View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10079_low_1 (Length: 667)

Name: NF10079_low_1
Description: NF10079
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10079_low_1
NF10079_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-664)||(37462957-37463604)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 37463604 - 37462957
Alignment:
Q  18 cttaatatgttcaaagattaagtgtgattgaaggaaagatagcttatgatccaaggaatttaattttgtcaccaattatataaagtctaagtggtccaaa 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37463604 cttaaaatgttcaaagattaagtgtgattgaaggaaagatagcttatgatccgaggaatttaattttgtcaccaattatataaagtctaagtggtccaaa 37463505  T
Q  118 aatttcactgaatttaaacatagggtaacgattcatacaacaa-aaaatattatgactcagcgcttcagttttctgaaggattctgctgctttgctcggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37463504 aatttcactgaatttaaacatagggtaacgattcatacaacaacaaaaaattatgactcaacgcttcagttttctgaaggattctgctgctttgctcggt 37463405  T
Q  217 ttttgaccagttttgataggatgtatatttattccctatgaattacaattgtaattagtatgatttttcttcacattgaatgctcatatatat-aatgct 315  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37463404 ttttgatcagttttggtaggatgtatatttattcactatgaattacaat-gtaattagtatgatttttcttcacattgaatgctcatatatattaatgct 37463306  T
Q  316 ctatctaggaatctaagttatcgttgaaagtaatttttgtcccttagttatgagcgagcaaatcagaaaaatcaattcccttggacttgtaataccccct 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37463305 ctatctaggaatctaagttatcgttgaaagtaatttctgtcccttagttatgagcgagcaaatcagaaaaatcaattcccttggacttgtaataccccct 37463206  T
Q  416 ttctgcatttgtcaatctaccttggaacattctccactccatgccacacctctccttaacctgcaaccaataccatgcaattatacacataacaaatcaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37463205 ttctgcatttgtcaatctaccttggaacattctccactccatgccacacctctccttaacctgcaaccagtaccatgcaattatacacataacaaatcaa 37463106  T
Q  516 agttaatttaaatcacatataataacattgctgtaaataatttttacactactaattatttataatcgtcatatcataaaaatagtttatgttacgaaag 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37463105 agttaatttaaatcacatataataacattgctgtaaataatttttacactactaattaattataatcgtcatatcataaaaatagtttatgttacgaaag 37463006  T
Q  616 gttcataacataccgcccgccatgccggcttcccagtctctgcttctcc 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37463005 gttcataacataccgcccgccatgccggcttcccagtctgtgcttctcc 37462957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University