagttgcaaactataggattgggatcttgcaaacttggtcttacatttccaaaatggattcagacacaaaatcactttcaggata 13874805  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||  ||||| |||| ||    
T  13874806 ttgatatttctaattctggaatttcagataatgttcccgagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcaagacaatcaacatttcatacaacaa 13874905  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||| | |    
T  13874906 tctcaaaggattaattccgaatcttcatgtaaaaaatcattgttcttttttatctcttgcatcaaatcaatttgaaggctccattccaccatttctcaga 13875005  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctct 339  Q
    ||||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13875006 ggttctgtatctattgatttgtccaaaaacaaattctct 13875044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 14047989 - 14047684
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| |||||||||||| ||  ||| | | || | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || | |   |||    
T  14047989 tgggtcccgccttttcaactgcacgatataggaatgggttcatgcaaacttggtcttacgtttcctaaatggattctgacacaaaaatacctgcattatc 14047890  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||  ||| |||||||||    
T  14047889 ttgatatttcgaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcaccagagtgcagcaacatgaacattttaaacaataa 14047790  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||  |    
T  14047789 tctcaaaggattaattccaaatcttcaagccaaaagtcaatgttcttttttatctctttcatcaaatgaatttgaagggtccactccaccttttctacta 14047690  T
Q  301 ggttct 306  Q
    ||||||    
T  14047689 ggttct 14047684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 184 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13912299 - 13912137
Alignment:
Q  184 aatgtttcaaacaataatctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggccca 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13912299 aatgtttcaaacaataatctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtaaaaaatctttgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttgaagggccca 13912200  T
Q  284 ttccaccatttctaaaaggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgcttctc 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13912199 ttccaccatttctcaaaggttctacagttattgatttgtccaaaaacaagttctctgattctc 13912137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 14085326 - 14084998
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||| | |||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| || |||   |||    
T  14085326 tgggtcccgccttttcaactgggcattataggattgggatcctgcaaacttggttcaacatttcctaaatggattcagacacaaaaatactttcgatatc 14085227  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||  |||| ||    
T  14085226 ttgatatttctaatgctggagtttcagataatattccagagtggttttgggcaaaactatcatcacaagagtgcaggacaatcaacctttcttacaacaa 14085127  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    | ||||||| | |||||| ||||| ||  | | |||| |||||||| ||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |    
T  14085126 tttcaaaggatcaattccgaatctccacataagaaattattgttcttttttatttctgtcatcaaatgaatttgaaggtcccattccaccatttcttaga 14085027  T
Q  301 ggttctacagttattgatttgtccaaaaa 329  Q
    ||||| | |  ||||||| ||||||||||    
T  14085026 ggttccataaatattgatctgtccaaaaa 14084998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 13862236 - 13862541
Alignment:
Q  1 tgggtcccaccttttcaactggacactatggaattgagatcctgcaaacttggtcttacatttcctaaatggattcagacacaaaaacacattctgaatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| || | |||||||||||| |||||| |||| |||||  || | |    ||    
T  13862236 tgggtgccaccttttcaactggacactataggattgggatcctgcatactcggacctacatttcctaagtggattaagactcaaaagtacttgcaatttc 13862335  T
Q  101 ttgatatttctaatgctggaatttcagataatgttccagagtggttttgggctaaactatcatcacaagagtgcagcagcatcaatgtttcaaacaataa 200  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||  |||  |||||  |  || ||  |||||||||||||    
T  13862336 tcgatatttctaatgctgaaatttcagataatgttcctgagtggttttgggataatctatcattgcaaatgtgcaatacaataaacatttcaaacaataa 13862435  T
Q  201 tctcaaaggcttaattccaaatcttcaagtcaaaaatcattgttctgttttatcactttcatcaaatgaatttaaagggcccattccaccatttctaaaa 300  Q
    ||| ||||| | |||||||||| |  |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |    
T  13862436 tcttaaaggatcaattccaaatttaaaagtaaaaaatcactgttctcttttatctctttcatcaaatgattttgaagggcccattccaccatttctacga 13862535  T
Q  301 ggttct 306  Q
    ||||||    
T  13862536 ggttct 13862541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University