View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10092A_low_297 (Length: 230)

Name: NF10092A_low_297
Description: NF10092A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10092A_low_297
NF10092A_low_297
[»] chr8 (27 HSPs)
chr8 (6-215)||(27691905-27692114)
chr8 (6-215)||(33707986-33708195)
chr8 (6-215)||(41041760-41041969)
chr8 (6-215)||(42942533-42942742)
chr8 (6-215)||(40338856-40339065)
chr8 (6-215)||(22272998-22273207)
chr8 (30-215)||(38547966-38548151)
chr8 (30-215)||(8609007-8609192)
chr8 (30-215)||(13107573-13107758)
chr8 (30-215)||(13283135-13283315)
chr8 (6-155)||(5037235-5037384)
chr8 (32-204)||(26239644-26239816)
chr8 (32-215)||(7744333-7744516)
chr8 (32-215)||(9672377-9672562)
chr8 (14-203)||(35510167-35510356)
chr8 (32-204)||(41824873-41825045)
chr8 (14-203)||(29237945-29238134)
chr8 (14-203)||(33761643-33761832)
chr8 (11-203)||(600806-600998)
chr8 (66-215)||(13485349-13485493)
chr8 (14-203)||(15307044-15307232)
chr8 (14-203)||(15487413-15487601)
chr8 (14-203)||(27405327-27405515)
chr8 (32-154)||(3152741-3152863)
chr8 (62-150)||(11720609-11720697)
chr8 (6-48)||(13485309-13485351)
chr8 (171-215)||(5037198-5037242)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (6-215)||(2870338-2870547)
chr1 (6-215)||(46582764-46582973)
chr1 (6-215)||(3012629-3012838)
chr1 (6-215)||(31237682-31237891)
chr1 (6-215)||(51895341-51895550)
chr1 (14-215)||(26224737-26224938)
chr1 (6-215)||(6817892-6818101)
chr1 (14-215)||(27088026-27088228)
chr1 (6-215)||(50555278-50555488)
chr1 (30-215)||(34777337-34777522)
chr1 (30-215)||(4855166-4855351)
chr1 (14-215)||(33600336-33600536)
chr1 (32-215)||(15105185-15105368)
chr1 (6-153)||(25277551-25277698)
chr1 (6-153)||(45045679-45045826)
chr1 (14-203)||(8168515-8168704)
chr1 (6-153)||(37345137-37345284)
chr1 (32-215)||(52642838-52643019)
chr1 (14-114)||(9120826-9120926)
chr1 (14-114)||(1443400-1443500)
chr1 (14-114)||(47012226-47012326)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (8-215)||(2853446-2853653)
chr5 (6-215)||(8540410-8540619)
chr5 (6-219)||(32135010-32135223)
chr5 (6-215)||(28821119-28821328)
chr5 (6-215)||(30464813-30465022)
chr5 (6-215)||(2180514-2180722)
chr5 (30-215)||(7268584-7268769)
chr5 (14-215)||(21841740-21841941)
chr5 (6-215)||(12737844-12738053)
chr5 (6-215)||(12800667-12800876)
chr5 (68-215)||(24540429-24540576)
chr5 (14-203)||(42472667-42472855)
chr5 (14-114)||(40781430-40781530)
chr5 (32-129)||(41494644-41494741)
chr5 (14-114)||(29620924-29621024)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (6-214)||(43520178-43520386)
chr4 (6-215)||(35402844-35403053)
chr4 (6-215)||(41760903-41761112)
chr4 (6-215)||(42981359-42981568)
chr4 (6-215)||(49523871-49524080)
chr4 (18-215)||(11255118-11255315)
chr4 (14-215)||(51012666-51012867)
chr4 (14-215)||(41782261-41782462)
chr4 (32-215)||(2692488-2692671)
chr4 (34-215)||(54386880-54387061)
chr4 (32-215)||(48645949-48646130)
chr4 (14-203)||(319846-320035)
chr4 (14-203)||(4172686-4172875)
chr4 (14-203)||(33265336-33265525)
chr4 (14-185)||(43507997-43508168)
chr4 (69-215)||(11602416-11602562)
chr4 (14-203)||(834239-834427)
chr4 (37-166)||(11640838-11640967)
chr4 (76-215)||(52867414-52867542)
chr4 (14-203)||(5438536-5438720)
[»] scaffold0058 (2 HSPs)
scaffold0058 (6-215)||(4043-4252)
scaffold0058 (6-215)||(5215-5424)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (6-215)||(27665222-27665431)
chr7 (6-215)||(29995692-29995901)
chr7 (6-215)||(37114704-37114913)
chr7 (6-215)||(38473300-38473508)
chr7 (6-215)||(6604264-6604473)
chr7 (6-215)||(22154639-22154848)
chr7 (6-215)||(22210554-22210763)
chr7 (6-215)||(23905428-23905637)
chr7 (6-215)||(35692526-35692735)
chr7 (6-215)||(39858418-39858627)
chr7 (6-215)||(45360076-45360285)
chr7 (6-215)||(13168822-13169031)
chr7 (6-215)||(34776137-34776346)
chr7 (6-215)||(46438686-46438895)
chr7 (14-215)||(24227605-24227806)
chr7 (32-210)||(38550472-38550650)
chr7 (14-203)||(35402545-35402733)
chr7 (32-215)||(37792236-37792419)
chr7 (35-215)||(48851529-48851708)
chr7 (6-215)||(47385391-47385595)
chr7 (21-123)||(69032-69134)
chr7 (119-185)||(66849-66915)
chr7 (14-114)||(20478921-20479021)
chr7 (62-167)||(48310750-48310856)
chr7 (169-215)||(30939748-30939794)
chr7 (62-145)||(13035621-13035704)
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (6-215)||(2660973-2661182)
chr3 (6-215)||(44794958-44795167)
chr3 (6-215)||(23292345-23292554)
chr3 (6-215)||(30599383-30599592)
chr3 (6-215)||(2377755-2377964)
chr3 (6-215)||(17516069-17516277)
chr3 (14-215)||(27898298-27898499)
chr3 (6-215)||(43765880-43766089)
chr3 (14-215)||(2225356-2225555)
chr3 (6-215)||(21349453-21349662)
chr3 (30-215)||(41978487-41978672)
chr3 (6-215)||(44275392-44275601)
chr3 (14-215)||(35904909-35905113)
chr3 (6-215)||(46198479-46198687)
chr3 (30-215)||(7884093-7884278)
chr3 (32-215)||(42280246-42280430)
chr3 (32-215)||(48830026-48830209)
chr3 (14-215)||(38192457-38192657)
chr3 (32-215)||(46113226-46113409)
chr3 (16-203)||(46609724-46609911)
chr3 (14-203)||(53093197-53093386)
chr3 (14-155)||(54899252-54899393)
chr3 (32-215)||(610353-610536)
chr3 (32-215)||(51685350-51685533)
chr3 (14-203)||(46309762-46309951)
chr3 (89-215)||(53190118-53190247)
chr3 (62-167)||(24845668-24845775)
chr3 (14-93)||(53188884-53188963)
chr3 (157-215)||(54899172-54899230)
chr3 (62-150)||(22219219-22219308)
chr3 (69-145)||(35862699-35862775)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (6-215)||(20524126-20524335)
chr6 (6-215)||(7372159-7372367)
chr6 (14-215)||(32438264-32438465)
chr6 (39-215)||(11355948-11356124)
chr6 (32-215)||(7050498-7050681)
chr6 (14-196)||(18644031-18644213)
chr6 (32-215)||(10569141-10569322)
chr6 (6-153)||(32517672-32517819)
chr6 (99-215)||(6900225-6900341)
chr6 (32-105)||(6901999-6902072)
chr6 (14-104)||(32455035-32455125)
chr6 (32-114)||(33268073-33268155)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (6-215)||(14388278-14388487)
chr2 (8-220)||(40560978-40561190)
chr2 (6-215)||(6798264-6798473)
chr2 (6-215)||(19907455-19907664)
chr2 (6-204)||(2767683-2767881)
chr2 (14-215)||(16763704-16763905)
chr2 (14-215)||(17696965-17697166)
chr2 (6-215)||(39455918-39456126)
chr2 (43-215)||(39663994-39664166)
chr2 (69-215)||(44708996-44709142)
chr2 (14-203)||(24206723-24206914)
chr2 (14-203)||(6784472-6784662)
chr2 (121-215)||(42518524-42518618)
chr2 (14-114)||(37021388-37021488)
chr2 (106-166)||(37646222-37646283)
chr2 (62-145)||(161216-161299)
chr2 (6-41)||(34401359-34401394)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (6-215)||(9008-9217)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (39-215)||(301-477)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (32-215)||(107787-107970)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 27)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 27692114 - 27691905
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27692114 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 27692015  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27692014 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 27691915  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  27691914 tatttgatgt 27691905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 33707986 - 33708195
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33707986 tcaaattggtcattgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 33708085  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33708086 tgtgttccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 33708185  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  33708186 tatttgatgt 33708195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 41041760 - 41041969
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  41041760 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagataccat 41041859  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  41041860 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 41041959  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||| ||||||    
T  41041960 tatctgatgt 41041969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 42942742 - 42942533
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42942742 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattattgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 42942643  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  42942642 tgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattatcaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 42942543  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  42942542 tatttgatgt 42942533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 40338856 - 40339065
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40338856 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcgtatcgatcctcaaattagtgaaaatacaatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 40338955  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||    
T  40338956 tgtgatccttgttgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacatacatttgcataccatcataactcata 40339055  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  40339056 tatttgatgt 40339065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22273207 - 22272998
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22273207 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcgtatcgatcatcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 22273108  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| ||||||||||||||    
T  22273107 tgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaagagacaggcaattgcataccatcataagtcata 22273008  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  22273007 tatttgatgt 22272998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 38548151 - 38547966
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38548151 catatccatcattttgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 38548052  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38548051 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 38547966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 8609007 - 8609192
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8609007 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 8609106  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  8609107 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatctatttgatgt 8609192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 13107573 - 13107758
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13107573 catatccatcatttcgattctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 13107672  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||    
T  13107673 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcctaccatcataagtcatatatttgatgt 13107758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13283315 - 13283135
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13283315 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaatacgatcaaataggtccttgaattttcaca-----tatcactgtgatccttggtgcatacatttg 13283221  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13283220 ctcaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgt 13283135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 5037384 - 5037235
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5037384 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 5037285  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 155  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5037284 tgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 5037235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 204
Target Start/End: Original strand, 26239644 - 26239816
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26239644 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtcattgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 26239743  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcat 204  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||    
T  26239744 caacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagaaagacatttgcataccatcataagtcat 26239816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 7744333 - 7744516
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | || |||||||||||||||||||    
T  7744333 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaacaccatcaaataagtccttgaattttcacatcatatttcacttttattcttggtgcatacatttgct 7744432  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  7744433 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgt 7744516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 9672377 - 9672562
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9672377 tatccatcgtatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 9672476  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacat---tttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||   || ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  9672477 gaacaaactaaaaagtaaaagacagacactttgattgtaaaaagacagacatttgttgcatatcatcataaat-atatatttgatgt 9672562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 35510356 - 35510167
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||    
T  35510356 gtccttaaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtggtcc 35510257  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  35510256 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 35510167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 32 - 204
Target Start/End: Original strand, 41824873 - 41825045
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  41824873 tatccatcatattgatccccaaattagtgaaaatatcatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcaccgtgatgcttggtgcatacatttgct 41824972  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcat 204  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  41824973 gaacaaagtaaaaagtaaaagatatacactgtgattgtaaaaagccagacatttgcataccatcataaatcat 41825045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29238134 - 29237945
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||     
T  29238134 gtccttgaattatattcatatccgtcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatca 29238035  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  29238034 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 29237945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 33761643 - 33761832
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  33761643 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtcattgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 33761742  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||   |||||||||||    
T  33761743 tttgtgcatacatttgctaaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaggacaaacatttgcattatatcataagtca 33761832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 203
Target Start/End: Original strand, 600806 - 600998
Alignment:
Q  11 ttcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtga 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | |||    
T  600806 ttcgtccttgaattatattcatatccgtcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttga 600905  T
Q  111 tccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  600906 tcctttgtgcatacatttgctgaataaagtaaaaagtaaaagagaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 600998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 66 - 215
Target Start/End: Original strand, 13485349 - 13485493
Alignment:
Q  66 atcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttga 165  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  13485349 atcatcaaataggtccttcaattttcacaacagatatcactgtgatccttgaggcatacatttgctg----aagtaaaaagtagaagacaaacactttga 13485444  T
Q  166 ttataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  13485445 ttataaaaa-acagacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgt 13485493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 15307232 - 15307044
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||     
T  15307232 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaccatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatca 15307133  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  15307132 tttgtacatatatttgctgaacaaagt-aaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 15307044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 15487601 - 15487413
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||     
T  15487601 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaccatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatca 15487502  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  15487501 tttgtacatatatttgctgaacaaagt-aaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 15487413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 27405327 - 27405515
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | ||||||    
T  27405327 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaacatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcc 27405426  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  27405427 tttggacatacatttgctgaacaaag-aaaaaataaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 27405515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 154
Target Start/End: Original strand, 3152741 - 3152863
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||| ||  |||| |||||||||  || || ||||||||  || ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  3152741 tatccatcacattcatccccaaattagtgaaattaccatcaaatcagttcttgaattttcacaacataaatcaatgtgatccttggtgcatacatctact 3152840  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagac 154  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3152841 gaacaaagtaaaaagtaaaagac 3152863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Original strand, 11720609 - 11720697
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaa 150  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||   || | ||  || |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  11720609 aaatatcatcaaataagtccttgaagtttttaaaaatatgacaatgtgatccttggtgcatatatgtgttgaacaaagtaaaaagtaaa 11720697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 48
Target Start/End: Original strand, 13485309 - 13485351
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatc 48  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13485309 tcaaattggtccttgaattatgtacatatccatcatatcgatc 13485351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 5037242 - 5037198
Alignment:
Q  171 aaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5037242 aaaagacagacatttgtataccatcataagtcatatatttgatgt 5037198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2870547 - 2870338
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2870547 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 2870448  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2870447 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 2870348  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  2870347 tatttgatgt 2870338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 46582764 - 46582973
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46582764 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 46582863  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||    
T  46582864 tgtgatccttggtgcatacatctgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagactgatattttcataccatcataagtaata 46582963  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  46582964 tatttgatgt 46582973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 3012629 - 3012838
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  3012629 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatattgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttggattttcacaacagatatcat 3012728  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  3012729 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 3012828  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  3012829 tatttgatgt 3012838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 31237682 - 31237891
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31237682 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccattatatcgatcctcaaattagtgataataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 31237781  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31237782 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacattcactttgactataaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcata 31237881  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  31237882 tatttgatgt 31237891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 51895341 - 51895550
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  51895341 tcaaattggcccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 51895440  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  51895441 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 51895540  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||| ||||    
T  51895541 tattttatgt 51895550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 26224737 - 26224938
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26224737 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaagaccatcaaataggtccttgaattttcacaacaaatatcactgtgatcc 26224836  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26224837 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgat 26224936  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  26224937 gt 26224938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 6817892 - 6818101
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  6817892 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttggtttttcacaacatatatcac 6817991  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  6817992 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtgaaagacagacactttgattataaaaagacagacatgtgcataccatcataagtcata 6818091  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  6818092 tatttgatgt 6818101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 27088228 - 27088026
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27088228 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgacttttcacaacagatatcactgtgatcc 27088129  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattata-aaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27088128 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaaagacacatatttgcatatcatcataagtcatatatttga 27088029  T
Q  213 tgt 215  Q
    |||    
T  27088028 tgt 27088026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 50555278 - 50555488
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  50555278 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 50555377  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagt-aaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||    
T  50555378 tgtgatccttggtgcatacatttactgaacaaggtaaaaaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcatgccatcataaatcat 50555477  T
Q  205 atatttgatgt 215  Q
    |||||||||||    
T  50555478 atatttgatgt 50555488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 34777337 - 34777522
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34777337 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcataacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 34777436  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34777437 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 34777522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 4855166 - 4855351
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4855166 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtaatccttggtgcatacatttg 4855265  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4855266 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacaatttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 4855351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 33600336 - 33600536
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33600336 gtccttgaattatatgcatatccatcctttcgatcctcaaattagtgaaaatactatcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcaatgtgatcc 33600435  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||||||| |||||||||    
T  33600436 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacaatttgattgtaaaaagacagacatttgcattatatcataagtca-atatttgat 33600534  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  33600535 gt 33600536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 15105368 - 15105185
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  15105368 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacataaatcattgtgatctttggtgcatacatttgct 15105269  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  15105268 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgcaaaaagacagacattcgcataccatcatgagtcatatatttgatgt 15105185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 25277551 - 25277698
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25277551 tcaaattggtccttcaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagacatcac 25277650  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277651 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 25277698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 45045679 - 45045826
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45045679 tcaaattggtccttcaattatatgcatatccatcatatcgatcttcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcac 45045778  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 153  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45045779 tgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaaga 45045826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 8168515 - 8168704
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  8168515 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtcattgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 8168614  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  8168615 tttgtgcatacatttgctaaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 8168704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37345284 - 37345137
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  37345284 tcaaattggtccttcaattatatgcatatccatcataccgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaatagttccttgaattttcacaacagacatcac 37345185  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37345184 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 37345137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 52642838 - 52643019
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52642838 tatccatcatatcgatccctaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatatatttgct 52642937  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||  | |||| || | |||||||||||||| || ||||||    
T  52642938 gaacaaagtaaaaagtaaaagac--acactttgattgtaaaaagacgaatatttgcaaaccatcataagtcatacatctgatgt 52643019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Original strand, 9120826 - 9120926
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  9120826 gtccttgaattataatcatatccatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtgatcc 9120925  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  9120926 t 9120926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 1443500 - 1443400
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||| ||||    
T  1443500 gtccttgaattataatcatatccatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtaatcc 1443401  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  1443400 t 1443400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Original strand, 47012226 - 47012326
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  47012226 gtccttgaattataatcatatcaatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtgatcc 47012325  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  47012326 t 47012326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Original strand, 2853446 - 2853653
Alignment:
Q  8 aaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactg 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2853446 aaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtctttgaattttcacaacagatatcactg 2853545  T
Q  108 tgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2853546 tgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgattataaaaagacagacattttcatattatcataagtcatata 2853645  T
Q  208 tttgatgt 215  Q
    ||||||||    
T  2853646 tttgatgt 2853653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8540619 - 8540410
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8540619 tcaaattgatccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 8540520  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  8540519 tgtgatccttggtgcataaatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 8540420  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  8540419 tatttgatgt 8540410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 6 - 219
Target Start/End: Original strand, 32135010 - 32135223
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  32135010 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacggagatcac 32135109  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  32135110 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacatttgcataacatcctaagtcata 32135209  T
Q  206 tatttgatgtccat 219  Q
    ||||||||||||||    
T  32135210 tatttgatgtccat 32135223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28821328 - 28821119
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28821328 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataacatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 28821229  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  28821228 tgtgatctttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacattttgattataaaaagacagatatttgcatatcatcataagtcata 28821129  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  28821128 tatttgatgt 28821119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 30464813 - 30465022
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30464813 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctaaaattagtgataataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 30464912  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30464913 tgtgatccttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgactataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 30465012  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  30465013 tatttgatgt 30465022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2180722 - 2180514
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2180722 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 2180623  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  2180622 tgtgatccttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagac-tttgcataccatcataaatcata 2180524  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    | ||||||||    
T  2180523 tctttgatgt 2180514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 7268769 - 7268584
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7268769 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataacatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 7268670  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7268669 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttacataccatcataagtcatatatttgatgt 7268584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21841941 - 21841740
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  21841941 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactgtgattc 21841842  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21841841 ttagtgcatacatttgctgaagaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgat 21841742  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  21841741 gt 21841740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12738053 - 12737844
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12738053 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcatcaaattagtgaaaataccaccaaataggtcattgaattttcacaacagatatcac 12737954  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  12737953 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttaattataaaaagacagacatttgcataccattataaatcata 12737854  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  12737853 tatttgatgt 12737844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 12800876 - 12800667
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12800876 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcatcaaattagtgaaaataccaccaaataggtcattgaattttcacaacagatatcac 12800777  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  12800776 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttaattataaaaagacagacatttgcataccattataaatcata 12800677  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  12800676 tatttgatgt 12800667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 68 - 215
Target Start/End: Original strand, 24540429 - 24540576
Alignment:
Q  68 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24540429 catcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 24540528  T
Q  168 ataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24540529 ataaaaagacatacattttcataccatcataagtcatatatttgatgt 24540576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 42472667 - 42472855
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | ||||||    
T  42472667 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaacatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcc 42472766  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  42472767 tttggacatacatttgctgaacaaag-aaaaaataaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 42472855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 40781530 - 40781430
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  40781530 gtccttgaattataatcatatccatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtgatcc 40781431  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  40781430 t 40781430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 129
Target Start/End: Original strand, 41494644 - 41494741
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| ||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  41494644 tatccatcatattgatccccaaatttgtgaaaataccatcaaataattccttgaattttcacaacatatatcactgtaatccttagtgcatatatttg 41494741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Original strand, 29620924 - 29621024
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||| | ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  29620924 gtccttgaattacaatcatatccatcattttgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtgatcc 29621023  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  29621024 t 29621024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 6 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 43520386 - 43520178
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43520386 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaatagatccttgaattttcacaacagatatcac 43520287  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43520286 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 43520187  T
Q  206 tatttgatg 214  Q
    |||||||||    
T  43520186 tatttgatg 43520178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 35402844 - 35403053
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35402844 tcaaattggttcttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 35402943  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  35402944 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaacgacagacactttgattataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcata 35403043  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  35403044 tatttgatgt 35403053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 41760903 - 41761112
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  41760903 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcataccagatatcac 41761002  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  41761003 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 41761102  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  41761103 tatttgatgt 41761112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 42981568 - 42981359
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42981568 tcaaattggtccttgaattatatacatatctatcatatcgatccttaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacaggtatcac 42981469  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  42981468 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 42981369  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  42981368 tatttgatgt 42981359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 49524080 - 49523871
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  49524080 tcaaattggtcattgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacaaatataac 49523981  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  49523980 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaacacagacatttgcataccatcataagtcata 49523881  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  49523880 tatttgatgt 49523871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 215
Target Start/End: Original strand, 11255118 - 11255315
Alignment:
Q  18 ttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttgg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  11255118 ttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcattag 11255217  T
Q  118 tgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11255218 tgcatacatttgctgagcaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagatatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 11255315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 51012867 - 51012666
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  51012867 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcaatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttaaattttcacaacagatattactgcgatcc 51012768  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  51012767 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgat 51012668  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  51012667 gt 51012666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41782462 - 41782261
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  41782462 gtccttgaattatatgcatatccatcatatcaatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaattggtccttgatttttcacaacagatatcaccgtgatcc 41782363  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||||||||||||||||||    
T  41782362 ttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatatgcacactatcataagtcatatatttgat 41782263  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  41782262 gt 41782261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 2692488 - 2692671
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  2692488 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaatatcatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggttcatacatttgtt 2692587  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2692588 gaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgt 2692671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 54387061 - 54386880
Alignment:
Q  34 tccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctga 133  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  54387061 tccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgcaattcttggtgcatacatttgctga 54386962  T
Q  134 acaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  54386961 acaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgt 54386880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 48645949 - 48646130
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48645949 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 48646048  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48646049 gaataaagtaaaaagtaaaagacaaatactttgattgtaaaaag--agacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 48646130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 319846 - 320035
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  319846 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 319945  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  319946 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 320035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 4172686 - 4172875
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  4172686 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 4172785  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  4172786 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 4172875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 33265525 - 33265336
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  33265525 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 33265426  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  33265425 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 33265336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 43508168 - 43507997
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||    
T  43508168 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaagataccatcaaattggtccttgaattatcataacaaatatcaatgtgatcc 43508069  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattt 185  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43508068 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacattt 43507997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 69 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11602562 - 11602416
Alignment:
Q  69 atcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatta 168  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11602562 atcaaataagtcgttcaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatctgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 11602463  T
Q  169 taaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||    
T  11602462 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcacacatttgatgt 11602416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 834239 - 834427
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| | ||||||    
T  834239 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaacatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcc 834338  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  834339 tttggacatacatttgctgaacaaag-aaaaaataaaagacaaacactttgaatataaaaagacaaacattttcattatatcataagtca 834427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 11640967 - 11640838
Alignment:
Q  37 atcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaaca 136  Q
    ||||||||||||  |||||||||  |||||  |||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11640967 atcatatcgatctccaaattagtgaaaatacaatcaaataagtcgttcaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatctgctgaaca 11640868  T
Q  137 aagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 166  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11640867 aagtaaaaagtaaaaaacatacactttgat 11640838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 76 - 215
Target Start/End: Original strand, 52867414 - 52867542
Alignment:
Q  76 aggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaag 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||              
T  52867414 aggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtagaagacagacactttga---------- 52867503  T
Q  176 acagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
     || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52867504 -caaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 52867542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 5438720 - 5438536
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| | ||||||||    ||||||||| ||| |||||| |||| | ||||||    
T  5438720 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaacatcaaat----ccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcc 5438625  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  5438624 tttggacatacatttgctgaacaaagaaaaaa-taaaagacaaacactttgaatataaaaagacaaacattttcattatatcataagtca 5438536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4252 - 4043
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4252 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 4153  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  4152 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattatcaaaagacagacatttttataccatcataagtcata 4053  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  4052 tatttgatgt 4043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 5424 - 5215
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5424 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 5325  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5324 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattatcaaaagacagacatttttataccatcataagtcata 5225  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  5224 tatttgatgt 5215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 27665222 - 27665431
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27665222 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcac 27665321  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27665322 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaaggcagacattttcataccatcataagtcata 27665421  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  27665422 tatttgatgt 27665431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 29995692 - 29995901
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29995692 tcaaattgatccttaaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatgaaataggtccttgaattttcacaacaaatatcac 29995791  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29995792 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 29995891  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  29995892 tatttgatgt 29995901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 37114704 - 37114913
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37114704 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 37114803  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  37114804 tgtaatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 37114903  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  37114904 tatttgatgt 37114913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 38473300 - 38473508
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38473300 tcaaattggtccttgaattatatacatactcatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 38473399  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  38473400 tgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaa-acatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 38473498  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  38473499 tatttgatgt 38473508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 6604473 - 6604264
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  6604473 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgacttttcacaacatatatcac 6604374  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  6604373 tgtgatcattggtgcatacatttactgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 6604274  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  6604273 tatttgatgt 6604264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22154848 - 22154639
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22154848 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 22154749  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  22154748 tgtgatccatggtgcatatatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagactctttgattataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcata 22154649  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  22154648 tatttgatgt 22154639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 22210763 - 22210554
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22210763 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 22210664  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  22210663 tgtgatccatggtgcatatatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagactctttgattataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcata 22210564  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  22210563 tatttgatgt 22210554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 23905428 - 23905637
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23905428 tcaaattggtcattgaattatatgcatatcaatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 23905527  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  23905528 tgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 23905627  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  23905628 tatttgatgt 23905637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 35692526 - 35692735
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35692526 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcac 35692625  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  35692626 tgtgatccttggtgcatatatttgccgaacgaagtaaaaagcaaaagacagacactttgattataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcata 35692725  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  35692726 tatttgatgt 35692735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 39858418 - 39858627
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858418 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaatgagtgaaaataccatgaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 39858517  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  39858518 tgtgatcattggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccattataaatcata 39858617  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  39858618 tatttgatgt 39858627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 45360285 - 45360076
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  45360285 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctaaaattagtgaaaataccatcaaataggtctttgaattttcacaacatatatcac 45360186  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  45360185 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagataaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataaatcata 45360086  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  45360085 tatttgatgt 45360076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13169031 - 13168822
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13169031 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaacataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcaa 13168932  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  13168931 tgtgatccttggtgcatacattcgctgaacaaaataaaaactaaaagacagacactttgattataaaaatacagacatttgcatatcattataaatcata 13168832  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  13168831 tatttgatgt 13168822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 34776137 - 34776346
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  34776137 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaatagatctttgaattttcacaacagatatcac 34776236  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||    
T  34776237 tgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaactaaaagacagacactcagattataaaaagacaaacatttgcataccatcataaatcata 34776336  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  34776337 tatttgatgt 34776346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 46438686 - 46438895
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46438686 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaataagtgaaaataccatcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcac 46438785  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  46438786 tttgatccttggtggatacatttgctgaatagagtaaaaagtagaagacaaacactttgattatagaaagacggacatttgcataccatcataagtcata 46438885  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||| ||||    
T  46438886 tatttaatgt 46438895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 24227605 - 24227806
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  24227605 gtccttaaattatatacacatccatcatatcaatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggacatttaattttcacaacagatatcactgtgatca 24227704  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||    
T  24227705 ttggtacatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattacaaaaagacagacatttgtataccatcataaatcatatatttgat 24227804  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  24227805 gt 24227806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 32 - 210
Target Start/End: Original strand, 38550472 - 38550650
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38550472 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaatttttacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 38550571  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatattt 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  38550572 gaacaaaataaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacattt 38550650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 35402545 - 35402733
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  35402545 gtccttgaattatattca-atccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 35402643  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  35402644 tttgagcatatatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagataaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 35402733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 37792236 - 37792419
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  37792236 tatccatcatattgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaccatatatcactgtgatcattggtgcatacatttgtt 37792335  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    | ||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| |||||| |||||||||    
T  37792336 gtacaaagtaaaaagtaaaagtcaaagactttgattgtaaaaagacagacatttgcttaccatcatatgtcatacatttgatgt 37792419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 215
Target Start/End: Original strand, 48851529 - 48851708
Alignment:
Q  35 ccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaa 134  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||     
T  48851529 ccatcatattgatcca-aaattagtgaaaatctcatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggggcatacatttgctgac 48851627  T
Q  135 caaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||| |||| ||| |||||||||    
T  48851628 caaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattgtaaaaagacatacatttgcataccatcagaagttatacatttgatgt 48851708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 47385391 - 47385595
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||  |||||||   |||||||||||||||||| |||||||||  || || ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||     
T  47385391 tcaaattggtccttctattatatgtctatccatcatatcgatccccaaattagtgaaattaccatcaaataagtccttgaattttcacaacatacatca- 47385489  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||    
T  47385490 tgtgatcat----gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacacattgattgtaaaaagacagacatttacataccatcataactgata 47385585  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
     |||||||||    
T  47385586 catttgatgt 47385595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 69134 - 69032
Alignment:
Q  21 aattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgc 120  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  69134 aattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatccttggtgc 69035  T
Q  121 ata 123  Q
    |||    
T  69034 ata 69032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 119 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 66915 - 66849
Alignment:
Q  119 gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  66915 gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagaaaggcattt 66849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 20479021 - 20478921
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  20479021 gtccttgaattataatcatatccatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatcaatgtgatcc 20478922  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  20478921 t 20478921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 48310856 - 48310750
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagta-aaaagtaaaagacatacac 160  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||    
T  48310856 aaatatcatcaaataagtcattgaattatcacaacatatatcaatatgatctttgctacatatatttgctgaacaaagtagaaaataaaaagacagacac 48310757  T
Q  161 tttgatt 167  Q
    |||||||    
T  48310756 tttgatt 48310750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 215
Target Start/End: Original strand, 30939748 - 30939794
Alignment:
Q  169 taaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30939748 taaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgt 30939794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 13035704 - 13035621
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa 145  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |   ||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||    
T  13035704 aaataccatcaaataagtccttgaattatttaaacagatgtcaatgtgatccttggtgcatatatgtgcaaaacaaagtaaaaa 13035621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2661182 - 2660973
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2661182 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattggtttaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 2661083  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2661082 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 2660983  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  2660982 tatttgatgt 2660973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 44795167 - 44794958
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44795167 tcaaattggttcttgaattatatccatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 44795068  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  44795067 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacggacattttcataccatcataagtcata 44794968  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  44794967 tatttgatgt 44794958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 23292345 - 23292554
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23292345 tcaaattgatccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 23292444  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  23292445 tgtgatccttggtgcataaatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 23292544  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  23292545 tatttgatgt 23292554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 30599383 - 30599592
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30599383 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatattgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 30599482  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30599483 tgtgatccttggtgcatacatttgcagaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 30599582  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  30599583 tatttgatgt 30599592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2377964 - 2377755
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2377964 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcataacgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 2377865  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||    
T  2377864 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaatatttgcatatcatcataaatcata 2377765  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  2377764 tatttgatgt 2377755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 17516277 - 17516069
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17516277 tcaaattggtccttgaattatat-catatccatcatatcgatactcaaattagtaaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcat 17516179  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17516178 tgtgatccttggtgcatacatttgcttaacaaagtaaaaagtaaaagacagatactttgattataaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcata 17516079  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  17516078 tatttgatgt 17516069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 27898298 - 27898499
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27898298 gtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 27898397  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  27898398 ctggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataaatcatatatttgat 27898497  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  27898498 gt 27898499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 43766089 - 43765880
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43766089 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcatcaaattagtgaaaatactatcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcac 43765990  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  43765989 tatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataaatcata 43765890  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  43765889 tatttgatgt 43765880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 2225356 - 2225555
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2225356 gtccttgaattatatacatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 2225455  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||||||||    
T  2225456 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatc--aagtcatatatttgat 2225553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21349662 - 21349453
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  21349662 tcaaattggtcattgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacaattatcac 21349563  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||    
T  21349562 tgtggtccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagatagacatttgcatactatcataagtcata 21349463  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  21349462 tatttgatgt 21349453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 41978672 - 41978487
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41978672 catatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 41978573  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41978572 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 41978487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 44275392 - 44275601
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  44275392 tcaaattggtccttgaattatacacatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggttcttgaattttcacaatagatatcat 44275491  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  44275492 tgtgatccttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaattaaaagacaaacactttgattataaaaagacagtcatttgcataccatcataagtcata 44275591  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  44275592 tatttgatgt 44275601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 35904909 - 35905113
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35904909 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 35905008  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacatt---ttcatatcatcataagtcatatattt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||   |  ||| |||||||||||||||||||    
T  35905009 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgatgaataccatcataagtcatatattt 35905108  T
Q  211 gatgt 215  Q
    |||||    
T  35905109 gatgt 35905113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 46198687 - 46198479
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||     
T  46198687 tcaaattggtccttgaattatatacatatctatcatatcgatcctcaaattagtaaaaataccatcaaataggtcctggattttt-acaacagatatcat 46198589  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  46198588 tgtgatctttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaaaacagacatttgcataccatcataagtcata 46198489  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  46198488 tatttgatgt 46198479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 7884093 - 7884278
Alignment:
Q  30 catatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 129  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7884093 catatccatcatttcaatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttg 7884192  T
Q  130 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||| ||||    
T  7884193 ctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgattataaaaagacacacatttgcctaccatcataagtcatatatttaatgt 7884278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 42280430 - 42280246
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42280430 tatccatcatatcaatccccaaattagtgaaaatatcatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggtgcatacatttgct 42280331  T
Q  132 gaacaaagta-aaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  42280330 gaacaaagtaaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgt 42280246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 48830026 - 48830209
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||  ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48830026 tatccatcatatcgatctccaaattagtgaaaataccatcaaacaagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttagtgcatacatttgct 48830125  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48830126 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatatactttgattgtaaaaagacagacatttgtatatcatcataagtcatatatttgatgt 48830209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 38192457 - 38192657
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  38192457 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 38192556  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |   ||||||||||| |||||||||    
T  38192557 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcgttatatcataagtca-atatttgat 38192655  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  38192656 gt 38192657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 46113409 - 46113226
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||| ||| ||||  ||||||||  | ||| ||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46113409 tatccatcacatcaatccctaaattagtgaagataccatcaaacaagtccttgaattttcacaacataaatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 46113310  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46113309 gaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattgtaaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatacatttgatgt 46113226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 203
Target Start/End: Original strand, 46609724 - 46609911
Alignment:
Q  16 ccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcctt 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  46609724 ccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctt 46609823  T
Q  116 ggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  46609824 tgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 46609911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 53093197 - 53093386
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  53093197 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 53093296  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  53093297 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaatactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 53093386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 54899393 - 54899252
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54899393 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatcc 54899294  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54899293 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 54899252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 610536 - 610353
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  610536 tatccatcgcatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacataaatcactatgatccttggtgcatacatttgct 610437  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  610436 gaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattgtaaaaaagcagacatttgcatataatcataagtcatacatttgatgt 610353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 51685533 - 51685350
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  51685533 tatcgatcatatcaatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatcgttggtgcatatatttgct 51685434  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| || | |||||||||||||| |||||||||    
T  51685433 gaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattgtaaaaagacggacatttgcaaaccatcataagtcatacatttgatgt 51685350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 46309951 - 46309762
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||     
T  46309951 gtccatgaattatattcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatca 46309852  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  46309851 tttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 46309762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 89 - 215
Target Start/End: Original strand, 53190118 - 53190247
Alignment:
Q  89 ttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagta---aaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattt 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||    
T  53190118 ttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaattattaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacatattt 53190217  T
Q  186 tcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53190218 gcataccatcataagtcatatatttgatgt 53190247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 24845775 - 24845668
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagt--aaaagacataca 159  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24845775 aaataccatcaaataagtctttgaattatcacaacatatatcaatgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaaagacataca 24845676  T
Q  160 ctttgatt 167  Q
    ||||||||    
T  24845675 ctttgatt 24845668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 14 - 93
Target Start/End: Original strand, 53188884 - 53188963
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcac 93  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  53188884 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaatgtcatcaaataggtcattgaattttcac 53188963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 54899230 - 54899172
Alignment:
Q  157 acactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  54899230 acactttgattataaaaagacacacatttgcatactatcataagtcatatatttgatgt 54899172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Original strand, 22219219 - 22219308
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagta-aaaagtaaa 150  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |   ||||||| ||| || ||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  22219219 aaatatcatcaaataaatccttgaattatttaaacagatgtcaatgcgatccttggtgcatatatgtgcagaacaaagtacaaaagtaaa 22219308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 145
Target Start/End: Original strand, 35862699 - 35862775
Alignment:
Q  69 atcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa 145  Q
    |||| ||| ||||||||||| |   ||||||| ||| ||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||    
T  35862699 atcagataagtccttgaattatttaaacagatgtcaatgtgatccttgttgcatatatgtgcagaacaaagtaaaaa 35862775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 20524335 - 20524126
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20524335 tcaaattggtccttgaattatatatgtatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 20524236  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20524235 tatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcata 20524136  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  20524135 tatttgatgt 20524126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 7372159 - 7372367
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  7372159 tcaaattggtccttgaattatatacatattcatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaatcga-atcac 7372257  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7372258 tgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacattttcataccatcataagtcata 7372357  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  7372358 tatttgatgt 7372367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Original strand, 32438264 - 32438465
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  32438264 gtcctttaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactatgatcc 32438363  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32438364 ttggtccatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgat 32438463  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  32438464 gt 32438465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 39 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 11356124 - 11355948
Alignment:
Q  39 catatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11356124 catatcgatcctcaaattagtaaaaataccatcaaacaggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaa 11356025  T
Q  139 gtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  11356024 gtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcattagtcatatatttgatgt 11355948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 7050681 - 7050498
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7050681 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtcattgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 7050582  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7050581 gaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 7050498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18644213 - 18644031
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18644213 gtccttgaattatatgcatatccattatttcgatcatcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 18644114  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatca 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  18644113 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcataccatca 18644031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 10569322 - 10569141
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10569322 tatccatcatatcgatccccaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttgaattttca--acatatatcattgtgatccttggtgcatacatttgct 10569225  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
     ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10569224 aaacaaagtaaaaagtaaaaaacagacactttgattgtaaaaagatagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgt 10569141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 32517819 - 32517672
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  32517819 tcaaattggtccttcaattatatgcatatccatcataccgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaatagttccttgaattttcacaacagacatcac 32517720  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32517719 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 32517672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 99 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 6900341 - 6900225
Alignment:
Q  99 atatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcata 198  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||    
T  6900341 atatcactgtgatccttggttcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaggacagacatttgcataccattata 6900242  T
Q  199 agtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||| |||||||||    
T  6900241 agtcatacatttgatgt 6900225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 6902072 - 6901999
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  6902072 tatccatcatatcaatccccaaattagtgaaaatatcatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcac 6901999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 104
Target Start/End: Original strand, 32455035 - 32455125
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatca 104  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  32455035 gtccttgaattataatcatatccatcatttcgatcctcaaattaatgaaaataccatcaaattggtccttgaattatcataacagagatca 32455125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 114
Target Start/End: Original strand, 33268073 - 33268155
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcct 114  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  33268073 tatccatcatatcgatccctaaattattgaaaataccatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcaatgtgatcct 33268155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 14388278 - 14388487
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14388278 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaatactatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 14388377  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  14388378 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgattataaaaaaacagacatttgcataccatcataagtcata 14388477  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  14388478 tatttgatgt 14388487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 40561190 - 40560978
Alignment:
Q  8 aaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactg 107  Q
    ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40561190 aaattggtccttaaattatatgcacatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcaatg 40561091  T
Q  108 tgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  40561090 tgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagccatacactttgattataaaaagacagacatttgcatatcatcataaatcatata 40560991  T
Q  208 tttgatgtccatc 220  Q
    |||||||| ||||    
T  40560990 tttgatgttcatc 40560978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 6798473 - 6798264
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6798473 tcaaattggtccttcaattgtatacatattcatcaaatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcac 6798374  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  6798373 tgtgatccttggtgcatacatttgatgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcatatcatcataagttata 6798274  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  6798273 tatttgatgt 6798264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 19907455 - 19907664
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19907455 tcaaattggtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaatgagtgaaaataccatgaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 19907554  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  19907555 tgtgatcattggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccattataaatcata 19907654  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  19907655 tatttgatgt 19907664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 6 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 2767881 - 2767683
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2767881 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaatttagtgaaaataccatcaaattggtccttgaattttcacaatagatatcac 2767782  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  2767781 tgtgatccttggtgcatacattttctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaactctttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcat 2767683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 16763905 - 16763704
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16763905 gtccttgaattatatgcatatccatcatttcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtcattgaatttacacaacagatatcactgtgatcc 16763806  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  16763805 ttggtgcatacatttgctgaacagagtaaaaagtaaaagatagacactttgattataaaaagacacacatttgcatactatcataagtcatatatttgat 16763706  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  16763705 gt 16763704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 17697166 - 17696965
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  17697166 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctaaaattggtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacatacatcactatgatcc 17697067  T
Q  114 ttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgat 213  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17697066 ttggtggatacatttgttgaacaaagtaaaaagtagaagacagacactttgattataaaaagacagatatttgcataccatcataagtcatatatttgat 17696967  T
Q  214 gt 215  Q
    ||    
T  17696966 gt 17696965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 39456126 - 39455918
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39456126 tcaaattggtcattgaattatatgcatattcatcatattgattctcaaatgagtgaaaatatcatcaaataggtccttaaattttcacaacagatatcac 39456027  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  39456026 tatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaga-actttgattataaaaagacagacatttgtataccatcataagtcata 39455928  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    || |||||||    
T  39455927 tacttgatgt 39455918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 43 - 215
Target Start/End: Original strand, 39663994 - 39664166
Alignment:
Q  43 tcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaa 142  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39663994 tcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaa 39664093  T
Q  143 aaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  39664094 aaactaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatctgcataccatcataaatcatatatttgatgt 39664166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 69 - 215
Target Start/End: Original strand, 44708996 - 44709142
Alignment:
Q  69 atcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatta 168  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  44708996 atcaaattggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtcaaagacagacactttgatta 44709095  T
Q  169 taaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||  ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  44709096 taaaaatgcagacatttgcataccatcataagacatatatttgatgt 44709142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 24206723 - 24206914
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaata--tcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgat 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| |  ||||||||| |||||||||||| | | |||||| |||| | ||||    
T  24206723 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatccttaaattagtaaaaaaaaatcatcaaattggtccttgaattattataacagaaatcaatttgat 24206822  T
Q  112 ccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  24206823 cctttggacatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacaatttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 24206914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 203
Target Start/End: Original strand, 6784472 - 6784662
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatat-catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatc 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||  ||| |  |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| |  ||||    
T  6784472 gtccttgaattatattcatatccatcatttcgatctttaaattagtaaaaaaaaacatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaattggatc 6784571  T
Q  113 cttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtca 203  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  6784572 ctttggacatacatttgctgaacaaagtcaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 6784662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 215
Target Start/End: Original strand, 42518524 - 42518618
Alignment:
Q  121 atacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42518524 atacatttgctgaacaaagtaaaaaataaaagacaaacactttgattataaaaagacaggcatttgcataccatcataagtcatatatttgatgt 42518618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 37021488 - 37021388
Alignment:
Q  14 gtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcc 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| |  ||| | |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  37021488 gtccttgaattataatcatatccatcattttgatcctcaaattaatgaaaaaaccatcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcc 37021389  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  37021388 t 37021388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 37646283 - 37646222
Alignment:
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagt-aaaagacatacactttgat 166  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37646283 tgtgatctttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaagacatgcactttgat 37646222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 161299 - 161216
Alignment:
Q  62 aaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa 145  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |   ||||||| |||  ||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||    
T  161299 aaataccatcaaataagtccttgaattatttaaacagatgtcaacgtgatccttggtgcatatatgtgcataacaaagtaaaaa 161216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 41
Target Start/End: Original strand, 34401359 - 34401394
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcat 41  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34401359 tcaaattggtccttgaattatatacatatccatcat 34401394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9217 - 9008
Alignment:
Q  6 tcaaattcgtccttgaattatatacatatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcac 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9217 tcaaattagtccttgaattatatgcatatccatcatatcgatcctcaaattagtgaaaataccatcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcac 9118  T
Q  106 tgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcata 205  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  9117 tgtgatccttggtgcatacatctgccgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcatactatcataagtcata 9018  T
Q  206 tatttgatgt 215  Q
    ||||||||||    
T  9017 tatttgatgt 9008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 39 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 477 - 301
Alignment:
Q  39 catatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  477 catatcgatcctcaaattagtaaaaataccatcaaacaggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgccgaacaaa 378  T
Q  139 gtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||    
T  377 gtaaaaagtaaaagacaaacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcaggagtcatatatttgatgt 301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 124; Significance: 6e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Original strand, 107787 - 107970
Alignment:
Q  32 tatccatcatatcgatcctcaaattagtttaaatatcatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgct 131  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  107787 tatccatcatatcgatccctaaattagtgaaaataccatcaaataagtccttaaattttcacaatataaatcactgtgatcattggtgcatacatttgct 107886  T
Q  132 gaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  107887 gaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgt 107970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University