View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10078_high_1 (Length: 643)

Name: NF10078_high_1
Description: NF10078
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10078_high_1
NF10078_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-623)||(45330212-45330828)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 623
Target Start/End: Original strand, 45330212 - 45330828
Alignment:
Q  1 taaattcttctttttgattcttaatatgctaagatgagtgttagtattgtgcatttaataaagaattacagctgaatctatattaagagttatctatttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45330212 taaattcttctttttgattcttaatatgctaagatgagtgtcagtattgtgcatttaataaagaattacaactgaatctatgttaagagttatctatttt 45330311  T
Q  101 tcgtgattaatttcaactagtattacaactggatctatattaagagttatctatatcaagacagacgacatgtagagtatggtatgtttatgtatgtgtt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45330312 tcatgattaatttcaactagtattacaactggatctatattaagagttacctatatcaagacagacgacgtgtagagtatggtatgttcatgtatgtgtt 45330411  T
Q  201 ggaagatagctttg-------ttgattttatggttgttggtggggatttaaggacgtagcaaaaaccctggacactactcgtgctaaatattatattgtc 293  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  45330412 ggaagatagctttgttgtttgttgattttatggttgttggtggggatttaaggacgtagcaaaaaccctggacattgctcgtgctaaatattatactgtc 45330511  T
Q  294 accctcaccattttcaacttttaggcactatacgaccaactatacaatttaggcactttaggaccaactatacgactaaatatttgtcggttgactagct 393  Q
    | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45330512 aacctcaccgttttcaaattttaggcactatacgaccaactatacaatttaggcactttaggaccaactatacgactaaatatttgtcggttgattagct 45330611  T
Q  394 aatttagtagcagtatatgaaaaataataacaaggatggtga-ttgccaaagtaagaaattttgtggaaaaaagagttacagttgcatgtaatgctgtgg 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||    
T  45330612 aatttagtagcagtatatgaaaaataataacaa-gatgatgatttgacaaagtaagaaattttgtggaaaaaagagttacagttgcatgtaatgttacgg 45330710  T
Q  493 agatagagcttttgtgtgtaattttgatatgcaacatataaatattgttcatcttttcctcttaatgttatttaacagctaccaaacatttctaggatgg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |             ||||    
T  45330711 agatagagcttttgtgtgtaattttgatatgcaacgtagaaatattgttcatcttttcctcttgatgttatttaacagctaac-------------atgg 45330797  T
Q  593 caccgacactagtgggtgacgatcctgctct 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45330798 caccgacactagtgggtgacgatcctgctct 45330828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University