View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10080_low_5 (Length: 788)

Name: NF10080_low_5
Description: NF10080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10080_low_5
NF10080_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-769)||(53361654-53362406)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 733; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 769
Target Start/End: Original strand, 53361654 - 53362406
Alignment:
Q  17 acatcagtcaatggagcaagcaaatcaggatttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361654 acatcagtcaatggagcaagcaaatcagggtttgaaacatattgtatcataacagaaatgaaactccccgtgtgtcgttttataagtcgaaccctcaaag 53361753  T
Q  117 gcaaaggtgttaacttcggaagtaaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctact 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361754 gcaaaggtgttaacttcggaagtaaactaaatttcataattggtataggctcctctgacgctgctgtcctaacatgaaacatcccattctcaaggctact 53361853  T
Q  217 aacacgagaactctgcaaagcaaatcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcagaacttttaggtggc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  53361854 aacacgagaactctgcaaagcaaatcgtttaacagcttttgttccctcaactcggaatgagaattcagtttctttatcaccatcggaactttgaggtggc 53361953  T
Q  317 aaagttttgatgtaaacaacacccataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggaccct 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53361954 aaagttttgatgtaaacaacacccataaatccaacccttgcaagcagtgattccctgaactctacactaatttcttccgagatatacatctcaggaccct 53362053  T
Q  417 tcatttcggttttcttcaccaaattctcaagtgcaccaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccacc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362054 tcatttcggttttcttcaccaaattctcaagtgcatcaccttccccagctgttcccttaggtgcaacatctggccctgtctgcaagagctcaactccacc 53362153  T
Q  517 aagaccttgaggttttggtgccttggttggacccacaaactccgaagcatcaagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaatt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362154 aagaccttgaggttttggtgccttggttggacccacaaactccgaagcatcgagtccaccaccccaagcatcattgaaaccttcaaaagcttcaccaatt 53362253  T
Q  617 gaagcttgttccattccaaactcaactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtag 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362254 gaagcttgttccattccaaactcaactccaccataattcccttcaaatccctccacatttatatgagtcgattgtgttgcctctggaggcggcaatgtag 53362353  T
Q  717 taacatcaagaccttccaaagctgtagccaaatcattggaagaaccatcctta 769  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53362354 taacatcaagaccttccaaagctgtagccaaatcattggaagaaccatcctta 53362406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University