View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10084_low_13 (Length: 255)
Name: NF10084_low_13
Description: NF10084
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10084_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 28162659 - 28162424
Alignment:
| Q |
1 |
agtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacatc |
100 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28162659 |
agtcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacacc |
28162560 |
T |
|
| Q |
101 |
atatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacgat |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28162559 |
atatattatattttgcaagagtctgattccactacgaataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacgat |
28162460 |
T |
|
| Q |
201 |
tctccttaactttggatataagattcggaagcaata |
236 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
28162459 |
tctccataactttggatataagattcggaagcaata |
28162424 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 28186708 - 28186475
Alignment:
| Q |
1 |
agtcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacatc |
100 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
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|
| T |
28186708 |
agtcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactat--tttacacc |
28186611 |
T |
|
| Q |
101 |
atatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacgat |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28186610 |
atatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcctctacaaatattgagcaacgat |
28186511 |
T |
|
| Q |
201 |
tctccttaactttggatataagattcggaagcaata |
236 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
28186510 |
tctccttaactttggatataagattcggaagcaata |
28186475 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 28150728 - 28150513
Alignment:
| Q |
20 |
tcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacatcatatattatattttgcaag |
119 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28150728 |
tcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacaccatatattatattttgcaag |
28150629 |
T |
|
| Q |
120 |
agtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacgattctccttaactttggatat |
219 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| || | |
|
|
| T |
28150628 |
agtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagcaacaattc-ccttaagtttgaatgt |
28150530 |
T |
|
| Q |
220 |
aagattcggaagcaata |
236 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
|
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| T |
28150529 |
aagattcggaagcaata |
28150513 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 28057210 - 28056971
Alignment:
| Q |
3 |
tcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacat--- |
99 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
28057210 |
tcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatatttaacaatta |
28057111 |
T |
|
| Q |
100 |
----catatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagca |
195 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28057110 |
acaccatatattatagtttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgtcaagcatctacaaatattgagca |
28057011 |
T |
|
| Q |
196 |
acgattctccttaactttggatataagattcggaagcaat |
235 |
Q |
| |
|
|| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
28057010 |
acaattcctgttaactttggatataagattcagaagcaat |
28056971 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 28067635 - 28067396
Alignment:
| Q |
3 |
tcatgtcaatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatattttacat--- |
99 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
28067635 |
tcatgtccatttggtcatcaagatcttcctacacagatttaaatcactaaatgatatatcatatcttataatggatcaacctcactatatttaacaatta |
28067536 |
T |
|
| Q |
100 |
----catatattatattttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgttaagcatctacaaatattgagca |
195 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28067535 |
acaccatatattatagtttgcaagagtctgattccactacagataaaattaaaaatagaaaacaagaatttcagtgtcaagcatctacaaatattgagca |
28067436 |
T |
|
| Q |
196 |
acgattctccttaactttggatataagattcggaagcaat |
235 |
Q |
| |
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|| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
28067435 |
acaattcctgttaactttggatataagattcagaagcaat |
28067396 |
T |
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