View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10099_high_15 (Length: 217)

Name: NF10099_high_15
Description: NF10099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10099_high_15
NF10099_high_15
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-217)||(8412527-8412743)
chr2 (1-217)||(8434625-8434841)
chr2 (1-217)||(8394706-8394922)
chr2 (64-217)||(8406407-8406560)
chr2 (64-213)||(8395012-8395161)
chr2 (24-217)||(8431555-8431743)
chr2 (83-214)||(8417751-8417882)
chr2 (83-217)||(8375339-8375473)
chr2 (83-217)||(8439630-8439764)
chr2 (76-195)||(8368812-8368931)
chr2 (76-195)||(8400479-8400598)
chr2 (76-195)||(8422056-8422175)
chr2 (78-212)||(8404470-8404604)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8412743 - 8412527
Alignment:
Q  1 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412743 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 8412644  T
Q  101 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412643 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 8412544  T
Q  201 caaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  8412543 caaccatgtctggtgtt 8412527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8434841 - 8434625
Alignment:
Q  1 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434841 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 8434742  T
Q  101 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434741 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 8434642  T
Q  201 caaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  8434641 caaccatgtctggtgtt 8434625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 8394706 - 8394922
Alignment:
Q  1 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394706 attagaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagct 8394805  T
Q  101 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394806 gtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgcta 8394905  T
Q  201 caaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  8394906 caaccatgtctggtgtt 8394922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 64 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406407
Alignment:
Q  64 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
Q  164 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgtt 8406407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 64 - 213
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395161
Alignment:
Q  64 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
Q  164 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctgg 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctgg 8395161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 24 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8431743 - 8431555
Alignment:
Q  24 aaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8431743 aaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaaagccacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcagacagaatagaaatgca 8431646  T
Q  124 tcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  8431645 tcacaacattggcgaac---gtaacaactggaataatcttcttttgaactcaataaacatgattactctcactgctaagactatgtctggtgtt 8431555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 83 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417751
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
T  8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggt 8417751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 217
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375473
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgtt 8375473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 83 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439630
Alignment:
Q  83 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 182  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
Q  183 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgtt 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgtt 8439630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 195
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
Q  76 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 175  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
Q  176 ataaatatgattactctcac 195  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 8404604 - 8404470
Alignment:
Q  78 aactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaat 177  Q
    ||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||  |||||||| |||| ||||| |  ||| |||||||||| ||    
T  8404604 aactctatgcaatttcggaggctgtatcagacagaattgaaatgcataaaaacttaggacaacaacgtgacaattggaacacgcttttattaaactccat 8404505  T
Q  178 aaatatgattactctcactgctacaaccatgtctg 212  Q
     || ||||| || ||||| ||| |||| |||||||    
T  8404504 caacatgataacactcacagcttcaacaatgtctg 8404470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University